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基于454ESTs的麻黄转录组研究
该研究应用454 GS FLX Titanium高通量测序技术对5年生草麻黄Ephedra sinica的草质茎进行转录组测序,共获得48 389条表达序列标签(express sequence tags,ESTs),序列平均长度为373 bp.所得序列与GenBank中麻黄的EST合并拼接,获得18 801条一致性序列(unigene).通过与公共数据库中的序列进行同源性比较分析对所得转录本进行功能注释,结果表明其中56.0％(10 531条)的unigenes与其他生物的已知基因具有一定程度的同源性.进一步分析获得了19条可能参与麻黄生物碱生物合成的序列(共编码9个关键酶),97条细胞色素P450序列,以及大量转录因子序列.该研究为麻黄生物碱类化合物的生物合成研究奠定了基础,同时为麻黄转录组学的研究提供了海量数据,对于麻黄的功能基因组学研究具有重要意义.
关键词： 草麻黄 454 GS FLX 表达序列标签(EST) 转录组 -
表达序列标签在寄生虫功能基因组学研究中的应用
随着后基因组时代的到来,基因组学已从结构基因组学向功能基因组学领域拓展.表达序列标签(expressed sequence tags,EST)是一种快捷、高效地揭示基因组功能信息的方法.本文就EST在寄生虫功能基因组学研究中的应用作一综述.
关键词： 表达序列标签(EST) 基因组学 寄生虫学 综述 -
草珊瑚叶片全长cDNA文库构建及EST序列分析
目的 构建草珊瑚Sarcandra glabra叶片全长cDNA文库,进一步发掘与草珊瑚代谢及抗逆相关的基因,为草珊瑚功能基因的发现提供实验基础.方法 以草珊瑚的嫩叶为实验材料,利用SMART法(即Clontech公司SMARTer试剂盒)构建草珊瑚全长cDNA文库.利用ABI3730 DNA序列分析测序获得大量的EST序列,利用生物信息分析方法对EST序列进行功能注释.结果 构建了草珊瑚叶片的全长cDNA文库,经过鉴定草珊瑚cDNA文库的文库滴度为1.14×107 cfu/mL,平均插入片段为1 000bp.利用该文库测序了221个单克隆,共获得EST序列177条,拼接出151个单一序列;利用NCBI数据库进行同源比对分析,共有119条(79％)与已知基因有显著的同源性,进行GO功能注释,显示其表达术语涉及了细胞生长,信号转导,蛋白质合成、转录,抗逆反应以及能量代谢等.结论 构建了符合要求的草珊瑚叶片全长cDNA文库,并对相关EST序列进行了生物信息学分析,为草珊瑚基因组学研究提供一定的参考.
关键词： 草珊瑚 全长cDNA 表达序列标签(EST) 基因注释 GO功能注释 -
表达序列标签(EST)的研究现状
表达序列标签是由大规模随机挑取的cDN克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签.1个表达序列标签(EST)代表生物某一时期的某种组织或细胞的1个表达基因.其在基因组研究中的应用已具有良好的前景.本文综述了EST的研究现状、应用及发展.
关键词： 表达序列标签(EST) 基因组 -
牛带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的构建及EST测序
目的 构建牛带绦虫(Taenia saginata)成虫全长cDNA质粒文库,为寻找更多有效的牛带绦虫病疫苗候选抗原分子及对三种主要人体带绦虫的功能基因对比研究奠定基础.方法 提取牛带绦虫成虫mRNA;进行反转录合成双链cDNA.PCR产物经蛋白酶K消化、纯化后,进行Sfi I酶切;用CHROMA SPIN-400柱将酶切产物进行分级分离,经1.1%琼脂糖凝胶电泳鉴定,并与改造载体pBluescript II SK连接,将连接产物涂板,测定文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库质量.随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5'端测序,归并UniGene.结果 测定文库的滴度为1 016个菌落/μL,共测1 023个克隆,对这些序列进行UniGene归并,得到419条unigene.结论 已成功获得高质量的牛带绦虫成虫全长cDNA表达文库.
关键词： 牛带绦虫 全长cDNA 质粒文库 表达序列标签(EST) -
猪带绦虫成虫cDNA质粒文库的构建及EST测序
目的 构建猪带绦虫(Taenia solium)成虫全长cDNA表达文库,为获取猪带绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础.方法 提取猪带绦虫成虫mRNA,构建pBluescript II SK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库的质量.随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5'端测序,归并unigene.结果 文库库容达到1×106 pfu/ml ,插入片段的大小主要在1 000bp以上.获得有效EST序列2 000条,归并为1 171条unigene.结论 已成功获得一高质量的猪带绦虫成虫全长cDNA表达文库,并获得了较丰富的成虫表达基因数据.
