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2010年济南地区人肠道病毒71型VP1区基因特征的分析
[目的]研究济南地区肠道病毒71型(EV71)的基因特征.[方法]对2010年济南地区手足口病病人的粪便、咽拭子等标本,通过RT-PCR扩增EV71 VP1基因片段;选取EV71阳性的18株进行VP1全基因序列测定,用DNAS-TAR、Mega.4.0软件进行同源性分析,并构建系统进化树.[结果]与EV71 A型和B型代表株亲缘性较远,核苷酸(氨基酸)同源性分别为81.8％～82.7％(83.7％～85.0％)和94.3％～94.9％ (97.3％～97.6％);与C型代表株亲缘性较近,核苷酸(氨基酸)同源性为87.5％～99.1％(98.3％～100.0％) ;18株EV71之间在VP1区核苷酸和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别为97.1％～100.0％和99.3％～100.0％.构建系统进化树表明,18株EV71与C4亚型处于同一簇,属EV71型C4基因亚型.[结论]2010年济南地区流行的EV71属肠道病毒71型属C4基因亚型.
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2005年山东省流动人口成人麻疹暴发的病毒基因特征分析
[目的]确定麻疹病毒株的来源、传播途径及变异情况,探讨流动人口和成人麻疹发病的特点.[方法]2005年在山东省邹平县麻疹暴发疫区采集病人血清和咽拭子标本,进行血清学、病原学和分子流行病学特征检测.[结果]从6例病人咽拭子标本分离4个病毒流行株,均为H1基因型,3株属于H1a,1株属于H1b.4株之间核苷酸、氨基酸同源性为95.80%～100.00%、97.30%～100.00%,分成2个亚支、2个亚型,与H2基因型参考株中国疫苗株S191之间存在较大的遗传差异(8.60%),与山东省2005年另外7株病毒株的基因型别分布相似.3株H1a病毒株又分为2个小分支,1株与2005年另外2株H1b病毒株(枣庄市、泰安市)的亲缘关系近,与2000年的3株H1b病毒株(淄博市)亲缘关系较远,不属于同一祖先传播链病毒株.[结论]2005年邹平县成人麻疹暴发是由H1a、H1b两个亚型病毒株引起,以本地流行优势基因亚型H1a为主,H1b亚型为外来输入并在山东省少数市地传播.
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螺旋CT在评价乳腺癌区域淋巴结转移中的应用价值
乳腺癌是妇女常见的恶性肿瘤之一,在西方国家中发病率和死亡率均居女性恶性肿瘤之首[1].新的疗法如密集化疗、序贯和联合方案改进、应用生物标志物和基因特征指导化疗方案的选择等,乳腺癌辅助化疗的研究迈进了分子医学阶段,乳腺癌辅助化疗策略进入了个体化治疗时代.然而,新辅助化疗后我们无法判断化疗前腋淋巴结情况,随着影像检查技术的进步,螺旋CT被作为一种乳腺肿瘤重要的检查方法在临床广泛应用[2].螺旋CT多层面容积重建显示区域淋巴结的大小、形态、浸润程度,可以完善乳腺癌患者病例资料.
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江西省流行性腮腺炎病毒基因特征分析
目的 了解江西省流行性腮腺炎病毒(MuV)的基本特征.方法 采集腮腺炎患者咽拭子标本分离病毒,对分离到的MuV小疏水蛋白(small hydrophobic protein,SH)基因316个核苷酸片段进行逆转录PCR(RT-PCR)扩增,对扩增产物进行序列测定及基因分型.结果 江西省27株MuV分离株属于F基因型,核苷酸及氨基酸同源性分别为94.6％ ～ 100％和89.5％ ～ 100％.与F基因型参考株序列相比,与兰州株的氨基酸同源性为91.2％ ～94.7％,与上海株的氨基酸同源性为84.2％ ～ 87.7％.MuV的F基因型毒株呈现特异性突变(CNt65、CNt105、GNt137、CNt192、CNt239);在与基因分型有关的氨基酸三联体上,有1株为VML,1株为ILL,其余均为IML.结论 江西省目前腮腺炎病毒流行株优势基因型为F基因型.现有的F基因型MuV流行株与A基因型疫苗株S79差异较大.氨基酸三联体己出现变异,因此需继续加强本省腮腺炎病毒监测的基因型监测.
