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新生隐球菌毒力差异菌株的全基因组测序及毒力相关基因的筛选
目的：了解及分析新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var grubii)两组毒力差异明显的多位点微卫星型(multilocus microsatellite typing,MLMT)菌株的全基因组序列,筛选出引起其毒力差异的相关基因。方法选取毒力差异为明显的不同基因型菌株各1株进行全基因组重测序,运用比较基因组学方法全面分析测序结果,使用非同义 SNPs(non-synonymous SNPs,nsSNPs)、无义突变 SNPs、产生移码突变 InDels 的策略广泛筛选差异基因。对筛选出的基因在所有实验菌株中进行 DNA 测序验证,并提取总 RNA,采用快速扩增5′和3′cDNA 末端(rapid amplification of 5′ and 3′cDNA ends,RACE)技术,克隆后测序获得对应基因的完整 cDNA 全长序列信息。结果通过全基因组重测序,环境株 IFM56731和临床株 IFM56800均分别获得127倍和111倍覆盖率的有效数据。分别对 SNPs 和 InDels 数据进行统计分析,应用无义突变 SNPs 和产生移码突变的 InDel 分别筛选出3个差异基因。对筛选出的6个基因在所有实验菌株中进行扩增测序,并对其中3个基因进行 cDNA的测序分析,终确定基因 CNAG_01032的转录序列位置和结构,并验证了预测的无义突变位点存在于实际的 mRNA 中。结论本研究通过全基因重测序数据分析证明,应用无义突变 SNPs 和产生移码突变的 InDels 进行差异基因筛选的策略具有较好针对性,并筛选出6个潜在与毒力相关的基因,通过对所有实验菌株的测序和对全长 cDNA 的测序验证,终筛选出基因 CNAG_01032为可能引起菌株毒力差异的基因。
关键词： 新生隐球菌格鲁比变种 微卫星基因分型 全基因序列分析 毒力 -
新生隐球菌毒力差异基因型菌株间部分毒力相关基因分析
目的：了解新生隐球菌格鲁比变种（ Cryptococcus neoformans var． grubii）两组毒力差异明显的多位点微卫星型（ multilocus microsatellite typing ， MLMT ）菌株间的差异基因，探讨导致新生隐球菌格鲁比变种间毒力差异的相关基因及这些基因的功能。方法根据已有基因组数据，针对可能为新生隐球菌毒力相关的基因设计特异性引物，扩增并测序，通过序列对比分析每个基因在两组微卫星基因型菌株间存在的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms ，SNPs）位点，并对引起差异的蛋白质进行分析和预测。结果在成功测序的11个基因中，除2个基因序列完全相同外，其余9个基因在两组毒力差异明显的基因型菌株间分别存在1～4个规律性SNPs，其中，有2个基因中存在非同义SNPs（ non-synonymous SNPs ，nsSNPs ），这2个基因的编码产物分别为沉默信息调节因子2家族成员HST302和UV切除修复蛋白RAD23。另外，在对RAD23蛋白的系统发育分析发现，与真菌界的其他门类相比，在担子菌纲的多数RAD23蛋白与人类的同源基因亲缘关系更近。结论本研究发现了新生隐球菌两种毒力差异明显的微卫星基因型菌株间具有重要功能的两个差异基因（ Rad23和Hst302），且经预测nsSNPs对蛋白结构和功能均有一定影响，而蛋白的具体功能有待通过各项试验进一步深入研究。
关键词： 新生隐球菌格鲁比变种 微卫星基因分型 毒力 蛋白 -
刚地弓形虫非洲分离株的PCR-RFLP和微卫星基因分型研究进展
刚地弓形虫(T.gondii)的遗传多样性与地理区域相关.北美和欧洲的弓形虫基因型以Ⅱ型和Ⅲ型为主.南美洲以非典型基因型为主.亚洲弓形虫的优势基因型主要为Chinese 1型(ToxoDB#9)和`型.目前关于非洲弓形虫基因型的研究较少.本文对源于北非、西非、东非和中非地区弓形虫的多位点PCR-RFLP和微卫星分型以及非洲地区弓形虫群体遗传结构进行了综述.从17例患者中分离出弓形虫,非典型基因型13株(76.5％),主要为Africa 1 9株(69.2％);Ⅰ型1株(5.9％)以及混合基因型3株(17.6％).从1660饲养动物中分离出314株,其中Ⅱ型134株(42.7％),Ⅲ型103株(32.8％),非典型基因型61株(19.4％),Ⅰ型6株(1.9％)和混合基因型10株(3.2％).人畜弓形虫基因型的比例为分别为:Ⅱ型40.5％ (134/331),Ⅲ型31.1％ (103/331),非典型基因型22.3％ (74/331),Ⅰ型2.1％ (7/331)和混合基因型3.9％ (13/331).典型基因型占73.7％.综上可知,非洲弓形虫基因型包括典型和非典型基因型,前者在非洲人群与动物中均有较高的感染率.
