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云南省德钦县犬感染嗜吞噬细胞无形体的调查
目的 了解云南省德钦县犬感染嗜吞噬细胞无形体的状况.方法 对2013-2014年期间在德钦县采集的315份犬血标本,应用巢式聚合酶链反应进行嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因扩增和测序分析,并将所测序列与GenBank中注册的基因序列进行同源性和进化树分析.结果 315份犬血样本中共有18份扩增到目的片段,总阳性率为5.71％(18/315),其中中华田园犬的阳性率为7.14％(12/168),藏犬的阳性率为5.13％(4/78),哈巴犬的阳性率为2.99％(2/67),狼犬中未检出HGA.所检出的嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因与GenBank中收录的部分嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因序列的同源性高达99％～ 100％.进化树分析结果显示,当地无形体分为2类流行株,将其命名为Yunnan HGA1和Yunnan HGA2,分别占检出菌株的16.67％和83.33％.Yunnan HGA1与在乌拉圭、西伯利亚和远东地区发现的全沟硬蜱中检测到的无形体片段(HM366583)同源性为100％,Yunnan HGA2与加拿大发现的肩突硬蜱中检测到的无形体片段(HG916766)同源性为99％.结论 云南省德钦地区犬存在嗜吞噬细胞无形体的感染,进一步开展相应媒介、宿主及人群感染调查十分必要.
关键词： 犬 16S rRNA基因 嗜吞噬细胞无形体 -
聚合酶链式反应-变性高效液相色谱法检测5种食源性致病菌
目的 建立聚合酶链式反应与变性高效液相色谱(polymerase chain reaction-denaturing high-performance liquid chromatography,PCR-DHPLC)相结合的方法,快速检测5种食源性致病菌(沙门菌、副溶血性弧菌、福氏志贺菌、大肠埃希菌O157:H7和单核细胞增生李斯特菌).方法 针对16S rRNA基因保守区设计引物,PCR 扩增产物用变性高效液相色谱仪检测,并进行敏感性、特异性、检出率等指标测定.结果 柱温61.4℃时,5种致病菌PCR产物分别呈现特异DHPLC色谱图,保留时间均为7 min左右.对沙门菌、副溶血性弧菌和单核细胞增生李斯特菌检出限均为5～10 CFU/ml,福氏志贺菌和大肠埃希菌O157:H7均为1～5 CFU/ml.对83株目的分离株的检出符合率为100%,38株非目的分离株检测均为阴性;对人工污染食品中的5种致病菌均可正确检出.结论 该PCRDHPLC方法具有较高的敏感性和特异性,可用于食品中5种食源性致病菌的高通量快速检测.
关键词： 变性高效液相色谱 聚合酶链式反应 食源性致病菌 16S rRNA基因 -
江苏省男性HIV感染者梨支原体16S rRNA基因片段序列分析
目的 了解梨支原体(Mpi)在男性HIV感染者中的流行情况,复核鉴定部分Mpi 16S rRNA基因片段序列.方法 以江苏省男性HIV/AIDS为研究对象,采集其首段尿,用巢式PCR法检测Mpi,并描述该人群中Mpi的感染情况.纯化PCR产物进行Mpi 16S rRNA基因片段序列测定,采用Mega 4.0软件的多序列排列程序对支原体临床株和下载序列进行同源位排列、比对,利用Neighbor-Joining构建系统发育树.将Mpi的pl基因序列信息输入Vector NTI Advance 11.0软件进行分析,并推算其编码的氨基酸序列,将推断出的理论氨基酸序列与其他支原体pl全序列进行同源性分析.结果 Mpi总感染率为21.5％.18株临床分离株几乎全部汇聚为一个分支,相似度＞90％,且与实验室保存Mpi标准株在同一分支,Mpi的pl蛋白与穿通支原体HF-2同源关系较近.结论 Mpi的感染率与以往调查结果相比明显增高,且临床分离株具有较高同源性.
