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简单序列重复分析文献资料
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裂叶牵牛获得表达序列标签资源的简单序列重复信息分析
目的 为了在裂叶牵牛中开发功能性EST-SSR分子标记,分析裂叶牵牛EST-SSRs特征.方法 从NCBI公共数据库中下载裂叶牵牛EST序列,运用DNAstar软件中的Seqman Pro程序,对下载序列进行拼接和聚类,去除冗余序列,利用SSRIT软件筛选重复序列长度≥20 bp的二、三、四、五、六、七、八核苷酸7种类型的SSR,统计分析裂叶牵牛EST-SSRs的特征.结果 从NCBI公共数据库中下载62 388条裂叶牵牛EST序列,剔除冗余序列,得到全长为8.35×106 bp的无冗余EST序列11 569条.在这些序列中搜索出985条EST序列含有1 132个SSRs,占无冗余EST序列的9.78％,平均每7.37 kb EST出现1个SSR位点.二核苷酸重复基元SSR出现频率高(51.06％),其次是三核苷酸(33.57％),AG/TC、GA/CT和AAG/TTC是二、三核苷酸中的优势重复基元.裂叶牵牛EST-SSRs以4～10次重复为主,基序长度主要集中于20 ～30 bp.结论 裂叶牵牛EST-SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论上表明这些EST-SSRs具有较高的可用性.本实验通过对裂叶牵牛EST资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发裂叶牵牛的SSR功能性标记提供了候选序列.