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陕西省2011年-2013年H3N2流感流行趋势及HA1基因特征研究
目的 了解陕西省2011年-2013年H3 N2型流感病毒的流行特征和HA1基因特性.方法 收集陕西省全省18家哨点医院流感样病例的监测资料和12家流感网络实验室病原学检测结果.用RT-PCR方法对部分H3N2流感病毒进行HA1基因序列扩增,利用生物软件对序列特征及变化情况进行分析.结果 陕西省2011年-2012年H3N2为非流行优势株,占流感病毒阳性的17.38％,流行高峰为2月-3月;2012年-2013年H3N2为陕西省的流行优势株,占流感病毒阳性的56.61％,流行高峰时间为11月-次年2月.通过测序得到的各标本HA1序列为987 bp,编码329个氨基酸(aa),2年间分别有12个氨基酸位点发生变异,其中在4个位点出现变异发生在HA1抗原决定簇,2年共增加了2个潜在的糖基化位点,HA1的受体结合位点和二硫键比较稳定,2年间未发生变化.结论 2012年-2013年陕西省H3N2型流感病毒为流行的优势毒株,相对于国际疫苗株,已经出现了抗原漂移.
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宁波地区2004年-2009年麻疹病毒分离株血溶素蛋白基因特征分析
目的:分析宁波地区2004年-2009年流行的麻疹病毒分离株血溶素蛋白(Fusion protein,F)基因的序列特征.方法:采用RT-PCR扩增宁波地区2004年-2009年分离到的21株麻疹病毒株的F基因并进行序列测定,与疫苗株沪191、changchun-47、Edmonston株及国内核苷酸同源性高的毒株zhejiang05-04、IMB-1比较并分析毒株变异情况.结果:2004年-2009年宁波地区流行的21株麻疹病毒株中,核苷酸同源性为95.2%-100.0%,氨基酸同源性为98.0%-99.8%;与中国疫苗株沪191相比,其核苷酸同源性为95.2%～96.1%,氨基酸同源性为96.4%～97.3%.F基因3个糖基化位点(第32、64、70位从),对病毒融合功能起重要作用的第112位、第121位、第195位、第549位氨基酸均未发生改变.结论:2004年-2009年宁波地区流行的麻疹病毒株F基因关键位点未发生变异,本研究对了解本地区麻疹病毒遗传变异规律及疫苗的选择具有重要意义.
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2005～2006年宁波市流行性感冒病毒的流行与优势株转换分析
目的:分析2005～2006年宁波市流行性感冒病毒的流行与流感病毒优势株的转换情况.方法:常年监测宁波市流感病毒的流行情况,选取不同时间的各种型别流感毒株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定,并推导出其氨基酸序列进行基因进化特性分析.结果:2005年1～9月份宁波市的甲型流感以H3N2亚型为流行优势株,而乙型流感在2005年初以Yamagata系占优势.到2005年9月份以后至2006年底甲型流感的H1N1亚型替代了H3N2亚型占据优势株地位,乙型流感也以Victoria系成了优势株.结论:在2005年流感病毒甲、乙型的流行株均发生了亚型或种系的优势转换.流行株的基因特征及抗原性发生了明显的变异,并造成了一定规模的暴发流行.
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江苏省2011年流行性腮腺炎病毒分子流行病学分析
目的:分离江苏省2011年流行性腮腺炎病毒(Mumps Virus,MuV),并分析其基因特征.方法:对江苏省2011年腮腺炎咽拭子进行病毒分离,对MuV分离株针对SH基因进行PCR扩增,并对该PCR产物进行序列测定,结合从基因库下载的中国MuV毒株序列以及世界卫生组织(WHO) MuV基因型参考株一起进行分子流行病学研究.结果:通过比较核苷酸和氨基酸同源性和构建亲缘关系树发现,江苏省2011年MuV分离株属F基因型,但序列相互间存在差异.此外,通过分析江苏省2011年MuV分离株的遗传距离发现,MuV毒株序列同源性和亲缘关系树分析结果一致.结论:江苏省2011年流行的MuV同属F基因型,是由F基因型MuV的多个传播链引起的.并且2011年的MuV毒株间存在序列差异,说明在江苏省流行的MuV发生了一定程度的变异.