关键词： 梨支原体 HIV感染者和艾滋病患者 p1基因 16S rRNA基因 -
东北林区鼠类粒细胞埃立克体感染的调查
目的 了解东北林区啮齿动物感染粒细胞埃立克体病原体的情况.方法 运用聚合酶链反应方法对吉林、黑龙江、内蒙古林区采集的啮齿动物标本粒细胞埃立克体的16S rRNA和gltA基因片段进行检测并测序,将所测序列与GenBank中注册的基因序列进行比较分析.结果 共检测鼠标本276份,其中吉林长白山林区102份,黑龙江小兴安岭林区61份,内蒙古大兴安岭林区113份,阳性率分别为8.82%、1.64%及0.00%.体表有寄生蜱的鼠感染危险性是体表无寄生蜱鼠的11.30倍(P=0.002).吉林、黑龙江林区鼠标本及其寄生蜱标本16S rRNA基因序列完全相同,与美国、瑞典、日本等国家检出的粒细胞埃立克体对应序列的同源性为97%～99%.gltA基因核苷酸序列与GenBank注册的相应片段比较相似性为87%～97%,推导的氨基酸序列相似性为84%～99%.结论 吉林及黑龙江林区存在粒细胞埃立克体宿主动物感染.
关键词： 粒细胞埃立克体 宿主动物 16S rRNA基因 gltA基因 -
中国西南横断山区小型兽类嗜吞噬细胞无形体基因的检测及序列测定
目的 了解中国西南横断山区小型兽类自然感染嗜吞噬细胞无形体的情况.方法 采集位于滇西北横断山区的高黎贡山山脉、香格里拉雪山等山地(海拔1000～4500m)林区的小型兽类脏器标本以低温保存和运输,所获标本在实验室应用聚合酶链反应(PCR)方法对嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因和Msp4基因片段进行扩增测序,并将所测序列与GenBank中注册的基因序列进行相似性比较.结果 共检测小型兽类5目18属35种共436只,从6属11种小型兽类中发现阳性标本32份,总阳性率为7.34%.其中,高黎贡山林区检测小型兽类标本25种301只,阳性26份,阳性率为8.64%(26/301);香格里拉雪山等林区检测小型兽类标本19种135只,阳性6份,阳性率为4.44%(6/135);阳性标本绝大部分发现于小型兽类中的啮齿类动物.序列比较分析表明:不同小型兽类间的16S rRNA基因序列相似性为99%～100%,且与吉林野鼠中检测的无形体相对应片段(GenBank:DQ449948)相近,相似性达99%～100%.对其Msp4基因核苷酸序列进一步分析发现与GenBank中相应片段相似性为95%～97%,提示中国西南横断山区小型兽类所感染无形体株变异较大.结论 首次证实和发现中国西南横断山区6属11种小型兽类自然感染嗜吞噬细胞无形体,其中啮齿类动物可能是这一地区嗜吞噬细胞无形体的主要宿主.
关键词： 嗜吞噬细胞无形体 16S rRNA基因 Msp4基因 小型兽类 -
微生物分类单元聚类算法比较研究
目的 随着高通量测序技术的发展,产生了大量的微生物16S rRNA基因序列数据.对该数据进行精确的微生物操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,有助于了解环境中微生物的种群组成及分布.方法 本文在真实数据集与模拟数据集上,对现有的7种流行OTU单元聚类算法进行了对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 序列长度、测序深度对聚类结果均有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,其中CROP算法的鲁棒性和抗噪性较好.
关键词： 聚类 操作分类单元 16S rRNA基因 微生物 -
荧光定量PCR检测查菲埃立克体
依据查菲埃立克体16S rRNA基因序列设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,以克隆的查菲埃立克体16S rRNA基因片段作DNA模板,建立实时荧光定量PCR检测方法.与套式PCR相比较,荧光定量PCR检测的灵敏度是其30倍;用荧光定量PCR检测其他相关立克次体和细菌DNA样本,检出结果为0;对荧光定量PCR检测重复性进行分析,变异系数(CV)批内和批间误差在0.2%～2.0%之间.结果证明本研究建立的荧光定量PCR方法具有种特异性和良好的重复性,可用于检测感染样本中的微量查菲埃立克体DNA.
