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2011-2015年安阳地区手足口病相关人肠道病毒B种病原组成及柯萨奇病毒B2、B5 VP1基因特征分析
目的：调查2011—2015年安阳地区手足口病( hand,foot and mouth disease, HFMD)相关人肠道病毒B种(HEV-B)病原组成,对柯萨奇病毒B2(CVB2)和柯萨奇病毒B5(CVB5)VP1基因特征进行研究。方法使用实时荧光逆转录 PCR 和半巢式逆转录 PCR 法对柯萨奇病毒 A16(CVA16)、肠道病毒71(EV71)以及其他肠道病毒进行鉴定,以获得完整的手足口病病原组成,统计出HEV-B病原种类及阳性比例。针对HEV-B病原中阳性病例数较多的CVB2和CVB5病原,分别以其VP1基因为靶段设计引物 PCR扩增测序后获得 VP1基因核苷酸序列全长。使用 MEGA7.0和BioEdit7.2软件对本研究获得的CVB2、CVB5序列以及GenBank数据库已收录的全部相关VP1序列构建系统发育树并进行系统发育分析。使用DateMonkey在线分析程序对我国近年来流行的CVB2和CVB5毒株的VP1基因进行选择压力分析。结果2011—2015年安阳地区共鉴定出手足口病相关HEV-B病原14种,HEV-B阳性标本57份。 HEV-B病原占手足口病全部病原种类的比例为56%, HEV-B阳性标本占总肠道病毒阳性标本的比例为3.06%。绝大多数HEV-B病原引起的手足口病呈高度散发,个别病原如 CVB2、CVB5在特定时间内的病例较为聚集。经过测序获得安阳地区8条CVB2和9条CVB5 VP1序列。构建的系统发育树显示,CVB2毒株可分为A~D四个基因型,各基因型的组间平均进化距离介于0.191~0.208,核苷酸序列相似性介于79.7%~85.8%。 CVB5毒株可分为A~F六个基因型,各基因型的组间平均进化距离介于0.170~0.285,核苷酸序列相似性介于76.0%~86.8%。 CVB2 VP1基因氨基酸序列第157、263位,CVB5 VP1基因氨基酸序列第75、90、95位在不同基因型毒株中的残基有较大差异。安阳地区CVB2序列均属于D基因型,且集中于1个分支内；CVB5序列均属于F基因型,分布于其中2个分支内。中国大陆地区近年流行的CVB2( D基因型)和CVB5(F基因亚型)毒株的进化选择压力ω值分别为0.037、0.036,未发现CVB2 VP1基因的正选择氨基酸位点,但在CVB5 VP1基因中发现6处正选择氨基酸位点。结论 HEV-B是安阳地区2011—2015年手足口病病原谱的重要组成。 CVB2、CVB5在安阳地区手足口病HEV-B病原中占有一定优势,其中CVB5 VP1基因比CVB2 VP1基因具有更为复杂和活跃的进化特征。
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一株柯萨奇病毒B2分离株的VP1基因序列特征分析
目的 分析一株柯萨奇病毒(Coxsackievirus,CV)B2分离株(CVB2)全VP1基因序列特征.方法 用RD细胞对10份HFMD疑似患儿的粪便标本进行病毒分离,利用RT-PCR法从分离的病毒中扩增VP1基因,并测序,采用NCBI BLAST、Mega 6.1和Geneious等软件进行序列分析,并构建系统进化树.结果 从10份HFMD疑似患儿粪便中分离到一株CVB2,命名为509/YN/CHN/2010,其全长VP1基因的核苷酸长度与其他CVB2一致,均为846 bp.与中国其他分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.0％ ～ 95.3％和97.9％～98.9％,而与国外分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.1％ ～ 87.8％和97.9％ ～ 98.6％.在进化树上与其他中国分离株分属不同的两个分支,而与M10MG17亲缘关系较近.结论 509/YN/CHN/2010分离株为肠道病毒CVB2,为两个中国分支中的一支.
