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运用染色质免疫沉淀技术分析基因表达转录调控方法的建立及初步应用
目的建立一种染色质免疫沉淀技术(ChIP)分析肝细胞基因表达的转录调控方法.方法以肝脏特异性基因磷酸烯醇式丙酮酸激酶(PEPCK)为待测基因,以IgG和次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)及髓磷脂基础蛋白(MBP)作为内参基因,采用ChIP验证不同代谢状态下cAMP应答元件结合蛋白(CREB)对PEPCK基因启动子区的结合情况.结果在抗CREB抗体免疫沉淀的DNA模板中含有一明显增强的DNA片段,即禁食状态下PEPCK基因启动子区域CREB的结合增加4倍,证明DNA片段中含有与PEPCK基因启动子区结合的CREB序列.结论研究证实,CREB蛋白在体内可结合于PEPCK基因的启动子区域,并参与该基因表达的转录调控.
关键词： 染色质免疫沉淀技术 转录调控 磷酸烯醇式丙酮酸激酶 -
人大肠癌细胞PRL-3基因启动子Snail结合位点的初步研究
目的 确定转录因子Snail可与PRL-3基因启动子区结合.方法 应用生物信息学方法获得PRL-3基因启动子区域,并对其潜在的Snail结合位点进行预测,进一步应用Snail抗体染色质免疫共沉淀技术结合PCR技术检测PRL-3基因启动子序列,以确定转录因子Snail可与PRL-3基因启动子结合.结果 应用TRED在线分析系统确定PRL-3基因的启动子区域位于PRL-0基因上游-700 bp至299 bp之间,在该启动子区域存在多个转录因子如Snail、n-MYC、ARNT、E74A、NF-kappaB、NRF-2及AML-1等的结合位点;在启动子区域的-500 bp至-451 bp之间存在Snail结合的核心寡核苷酸序列CACCTG,在其他多个区域存在多个类似这一核心序列的DNA序列;应用染色质免疫沉淀技术结合PCR扩增的方法对人大肠癌细胞株SW480细胞进行分析,发现Snail可与人大肠癌细胞株SW480 PRL-3基因的启动子区域的DNA片断结合.结论 转录因子Snail可与人大肠癌细胞SW480 PRL-3基因启动子结合,参与PRL-3基因的调控.
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染色质免疫沉淀技术的应用及发展
真核生物细胞状态是内源性和外源性因素共同影响的,真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在.所以信号传递途径的终点都是DNA.
