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等位基因特异性PCR方法检测炭疽芽胞杆菌致死因子基因点突变的评价
目的 建立并评价等位基因特异性聚合酶链反应(PCR)在筛选炭疽芽胞杆菌致死基因点突变中的作用.方法 等位基因特异性PCR方法.结果 等位基因特异性PCR扩增的筛选方法假阳性率较高,其特异性与引物3'端的碱基类型关系不大,与退火温度、模板浓度等均有关系.高保真Taq DNA聚合酶不能改善这种假阳性.结论 等位基因特异性PCR筛选方法影响因素较多,假阳性率高,不适于直接作为点突变的筛选方法.
关键词： 等位基因特异性聚合酶链反应 点突变 炭疽芽胞杆菌 -
DNA修复基因XRCCl单核苷酸多态性与SIE的相关性
目的 分析中国汉族人群SLE患者与健康对照人群中DNA修复基因X线修复交叉互补基因1(XRCC1)的单核苷酸多态性(SNP)分布,探讨其对SLE易感性的影响及与临床表现、实验室指标的关联程度.方法 用等位基因特异性PCR(AS-PCR)检测39例中国汉族SLE患者和40例中国汉族健康人的XRCCI基因多态位点Arg194Trp、Arg280His和Arg399Gln的SNP型别.结果 SLE组XRCCl多态位点Arg399Gln等位基因和基因型频率分布与健康人对照组比较具有显著性差异(P<0.05).XRCCl多态位点Arg194Trp与SLE患者的血液系统损害及抗SS-A抗体的存在相关(P<0.05).结论 XRCCl基因SNP与SLE发生及临床表现和自身抗体可能相关.
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鲑鱼精DNA提高人工突变质粒模板中单核苷酸多态性位点识别的特异性及其应用
目的:探讨等位基因特异性聚合酶链反应(AS-PCR)检测单核苷酸多态性(SNP)的方法,研究鲑鱼精DNA对优化等位基因特异性引物的作用.方法 对鲑鱼精DNA设一系列浓度梯度,分别进行AS-PCR后观察电泳结果.结果 鲑鱼精DNA能显著提高识别基因SNP位点的特异性,在25μl的质粒检测系统中加入50 ng的鲑鱼精DNA结果佳.结论 鲑鱼精DNA加入到质粒检测系统中可有效测试所设计的检测引物的特异性,达到模拟基因组DNA的目的:.
关键词： 鲑鱼精DNA 单核苷酸多态性 等位基因特异性聚合酶链反应 -
先天性眼外肌纤维化综合征Ⅰ型一家系KIF21A基因突变分析
目的 研究一个先天性眼外肌纤维化综合征Ⅰ型(congenital fibrosis of the extraocular muscles type 1,CFEOM1)家系KIF2lA基因第20、21外显子突变与疾病的关系.方法 收集CFEOM1 一家系共计8个成员,采用测序和等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)方法分别对先证者及家系成员KIF21A第20、21外显子热点突变c.2860C＞T进行分析.选择KIF21A基因两侧4个STR位点(D12S1668、D12S2194、D12S331和D12S1048)进行单倍型分析.结果 先证者和其他两例患者均存在KIF21A c.2860C＞T突变,家系中表型正常的成员均未检出该突变.单倍型分析结果显示该家系突变来源于母源性生殖腺嵌合体.结论 KIF21A基因突变c.2860 C＞T是该CFEOM1家系的致病突变.
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TIM-3基因-1516、-574、4259单核苷酸多态性及连锁不平衡分析
目的 调查T细胞免疫球蛋白粘蛋白.3基因(T cells immunoglobulin mucin-3 gene,TIM-3)-1516、-574、4259单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)的发生频率及是否存在连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)关系.方法 采用等位基因特异性聚合酶链反应(allele-specific polymerase chain reaction, AS-PCR)方法对湖北地区147名健康个体TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNP位点进行基因分型,应用软件Arlequin V3.1对3个SNP位点进行LD及Hardy-Weinberg平衡分析,并计算单倍型频率及单倍型组成.结果 3个TIM-3基因SNP位点等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡.湖北地区147名正常个体T/M-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNPs的次要等位基因发生频率分别是8.5%、1.0%、2.0%.TLM-3基因3个SNP主要组成4种单倍型:G-G-G、G-G-T、T-G-T、G-T-T;其频率分别为2.0%、88.4%、8.5%、1.0%.通过对这3个SNP位点两两间进行LD分析,发现所有的连锁不平衡系数D'(coefficient of linkage disequilibrium, D')值都为1.结论 湖北地区人群T/M-3基因-1516G/T、-574T/G、259G/T 3个SNP位点呈完全连锁不平衡.本研究结果提供了中国湖北地区汉族人群TIM-3基因这3个SNP的群体遗传学资料,并且为寻找与免疫介导性疾病相关单倍型奠定了基础.
