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2010—2016年丽水地区肺炎克雷伯菌blaKPC基因的分子流行病学研究
目的 分析丽水地区blaKPC基因分布特征,探讨肺炎克雷伯菌blaKPC基因的分子流行病学变迁规律.方法 收集丽水市中心医院2010—2016年从临床分离的所有非重复产KPC菌株,以梅里埃VITEK 2 Compact系统鉴定菌种,MLST法分析菌株ST型,复制起始子分析法鉴定质粒类型,PCR法扩增检测转座子结构,并以二代测序技术测定质粒DNA序列进而验证blaKPC基因定位,后从菌株、质粒、转座子三个水平分析本地区blaKPC基因的流行规律.结果 共收集blaKPC基因阳性菌株125株,其中肺炎克雷伯菌111株,占88.8％,且以ST11型为主(103株).肺炎克雷伯菌中,IncF质粒阳性占48.6％,主要整合缺失型Tn1721/Tn4401嵌合体(48/54株);而未分型质粒占50.5％,主要整合野生型嵌合体(54/56株).其中,94.4％的IncF质粒阳性菌分离自2011—2014年,而后急剧减少;而76.8％的未分型质粒阳性菌分离自2014—2016年,且逐年上升.结论 ST11型肺炎克雷伯菌是丽水地区blaKPC基因的主要宿主,且携带含缺失型嵌合体的IncF质粒和野生型嵌合体的未分型质粒的菌株在2014年前后交叉流行,现以后者为主.
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我国手足口病分子流行病学及防控管理措施探讨
目的 分析汇总公开发表的"2013—2017年"间我国手足口病流行病学及病原学相关数据,浅析手足口病分子流行病学特征,为完善我国手足口病防控管理措施提供科学依据.方法 检索中国知网、万方数据库、维普网、PubMed数据库,以及中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会、世界卫生组织网站发布的2013—2017年份我国大陆地区手足口病疫情的相关监测数据,采用描述性统计学分析方法对数据进行综合整理分析.结果 2013—2017年我国手足口病发病率分别为134.37/10万、203.16/10万、145.30/10万、176.62/10万、140.46/10万;2013—2017年上半年间导致手足口病的病原主要有肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A16型(coxsackievirus A16,CA16)、CA6、CA10等,CA6已成为我国大部分地区的主要流行株.重症病例中EV71仍为主要的病原,CA6、CA10、CA16也是重要致病原;而不同年份、不同地区手足口病的优势株有所不同.结论 2016年中EV71疫苗正式上市,但目前我国手足口病尚未得到完全控制,仍需加强防控管理,并加强肠道病毒分型监测,以正确评估我国手足口病流行趋势,加快多价疫苗研发进程,以完善我国对手足口病的防控管理措施.
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青岛市2014-2016年聚集性病例中诺如病毒的分子流行病学特征
目的 了解青岛市2014-2016年聚集性腹泻病例中诺如病毒(norovirus, NoV)的分子流行病学特征.方法 收集2014年1月至2016年12月间青岛市聚集性NoV腹泻病例粪便标本,real-time RT-PCR进行NoV检测,应用RT-PCR扩增NoV ORF1和ORF2部分基因片段,并进行序列测定和系统进化分析.结果 共报告23起聚集性NoV疫情,粪便标本260份,NoV阳性128份,其中GⅠ阳性6份,GⅡ阳性122份.分成6个基因型,分别是GⅡ.P17-GⅡ.17、GⅡ.P12-GⅡ.3、 GⅡ.P7-GⅡ.6、GⅡ.P2-GⅡ.2、GⅠ.Pb-GⅠ.6和GⅡ.Pg-GⅡ.12.既有单一感染,也有混合感染.GⅡ.17单一感染11起,GⅡ.3单一感染4起, GⅡ.17和GⅡ.3混合感染3起,GⅡ.17和GⅡ.6混合感染2起,GⅠ.6单一感染1起, GⅡ.17和GⅡ.2混合感染1起,GⅡ.17和GⅡ.12混合感染1起.结论NoV是聚集性病毒性腹泻的重要病原体.青岛市2014-2016年聚集性NoV具有基因多样性.新变异株GⅡ.P17-GⅡ.17是2014-2016年青岛市聚集性NoV的主要流行株.
