首页 > 文献资料
-
昆明市某医院2013～2014年住院婴幼儿感染星状病毒的分子流行病学研究
探讨昆明市某医院2013～2014年住院婴幼儿星状病毒(human astrovirus,HAstV)腹泻的感染情况,分析其分子流行病学特征.通过逆转录RT-PCR法,对63份婴幼儿腹泻样品和42份非腹泻样品进行星状病毒分型鉴定;并扩增1株HAstY全基因组序列.结果在63份样品中,HAstV检出率为41.27％(26/63),以HAstV1型为主要流行株;42份对照组中,HAstV感染率为2.38％(1/42);扩增获得1株HAstV全基因组序列,进化树分析为HAstV1型.本研究获得了昆明地区婴幼儿星状病毒腹泻流行病学数据,为昆明地区星状病毒腹泻的感染、控制提供了重要的理论依据.
-
云南省2006～2010年非脊灰肠道病毒分子流行病学特征分析
为了解云南省非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(NPEV)的基因型分布及分子进化特征,对2006～2010年间从急性迟缓性麻痹(AFP)病例中分离到的105株NPEVs进行VP1区部分核苷酸扩增和序列测定.所获得的云南地方株基因序列与各基因型原型株进行核苷酸与氨基酸同源性比较,并与GenBank中选取的代表株构建基因进化关系树.结果分析显示:105株NPEVs分别属于HEV-A、HEV-B、HEV-C,其中HEV-A 18株(7个血清型)所占比例为17.1％；HEV-B 77株(22个血清型)所占比例为73.3％,表明云南省AFP病例中流行的NPEV还是以HEV-B为主；HEV-C 10株(4个血清型)所占比例为9.5％；没有分离到HEV-D组肠道病毒；基因进化树中各种血清型病毒与对应原型株及代表株聚集一起,除CA2、EV90和EV76外,云南地方株与原型株位于不同分支.相同型别的毒株在5年的流行过程中变异程度亦不同,亲缘关系远近不一,表明这些病毒在云南省存在不同的传播链.
-
全球EV-A71的基因型分布
肠道病毒A组71型(EV-A71)是引起手足口病暴发流行的主要病原体,也是除脊髓灰质炎病毒以外为重要的人肠道病毒病原体.截止2017年2月,全球报道的EV-A71共包括7个基因型(A～G)和14个基因亚型,其中B基因型和C基因型是目前全球流行的优势基因型,目前已鉴定B基因型有8个基因亚型(B0～B7),C基因型有6个基因亚型(C1～C6).C4基因亚型中C4a进化分支是引起中国大陆近年手足口病大规模暴发流行的主要病原之一,也是引起手足口病重症和死亡的绝对优势病原体.本文对全球流行的EV-A71基因(亚)型的地理和年代分布、新基因型的发现进行了系统的归纳分析,为中国检测和监测引起HFMD流行的EV-A71基因型或亚型的动态变化提供基础数据.
-
云南省外环境中人类埃柯病毒7型分子流行病学分析
为掌握云南省外环境中肠道病毒流行和进化趋势,对从云南省外环境标本中分离到的4株病毒进行VP1基因序列测定.用肠道病毒通用引物187、188、189/011扩增病毒VP1区,直接对聚合酶链反应产物进行测序.所得序列在基因库进行广泛搜索,并与所有EV基因的相同区域进行比较.结果4株病毒为ECHO7.运用Mega软件与从GenBank中搜索到的68个ECHO7 VP1区基因序列进行同源性分析,发现云南省外环境和人际间ECHO7病毒位于不同的分支.说明不同ECHO7病毒流行有地域特点和时间流行特点,同一时间同一个地区内存在不同的传播链,中国云南省同一时间内外环境和人际间ECHO7病毒有不同的传播链且进化速度不同,值得关注.利用分子生物学方法持续对云南省外环境中肠道病毒进行监测,可为肠道病毒病的预警提供有力支持.
