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UBAP1蛋白在鼻咽癌细胞中的表达和定位
目的:研究泛肽相关新基因编码产物的特性和在鼻咽癌细胞内定位与表达.方法:利用生物信息学分析编码蛋白的一般性质并预测其定位,构建增强型绿色荧光蛋白(enhance green fluorescent protein,EGFP)与UBAP1融合基因的真核表达载体pEGFP-C2-UBAP1,通过脂质体介导转染人鼻咽癌细胞系HNE1,荧光显微镜观察UBAP1基因编码蛋白在HNE1活细胞内定位.结果:融合蛋白可在HNE1细胞中高表达,主要定位在细胞核,有较为明显的核膜聚集现象.结论:UBAP1基因编码产物在HNE1中的表达差异可能是NPC发生的原因之一.
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应用EST策略鉴定人类新基因UBAP1的数字化差异表达图谱
背景与目的:UBAP1(ubiquitin associated protein1)基因是我们先前在人类染色体9p21-22鼻咽癌杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)高频区所获得的一个鼻咽癌相关新基因.进一步地,我们应用EST策略鉴定UBAP1基因在多种肿瘤组织中的差异表达谱.方法:采用基于生物信息学的电子杂交方法,即以UBAP1基因的全长cDNA为"探针",利用计算机对人类表达序列标签(expressed sequencetag,EST)和Unigene等数据库中代表UBAP1的EST在各类肿瘤及相应正常组织cDNA文库中的分布进行综合分析,研究UBAP1基因的数字化差异表达图谱.同时采用差异RT-PCR方法对UBAP1在3种肿瘤活检组织中的差异表达进行验证.结果:电子杂交结果表明UBAP1基因不仅在42种人类正常组织中广泛表达,而且在11种肿瘤组织中存在可能的表达差异,尤其是在脑瘤、乳腺癌、结肠癌、皮肤癌、睾丸癌和宫颈癌等肿瘤组织中表达显著下调(P<0.05),而在肾癌、胰腺癌中高表达(P<0.05).进一步采用差异RT-PCR方法发现UBAP1基因在64%的脑膜瘤和72%的结直肠癌活检组织中具有明显表达缺失/下调.结论:UBAP1基因有可能与多种肿瘤的发生发展密切相关,有必要深入研究UBAP1基因的表达异常参与肿瘤发生发展的分子机制.
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染色体9p21-22区域两个新的SNPs位点在湖南汉族人群中的多态分布
目的在人类染色体9p21-22区域克隆的两个候选抑瘤基因NGX6和UBAP1以及该区域另一个已知抑瘤基因CDKN2A中筛查未知的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms, SNPs).方法用96名正常人外周血白细胞基因组DNA在3个基因的外显子及基因上下游调控区中逐段PCR扩增、大规模测序.结果在UBAP1基因第6外显子及CDKN2A基因第4外显子中各发现一个新的SNP位点,dbSNP登录号为rs3135929和rs3088440,其多态信息含量分别为0.102和0.213.两个SNPs之间不存在连锁不平衡,单倍型分析表明两个SNPs联用,其多态信息含量可达到0.302.结论多个SNP联用,其多态信息含量明显提高,可克服SNPs信息量不足的弱点;两个SNPs均位于基因的3′非翻译区,对基因表达调控是否有影响值得进一步研究.