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大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌产生的超广谱β-内酰胺酶和质粒AmpC型β-内酰胺酶的分子流行病学研究
目的 研究北京大学第三医院分离的大肠埃希菌(E.coli)和肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae,Kpn)中超广谱β-内酰胺酶(ESBL)和质粒AmpC型β-内酰胺酶(p-AmpC)的分子流行病学特征.方法 收集2003年6月至2004年7月无重复临床分离E.coli和Kpn共293株,对其中产ESBL和/或p-AmpC的86株进行研究.采用琼脂稀释法测定抗生素低抑菌浓度;等电聚焦电泳测定β-内酰胺酶等电点;接合实验判断β-内酰胺酶基因位置和移动性;PCR及其产物测序确定基因型;ERIC/BOX-PCR判断菌株克隆性(E.coli菌株分型同时结合种系进化群PCR结果).结果 PGR产物测序结果显示:我院E.coli和Kpn中只产生ESBL、只产生p-AmpC、同时产生两种酶菌株的发生率分别是30.8%(60/195)、17.3%(17/98)、0.5%(1/195)和1.0%(1/98)、0.5%(1/195)、6.0%(6/98);E.coli中ESBL以CTX-M-14型酶为主(70.5%),Kpn中则以CTX-M-3(30.4%)、CTX-M-9(30.4%)、CTX-M-14(21.7%)常见,p-AmpC均为DHA-1型;发现blacrx-M-52(GenBank登录号DQ223685),该基因编码的β-内酰胺酶和CTX-M-3相比有两处点突变(A77V和P167S),导致对头孢他啶的水解活性比头孢噻肟高(临床株相应接合子MICCTX=16 μg/ml,MICCAz≥256 μg/ml).产酶株多数呈多重耐药,对美罗培南敏感.E.coli种系进化群D群以一个克隆株为主,而Kpn则以两个克隆株常见.结论 我院存在分别或同时产生ESBL和p-AmpC酶的E.coli和Kpn,相应常见酶型分别是CTX-M型和DHA型,菌株间呈一定程度的同源性.应对产生两类酶的菌株进行持续的表型监测和深入的机制研究.
关键词： 耐药 分子流行病学 超广谱β-内酰胺酶 AmC型β-内酰胺酶 克隆性 -
脉冲场凝胶电泳应用于医院感染阴沟肠杆菌的分子流行病学
目的建立一种快速、可靠和准确的分子分型方法来研究医院感染阴沟肠杆菌分子流行病学。方法利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）结合低频限制性内切酶技术对阴沟肠杆菌染色体DNA进行分析。细菌包埋在低熔点琼脂糖中，经染色体DNA的原位纯化后，用低频限制性内切酶XbaⅠ进行染色体DNA的原位消化。使用PFGE对限制性酶切片段分离。通过对染色体DNA限制性内切酶谱比较，确定菌株亲缘关系。结果 28株医院感染阴沟肠杆菌呈17种克隆的多克隆构成。1998年1月至6月未曾发生阴沟肠杆菌医院感染的大规模暴发流行，但在3月5日到5月15日间有2次小型的克隆传播，即A、B克隆，分别都涉及5株菌。结论 PFGE具有分辨力高、重复性好的特点，是微生物实验室调查阴沟肠杆菌分子流行病学较好的方法。
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重症监护病房鲍曼不动杆菌爆发感染的分子流行病学调查研究
目的 对重症监护病房(ICU) 鲍曼不动杆菌(Ab)的爆发感染分子流行病学进行研究,并为临床防治Ab感染提供依据.方法 对ICU集中检出的鲍曼不动杆菌的耐药情况耐药情况进行分析,收集流行病学资料,采用脉冲场凝胶电泳技术对收集菌株进行基因分型.结果 2011年10月从ICU患者连续检出鲍曼不动杆菌7株,同时从ICU呼吸机和床单上、床头柜检出鲍曼不动杆菌3株,有9株鲍曼不动杆菌的耐药表型和基因型基本一样.患者鲍曼不动杆菌检出标本来自呼吸道,对常用抗生素普遍耐药,耐药率达到90%.结论 重症监护室由同一株鲍曼不动杆菌引起爆发感染,对临床常用抗菌药物普遍耐药,对碳氢霉烯类的耐药率有显著上升,应引起高度重视,同时采用必要措施切断传播流行.
