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人BTBD10新基因克隆及组织表达和在脑胶质瘤中的表达谱及聚类
目的探讨人脑胶质瘤相关BTBD10新基因克隆、正常成人组织分布及在不同级别星形细胞瘤中的表达.方法构建胎脑cDNA文库和大规模测序获得全长BTBD10新基因;用Clontech人多组织文库(MTC)为模板研究BTBD10在8种正常组织中的分布;用含13 939种人类基因(8 347种已知基因,5 592种未知基因)的BioStarH140S型表达谱芯片检测BTBD10在星形细胞瘤中的表达,Hierarchical聚类分析与BTBD10表达谱相近的基因群;Northern杂交验证BTBD10在不同级别胶质瘤中的表达.结果人胎脑文库中克隆的BTBD10新基因含1 428bp长的开放阅读框,编码475个氨基酸的蛋白;芯片结果提示BTBD10基因在18例胶质瘤组织中表达一致降低,与促性腺诱导素转录阻抑蛋白GIOT1、血管性肠肽VIP等7条基因的表达谱相似;BTBD10在正常脑组织中表达量高,而心、肺、肝、肾、胰腺中表达较低;Northern显示BTBD10与胶质瘤发生密切相关,与芯片结果一致.结论表达谱芯片可快速高效筛选脑胶质瘤相关基因,BTBD10基因与胶质瘤发生密切相关,在脑胶质瘤的转录调控中起重要作用.
关键词： BTBD10基因 脑胶质瘤 基因芯片 表达谱 Hierarchical聚类 -
脑胶质瘤相关新基因的聚类分析在其分子病理学分类中的意义
目的探讨人脑胶质瘤发生发展中相关基因的表达及功能,初步建立基于基因表达谱的胶质瘤分子病理学分类方法.方法用含13 939种人类基因的BioStarH140S型表达谱芯片,以正常脑组织及胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray 4000扫描芯片,提取正常脑组织及胶质瘤组织差异基因并行生物信息分析,对部分新基因行Northern杂交、原位杂交等功能研究;Hierarchical聚类对差异基因进行特征提取,进行初步胶质瘤分子病理分类.结果在正常脑组织与18例不同级别胶质瘤组织中筛选出1200条(8.61%)差异基因,其中395条(2.83%)基因尚未登录GeneBank,胶质组织瘤中348条基因表达上调,852条下调,信息分析与细胞信号传导等多类基因密切相关;Northern、原位杂交显示新基因与胶质瘤密切相关;聚类发现微管相关蛋白、黏附素超家族蛋白、细胞外基质相关基因等与分子分型相关,基于基因表达谱的分子病理分类与依据细胞形态的病理学分类基本一致,且更能反映胶质瘤发生发展的内在本质.结论胶质瘤发生发展存在多类基因表达改变,表达谱芯片对胶质瘤分类具有特异性高、重复性好、样本量少的特点,基因表达谱及相关新基因的发现和分子病理学分类有助于阐明胶质瘤分子病理学机制.
关键词： 脑肿瘤 基因 表达谱芯片 Hierarchical聚类 分子病理分类 -
胶质母细胞瘤基因表达谱及相关基因的聚类研究
目的探讨人脑胶质母细胞瘤发生、发展中相关基因的表达及功能.方法用含13 939种人类基因的BioStarH140S型表达谱芯片,以正常成人脑及不同级别胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray 4000扫描芯片荧光信号,提取脑及胶质瘤组织差异基因并进行生物信息分析;用Hierarchical聚类对胶质瘤差异基因进行特征提取;用Northern杂交验证及进行初步功能研究.结果正常脑与18例不同级别胶质瘤组织间筛选出多类差异表达基因,通过生物信息学和Hierarchical聚类,发现α-连环素、微型染色体维护蛋白7、细胞周期素B2、FBX05、着丝粒蛋白F基因与胶质母细胞瘤密切相关,该类基因在低级别胶质瘤中表达差异不明显,但胶质母细胞瘤中表达明显上调.Northern杂交显示该类基因与胶质母细胞瘤密切相关,与芯片结果一致.结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选胶质瘤相关基因,发现的5条基因与胶质母细胞瘤侵袭性强密切相关,可成为判断胶质瘤预后的分子生物学指标.
关键词： 脑胶质母细胞瘤 基因芯片 表达谱 Hierarchical聚类
