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哈尔滨市G9型A组轮状病毒VP7基因序列分析与探讨
目的 了解哈尔滨市G9型A组轮状病毒与国内外部分地区G9型毒株VP7基因序列遗传与变异的差异,丰富我国G9型A组轮状病毒VP7基因序列的基础资料.方法 通过一步法RT-PCR获得了1株G9型A组轮状病毒VP7蛋白的cDNA片段,对其进行扩增、克隆、测序,用DNASTAR生物软件对其进行序列分析,同时采用参比毒株分组的方法进行序列比对.结果 该G9型哈尔滨地方株VP7基因为1 061个碱基,推导326个氨基酸；与中国北京株BJ-CR531进行氨基酸序列比对,一处变异位点在aa221[丝氨酸(Ser)→甘氨酸(Gly)],发生在C区；在分组比对中,哈尔滨G9型毒株所在组的标志性位点在aa8和aa65,均是由丙氨酸(Ala)替代苏氨酸(Thr).结论 哈尔滨G9型毒株所在组的aa8和aa65位点可能成为中国地区A组轮状病毒G9型这一进化分支的关键变异位点.
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2010年广西部分地区婴幼儿腹泻轮状病毒流行以G9P[8]a型为主
目的 了解广西农村5岁以下散居腹泻儿童中轮状病毒的分子流行情况.方法 于2010年1～5月收集广西3个腹泻监测哨点腹泻儿童的粪便标本,应用RT-PCR、核酸打点杂交及基因测序的方法对205份轮状病毒抗原检测阳性的标本进行VP7 (G)和VP4 (P)基因分型,并运用MEGA4.1软件对广西G9型轮状病毒的VP7基因进行进化分析.结果 基因分型结果显示G9P[8]a多见(35.3％),其次是G3P[8]a (28.7％)、GIP[8]a (16.8％)及G2P[4](10.8％)；少见的轮状病毒型别分别为G9P[4]3例(1.8％)、GIP[6]1例(0.6％)及G4P[6]2例(1.2％);G9型轮状病毒VP7基因进化分析显示本研究中广西G9型同国内多地近期流行的G9型一样均属于进化分支Ⅲ,并且同国内近期流行的G9P[8]型病毒株进化关系近.结论 这是国内首次在农村婴幼儿腹泻轮状病毒野毒株流行中发现G9型是主要的流行型别,基因进化分析提示国内各地近期流行的G9型轮状病毒的来源可能相同.
