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从药用亲缘学到药用基因组亲缘学:分子系统发育、进化与药物发现
近年随着高通量测序技术的迅猛发展,生物系统发育研究中开始采用基因组数据,因此出现一些新术语,如系统发育基因组学(phylogenomics,基因组系统学/基因组亲缘学)、药用基因组亲缘学(pharmacophylogenomics)、转录组亲缘学(phylotranscriptomics)等.系统发育基因组学是进化和基因组学的交叉学科,是将基因组数据用于进化关系重建的综合分析;药用亲缘学研究药用生物(特别是药用植物)的生物亲缘关系、化学成分和疗效(传统疗效和药理活性)间的相关性;系统发育基因组学方法可用于药物发现和开发的相关问题研究,在组学水平拓展了药用亲缘学的领域,由此衍生出药用基因组亲缘学.系统学(亲缘学)是生命科学各分支和交叉学科的根基所在,在生药学和药用生物学等药学相关领域起到提纲挈领的作用.在此对与药用亲缘学(pharmaphylogeny)密切相关的若干术语做-简要辨析.
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灭螺微生物的选育及其效果观察
从湖南省汨罗市血吸虫病防治研究实验基地的钉螺池中采集土壤样品15份,初筛出4株灭螺活性较强的菌株,分别为B8、B27、B36和B59.灭螺试验结果表明,与细菌发酵液组和菌体悬液组相比,4株菌株的发酵上清液组的灭螺效果好.B59菌株的发酵上清液分别浸泡钉螺48和72 h后,钉螺的死亡率为73.3％ (44/60)和96.7％(58/60),灭螺效果优于其他3株细菌.十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)结果表明,B59菌株的上清液、发酵液和菌体悬液中均无蛋白条带出现.B59菌株为革兰氏阳性杆菌.分子系统进化分析表明B59菌株(Gen-Bank登录号为KP146144)的ITS序列与蜡样芽孢杆菌相关序列(GenBank登录号为CP001746)的同源性达100％.
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毛茛属药物资源的化学和生物学研究进展及亲缘关系分析
毛茛科毛茛属有多种传统药用植物,其根茎叶和果实入药.该属植物含有黄酮,内酯,生物碱,萜类,皂苷和脂类成分,生物活性表现为抗菌,抗炎止痛和抗癌等.文章综述毛茛属化学成分和生物活性,并构建国产毛茛属的分子系统发育树,揭示其与形态学分组的不一致处.今后获得更多物种的DNA和化学分类数据将为该属药用资源的可持续开发提供重要参考.
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唐松草属药物资源的化学和生物学研究进展及亲缘关系分析
毛茛科唐松草属有多种药用植物,其根茎,花果或全草入药.该属植物含有黄酮,生物碱(尤其是结构多样的苄基异喹啉类),萜类,皂苷和精油等成分,生物活性表现为抗微生物,抗炎,心血管效应和抗癌等.文章综述唐松草属化学成分和生物活性研究进展,并构建国产唐松草属的分子系统发育树,讨论其与形态分类和化学分类的异同点,为该属药用亲缘学研究和药物资源的可持续利用提供参考.
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中国幽门螺杆菌vacA基因型标签序列与VacA活性关系的分子系统发育分析
目的 探讨中国幽门螺杆菌vacA基因s、m和i区氨基酸序列分子系统发育关系及其对VacA活性的影响.方法 从GenBank数据库中下载所有中国幽门螺杆菌VacA全长氨基酸序列,利用ClustalX 2.0和MEGA 5.05软件对vacA基因s、m和i区氨基酸序列及VacA全长氨基酸序列进行生物信息学分析,构建分子系统发育树.结果 中国幽门螺杆菌无毒弱毒株vacA基因型全为s1/m2/i1型,而强毒株除Ch2菌株为m1 -m2杂合型之外,全为s1/m1/i1型,s1型和i1型强相关.分子系统发育分析显示,中国幽门螺杆菌vacA基因s、m和i区氨基酸序列都呈现明显的地理特异性,其中m区分子系统发育树能够将VacA强毒株和无毒弱毒株分开,而s和i区分子系统发育树则不能将两者完全分开.结论 vacA基因m区氨基酸序列更适合作为中国幽门螺杆菌VacA的毒力标志.
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螺蛳分子系统发育的初步研究
目的 建立田螺科已有种类的系统发育关系,探讨螺蛳(Margarya melanioides)的分类地位.方法 测定采自云南高原湖泊中的螺蛳、方形环棱螺和中华圆田螺的线粒体COI、16S rRNA基因序列,并结合GenBank中田螺科已有物种序列,计算螺蛳和其他主要类群的遗传距离,用大简约法(MP)、大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建包含螺蛳的田螺科部分物种系统发育树.结果 COI基因第三位密码子转换已达到饱和.在COI基因片段数据集、COI第1,2位密码子数据子集、16S基因片段数据集中,螺蛳与圆田螺属的遗传距离小.在MP法、ML法、BI法构建的系统发育树中,螺蛳和中华圆田螺聚为一支,我国的环棱螺属种类和非洲该属未聚在一起.结论 螺蛳与中华圆田螺的亲缘关系较近,线粒体COI联合16S基因片段可以弥补形态学在研究田螺科物种系统发育关系时的不足.
