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差异表达基因分析文献资料
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申克孢子丝菌酵母相形成过程中转录组表达谱变化及差异表达基因功能分析
目的 比较并分析申克孢子丝菌菌丝相及早期酵母相转录组学的差异,明确酵母相形成过程中转录组表达谱的变化.方法 对25℃沙氏培养基培养96 h获得的菌丝相申克孢子丝菌及37℃脑心浸液培养基培养36 h获得的早期酵母相申克孢子丝菌的转录组进行测序分析,对筛选后的单基因簇进行功能注释,包括与多个数据库(NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO、Pfam)的比对、编码区序列预测及基因在每个样品中的表达量分析.后,对差异表达基因进行模式聚类、功能注释以及富集性分析.结果 共获得14.76 Gb有效数据,组装获得43 863条单基因簇,28 094条获得注释结果.与菌丝相比较,酵母相上调表达的基因10 969条,下调表达的基因199条.差异表达基因参与蛋白磷酸化、细胞内蛋白转运、细胞蛋白修饰、小三磷酸鸟苷酶介导的信号转导、囊泡介导转运、翻译、细胞内信号转导、微管形成、三磷酸腺苷合成偶联质子转运等过程.参与真菌形态形成的两个重要信号转导通路丝裂原活化蛋白激酶和双组分信号通路中的16条基因及参与几丁质合成代谢的16条基因均被证实在早期酵母相上调表达.结论 与菌丝相相比,申克孢子丝菌酵母相基因表达谱发生显著变化,差异表达的基因涉及众多功能,提示孢子丝菌相变受多基因网络系统的调控.