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TNF-α介导的凋亡相关基因SNP与宫颈癌发生的分子流行病学研究
目的 研究肿瘤坏死因子α(TNF-α)介导的凋亡相关基因SNP与宫颈癌发生的相关性.方法 统计分析2011年4月至2016年4月收治的宫颈癌患者792例的临床资料.另选取878名健康女性作为对照组,对比观察两组的初产年龄、处于绝经前比率、体重指数(BMI)和SNP基因型频率,分析SNP位点基因型TNFAIP8-rs11064、IL6-rs2069837与宫颈癌发生的相关性.结果 宫颈癌组患者的初产年龄≤24岁比率显著高于对照组(P<0.05),处于绝经前比率显著高于对照组(P<0.05),BMI<25比率显著高于对照组(P<0.05),≥25比率显著低于对照组(P<0.05);SNP位点基因型TNFAIP8-rs11064、IL6-rs2069837与宫颈癌发生显著相关(P<0.05).结论 宫颈癌的发生与初产年龄、处于绝经前状态、体重指数有关;TNF-α介导的凋亡相关基因SNP与宫颈癌发生具有相关性,该通路相关基因-基因、基因-环境有交互作用存在.
关键词： 宫颈癌 分子流行病学 TNF-α介导的凋亡相关基因SNP -
广东韶关地区异常血红蛋白的分子流行病学调查
目的：调查广东韶关地区异常血红蛋白（hemoglobin， Hb）的分子流行病学特点。方法对2011年11月至2012年5月来我院就诊的9731例调查对象进行血细胞分析和Hb电泳筛查，对电泳异常标本进行基因测序。结果共发现45例异常Hb患者，发生率为0．46％，其中E区带7例，G/D区带9例，J区带7例，K区带6例，Q区带16例。基因测序结果显示，α珠蛋白基因变异25例，基因频率为1．285×10-3，β珠蛋白基因变异20例，基因频率为1．028×10-3；发现9种异常Hb类型，包括Hb Q-Thailand 16例，HbE 7例，Hb G-Chinese 6例，Hb New York 6例，Hb G-Coushatta 3例，Hb J-Bangkok 3例，Hb J-Broussais 2例， Hb Ottawa 1例，Hb G-Taipei 1例。结论韶关地区的异常Hb的发生率高于全国平均水平，异常Hb的基因类型及分布体现出客家人群特有的南方人群和北方人群交汇融合的特点。
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重症监护病房洋葱伯克霍尔德菌爆发感染的分子流行病学分析
目的 分析重症监护病房(ICU)分离的洋葱伯克霍尔德菌耐药性和分子流行病学特点. 方法 对2012年12月至2013年2月金华市中心医院ICU患者分离出的13株洋葱伯克霍尔德菌进行耐药性分析,同时应用聚合酶链反应法进行recA基因检测,扩增产物进行测序并通过基于局部比对算法的搜索工具(BLAST)进行同源性比对.结果 ICU分离的13株洋葱伯克霍尔德菌耐药模式完全一致,除头孢他啶、头孢吡肟、哌拉西林/他唑巴坦、复方新诺明外,洋葱伯克霍尔德菌对氨苄西林、氨曲南、头孢唑林、头孢曲松、头孢替坦、亚胺培南、氨苄西林/舒巴坦、阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、呋喃妥因等13种常用抗菌药物均表现为耐药.测序结果显示:ICU来源的13株菌株均为同一基因型(Ⅲ型基因),同源性100％;BLAST比对显示,13株菌株recA基因序列与GenBank中洋葱伯克霍尔德菌recA基因序列片段的同源性为99％. 结论 本院ICU洋葱伯克霍尔德菌爆发感染为同一基因型克隆株所致,该克隆菌株对常用抗菌药物的耐药性强,应用分子流行病学技术追溯其来源对感染的控制和治疗具有重要意义.
