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间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用
目的 评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotypmg)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用.方法 收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用.结果 使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型.湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P＜0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省.结论 MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势.将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果.不同地区的菌株有不同的特点.
关键词： 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 可变数量串联重复序列 基因分型 -
IS6110-RFLP、Spoligotyping和MLVA在结核分枝杆菌基因分型中的应用研究
目的 评价IS6110限制性片段长度多态性(IS6110-RFLP)、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)3种方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用.方法 分别采用IS6110-RFLP、Spoligotyping及MLVA对40株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法的分型效果.结果 使用IS6110-RFLP方法,40株结核分枝杆菌呈现出35种基因型,33株具有独特的基因型;使用Spoligotyping方法,40株结核分枝杆菌呈现出17种基因型,11株具有独特的基因型;使用MLVA方法时,40株结核分枝杆菌呈现出34种基因型,29株具有独特的基因型;当3种方法联合使用时,40株结核分枝杆菌呈现出39种基因型,38株具有独特的基因型.结论 MLVA和IS6110-RFLP方法的分辨率高于Spoligotyping,但是对于IS6110单拷贝或低拷贝的菌株,MLVA方法的分辨率要高于IS6110-RFLP.MLVA、IS6110-RFLP和Spoligotyping联合应用可有效地进行结核病的流行病学调查和病原学监测.
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多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选
目的 对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用.并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点.方法 分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果.结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型.VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型.结论 北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行.对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平.
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中国炭疽芽胞杆菌中11个串联重复序列位点的特征和分布
目的 检测炭疽芽胞杆菌中可变数量串联重复序列(VNTR)的变化,分析我国菌株中VNTR的特征和分布规律.方法 PCR扩增.琼脂糖电泳和毛细管电泳,测序验证,BLAST比对等.结果 11个VNTR位点中有4个在所有菌株中没有差别,另外7个位点只在个别菌株中检测到差别,有差别的菌株多分布在新疆；11个VNTR位点均位于基因编码区内,编码对细菌生存重要的蛋白和一些功能不明蛋白.结论 结果提示新疆的菌株类型较复杂；本研究中的VNTR位点比较保守,可能不能用于区别不同的炭疽芽胞杆菌,但对于了解炭疽芽胞杆菌的基因组特征以及鉴定炭疽芽胞杆菌具有一定的作用.
关键词： 炭疽芽胞杆菌 可变数量串联重复序列 特征 分布 -
江苏省67株结核分支杆菌MLVA分型分析
目的初步探讨江苏省结核分支杆菌的数目可变串联重复序列(VNTR)的分布特征.方法采用多位点串联重复序列(MLVA)分型方法,对从江苏省病人分离的结核分支杆菌的VNTR进行PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳,通过BioNumerics 3.0软件分析其VNTR的多态性和聚类分析.结果共选取了15个VNTR位点,对67株结核分支杆菌进行了检测分析,结果显示明显的基因多态性,可分8个基因型(Ⅰ～Ⅶ型),其中较多的一型菌株占32.6%,其他型别菌株数量较接近,没有特别明显的优势型别.结论江苏省结核分支杆菌具有明显的多态性,MLVA分型技术具有稳定、简单、可重复的优点,可用于结核分支杆菌的流行病学调查.
关键词： 结核分支杆菌 可变数量串联重复序列 多位点重复串联序列