-
2014年山东省柯萨奇病毒B5型的分子流行病学研究
为了解山东省柯萨奇病毒B5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)的分子进化特征,本研究对山东省2014年1～12月无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)病例标本和环境污水监测标本进行肠道病毒(Enterovirus,EV)分离,阳性分离物采用分子生物学方法鉴定型别,并对CV-B5的VP1区序列进行系统进化树分析.结果显示,2014年AM病例中分离到69株CV-B5,占EV分离株43.95％;环境污水中分离到159株CV-B5,占非脊髓灰质炎EV分离株34.49％.上述CV-B5分离株具有季节性特征,夏秋季高峰明显.系统进化树分析表明,本研究分离株属于A、B两个基因簇,各簇之内AM和环境污水分离株之间有密切的亲缘关系,且环境污水分离株具有一定的地域聚集性.A、B基因簇的组内遗传距离分别为0.026、0.030,A基因簇与B基因簇组间遗传距离为0.085,提示CV-B5在山东地区存在2个传播链共循环,同时可能存在CV-B5跨地区传播和流行.本研究结果证明环境监测具有对EV相关疾病的预警能力.
-
基于生活污水监测的诺如病毒分子流行病学研究
为了解生活污水中诺如病毒 (Norovirus, NoV) 检出情况、基因型分布和分子流行病学特征, 进一步探索环境监测技术用于研究病毒性胃肠炎病原区域性流行的必要性, 本研究于2016年112月在山东省济南和临沂两地采集生活污水, 通过阴离子膜吸附洗脱法对收集到的24份污水样品进行浓缩后, 提取核酸, 经过逆转录-聚合酶链反应扩增NoV VP1基因片段, 经TA克隆后测序, 进行分型和系统进化树分析.结果显示, 监测地区生活污水标本中GI的检出率为100％, GII为95.8％.共获得412条NoV序列, 分别属于6个GI基因型和8个GII基因型, 其中GI.6 (32.3％, 133/412) 、GII.3 (14.1％, 58/412) 和GII.17 (25.7％, 106/412) 检出数量多.GII.17检出序列均属于Kawasaki 308变异株, 而前些年大流行的GII.4的检出序列占比仅1.0％, 属于Sydney 2012变异株.本研究描述了2016年山东省本地流行的诺如病毒基因型分布和序列特征, 证明了可以通过对城市污水进行监测来探索人群中循环的诺如病毒的遗传多样性.
-
肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征
2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株.利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT-PCR方法对病毒进行初步鉴别.根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别.RT-PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71.10株病毒的RT-PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法.对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26和CHN-87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89.3%～94.6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81.3%～84.0%,差异较大.在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26)的同源性较高,在94.5%～100%范围内.在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支.与CHN-87株的同源性在92.1%～93.6%之间.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源性在89.3%～92.9%,差异≥7%,因此认为可将这9株病毒划分为C4亚型.上海、重庆和深圳的EV71病毒有较高的同源性,提示该病毒EV71-CA亚型在中国大陆1998～2003年间有较广泛的传播.建立中国流行的EV71病毒毒株库和基因库,对诊断、预防和控制EV71在中国的爆发有重要意义,对加强EV71的实验室诊断、病毒学监测和病毒基因型和亚型的标准命名和分子流行病学研究有重要帮助.
-
2011～2014年中国福建龙岩市Echo 30型病毒分子流行病学特征分析
了解中国福建省龙岩市2011～2014年病毒性脑炎散发病例中Echo 30分子流行病学特征.收集病毒性脑炎或中枢神经系统感染脑脊液标本,细胞培养分离病毒,RT-PCR扩增VP1基因序列全长以鉴定Echo 30血清型及遗传特征分析.2011～2014年共从608例监测病例中分离到168株肠道病毒,其中60株为Echo 30;60例Echo 30相关病例分析显示,Echo 30流行高峰为6～8月;波及年龄范围广,以小于10岁高发(65％);临床症状以发热、头痛和呕吐为主,脑脊液清,细胞和蛋白含量检测多增加.VP1区分析显示,2011～2014年龙岩流行株均属于h基因型,但有两个传播链共同循环;与2011年导致福建省病毒性脑炎暴发毒株高度同源,但2014年龙岩株均在VP1蛋白I 120 V出现新氨基酸变异.福建省2011年暴发流行株仍流行于龙岩市,且两个传播链病毒仍共同循环,但2014年病毒株出现了新的变异,持续监测将有利于早期发现病毒变异积累和评估疾病流行的风险.