关键词： 查菲埃立克体 实时荧光定量PCR 16S rRNA基因 埃立克体感染 -
建立16S rRNA基因聚合酶链反应方法快速检测脑膜炎奈瑟菌
目的 建立以16S rRNA基因为靶基因的聚合酶链反应(PCR)方法.用于快速检测脑膜炎奈瑟菌.方法 根据GenBank公布的奈瑟菌属16S rRNA基因序列,使用DNAstar软件设计引物,应用PCR方法特异检测脑膜炎奈瑟菌,对部分菌株结合16S rRNA基因测序和APIRNH生化鉴定系统以验证该方法的准确性,同时与文献报道的检测脑膜炎奈瑟菌crgA-PCR方法进行比较.结果 16S rRNA-PCR与crgA-PCR方法检测脑膜炎奈瑟菌阳性预测值皆为100%,阴性预测值分别为100%和46.94%,假阳性率分别为0%和36.73%,假阴性率皆为0%.约登指数分别为1和0.47.对188名健康儿童咽拭子杂菌DNA应用16S rRNA-PCR和crgA-PCR方法检测脑膜炎奈瑟菌.检测阳性率分别为18.62%(35/188)和15.96%(30/188).两者同时检测到脑膜炎奈瑟菌的标本为7.98%(15/188).结论 16SrRNA-PCR方法特异、敏感、快速,可用于脑膜炎奈瑟菌的快速检测与鉴定.
关键词： 16S rRNA基因 脑膜炎奈瑟菌 聚合酶链反应 -
1株福氏志贺氏菌分离株的16S rRNA基因序列分析
目的 对青海省1株经传统方法初步鉴定为福氏志贺氏菌的分离株(GH24)从16S rRNA基因水平做进一步分类与鉴定.方法 采用PCR方法扩增菌株GH24的16S rRNA基因并测序,将所得序列在GenBank、MicroSEQ ID和RDP数据库中进行同源性分析；利用ClustalX 1.83和Mega 5.0软件分析GH24与志贺氏菌属代表菌株间的进化关系.结果 GH24的16S rRNA基因序列长度为1 453 bp,在GenBank中与志贺氏菌属细菌同源性高,为99％；在MicroSEQ ID和RDP数据库中与福氏志贺菌的同源性高,为99.91％和100％.与志贺氏菌属代表菌株的多序列比较,GH24与福氏志贺氏菌的同源性为99.7％～99.4％,与其他志贺氏菌的同源性为99.2％～96.7％.系统发生树显示,GH24与福氏志贺氏菌属于同一进化分支.结论 运用16S rRNA基因序列分析鉴定分离株GH24为福氏志贺菌.该方法快速,结果可靠.
关键词： 福氏志贺氏菌 16S rRNA基因 序列分析 细菌鉴定 -
骨科患者感染鲍曼不动杆菌16S rRNA基因分布检测及耐药性分析
目的 检测骨科患者感染鲍曼不动杆菌16S rRNA基因分布情况,分析菌株耐药性,为有效的临床治疗提供指导. 方法 收集骨科患者临床送检标本,分离并鉴定鲍曼不动杆菌,PCR法进行菌株16S rRNA基因的检测,K-B法分析菌株耐药性. 结果 48株鲍曼不动杆菌临床分离株对氨基糖苷类抗菌药物阿米卡星、链霉素、庆大霉素、妥布霉素、卡那霉素的耐药率分别为12.50％、56.25％、43.75％、47.92％和27.08％,对链霉素的耐药率高.对鲍曼不动杆菌的armA基因、rmtA基因、rrntB基因、rmtC基因、rmtD基因以及nmpA基因均进行了检测,仅检出armA基因.armA基因片段大小为590 bp,且该基因阳性率为100.00％. 结论 骨科患者感染鲍曼不动杆菌对常用氨基糖苷类药物产生了一定程度的耐药性,armA的存在可能与菌株耐药性产生存在关系.
