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Ion Torrent PGMTM测序在急性髓系白血病检测中的应用
目的 探讨Ion Torrent PGMTM测序平台用于急性髓系白血病(AML)患者基因突变检测的可行性.方法 提取27例AML患者初次治疗前的骨髓DNA,用Ion Torrent PGMTM测序仪对50个常见的肿瘤基因热点突变区进行检测,同时用Sanger测序法检测FMS样酪氨酸激酶3(FLT3)和核仁磷蛋白1(NPM1)基因的突变情况以进行验证.结果 50个目标基因中检出17个基因共29个突变位点,单个基因有多种突变方式,以单碱基替换为主.突变频率高的是NPM1(22.2％)和FLT3(18.5％).用Sanger测序法验证,NPM1两种方法检测的吻合度为100％,在FLT3验证中,其中有1例Sanger测序为阳性,而Ion Torrent PGMTM检测为阴性.结论 Ion Torrent PGMTM能够在短时间内得到AML患者的基因突变谱,但其在检测长片段插入/缺失中的缺陷仍需改进.
关键词： Ion Torrent PGMTM 急性髓系白血病 基因突变 测序 -
下一代测序法对新生儿进行苯丙酮尿症致病突变的筛查
目的 运用基于半导体芯片技术的下一代测序方法对苯丙酮尿症相关基因进行基因测序,筛查出常见的致病突变位,探讨半导体测序技术在遗传病检测方面的应用价值. 方法 采用AmpliSeq方法通过多重PCR捕获目的片段,然后构建文库,用Ion Torrent PGMTM测序仪进行测序反应,与Sanger一代测序法进行结果比较验证. 结果 75个临床检测为苯丙酮尿症样本中有57例含致病突变位点,包括有杂合突变、纯合突变以及复合杂合突变.下一代测序结果与Sanger一代测序结果完全一致. 结论 半导体测序能准确检测苯丙酮尿症常见致病突变,对遗传病发病机制的研究及筛查具有一定的应用价值.
关键词： 苯丙酮尿症 半导体测序 Ion Torrent PGMTM 基因突变 PAH基因 -
应用Ion Torrent PGMTM平台进行人mtDNA全基因组测序
目的 应用Ion Torrent PGMTM平台对人线粒体基因组全序列进行分析检测.方法 采集39名辽宁汉族无关个体以及4个母系家系的14名相关个体样本,应用SequalPrepTM Long PCR试剂盒进行扩增,应用Ion ShearTM PlusReagents试剂盒和Ion Plus Fragment Library试剂盒等构建文库,并在Ion Torrent PGMTM平台上进行线粒体基因组全序列测序.结果 在39名无关个体共观察到39种单倍型,在396个位置观察到了397种碱基变异.无关个体中出现的变异位点数目为25 ～ 53个,平均每个个体出现36.2个碱基变异.4个母系家系中每个家系成员间具有完全相同的mtDNA单倍型,严格遵守母系遗传.结论 采用本研究建立的人线粒体基因组全序列的测序检验法,可显著提高mtDNA的个体识别能力,在法庭科学领域中有较好的应用价值.