关键词： Echo 30型病毒 病毒性脑炎 VP1 分子流行病学 -
2015-2016年广东省珠海市风疹病毒分子流行病学研究
目的 分析珠海市2015-2016年风疹病毒基因型别和特征,为风疹控制和消除提供分子流行病学基线数据.方法 采集2015-2016年珠海市疑似风疹病例出疹后3天内的咽拭子,使用荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测风疹病毒核酸,对阳性标本进行风疹病毒E1基因739个核苷酸片段(nt8731-nt9469)的扩增、序列测定和分析,与32株13个基因型的WHO参考株、中国其他省份流行的2B基因型分别构建基因亲缘性关系树.结果 2015-2016年共收集疑似风疹病例的42份咽拭子标本,其中23份病毒核酸检测阳性,经进一步扩增,18份标本获得了靶基因序列.基因亲缘性关系分析显示,18份标本均为2B基因型风疹病毒,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.2％-100％和99.1％-100％,并可分成两个进化分支,不同的进化分支包含了其他省份2B基因型分离株,无地理局限性和年代相关性.18株2B基因型风疹病毒在N-型糖基化位点、抗原表位、中和抗原决定簇和血凝抑制位点没有发生突变.结论 2015-2016年珠海市流行2B基因型风疹病毒,与全国流行趋势一致.应继续加强珠海市风疹病毒分子流行病学监测.
-
2001～2007年兰州急性腹泻住院儿童轮状病毒感染的临床特点及分子流行病学研究
目的 了解兰州地区2001年12月～2007年6月,人类轮状病毒(Human Rotavirus,HRV)毒株的流行特点及变异情况,为疫苗的研发提供流行病学资料.方法 收集兰州大学第一医院2001年12月～2007年6月≤5岁住院腹泻患儿的粪便标本1305份,采用酶联免疫吸附试验检测HRV,抗原阳性标本采用逆转录-聚合酶链反应进行血清G和基因P分型.结果 1305份粪便标本中,HRV抗原阳性662份(50.7%),其中G血清分型:G3型235份(35.5%),G1型206份(31.1%),G2型77份(11.6%),G9型14份(2.1%),G混合感染31份(4.7%),未分型99份(15.0%).P基因分型508份,依次为PE8]型279份(54.9%),P[4]型73份(14.4%),混合5份(1.0%),P[6]型4份(O.8%),未分型147份(28.9%).2001～2004年度(2001年12月～2002年6月为2001～2002年度;2002年7月～2007年6月,以前一年7月～翌年6月为一个年度,下同)以G3型为优势流行株;2004～2005年度主要流行株为G2型(34.4%),而2005～2007年度则以G1型为主要流行株.G血清型混合感染2001～2002年度占6.4 0A,2003～2004年度未检出,2004～2007年度分别占5.8%、3.2%、5.9%.检测结果显示,P基因型是以P[8]型为主,其中2001～2002年度、2003～2004年度分别占62.5%、33.3%,2004~2005年度则以P[4](45%)占主导地位,其次是P[8](22.1%),2005～2007年度分别占75.6%、68.4%.2001～2007年HRV感染G血清型和P基因型的组合以P[87G1(43.9%)、P[8]G3(28.2%)、P[4]G2(12.8%)为主.HRV腹泻发病季节主要在9～12月.6～23月龄为高发年龄段,平均发病月龄为(10.8±6.9)月龄.结论 HRV是兰州地区婴幼儿病毒性腹泻的主要病原,临床症状重于非HRV腹泻,流行毒株变异多样,不同G血清型之间的混合感染比例高于国内其它地区,值得重视.