关键词： 骨科患者 鲍曼不动杆菌 16S rRNA基因 耐药性 -
2010-2011年我国东北林区蜱中嗜吞噬细胞无形体的感染情况调查
目的 调查我国东北林区蜱标本中嗜吞噬细胞无形体的感染情况.方法 2010-2011年在东北林区采集蜱标本,用聚合酶链反应方法扩增gltA基因片段,分析东北林区蜱中无形体的感染情况,代表阳性片段联用长片段16S rRNA进行扩增测序确认；并将所得序列与GenBank中已注册的序列进行比对分析.结果 共检测蜱2293只,其中2010年1161只,阳性率4.91％,2011年1132只,阳性率4.24％,2年的感染率差异无统计学意义(x2=0.373,P=0.830；x2=1.789,P=0.409).全沟硬蜱阳性率4.86％(91/1872),长角血蜱为3.41％(14/411),森林革蜱为0(0/10),3个蜱种的感染率差异无统计学意义(P＞0.05).测得的gltA序列中,NE-gltA-1与Hc346株(GenBank:GU935788)相似,仅差2 bp,相似性99％；NE-gltA-2与MDJ-Ip92株(HQ396224)序列一致,相似性100％.与2个序列相似性远的是ZJ-HGA-72株(DQ458811),相差53 bp,相似性84％.测得的16S rRNA序列与我国从东北鼠源分离株China-C-Tt(GQ412339)接近,相似性为99％,与Florida株(AF309867)相似性远,相似性97％.结论 我国东北林区蜱中普遍存在嗜吞噬细胞无形体的感染,全沟硬蜱和长角血蜱可能为无形体的媒介宿主.
关键词： 嗜吞噬细胞无形体 蜱 16S rRNA基因 gltA基因 -
应用半巢式PCR检测我国北方一些蜱种中的查菲埃立克体
目的:了解我国北方一些蜱种中是否携带查菲埃立克体(Ehrlichia chaffeensis,简写为EC).方法:应用半巢式PCR检测蜱的带菌率, 利用16S rRNA基因测序方法鉴定所测序列.结果:从内蒙古莫尔道嘎林业局采集的全沟硬蜱和森林革蜱中扩增出查菲埃立克体的16S rRNA基因,阳性率分别是39.06%和10.00%;并从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中也测到相同的序列,小阳性率分别为5.79%和1.67%.对莫尔道嘎采集的蜱标本进行1 220bp的EC16S rRNA基因分析,结果与美国1株查菲埃立克体 (GenBank U23503) 的相应序列只差1个碱基.结论:所使用的两套半巢式PCR扩增引物,可以简便快速地检测和分析蜱标本中可能存在的EC.
关键词： 半巢式PCR 查菲埃立克体 蜱 16S rRNA基因 -
新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱形态学及分子生物学鉴定
目的 对新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱进行形态学和分子生物学鉴定.方法 在新疆边境地区的伊宁县随机采集畜牧体表寄生蜱324只,进行形态学初步筛选,从中选取6只形态差异较大的图兰扇头蜱,进行线粒体16S rRNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (CO Ⅰ)基因序列扩增、测序,并与GenBank登录的图兰扇头蜱参考序列进行遗传进化分析.结果 形态学鉴定采集的伊宁县蜱类皆为图兰扇头蜱,两段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16SrRNA基因为73.8％,CO Ⅰ基因为70.34％),在变异程度上16S rRNA基因较CO Ⅰ基因明显保守.结论 首次应用形态学、16S rRNA和CO Ⅰ基因测序分析表明新疆伊宁县采集蜱皆为图兰扇头蜱,并证明图兰扇头蜱具有生物多样性.