关键词： 猪带绦虫成虫 全长cDNA质粒文库 表达序列标签(EST) -
日本血吸虫(中国大陆株)若干酶类基因的发现
目的运用表达序列标签(EST)技术,从日本血吸虫(Schistosomajaponicum,Sj)cDNA文库中分离、鉴定出有潜在应用价值的血吸虫基因序列.方法应用EST方法,从日本血吸虫cDNA文库中随机挑选出单个重组克隆,PCR扩增出插入片段,并进行PCR产物直接测序;将获得的序列资料与EBI和GenBank进行BLASTn和BLASTx同源性检索,对可能的酶类基因序列进行分析.结论采用EST策略,可获得日本血吸虫(中国大陆株)若干酶类基因序列EST,为进一步的cDNA全长扩增和克隆奠定基础.
关键词： 日本血吸虫(中国大陆株) cDNA文库 表达序列标签(EST) 酶 糖酵解酶 -
日本血吸虫(中国大陆株)成虫表达序列标签的获取及新基因的发现
目的运用表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)技术快速、经济地发现日本血吸虫(中国大陆株)新基因.方法随机挑取日本血吸虫(中国大陆株)成虫cDNA文库单个重组克隆进行部分测序以获得EST,获得的EST通过BLAST程序同EMBL寄生虫数据库和GenBank数据库进行比较及同源性分析.结果本研究共随机挑取日本血吸虫(中国大陆株)成虫cDNA 文库单个重组克隆200个,获得了76个有EST价值的序列,其中7.9%为日本血吸虫已知序列,5.3%为日本血吸虫同源序列.曼氏血吸虫或其他生物的同源序列占有EST价值的序列的22.4%,未知序列占59.2% .在获得的76个有EST价值的序列中,66个成功在GenBank dbEST中登录.通过同源性分析,发现了一些令人感兴趣的基因.结论 EST方法有助于快速、经济地发现日本血吸虫(中国大陆株)成虫新基因.
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染色体8p21区域胃癌相关EST的筛选
目的 筛选胃癌发病相关的表达序列标签,为克隆胃癌相关新基因奠定工作基础.方法 在染色体8p21-22区域定位查找ESTs,经BLAST比对分析,筛选出符合条件的10个EST,选取其中4个进行引物设计;收集28例胃癌手术切除的新鲜标本,切取胃癌组织为实验组,远离癌组织(≥5 cm)的胃黏膜组织作为正常对照组,分别提取胃癌及正常胃黏膜组织总RNA,运用RT-PCR方法检测EST的表达水平,筛选出在胃癌和正常胃黏膜中表达差异的EST.结果 RT-PCR结果显示:EST DA931869在正常胃黏膜组织中阳性表达率为89.28%(25/28),在胃癌组织中阳性表达率为46.43%(13/28),两者比较差异有显著性(P<0.05);其中高分化胃癌中阳性表达率83.33%(5/6),明显高于中分化胃癌57.14%(4/7)和低分化胃癌26.67%(4/15),差异均有显著性(P<0.05);无淋巴结转移胃癌阳性表达率60.00%(9/15)高于有淋巴结转移胃癌的阳性表达率30.77%(4/13),差异有显著性(P<0.05).结论 EST DA931869在胃癌组织中的阳性表达率低于正常胃黏膜组织,胃癌中该EST表达下调或缺失.
关键词： 胃癌 表达序列标签(EST) 8p21 逆转录PCR(RT-PCR) -
亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的构建及EST测序
目的 构建亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库,为获取亚洲绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础.方法 提取亚洲带绦虫成虫mRNA,构建pBluescript Ⅱ SK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库的质量.随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5'端测序,归并unigene.结果 测定文库的滴度为1011pfu/μl,插入片段的大小主要在1000bp以上.共测1495个克隆,获得有效EST序列1126个,归并为643条unigene.结论 已成功获得一高质量的亚洲带绦虫成虫全长cDNA表达文库.并获得了较丰富的成虫表达基因数据.
关键词： 亚洲带绦虫 全长cDNA质粒文库 表达序列标签(EST) -
用mRNA差异显示方法寻找小鼠胸腺基质细胞差异表达基因
目的寻找并初步分析小鼠胸腺基质细胞差异表达基因.方法来源于小鼠胸腺基质细胞系的两株亚克隆细胞4(5)和4(12),前者可诱导前体T细胞的进一步成熟,分别提取该两株细胞的总RNA,利用mRNA差异显示方法(DD-PCR)筛选4(5)细胞特异表达的基因片段.结果得到了17个4(5)细胞特异表达的基因片段(expressed sequences tag,EST),其中14个代表了尚未登录的小鼠新基因,另外3个则分别与小鼠的cytochrome C oxidase,Hsp65,Eps8基因高度同源.结论 DD-PCR方法是一种优良的寻找新基因的方法,小鼠胸腺基质细胞可能分泌或表达更多的新因子或分子.
关键词： DD PCR 表达序列标签(EST) 胸腺基质细胞