-
2013～2014年广西风疹病毒分子流行病学分析
目的 研究广西风疹病毒基因型别及特征,为预防和控制风疹提供分子流行病学基线数据.方法 对2013～2014年广西出疹病例中风疹病毒核酸阳性的病原学标本,使用淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞(Vero Cell Transfected to Express the Human Signaling Lymphocyte Activation Molecule,Vero/SLAM)进行病毒分离,再应用逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)对分离到的风疹病毒进行E1基因的945个核苷酸(8633～ 9577nt)片段扩增,并对其PCR产物进行序列测定和分析.结果 从收到的148份风疹核酸阳性咽拭子中分离培养出119株风疹病毒株,其中20株为1E基因型,99株为2B基因型,来源于9个不同的地市.其中2B基因型风疹毒株与其他省2B基因型毒株的同源性达98.77％～99.86％.所有119株风疹分离株在N-型糖基化位点和抗原表位位点均未发生突变,6株分离株在血凝抑制位点和中和位点上发生了突变,且均为2B基因型.结论 广西2013～2014年风疹病毒在人群中以1E基因型和2B基因型共存循环,2B基因型为优势基因型,1E基因型可能正在逐步被2B基因型所代替.E1基因氨基酸序列虽保守,但亦有些毒株发生突变,今后应继续加强与完善广西风疹病原学监测.
-
安徽省1999～2011年风疹病毒分子流行病学研究
目的 了解安徽省1999～2011年流行的风疹病毒基因型别和特征,为预防和控制风疹提供分子流行病学基线数据.方法 使用非洲绿猴肾细胞(Vero Cell)或Vero/淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞[Vero Cell Transfected to Express the Human Singaling Lymphacyte Actiration Molecule (SLAM)],从1999～2011年疑似风疹病例采集的咽拭子标本中分离风疹病毒,使用逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)对分离到的风疹病毒进行E1基因的1107个核苷酸片段扩增,并对其PcR产物进行序列测定和分析.结果 从采集的145份疑似风疹病例咽拭子标本中,共分离到72株风疹病毒(分布在10个设区的市),基于世界卫生组织分子流行病学研究的靶基因序列(739个核苷酸片段)的基因亲缘性关系分析显示,72株风疹病毒分属三个基因型:1E(62株)、1F(8株)和2B(2株).1F基因型风疹病毒分离于1999年和2000年,2B基因型风疹病毒仅在2000年分离到,之后未再检测到这两个基因型风疹病毒.1E基因型风疹病毒于2001年在安徽省首次检测到,随后陆续在7个市监测到,安徽省2001～2011年流行的IE基因型风疹病毒,在基因亲缘性关系树上存在多个不同的分支.72株风疹病毒大部分核苷酸的突变为无义突变,氨基酸序列高度保守,除8株在个别重要位点发生变异外,其余毒株的重要位点均未发生改变.结论 安徽省在2001/2002年发生了风疹病毒1E与1F的基因型更替,近年风疹的流行是由IE基因型风疹病毒的多个传播链引起的,且不同传播链的1E基因型风疹病毒在各市持续传播.
-
安徽省脑膜炎奈瑟菌的分子流行病学研究
目的 对安徽省2005～2008年从流行性脑脊髓膜炎患者及密切接触者分离的脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)进行分子流行病学研究,了解菌株间的遗传背景.方法 采用多位点序列分析(Multilocus Sequence Typing,MLST)技术,结合PubMLST数据库相关信息,确定97株Nm的序列型别(Sequence Type,ST).通过Splits Tree4.0、BURST分析软件处理数据,构建遗传图谱.结果 97株Nm共有25个不同ST,分属于ST-4821、ST-175、ST-198、ST-5、ST-41/44克隆群及11个散在ST.其中以ST-4821克隆群为显著,含8个ST共75株菌.与ST-4821相比,ST-5798、ST-7277、ST-7278、ST-7279、ST-7280克隆群各有1个基因座改变,ST-6051、ST-5664克隆群各有2个 基因座的改变.2006～2008年的各年份,ST-4821在ST-4821克隆群中,ST-4821克隆群在总菌株间,均保持高比重,且相对稳定,分别为占81.82%～88.50%、73.33%～80.00%.结论 安徽省Nm菌株存在多个克隆群,但以ST-4821克隆群为主导,该群以ST-4821为核心,且相对稳定.尚未发现新克隆群或某一新ST的优势增长.