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湖州市甲型H1N1流感病毒株的HA基因分析
目的:研究2010年湖州市甲型H1N1流感分离株(A/Huzhou/2010(H1N1))的HA基因特征.方法:采用MD-CK细胞对患者咽拭子和漱口液标本进行病毒分离,逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA基因并进行序列测定,用DNAstar和MegAlign等软件分析处理.结果:湖州市2010年甲型H1N1分离株的HA基因为1739个核苷酸,与湖州市2009年的分离株及WH02010/2011推荐的甲型H1N1疫苗株相比,没有核苷酸的插入与丢失,氨基酸同源性分别为99.0%和98.9%.进化树分析显示,本次分离株与湖州市2009年的分离株及WH02010/2011推荐的疫苗株非常相似.结论:甲型H1N1流感分离株的分子生物学特征及变异特征分析,对制定科学有效的防控策略具有重要意义.
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江苏省2013年-2015年风疹病毒基因特征分析
目的 分析江苏省2013年-2015年风疹病毒(RV)流行毒株的基因特征.方法 采集该期间疑似风疹病例咽拭子标本,于Vero-Slam细胞上进行病毒分离,采用逆转录PCR(RT-PCR)方法对分离到的7株RV E1基因739个核苷酸片段进行扩增,对该PCR产物进行序列测定和分析,并与世界卫生组织(WHO) RV各基因型参考株进行分子流行病学研究.结果 江苏省3株RV分离株属于1E基因型,核苷酸同源性为99.2％～100.0％,氨基酸同源性为99.6％～100.0％.4株RV分离株属于2B基因型,核苷酸同源性为98.9％～100.0％,氨基酸同源性为100.0％.血凝抑制位点和中和位点等抗原表位未发生变异,1E基因型风疹毒株在E1蛋白的aa338(Leu338→Phe338)、aa357(Leu357→Va1357)发生变异.结论 江苏省2013年-2015年风疹病毒的优势基因型为1E和2B基因型,与目前我国其他省份流行的风疹病毒基因型一致,E1基因氨基酸序列高度保守.
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2013年南京市柯萨奇病毒A6型基因特征分析
目的 研究2013年南京市手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CA6)的基因特征.方法 从2013年采集的HFMD病例标本中挑选CA6阳性标本,选取VP1区进行扩增,并测定基因序列,对比其他参考序列进行进化分析.结果 中国南京市CA6流行株与中国泰州、中国福建、中国上海、中国山西、中国台湾等地区和日本的流行株亲缘关系较近,而与中国山东流行株(JQ364886.1-SD1992)和美国原型株(AF081297)亲缘关系较远.序列比对发现南京市CA6病毒核苷酸序列同源性为92.8％～100.0％,氨基酸同源性为94.7％ ～ 100.0％;与CA6原型株和1992年山东流行株JQ364886的核苷酸同源性分别为82.9％和84.3％.结论 CA6型柯萨奇病毒是2013年南京地区手足口病的重要病原.
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常州地区2012年乙型流感病毒株血凝素基因特征分析
目的 分析常州地区2012年乙型流感病毒株血凝素基因的特征.方法 采用MDCK培养方法分离常州地区2012年乙型流感病毒,采用一步法RT-PCR方法扩增病毒株表面血凝素基因并测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及进化树分析.结果 成功分离获得14株乙型流感病毒株,其中B/Changzhou/01/2012株与其他13株的亲缘关系较远,13株病毒株间亲缘关系较近;与参考病毒株B/Hong Kong/330/2001相比,该13株病毒株均在10个氨基酸位点发生变化,其他位点氨基酸变化呈散在性分布特点.根据进化树分析结果,病毒株可分为A群、B群、C群3群,A群和B群为2012年常州地区乙型流感病毒优势株,C群则为散发病例.结论 常州地区人群中流行的乙型流感病毒基因特性在逐渐发生变异,流感监测工作必须加强对流感病原学的监测,及时发现流感病毒变异株.