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上海市部分地区儿童A群链球菌感染分子流行病学及药物敏感性分析
目的探讨上海市梅陇地区儿童A群链球菌(GAS)感染的流行状况及药物敏感性,为临床防治提供依据.方法回顾性研究.对2014年5月至2015年4月期间上海市徐汇区大华医院儿科患者咽拭子标本1069例中分离培养的A群链球菌,使用分子生物学方法对菌株进行emm、MLST和PFGE等流行病学分型和进化分析,并使用K-B法对部分菌株进行药敏试验.分析不同季节、不同年龄人群的GAS感染特征、流行趋势和药物敏感性.结果共检出274株A群链球菌,阳性率为25.63％.Emm分型中主要流行株为emm1型(38.83％)、emm12型(52.75％),其他emm型别合计占8.42％.MLST分型主要为ST-28、ST-36和ST-49.Emm分型、MLST和PFGE分子分型结果密切相关,其中emm1/ST-28、emm12/ST-36、emm75/ST-49等相互关联,相同的emm分型大多为PFGE分型的同一簇.本研究期间GAS感染的人群在3～13岁之间,6～11岁为高发年龄.GAS感染的高峰时间为2014年5至6月、2014年11月至2015年1月和2015年4月.该地区A群链球菌对青霉素、氨苄青霉素等β内酰胺类抗生素和左氧氟沙星、万古霉素、利奈唑胺敏感性为100％,克林霉素、红霉素和四环素的耐药率大于95％.结论上海市梅陇地区GAS感染分型以emm12型为主,感染患者年龄主要在6～11岁,流行季节主要为冬春、初夏,β内酰胺类抗生素为首选抗菌药物.
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上海地区成人患者肺炎链球菌分子流行病学的分析
目的 研究上海地区成人患者分离的肺炎链球菌耐药、克隆分型、血清分型、毒力因子携带及生物膜形成等分子特征,为感染控制及治疗提供临床流行病学信息.方法 收集2011年1月至2013年12月上海华山医院37株来自门诊和住院成人患者感染分离的非重复肺炎链球菌,用K-B纸片法或E-test法测定对9种常用抗生素(青霉素、万古霉素、红霉素、克林霉素、左氧氟沙星、头孢丙烯、头孢曲松、头孢噻肟、利奈唑胺)的敏感性;用PCR与肺炎链球菌荚膜型血清凝集法确定血清型;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法分析不同血清型菌株的基因组特征;采用多位点序列分型(MLST)方法进行克隆分型;采用半定量生物膜形成试验分析其生物膜形成.PCR和凝胶电泳法检测10个主要肺炎链球菌的毒力基因(cbpA、pspA、cps2A、lytA、nanA、pavA、piaA、ply、psaA、spxB).采用Stata统计软件用Fisher's exact test进行相关性统计.结果 37株肺炎链球菌主要血清型包括19F(13.5％),23F(13.5％),14(10.8％),19A(10.8％),青霉素耐药的肺炎链球菌(PRSP)占64.9％.血清型19F、19A、23F与青霉素耐药有明显相关(x2 =5.89,P=0.015)并且都是多重耐药菌(MDR).克隆分型呈多态性,ST81、ST271对包括青霉素在内的抗生素耐药率较高(x2=4.57,P=0.033).生物膜阳性与血清型19A(x2=5.55,P=0.018)、克隆型ST320(x2=4.33,P=0.037)有明显相关,与青霉素耐药等没有明显相关(x2 =0.16,P=0.686).毒力基因检测中lytA、pavA、ply、psaA、spxB均阳性.结论 成人肺炎链球菌青霉素耐药率呈上升趋势.特定的血清型、流行克隆分型与抗生素耐药密切相关,为感染控制提供依据.毒力因子PspA等将是未来研制新型疫苗降低肺炎链球菌感染的新型靶标.