-
云南省2011-2014年急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒分子流行病学特征
目的 了解非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(Non-polio enterovirus,NPEV)的型别分布及分子进化特征.方法 对2011-2014年从云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的148株NPEV进行VP1完整编码区核苷酸的扩增与序列测定.所获得的云南地方株基因序列与各基因型原型株进行核苷酸与氨基酸同源性比较,并与GenBank中选取的代表株构建系统进化树.结果 在148株NPEV分离株中,肠道病毒(Enterovirus,EV)A组(EV-A)、EV-B、EV-C分别占31.1％(46株,8个血清型)、64.9％(96株,27个血清型)、4.1％(6株,3个血清型);基因进化树显示,各种血清型病毒株与对应原型株及代表株聚集;除埃可病毒10型(E-10)和EV-C96型外,云南地方株与原型株位于不同分支.在4年的流行过程中,同一个型别的分离株之间的遗传变异程度高的是EV-C96、E-18和E-5,分别达到21.5％、21.3％和20.4％.结论 云南省存在EV多个型别的循环,需持续性监测和探索EV分子流行病学和进化规律.
关键词： 急性弛缓性麻痹 非脊髓灰质炎肠道病毒 分子流行病学 -
基于血清学和分子流行病学证实的麻疹爆发研究
目的 分析5起麻疹爆发的调查结果,确证5起麻疹爆发间分子水平的关联,探讨麻疹爆发规模与血清学诊断时限、调查接种率水平及应急免疫完成情况等之间的可能关联,为修订控制麻疹措施提供数据.方法 利用Excel 2007对来自麻疹监测系统的5起爆发的资料及现场调查的资料进行统计整理,对5起麻疹爆发的病毒分离株代表株,用逆转录-聚合酶链反应扩增核蛋白(Nucleoprotein,NP)基因片段后测序,分析其NP基因亲缘关系及其核苷酸同源性.结果 从血清学和分子生物学角度证实了5起麻疹爆发,确证了一个麻疹病毒传播链循环传播致5起大小不同的麻疹爆发.如果血清学诊断和应急免疫能在短时间内完成,那么调查接种率和应急免疫接种率越高,其爆发规模越小,爆发持续时间越短.结论 控制麻疹爆发需要维持高水平的常规免疫接种率;当出现麻疹爆发时需提供早期快速的实验室诊断,并依据爆发调查结果科学选择合适目标人群,并快速完成高水平的应急免疫接种.
-
北京市2008年肠道病毒71型VP1编码区基因特征分析
目的 了解北京市2008年手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)流行期间,人肠道病毒71型(Human Enterovirus 71,HEV71)分离株的VP1编码区基因特征.方法 采集发病1～3d的咽拭子标本33份,采用人横纹肌肉瘤(Human Rhabdomyosarcoma,RD)细胞进行EV分离,用特异引物通过逆转录-聚合酶链反应扩增进行毒株鉴定.对分离到的HEV71进行VP1编码区全长扩增,并对扩增产物采用双脱氧链终止法进行序列测定,Bioedit7.0.5和Mega 3.1软件进行序列比对和系统进化树分析.结果 从33份咽拭子标本中共分离到16株病毒,经鉴定:HEV7114株,柯萨奇病毒(Coxsackie Virus,CV)A组16型(CVA16)2株,其中1N为HEV71和CVA16混合感染.对10株HEV71进行了VP1编码区全序列测定,10株病毒的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.5%～100%和98.9%～100%;与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.4%～99.1%;与C4基因型代表株的核苷酸序列同源性＞92%.基于HEV71的VP1编码区核苷酸序列构建亲缘性关系树,北京市2008年流行株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型中的C4a分支;且10株病毒处于四个相对独立的进化分支.结论 北京市2008年从HFMD患儿分离的HEV71均为C4亚型,且属于2004年以来我国的优势分支-C4a.亲缘性分析提示,此次流行中至少存在4个HEV71传播链.由于近年来HEV71在中国持续大规模流行,迫切需要对HEV71进行连续的分子流行病学监测,及时阐明现阶段流行毒株的基因特征,为疾病预防控制提供病毒学依据.