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江苏省2012年麻疹病毒的基因特征分析
目的 对江苏省2012年麻疹病毒(measles virus,MV)进行分离,并分析其基因特征.方法 对江苏省2012年麻疹咽拭子进行病毒分离,麻疹病毒分离株针对N基因进行PCR扩增,并对该PCR产物进行序列测定,结合从基因库下载的中国MV毒株序列以及世界卫生组织(WHO) MV基因型参考株一起进行分子流行病学研究.结果 通过比较核苷酸和氨基酸同源性和构建亲缘关系树发现,江苏省2012年MV分离株属H1a基因型,但序列相互间存在差异.此外,通过分析江苏省2012年MV分离株的遗传距离发现,MV毒株序列同源性和亲缘关系树分析结果一致.结论 江苏省2012年流行的麻疹同属H1a基因型,是由H1a基因型MV的多个传播链引起的;且MV毒株间存在序列差异,说明在江苏省流行的MV发生了一定程度的变异.
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江苏省2013年流行性腮腺炎病毒的基因特征分析
目的 分析江苏省2013年流行性腮腺炎病毒(MuV)的基因特征.方法 针对2013年分离到的139株MuV小疏水蛋白(small hydrophobic protein,SH)基因316个核苷酸片段进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,并对该PCR产物进行序列测定,将139株MuV与世界卫生组织(WHO) MuV基因型参考株一起进行分子流行病学研究.结果江苏省136株MuV分离株属于F基因型,核苷酸和氨基酸同源性分别为93.4％ ～ 100％和84.3％ ～ 100％.3株MuV分离株属于G基因型,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.6％～100％和93％～100％.MuV分离株在SH基因编码的氨基酸保守位点也发生了变化.结论 江苏省2013年主要流行的MuV基因型为F基因型,同时也出现G基因型的流行,MuV毒株与疫苗株S79遗传距离差异较大.F基因型参考株与江苏省2013年的F基因型MuV毒株间序列差异较大,说明江苏省流行的MuV发生了一定程度的变异.另外,还发现所有F基因型和G基因型MuV在SH基因上分别存在5个特异性突变,而其他基因型MuV在这些位点上均未发生改变.
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石家庄市手足口病病原学监测及柯萨奇病毒A 16型VP1区基因特征
目的 了解石家庄市2010年-2012年手足口病(HFMD)病原情况及柯萨奇病毒A16型(CA16)病毒的基因特征,为HFMD防控提供参考.方法 对临床诊断为HFMD的病例标本,采用Real-time RT-PCR进行肠道病毒核酸检测;部分CA16型阳性标本进行VP1区全长测序,采用MEGA 5.0进行序列比对和进化树构建.结果 在3173份标本中,2556份标本检测为通用肠道病毒核酸阳性,其中CA16阳性标本851份.2010年-2012年石家庄流行的CA16病毒株为B1基因型,2010年为B1a亚型,2011年和2012年出现了B1a和B1b两种基因亚型共循环现象,且存在多个传播链.结论 石家庄市来源于HFMD的CA16流行病毒株属于B1基因型,存在B1a和B1b两种基因亚型共循环现象.
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柯萨奇病毒B5河南分离株全基因组序列测定及分析
目的:了解柯萨奇病毒B5( CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系.方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析.结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7 401 bp.与原型株Faulkner相比,编码区氨基酸同源性为95.6％,核苷酸同源性为79.9％,其中VP4-VP2核苷酸差异为17.8％～20.4％,VP1核苷酸差异为19.5％,P2、P3核苷酸差异分别为19.5％、21.7％.不同型别肠道病毒间VP4-VP2核苷酸差异为14.4％ ～ 34.9％,VP1核苷酸差异为18.3％～42.3％,P2、P3核苷酸差异为17.1％～21.0％、15.5％ ～ 22.6％.结论:与原型株相比,CoxB5/Henan/2010株编码区发生沉默突变,其核苷酸变异并不影响氨基酸序列的变化；肠道病毒基因组各分区在进化中不同步.