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玉树地震受伤患者伤口感染梭状芽胞杆菌培养鉴定分析
目的:了解玉树地震受伤患者伤口感染梭状芽胞杆菌情况,为临床诊治及突发公共卫生灾害细菌的感染救治提供参考依据.方法:3例伤口感染的地震受伤患者入院时立即采集伤口分泌物进行细菌厌氧和需氧培养,并采用ATB自动微生物分析仪进行细菌鉴定;鉴定出的梭状芽胞杆菌菌株经PCR扩增细菌16S rRNA基因,DNA测序分析,进一步确定细菌种类.结果:3份标本经自动微生物分析仪鉴定出1株产气荚膜梭菌,4株疑似梭状芽胞杆菌;PCR扩增显示5株菌均出现目的 大小条带;测序证实5株菌有1株为产气荚膜梭菌,另4株为需氧芽胞杆菌属细菌.结论:自动微生物分析仪鉴定和细菌16S rRNA基因测序分析联合应用可快速、准确为临床提供诊治和预防控制信息.
关键词： 伤口 梭状芽胞杆菌 16S rRNA基因 DNA测序 -
医院供水系统快速生长分枝杆菌污染的调查
目的：了解某医院供水系统快速生长分枝杆菌（RGM ）污染的状况，为医院水源性感染预防和控制提供依据。方法采集2011年9月某医院部分供水系统（水龙头）水样，过滤后接种7H10培养基培养；疑似菌落经抗酸染色和PCR检测 hsp65基因确认为分枝杆菌属后，通过16S rRNA基因测序和基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱（M S ）鉴定方法进行菌种鉴定。结果共采集66份水样，有62份水样培养出RGM ，检出率为93．9％；通过16S rR N A基因测序鉴定，62株RGM 中以脓肿分枝杆菌为主49株占79．0％，其次依次为马德里分枝杆菌占6．5％、马西利亚分枝杆菌占3．2％和黏液分枝杆菌占3．2％等，各采样点之间RGM 检出率差异无统计学意义；与测序方法相比，60株RGM经M S鉴定至属水平，符合率达96．8％；49株RGM 鉴定至种或复合群水平，符合率为79．0％。结论医院供水系统RGM污染严重，部分菌株可能成为医院感染的潜在威胁；M S可用于供水系统中RGM的快速鉴定。
关键词： 分枝杆菌属 供水系统 16S rRNA基因 -
PCR技术在前列腺液细菌检测中的应用
目的 应用聚合酶链反应(PCR)技术检测慢性前列腺炎患者前列腺液中病原菌的阳性率.方法 收集97例慢性前列腺炎患者的前列腺液,分别用16S rRNA基因PCR方法和细菌培养法进行检测,比较两种方法检测 病原菌的敏感性.结果 97例慢性前列腺炎患者前列腺液中,PCR方法检测出58例,阳性率为59.79％,培养法检出10例,阳性率为10.31％,PCR方法检出率明显高于培养法(P＜0.01).结论 16S rRNA基因PCR检测方法具有快速,特异性和敏感性高等特点.
关键词： 聚合酶链反应技术 慢性前列腺炎 16S rRNA基因 -
16S rRNA全基因序列分析鉴定我国南方蜱中单核细胞埃立克体
目的:测定蜱中单核细胞埃立克体的16S rRNA全基因序列,鉴定病原菌.方法:应用从16S rRNA基因构建的特异和通用引物进行PCR,从越原蜱标本中分段扩增查菲埃立克体DNA,进行克隆和序列测定;将其连成完整序列与埃立克体族中其他微生物进行同源性比较,并以相等数量定位碱基的核苷酸序列进行遗传发育分析.结果:测定序列全长1 463 bp,与美国查菲埃立克体分离株的16S rRNA基因序列相差6个核苷酸,同源性为99.6%,遗传发育分析两者无明显差异;与犬埃立克体、尤氏埃立克体、小鼠埃立克体的同源性为97.5%～98.0%,属于同一个基因群;与其他埃立克体种的同源性为83.0%～92.9%.结论:首次报道了我国南方蜱中埃立克体的16S rRNA全序列,确定了其分类位置,为进一步开展疫源地调查奠定了基础.