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新生儿无乳链球菌医院感染的分子流行病学研究
目的 探讨临床引起新生儿血流感染无乳链球菌的分子流行特征,以及致病菌与黏附相关的毒力基因.方法 对分离自医院产科病房的6株无乳链球菌(其中4株分离自新生儿血液,2株分离自患儿母亲的阴道分泌物)采用纸片扩散法进行药敏试验;通过多位点序列分型(MLST)和脉冲电场凝胶电泳分型(PFGE),分析各菌株之间的亲缘关系;应用PCR方法检测其主要介导黏附相关的毒力基因,并进行荚膜多糖基因分型.结果 6株无乳链球菌其中编号7/13/37/66的4株无乳链球菌的药敏结果一致;而编号142/158的药敏结果一致.MLST分型结果显示菌株7/13/37/66的ST分型相同,均为ST-12,而菌株142/158则为ST-19.PFGE结果表明6株无乳链球菌中编号7/13/37/66的4株为同一克隆型,142/158为另一克隆型.编号7/13/37/66的4株菌为荚膜多糖基因型Ⅰb,编号142/158则为荚膜多糖基因型Ⅲ.编号7/13/37/66的4株菌含有bac、bca和alp2/3基因,编号142/158则含有ε基因;6株菌都含有PI-1和PI-2a基因.结论 本研究新生儿血流感染的无乳链球菌中,既存在着母婴垂直传播,又存在着克隆传播,可能为院内感染.6株无乳链球菌皆含有黏附相关的致病基因,可能在菌株的黏附和播散方面发挥着作用.医院应加强孕妇产前无乳链球菌的筛查以及医院感染的控制.
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天津市婴幼儿诺如病毒感染的分子流行病学检测及分析
人类诺如病毒属于杯状病毒,是引起病毒性腹泻常见的病原体之一.1972年首先由美国科学家Kapikian等[1]通过对1968年美国诺瓦克地区一所学校胃肠炎暴发疫情中患者的粪便标本进行检测而发现,并在当时以发现地命名为诺瓦克病毒.主要侵犯学龄儿童和成人,常引起家庭和社区急性胃肠炎暴发.为了解天津地区婴幼儿诺如病毒感染腹泻情况,我们选取部分腹泻患儿的粪便标本进行诺如病毒的检测.
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高分辨熔解曲线分析技术检测α-地中海贫血常见三种点突变
α-地中海贫血(简称α-地贫)是由于α珠蛋白基因缺失(缺失型)或点突变(非缺失型)导致α珠蛋白肽链合成减少或完全不合成而引起的一种溶血性贫血,呈常染色体隐性遗传.我国长江以南为高发区,其中广西、广东和海南发病率高.新的广东省大样本分子流行病学调查显示,α-地贫携带者频率约为8.53％[1].我国常见的3种缺失型突变为--SEA、-α 3.7和-α4.2,常见的3种非缺失型突变为Hb Constant Spring (Hb CS)、Hb Quong Sze (Hb QS)和Hb Westmead( Hb WS).这3种点突变都位于α2珠蛋白基因第3外显子,由于α2珠蛋白基因比α1珠蛋白基因在珠蛋白合成中具有更重要的功能,因此非缺失型α-地贫突变所引起的功能缺陷往往比缺失型更为严重[2].特别是当合并α0-地贫(即--SEA)时,非缺失型Hb H病的临床表现往往重于缺失型Hb H病[2].因此,在临床实践中,对非缺失型α-地贫的明确诊断亦十分重要.
