首页 > 文献资料
-
刺五加叶绿体基因组密码子的用法分析
目的:分析刺五加叶绿体基因组密码子的使用方式及其影响因素.方法:以刺五加叶绿体基因组的52条编码基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析.结果:刺五加叶绿体基因组密码子3个位置GC的量依次为46.46％,38.26％,29.88％,其中GC1与GC2呈极显著相关关系(P＜0.01),GC12与GC,的相关系数为0.205,未达到显著水平.同义密码子的相对使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)＞1的密码子共30个,其中29个以A或T碱基结尾.对应性分析的结果表明:第1轴显示了10.35％的差异,与有效密码子数(effective number of codons,ENC)和GC3显著相关,相关系数分别为-0.288,0.353;确定了刺五加叶绿体基因组的16个优密码子.结论:刺五加叶绿体密码子第3位偏好以A或T碱基结尾,密码子使用模式受选择和突变及其他因素共同影响,其中选择的作用略大.
-
长春花密码子使用偏好性分析
以长春花为研究对象,分析其密码子使用偏好性,以期为相关基因的异源表达、基因的预测、物种的进化研究提供指导.该研究以长春花的30 437条蛋白质编码序列为数据来源,对长春花密码子组成和密码子偏性的各项参数进行了计算和统计分析.计算了长春花萜类吲哚生物碱(terpenoid indole alkaloids,TIAs)生物合成途径中25个关键酶基因含有大肠杆菌或酿酒酵母稀有密码子的比例.结果显示,长春花基因的平均GC量为42.47％,密码子第3位碱基平均GC量为35.89％.长春花中共有28个密码子的同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)大于1,其中26个以A或T结尾.25个关键酶基因含有大肠杆菌稀有密码子的比例明显高于酿酒酵母稀有密码子的比例.长春花主要偏爱使用以A和T结尾的密码子;相比于酿酒酵母,其密码子使用特点与大肠杆菌的差异更大,推测酿酒酵母可能是长春花基因更合适的异源表达宿主.
-
不同红色荧光蛋白在酵母细胞中的表达效果分析
目的 比较不同红色荧光蛋白基因在酵母细胞中的表达效果.方法 利用分子生物学方法,构建了4种红色荧光蛋白(DsRed)基因酵母报告载体,分别是pGPD-DsRed、pGPD-DsRed-express-2、pGPD-yDsRed和pGPD-yDsRed-express-2,后两者含有酵母细胞偏好性的密码子,将4种DsRed酵母报告载体转入W303-1A酵母细胞,利用倒置荧光显微镜观察DsRed的表达,并用多功能酶标仪测酵母细胞的发光强度.结果 各红色荧光发光强度明显不同,其中DsRed-express-2发光强,其次是yDsRed-express-2,yDsRed发光强度弱.结论 在酵母细胞中红色荧光蛋白的强度与密码子偏好性无关;定量红色荧光蛋白表达强度好选用DsRed-express-2报告基因.
-
基于全基因组和转录组分析的赤芝密码子使用偏好性比较研究
密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点,分析物种的密码子使用偏好性对于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义.原有的密码子偏好性分析主要基于全基因组数据完成,然而由于目前可获得的高等生物全基因组数据有限,使得密码子偏好性分析受到了极大的限制.本研究通过分析赤芝[Ganoderma lucidum (Curtis:Fr.)P.Karst]全基因组及其液体培养菌丝、原基和子实体大规模转录组数据,发现基于全基因组和转录组数据分析获得的所有氨基酸的优密码子完全一致.以上研究结果表明,利用大规模转录组数据代替基因组数据分析物种密码子使用偏好性具有可行性.通过计算26个赤芝萜类合酶(terpene synthase,TS)编码基因中大肠杆菌和酿酒酵母稀有密码子所占比例,发现酿酒酵母稀有密码子在赤芝TS基因中所占比例较高,而大肠杆菌稀有密码子所占比例相对较低,表明赤芝TS基因更难以在酿酒酵母中进行表达.参照酵母优密码子,利用化学方法全合成TS基因将是解决外源基因与底盘系统密码子不匹配问题的有效手段.
-
10种藏药材ccmFN基因片段密码子偏好性分析
目的 分析苞叶雪莲、砂生槐、西藏大戟、拉萨小檗、桃儿七、樱草杜鹃、大花黄牡丹、总状绿绒蒿、拉萨蒲公英、藏橐吾10种藏药材的ccmFN基因片段密码子偏好性.方法 运用Codon软件对ccmFN基因部分片段密码子组成、密码子使用性各参数和同义密码子相对使用度进行计算和统计分析,从而分析密码子的使用情况;利用ENC绘图、PR2绘图推测影响密码子偏性的因素.结果 ccmFN基因部分片段共同的偏好密码子为GCU、GAU、GAG、GGA、AUU、UUA、CUA、AAU、CCC、CAG、CGU、CGG,且偏好使用以U/A结尾的密码子.ENC绘图表明,10种单子叶植物受自然选择作用的影响比10种双子叶植物和10种藏药材大;PR2绘图表明,密码子第3位的碱基A和T使用不对称,从而影响密码子的偏好使用.结论 ccmFN基因部分片段密码子使用偏好性在苞叶雪莲等10种藏药材、10种双子叶植物、10种单子叶植物中差异不大,表明此区域在植物中具有保守性,突变作用是导致密码子偏好的主要因素.
-
中草药中4-香豆酸辅酶A连接酶的遗传进化分析
目的:研究中草药中4-香豆酸辅酶A连接酶(4CL)基因的遗传进化,为中草药中有效成分黄酮类物质等的有效积累和调控奠定理沦基础.方法:运用ClustalW 1.83、Mega 5.0、CodonW、DNAMAN等软件对搜集的部分中草药中的4CL进行遗传进化树的构建、密码子偏好性分析及氨基酸保守区的分析.结果:不同植物以基因家族形式出现,通过遗传密码子使用情况分析,可推测植物中表达较强的基因.遗传进化分析表明,与模式植物相比,中草药中4CL基因有的聚在一起可能具有相同的功能,推测并没有发生基因的分化,而有些基因可能具有功能的分化.结论:通过4CL基因的遗传进化树、密码子偏好性分析、酶的保守区分析,可为进一步研究4CL在中草药中的应用提供理论支持.
关键词： 4-香豆酸辅酶A连接酶(4CL) 密码子偏好性 遗传进化分析 基因功能 -
猪干扰素-γ基因的合成及其在大肠杆菌中的表达
目的:构建猪干扰素-γ基因(PoIFN-γ)的融合表达质粒,并在原核系统表达,为猪γ干扰素生物药剂或疫苗佐剂的开发奠定基础.方法:选择大肠杆菌偏爱密码子,分成20个长约48 bp且相互配对的寡核苷酸片段,采用重叠PCR方法人工合成了猪干扰素-γ成熟蛋白编码基因,并经测序证实后克隆至原核表达载体pQE30中.经限制性核酸内切酶酶切鉴定、PCR和核酸序列分析后,不同温度下以IPTG诱导表达,对表达产物进行SDS-PAGE电泳分析.结果:限制性核酸内切酶酶切鉴定、PCR和核酸序列分析表明,扩增出了PoIFN-γ基因,成功构建了重组质粒pQE30/PoIFN-γ,SDS-PAGE分析显示目的蛋白以包涵体的形式在大肠杆菌中获得高表达,表达量占总菌体蛋白的84.5%.结论:应用重叠PCR合成PoIFN-γ基因并在大肠杆菌中得到了高效表达.