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消化后片段长度差异等位基因特异性PCR技术--印记SNP rs220028多态性和甲基化模式研究
目的建立一种能同时分析甲基化和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的新方法. 方法以印记SNP rs220028(A/G)为例,基因组DNA经甲基化敏感限制酶消化后用片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele- specific PCR,FLDAS-PCR)分型;用扩增产物酶消化法来排除酶切位点序列变异,证实检出的是甲基化等位基因.结果消化后FLDAS-PCR可选择性检出甲基化等位基因,家系分析表明其来自母亲.等位基因频率A=0.5085,G=0.4915,多态信息含量为0.3749. 结论消化后FLDAS-PCR技术可以实现甲基化和SNP的复合分析;印记SNP rs220028在 Prader-Willi/Angelman 综合征诊断中有潜在意义.
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海南汉、黎族人群中ABO基因的DNA多态性
目的 研究海南汉、黎族人群中ABO基因DNA多态性及其基因频率分布的特点.方法 应用等位基因特异性聚合酶链反应检测了255例海南汉族人样本DNA和379例海南黎族人样本DNA的ABO血型基因型,根据遗传距离和聚类分析比较海南汉、黎族的ABO血型基因频率与其他群体的差异.确定其在中国地理分布上的位置.结果 用等位基因特异性聚合酶链反应技术可鉴定出6种ABO血型基因型:AA、AB、AO1、BB、BO1、O1O1,其鉴定的ABO基因分型结果 与DNA测序结果 完全符合;在海南汉族人群中O1O1、BO1、AO1、AB、AA、BB基因型的频率分别为34.90%、23.53%、22.75%、6.27%、6.27%和6.27%,A、B、O1等位基因频率分别为20.78%、21.18%和58.04%;在海南黎族人群中O1O1、BO1、AO1、AB、AA、BB基因型的频率分别为30.87%、26.39%、16.09%、13.19%、6.86%和6.60%,A、B、O1等位基因频率分别为21.50%、26.39%和52.11%.根据遗传距离和聚类分析,海南汉族ABO血型分布介于北方和西北各省组与长江流域和西南区组之间,而海南黎族ABO血型分布与我国各省区的ABO血型分布4个组的聚类现象不明显.结论 海南汉、黎族人群ABO血型基因频率分布存在明显的种族和地域的遗传多态性.
关键词： 等位基因特异性聚合酶链反应 ABO血型 ABO基因 DNA多态性 -
新疆四个苯丙酮尿症家系的基因诊断
目的:研究新疆苯丙酮尿症(PKU)家系苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因突变位点及其遗传标记,探索适合新疆各民族PKU基因诊断和产前基因诊断途径.方法:联合采用PCR-STR、ASPCR和PCR-SSCP 3种基因诊断方法进行分析.结果:(1)PCR-STR连锁分析表明:除家系4母亲为STR纯合型外,其余家系双亲皆为杂合子.对家系1(维吾尔族)1例风险胎儿(妊娠6周,流产)进行产前基因诊断和1例新生儿(出生1 d)进行症前基因诊断,均为携带者,并经出生后证实.(2)采用ASPCR法在家系1、2和3均未检出R243Q和R413P两种常见突变.(3)应用PCR-SSCP分析发现,家系2(回族)患儿为外显子7突变纯合子,家系4(汉族)患儿为外显子7和外显子11突变复合体,其外显子11突变位于第399位点(GTA→GTT),可能为一致病突变.结论:上述3种基因诊断方法联合使用简便、快捷,适合新疆地区的基因诊断和产前基因诊断.
关键词： 苯丙酮尿症 基因诊断 短串联重复序列 等位基因特异性聚合酶链反应 单链构象多态性