关键词： 单核细胞埃立克体 16S rRNA基因 遗传发育分析 蜱 -
应用16S rRNA基因序列分析快速鉴定临床标本中的革兰氏阳性杆菌
目的 探索一种快速鉴定临床标本中革兰氏阳性杆菌的方法.方法 利用PCR技术扩增待检菌株的16S rRNA基因序列,通过分析待检菌株的16 S rRNA基因序列对其进行鉴定.结果 5株待检菌株的16S rRNA基因序列均成功扩增,其中4株的16S rRNA基因序列与基因库中已注册的核酸序列相似率达99.9％以上,将其鉴定到种的水平,1株的16S rRNA基因序列与基因库中雷弗森菌属的核酸序列相似率为97.09％,将其鉴定为雷弗森菌属.结论 应用16S rRNA基因序列分析可快速、准确地鉴定临床标本中的革兰氏阳性杆菌.
关键词： 16S rRNA基因 细菌鉴定 革兰氏阳性杆菌 -
CAR菌TaqMan MGB探针法实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用
目的 建立特异、敏感、快速检测CAR菌的TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法.方法 针对CAR菌16S rRNA基因序列设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性.对2008～2012年期间采集的1344份临床标本中的CAR菌进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照.结果 CAR菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肺炎支原体、侵肺巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、肺炎链球菌间无交叉反应,检测灵敏度达2.7拷贝.标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.22,TaqMan MGB探针荧光定量PCR效率为104.432％.对1344份标本进行检测,结果 TaqMan MGB探针荧光定量PCR检出510份CAR菌阳性样本.TaqMan MGB探针荧光定量PCR能够直接从标本中检出CAR菌DNA,检测时间仅为40 min.结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有可靠、特异、敏感的特点,适用于CAR菌的快速检测.
关键词： CAR菌 16S rRNA基因 小沟结合物探针 实时荧光定量PCR 快速检测 -
外阴阴道假丝酵母菌病患者阴道乳杆菌的多样性研究
目的 研究外阴阴道假丝酵母菌病(VVC)患者阴道内乳杆菌的种类以及各菌种在VVC患者阴道微环境中的分布特点.方法 对象为2014年1月1日至10月1日就诊于北京医院妇科的女患者及在北京医院体检中心进行健康查体的女性,共154人,其中诊断VVC的患者62例,无自觉症状、无明确病史、微生态正常的女性92例.应用种特异性PCR技术分析14个常见阴道乳杆菌菌种的检出率.结果 VVC女性阴道中各菌种分布为:惰性乳杆菌(6.5％)、卷曲乳杆菌(79.0％)、加氏乳杆菌(37.1％)、詹氏乳杆菌(74.2％)、嗜酸乳杆菌(16.1％)、短小乳杆菌(19.4％)、植物乳杆菌(1.6％)、约氏乳杆菌(51.6％)、发酵乳杆菌(8.1％)、唾液乳杆菌(9.7％)、罗伊氏乳杆菌(1.6％)和副干酪乳杆菌(8.1％)、德氏乳杆菌(3.2％);其中2％(1例)的患者分泌物中未检测出乳杆菌,35％(22例)含有乳杆菌2个菌种,63％(39例)含有3个以上菌种并存.育龄期健康女性阴道分泌物中惰性乳杆菌(82.6％)、卷曲乳杆菌(70.7％)、加氏乳杆菌(67.4％)、詹氏乳杆菌(40.2％)、嗜酸乳杆菌(39.1％)、短小乳杆菌(23.9％)、植物乳杆菌(5.4％)、约氏乳杆菌(3.3％)、发酵乳杆菌(2.2％)、唾液乳杆菌(2.2％)、鼠李糖乳杆菌(1.1％)、罗伊氏乳杆菌(1.1％)和副干酪乳杆菌(1.1％);3％(3例)的女性仅有1个乳杆菌菌种;15％(14例)女性阴道中同时有2个菌种并存,82％(75例)女性阴道内有3种或3种以上菌种并存.结论 VVC患者阴道内乳杆菌的种类并未明显减少,惰性乳杆菌可能是阴道微环境改变的一个标志物.在育龄健康女性及VVC患者卷曲乳杆菌均为阴道内优势菌.
关键词： 阴道乳杆菌 16S rRNA基因