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河南省肠出血性大肠杆菌(EHEC O157:H7)感染之流行与基因特征研究
目的:了解河南省肠出血性大肠杆菌(enterohemorrhagic escherichia coli,EHEC)的流行状况与流行菌株的志贺毒素基因型.方法:采集河南省14个监测点上腹泻病人、家畜家禽粪便和肉食品等标本分离EHEC菌株.应用分子生物学技术检测EHEC菌株的rfbO157、rfbO111、hlyA、eaeA、stx2和stx1等毒力基因和志贺毒素基因亚型,应用细胞培养技术检测菌株Vero细胞毒性.结果:从腹泻病人、家畜家禽、肉食品、苍蝇、蜣螂中均分离出EHEC O157:H7菌株,波尔山羊的带菌率高达到29.8%.138株携带志贺毒素基因的菌株中,EHEC O157:H7计95株,占产毒菌株的68.8%;EHEC 非O157菌株43株,占31.2%.菌株可分为5种毒素基因型,EHEC O157:H7仅含stx2基因,以stx2vha亚型为主,不含有stx1基因.EHEC 非O157血清型毒素基因型较复杂.携带stx1和/或stx2的菌株均具有Vero细胞毒性.结论:河南省腹泻病人和家畜家禽中存在EHEC感染.EHEC O157:H7血清型是优势菌型,羊是主要宿主动物.目前河南省EHEC O157:H7菌株毒素基因型为stx2并以stx2vha亚型为主.
关键词： EHEC O157:H7 志贺毒素基因 基因特征 基因亚型 多重PCR -
广州地区急性散发性HEV毒株基因特征和生物学性状的研究
利用RT-PCR技术对我国广州地区急性散发性戊型肝炎病毒细胞培养分离株G93-1、G93-2、G93-3和G93-4基因组聚合酶区部分核苷酸序列(4522～4761nt)进行检测,PCR阳性产物经纯化、克隆后测序.结果G93-1、G93-3和G93-4株病毒的这段序列完全相同,且与我国新疆暴发流行的HEV 87A株及亚洲HEV代表株的同源性为100%;而G93-2株与它们的差异较大,同源性只有79.9%;但是,它与1997年从厦门地区急性戊型肝炎病人血清中检测的X-S1株同源性很高,达99.2%.并对G93-2株病毒的生物学特性进行了研究,结果与87A株一致.表明我国南方散发性HEV毒株的基因组存在差异,可能同时流行着两种不同的HEV基因型,但生物学性状是相同的.
关键词： 戊型肝炎病毒(HEV) 细胞分离株 基因特征 生物学性状 -
鸡传染性支气管炎病毒CK/CH/LDL97 Ⅰ/97株S基因特征
鸡传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)引起的一种急性高度接触性传染病.该病主要侵害鸡的呼吸系统、消化系统和泌尿生殖系统,可引起雏鸡死亡,蛋鸡产蛋量和蛋品质下降,给养禽业造成很大的经济损失,成为影响世界各国养禽业发展的主要疫病之一.IBV是尼多病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)冠状病毒属(Coronavirus)第三群的典型代表种[1].其基因组为不分节段的单股正链RNA,全长约27.6kb[2].IBV S蛋白形成病毒表面的纤突结构,翻译后的前体蛋白在跨膜时被裂解为N端的S1和C端的S2两个亚单位.S1为IBV的重要免疫原蛋白,能诱导机体产生血凝抑制抗体和病毒中和抗体[3].而且S1基因的点突变、插入、缺失或重组是IBV产生新血清型、亚型或变异株的主要原因[4].S2糖蛋白的主要功能是将S1蛋白锚定在病毒粒子的囊膜上,同时其N端也存在抗原表位[5].
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2014年湖南省郴州市手足口病病原谱及CVA16基因特征分析
目的 了解2014年湖南省郴州市手足口病病原谱和优势毒株的基因特征,为郴州市手足口病的防治提供科学依据.方法 采集2014年郴州市手足口病监测病例标本,应用荧光PCR方法检测HEV71、CVA16、CVA6、CVA10和其他肠道病毒.未能分型的其他HEV阳性标本进行RT-PCR扩增,通过基因测序鉴定病原体型别.结果 共检测854份标本,阳性检出率为55.62％.病原谱中已知型别的前5位分别为CVA16(28.00％)、HEV71(25.05％)、CVA6(13.89％)、CVA10(12.42％)、CVB5(0.84％),仍有20.63％的其他HEV未分型.不同月份、不同年龄组、不同病例类型的病原体型别的构成比差异均有统计学意义(均P＜0.05);男女性别的病原体型别的构成比差异无统计学意义(P＞0.05).郴州市的6株CVA16分离株均为B1基因亚型.结论 2014年郴州市的手足口病流行毒株显示了一定的季节性分布特征,主要的几种优势毒株相互交替流行,并与人群的免疫基础相互作用体现在月份和年龄组的分布上.郴州市的CVA16分离株与国内流行株的基因型别一致.