-
东港市2014年甲型肝炎病毒流行株基因分型研究
目的 了解辽宁省东港市2014年甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A Virus,HAV)流行株基因型特征,为HAV溯源研究奠定基础.方法 收集东港市部分甲肝病人血清标本,HAV结构-非结构区基因VP1-2A引物,经核酸提取,逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR),序列测定,对HAV基因进行序列同源性及亲缘关系分析.结果 本次检测到的东港市HAV都属于1A亚型,核苷酸序列同源性为98.1％～100％,与中国河北省、日本及韩国的流行株VP1-2A编码区基因有相同序列或同源性较高.结论 东港市有多株HAV存在,流行可能有多个传染链,在人群免疫水平较低时,引起甲肝流行.
-
云南省2016年急性乙型肝炎病例的分子流行病学研究
目的 了解云南省急性乙型肝炎 (乙肝) 病例的乙肝病毒 (HBV) 基因型、血清型分布特征.方法 通过传染病网络直报系统收集云南省2016年报告的急性乙肝病例, 采集血液标本进行相关指标检测和流行病学调查以核实诊断;对确诊的急性乙肝病例进行HBV基因型、血清型检测.结果 58例急性乙肝病例的血标本HBV基因型分型成功, 其中C、B、I基因型分别为51例 (87.93％) 、6例 (10.34％) 、1例 (1.72％);adw2、adrq+、ayr、ayw2血清型分别为44例 (75.86％) 、10例 (17.24％) 、3例 (5.17％) 、1例 (1.72％);有家庭乙肝史、手术史、共用剃须刀或牙刷及修脚史、医学诊疗史分别占5.17％、5.17％、27.59％、8.62％.结论 云南省急性乙肝病例的HBV优势基因型为C型, 优势血清型为adw2型和adrq+型, 主要传播方式为经血传播.
-
陕西省2009～2012年肠道病毒71型VP1编码区基因特征分析
目的 对陕西省2009～2012年肠道病毒71型(Enterovirus Type 71,EV71)的分子流行病学特征进行研究.方法 采用体外逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR),对陕西省2009 ～2012年分离自手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)病例的38株EV71进行衣壳蛋白(Capsid Protein) VP1编码区基因序列扩增.通过双脱氧末端终止法(Sanger法)测序,获得VP1编码区核苷酸序列.采用软件Sequencher5.0和MEGA 5.0对序列进行生物信息学分析.结果 陕西省2009 ～ 2012年流行的EV71与C4基因型C4a分支具有高的核苷酸序列同源性,为93.4％ ～99.4％;与C4a分支代表株在亲缘性关系树上具有近的进化关系.陕西省EV71具有较高核苷酸和氨基酸序列同源性,分别为93.3％ ～ 100％(平均97.3％)和98.3％ ～ 100％(平均99.4％).但相同年代和不同年代EV71毒株间的核苷酸序列平均差异随年代逐渐增大.结论 陕西省2009 ～ 2012年流行的EV71均属于C4基因亚型C4a分支,为中国近年来流行的优势基因亚型.陕西省EV71具有较高的基因同源性,但基因多态性随着时间逐渐增大.进一步阐明EV71在陕西省的变异变迁规律,需继续开展并加强EV71的分子流行病学监测.
-
山东省2007年肠道病毒71型基因特征分析
目的 阐明引起山东省2007年手足口病(Hand-Foot-Mouth Disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Entero-virus 71,EV71)基因特征.方法 对从山东省2007年HFMD患者分离到的EV71,采用逆转录-聚合酶链反应(Re-verse Transcription Polymerase Chain Reaction,RT-PCR),进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行序列测定和分析.结果 从山东省2007年HFMD患者标本中共分离到50株E71.根据VP1部分基因核苷酸序列与EV71其它基因型和亚型参考株建立亲缘性关系树,50株病毒与C4亚型代表株聚为一簇.对其中的17个代表株进行VP1编码基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建亲缘性关系树,17个代表株与C4亚型仍然聚为一簇,与C4亚型代表株的核苷酸序列同源性为92.3%～93.8%.结论 引起山东省2007年HFMD的EV71均为C4亚型,但与中国大陆以往分离的C4亚型毒株有较大差异,提示C4亚型毒株在中国大陆传播了较长时间,有多个不同分支的C4亚型毒株曾在中国大陆流行.应加强对引起HFMD的EV71作分子流行病学监测,阐明现阶段流行的EV71基因型别和基因特征.
