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轮状病毒NSP5和NSP6在感染过程中的作用
轮状病毒(RV)是婴幼儿胃肠道疾病的主要病原体,RV基因组由11个分节段的双链RNA组成,分别编码6个结构蛋白和6个非结构蛋白,其中第11基因片段编码NSP5和NSP6两个非结构蛋白.NSP5蛋白较大,含200个氨基酸,分子量约为21Kd.NSP5在病毒感染细胞中以二聚体形式存在,是一个高度磷酸化的蛋白,可与RV其它非结构蛋白或结构蛋白相互作用,具有RNA结合活性,在病毒复制过程中主要通过与NSP2的一系列相瓦作用发挥功能.基因11编码的另一个蛋白是NSP6,大多数RV中NSP6由92个氨基酸组成,分子量约为11Kd.并非所有RV毒株都有NSP6编码区,如Mc323和512C毒株.NSP6在病毒感染细胞中表达量很低.目前,关于NSP6的性质,在细胞中的定位以及在病毒复制过程中的作用研究较少.NSP5和NSP6由同一基因片段编码,对它们的结构和功能及其相互间的关系研究还不多.本文对NSP5和NSP6在RV复制过程中的研究作简要综述.
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TB-Chen株轮状病毒NSP5/NSP6及基因型的初步研究
TB-Chen病毒是一株分离自中国胃肠炎患儿的A组轮状病毒.研究结果表明,TB-Chen病毒的NSP5和NSP6由第10基因组节段编码,该节段全长816bp.NSP5含200个氨基酸,南第22～624位核甘酸(nt)编码,预测分子量为21.9 kD,等电点为7.86.NSP6含92个氨基酸,由第80～355位nt编码,预测分子量为11 kD,等电点为9.65.对编码NSP5和NSP6的ORF核苷酸序列的分子进化分析结果表明,A组RV的NSP5至少可分为7个不同的基因型(H1～H7型),TB-Chen株NSP5属于H2型;NSP6至少可分为8个基因型(h1～h8型),TB-Chen株NSP6属于h2型.这是首个对A组人RV的NSP6基因分型的研究结果的报道,并且我们建议NSP6的基因型以英文字母"h"代表,如TB-Chen株的NSP5/NSP6基因型为H2h2,69M株的NSP5/NSP6基因型为H7h7,Wa株与KU株的NSP5/NSP6基因型为H1h8.
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一种通用的基于NSP5基因的A组轮状病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立
建立一种通用的检测不同物种来源A组轮状病毒的逆转录实时荧光定量PCR方法(RT-qPCR).根据轮状病毒保守的NSP5基因的保守序列设计引物和探针,建立并优化RT-qPCR检测体系;同时通过9份轮状病毒毒株和96份临床标本的检测对该方法和目前常用的基于NSP3基因的2种RT-qPCR方法进行灵敏度和检出率的比较.新建立的RT-qPCR方法特异性高,重复性好;与基于NSP3基因的方法相比:(1)在临床标本检测中,检出率无差异;(2)9株培养病毒检测中,NSP5体系可全部检出,两个NSP3对照体系NSP3-1和NSP3-2的检出率分别为78.78％(7/9)和88.89％(8/9);(3)NSP5体系与对照NSP3-1体系灵敏度相当,检测下限比NSP3-2体系低100倍.本研究建立的基于NSP5的荧光定量PCR体系灵敏度高,可检测毒株范围广,为检测不同物种来源的A组轮状病毒提供一种新的选择.
