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新生隐球菌毒力差异菌株的全基因组测序及毒力相关基因的筛选
目的：了解及分析新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var grubii)两组毒力差异明显的多位点微卫星型(multilocus microsatellite typing,MLMT)菌株的全基因组序列,筛选出引起其毒力差异的相关基因。方法选取毒力差异为明显的不同基因型菌株各1株进行全基因组重测序,运用比较基因组学方法全面分析测序结果,使用非同义 SNPs(non-synonymous SNPs,nsSNPs)、无义突变 SNPs、产生移码突变 InDels 的策略广泛筛选差异基因。对筛选出的基因在所有实验菌株中进行 DNA 测序验证,并提取总 RNA,采用快速扩增5′和3′cDNA 末端(rapid amplification of 5′ and 3′cDNA ends,RACE)技术,克隆后测序获得对应基因的完整 cDNA 全长序列信息。结果通过全基因组重测序,环境株 IFM56731和临床株 IFM56800均分别获得127倍和111倍覆盖率的有效数据。分别对 SNPs 和 InDels 数据进行统计分析,应用无义突变 SNPs 和产生移码突变的 InDel 分别筛选出3个差异基因。对筛选出的6个基因在所有实验菌株中进行扩增测序,并对其中3个基因进行 cDNA的测序分析,终确定基因 CNAG_01032的转录序列位置和结构,并验证了预测的无义突变位点存在于实际的 mRNA 中。结论本研究通过全基因重测序数据分析证明,应用无义突变 SNPs 和产生移码突变的 InDels 进行差异基因筛选的策略具有较好针对性,并筛选出6个潜在与毒力相关的基因,通过对所有实验菌株的测序和对全长 cDNA 的测序验证,终筛选出基因 CNAG_01032为可能引起菌株毒力差异的基因。
关键词： 新生隐球菌格鲁比变种 微卫星基因分型 全基因序列分析 毒力 -
狂犬病两株不同毒力克隆株病毒的神经毒力和全长基因序列比较
目的 对2株毒力不同的狂犬病病毒克隆株(CTN181-3和CTN181-12)进行神经毒力和全长基因序列的比较.方法 分别对2株病毒用10、14和21日龄小鼠脑内接种,测定小鼠的致死力(LD50);同时用空斑法测定2株病毒的病毒滴度(PFU),以lgPFU/lgLD50比较2株病毒的毒力差异;分别对2株病毒进行全基因序列测定并分析,找出毒力差异关键基因位点.结果 2株病毒对10、14和21日龄小鼠的lgPFU/lgLD50,CTN181-3株为0.07、3.40和6.60,CTN181-12株为<-0.9、<-0.6和1.04.全基因序列分析表明,二者共有8个核苷酸和6个位点的氨基酸存在差异.结论 CTN181-3株的神经毒力明显低于CTN181-12株,两者间6个氨基酸的差异是其毒力差异的分子基础.