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多重耐药不动杆菌临床菌株中整合子的基因分析
多重耐药质粒的演变与抗菌药物耐药决定子特定位点的整合子有关.根据整合酶的不同有4类整合子,临床分离株中常见1类整合子.本研究是检测多重耐药不动杆菌分离株中1类、2类整合子的情况,以调查不动杆菌的分子流行病学.
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PCR-焦磷酸测序法快速检测和鉴定临床常见致病菌的研究
焦磷酸测序(Pyrosequecing)技术为近年新一代短片段DNA序列分析技术.国外主要用于分子流行病学的单个核苷酸多态性位点大容量快速检测[1]和临床微生物菌种鉴定与分型[2-3],但国内尚未开展.本研究用该技术对针对不同细菌的独特分子标志,设计基于PCR技术的快速菌种鉴定方法,以提供从分子水平快速鉴定菌种的新的可靠方法.
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现代分子生物学技术在病原微生物快速诊断中的应用
21世纪是以分子生物学为代表的生命科学的时代.近年来发展起来的分子生物学基因诊断技术在医学、遗传学、法医学、生物学等各个领域广泛应用,推动着现代医学由细胞水平向分子水平、基因水平发展,形成了分子细胞学、分子肿瘤学、分子遗传学、分子微生物学、分子免疫学和分子流行病学等新学科.许多微生物学工作者把微生物的基因分型广泛应用于微生物学的研究:包括分类学、微生物进化的动力、系统发育的相互关系,以及微生物在人群中的传播等各个方面,都可通过基因分型加以鉴别.同时可为传染病的流行病学调查、基因的多样性、微生物的生物学特性、微生物的致病性和药物的耐受性、微生物的生物降解能力,核酸分子的多样性等各个方面提供了基础信息[1].现就分子生物学基因诊断技术在病原微生物快速诊断中应用作一简要概述.
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HIV分型的分子流行病学和临床意义
HIV在病毒分类中属逆转录病毒科慢病毒属中的人类免疫缺陷病毒组.由于以下4个方面的原因其基因有很高的变异特征,①高错误率的逆转录酶,其复制时,不能及时切除错误引入的核苷酸,约每个复制循环中就会发生一个错误使病毒复制时发生随机变异;②病毒快速的复制,估计每天一个HIV感染者要产生并清除100亿个病毒颗粒;③宿主的免疫选择作用,在宿主免疫压力的作用下,使能激发宿主细胞或体液免疫的基因组的变异高于其他部位,如gp120 V3环高变区;④不同病毒株DNA之间的基因重组.迄今为止,全球流行的HIV根据血清学反应和病毒核酸序列测定可分为二型,HIV-1型和HIV-2型.
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HIV-1阳性配偶/固定性伴的分子流行病学研究进展
在HIV-1的传播中，异性性传播逐渐成为主要的传播途径。配偶/固定性伴间的HIV-1传播越来越受研究者的关注。本综述阐述了国内外HIV-1阳性配偶/固定性伴人群的HIV-1感染情况以及亚型流行特征，同时总结了现有针对该人群的干预措施，为HIV-1防控策略的制定提供一定的参考。
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福建西北林区人单核细胞埃立克体病分子流行病学调查研究
[摘要]目的 了解福建西北林区人单核细胞埃立克体病的存在情况.方法 评价以查菲埃立克体16S rRNA基因序列高变区构建引物进行的半套式PCR的敏感性和特异性,并用此种半套式PCR技术检测从福建武夷山市和宁化县采集的蜱类、野生动物内脏和血液及人群血液标本中的查菲埃立克体DNA,对有代表性的阳性标本的扩增产物进行克隆和序列测定,并与GenBank中注册的核苷酸序列进行同源性比较.
