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基于454ESTs的麻黄转录组研究
该研究应用454 GS FLX Titanium高通量测序技术对5年生草麻黄Ephedra sinica的草质茎进行转录组测序,共获得48 389条表达序列标签(express sequence tags,ESTs),序列平均长度为373 bp.所得序列与GenBank中麻黄的EST合并拼接,获得18 801条一致性序列(unigene).通过与公共数据库中的序列进行同源性比较分析对所得转录本进行功能注释,结果表明其中56.0％(10 531条)的unigenes与其他生物的已知基因具有一定程度的同源性.进一步分析获得了19条可能参与麻黄生物碱生物合成的序列(共编码9个关键酶),97条细胞色素P450序列,以及大量转录因子序列.该研究为麻黄生物碱类化合物的生物合成研究奠定了基础,同时为麻黄转录组学的研究提供了海量数据,对于麻黄的功能基因组学研究具有重要意义.
关键词： 草麻黄 454 GS FLX 表达序列标签(EST) 转录组 -
基于高通量测序454 GS FLX的丹参转录组学研究
本研究应用新一代高通量测序技术454 GS FLX Titanium对2年生丹参根的转录组进行测序,研究其基因表达谱,挖掘其功能基因.获得46 722表达序列标签(express sequence tags,EST),序列平均长度414 bp,与Sanger测序的长度相当.所得序列与GenBank丹参EST合并拼接,获得18 235条unigene,其中,454高通量测序发现了13 980条新的unigene.数据库中的序列同源性比较表明,其中73.0%(13 308条)与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性.通过BLAST与Gone Ontology分析获得了可能参与丹参酮合成的序列27条(编码15个关键酶),参与丹酚酸合成的序列29条(编码11个关键酶),细胞色素P450序列70条,转录因子序列577条.454高通量测序技术作为药用植物功能基因组研究的重要手段可在丹参功能基因的发现中发挥重要作用,这些基因的发现为丹参酮和丹酚酸类化合物生物合成研究奠定了基础,同时也为丹参的转录组研究提供了基础数据.
关键词： 丹参 454 GS FLX 表达序列标签 转录组
