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晚期胆管细胞癌患者相关信号通路及其变异与预后的关系
目的:以二代测序技术检测胆管细胞癌患者基因变异状态,并分析与患者预后的相关性;方法:收集了自2016年6月至2018年6月3年收治的40例确诊胆管细胞癌的患者,进行全外显子二代基因测序(NGS),从中筛选出可能的突变(单碱基突变、结构变异、拷贝数变化、基因融合等),回顾性分析患者一线治疗的疾病控制率(DCR),无进展生存期(PFS)及总生存期(OS),分析患者信号通路及其基因变异与预后的关系.结果:40例晚期单管细胞癌患者中TP53基因突变的患者和未发生突变患者的中位PFS和OS分别为11.0 vs 8.3个月(P=0.332)和14.3 vs 32.9个月(P=0.041);而PI3K基因突变的患者和未发生突变患者的中位PFS和OS分别为8.3 vs 11.0个月(P=0.285)和14.3 vs 37.0个月(P=0.020);mTOR通路突变的患者和未发生突变患者的中位PFS和OS分别为6.3 vs 10.3个月(P=0.020)和15.6 vs 19.6个月(P=0.892),通路相关基因发生突变,对生存均没有显著影响.结论:TP53及PI3K通路激活的胆管细胞癌患者整体预后显著差于未激活的患者,mTOR通路激活及IDH突变对预后及疗效没有显著影响的靶点.
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全外显子及靶向文库捕获测序在多囊肾病基因诊断中的应用比较
目的 比较全外显子和靶向文库捕获高通量测序对多囊肾病相关基因的检测效率.方法 对6份多囊肾病标本(包括一份低比例嵌合变异标本)分别进行全外显子捕获或靶目标捕获2种方法建立文库,Illumina HiSeq 2000仪器连续双向测序.结果 以PKD1、PKD2和PKHD1 3个基因作为目标序列,靶向捕获法平均测序深度为190倍,5倍以上测序深度占全部有效序列的85.59％,靶区域覆盖度95％以上,但PKD1第一外显子仍有200～300 bp区域不能覆盖;全外显子捕获法平均测序深度为28.34倍,5倍以上测序深度占全部有效序列的55.35％,目标区域覆盖度较低,PKD1外显子覆盖度小于40％. 结论 靶向文库捕获测序法具有较高的敏感性、准确性,更适合PKD基因变异的检测,但高通量测序技术对PKD1基因检测仍有不足之处.
