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水稻条纹病毒两个分离物RNA4基因间隔区的序列比较
通过RT-PCR扩增了我国水稻条纹病毒(RSV)山东济宁(JN)、云南宜良(YL)两个分离物RNA4基因间隔区(intergenic region,IR)序列,并克隆于pGEM-T easy载体上.序列分析结果表明:JN、YL两分离物RNA4 IR均由654个核苷酸组成,两者之间的同源率为92%.JN、YL两个分离物RNA4 IR在AU碱基富集处可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但另一个由于碱基变异导致所形成的发夹结构的稳定性在各个分离物中差异较大.这些结果说明了我国水稻条纹病毒存在明显的分子变异.
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特超强毒型马立克病病毒囊膜糖蛋白I基因序列及与其它致病型毒株的比较
特超强毒型648A株马立克病病毒(MDV)的囊膜糖蛋白I(gI)基因经PCR扩增后克隆进pUC18质粒载体,并对其ORF完成了DNA测序.与已发表的其它致病型毒株的糖蛋白I的DNA和氨基酸序列比较表明,648A株的gI基因序列与超强毒RBIB株已发表的ORF 5'端761个碱基完全相同.但是在该基因中完整ORF的1068个碱基中,648A株与强毒GA株间有8个碱基变异并导致7个氨基酸的变化,且这一变化主要发生在该基因的5'端,其3'端三分之一完全相同.
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广州动物园鸬鹚鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定
目的 以核糖体DNA(rDNA)的第一与第二内转录间隔区序列(ITS-1及ITS-2)鉴定从广州动物园鸬鹚体内分离出来的鲁道夫对盲囊线虫种类.方法 将鲁道夫对盲囊线虫样品GZ1、GZ2、GZ3和GZ4的ITS-1、5.8 S、ITS-2进行PCR扩增及序列分析,并与GenBankTM公布的Contracaecum rudolphii A、B种相应序列进行比较.结果 来自鸬鹚体内的4条鲁道夫对盲囊线虫具有相同长度的ITS序列,其ITS-1、5.8 S、ITS-2分别为451、157和268 bp,与GenBankTM公布的鲁道夫对肓囊线虫B种(C.rudolphii B)序列几乎完全一致,但在第108位缺失T.结论 来自广州动物园鸬鹚体内的对盲囊线虫是C.rudolphii B.
关键词： 鸬鹚 对盲囊线虫 内转录间隔区(ITS) PCR扩增 序列比较 -
用T7噬菌体展示筛选系统筛选与靶蛋白相结合的蛋白
目的:建立有效的T7噬菌体筛选系统,筛选与靶蛋白(信号分子)有结合关系的多肽或蛋白.方法:以p38MAPK、PRAK为靶蛋白,分别用不同的介质(ELISA平板和Ni-NTA亲和树脂),通过结合-洗脱-扩增3个步骤,筛选噬菌体cDNA文库(T7人肝和/或人肺cDNA文库).结果:选择第四轮筛选后的洗脱噬菌体单个噬斑克隆,经EDTA处理后利用特异性PCR引物扩增插入片断,回收PCR产物并进行顺序,将获得的序列在美国国立卫生院(NIH)的GenBank数据库中进行同源序列比较,获得若干编码蛋白的序列.在这些蛋白中有激酶、转录因子、细胞骨架相关蛋白和离子通道相关蛋白等.结论:T7噬菌体展示筛选系统是用来筛选新的结合蛋白一个非常简单、快速和有效的工具,筛选的p38和PRAK结合蛋白对进一步研究MAPK信号转导通路的复杂功能和调节机制提供了很好的机会.
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我国肝病病人和健康人群中TTV基因型分析
目的分析我国肝病患者和健康人群TTV基因型.方法用巢式PCR扩增我国不同地区不明病因的急性肝炎、慢性肝炎、肝硬化、肝癌和自然健康人群TTV DNA片段,并对PCR产物进行克隆,测序分析和同源性比较.结果武汉WH1、WH2、WH3 3个病人血清中TTV DNA序列与N22同源性分别为97% 、97% 和98% ;广州GZ 1、GZ2、GZ3 3例病人血清中TTV DNA 序列与N22同源性分别为98% 、95% 和95% ;山东SD2、SD3 TTV DNA序列与N22同源性分别为94.6% 和95.5% ;广州GZ4、山东SD1、新疆XJ1病人TTV DNA序列与TXO11同源性分别为98% 、98% 和95% .结论根据 Okamoto分类方法,我国TTV属于两个亚型,即基因1型中的a和b亚型.
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新西兰长耳兔作为TTV感染动物模型初步研究
为了探讨TTV是否能在新西兰长耳兔（以下简称兔）复制,我们进行了TTV对兔传代感染试验，证明它能感染也能传代。一、材料与方法１. 实验动物：由湖南省卫生防疫站提供成年新西兰兔。2. 第一代感染实验：收集六份非甲至非庚型肝炎TTV阳性血清，每只兔由耳静脉注射阳性血清１ml，定期采血（感染前采血，感染后每周采血一次），分离血清，当天检测生化指标，血清标本于－20℃保存备用。第二、第三代感染试验，用四只兔进行接种，其中２只兔感染成功继续接种，方法与第一代实验相同。将第二代感染成功兔血清1ml接种于第三代兔体内。3. 感染指标及测定方法：(1)标本中TTV DNA的检测，用nest－PCR方法检测血清中TTV DNA。(2)生物化学指标检测：对感染兔进行系列采样，定期测定ALT和直接、间接胆红素等各项指标的变化。(3)感染兔体内TTV DNA基因的克隆及序列测定：从感染TTV的血清标本中克隆TTV的部分基因进行序列测定，操作按常规进行,对测定序列采用Golbenkey Clustail及Blast程序软件进行序列比较。
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11株经输血传播病毒（TTV）基因型分析
目的对11株经输血传播病毒（transfusion transmit virus，TTV）进行基因型分析。方法用巢式PCR扩增不同地区不明病因的急、慢性肝炎，肝硬化、肝癌和自然健康人群TTV DNA片段，并对此巢式PCR产物进行克隆，测序分析和同源性比较。结果 11例标本的222bp（引物序列除外）的TTV DNA同源性比较结果为：武汉WH1、WH2、WH3 3个患者血清中TTV DNA序列与N22同源性分别为97.0%、97.0%和98.0%；广州GZ1、GZ2、GZ3 3患者血清中TTV DNA 序列与N22同源性分别为98.0%、95.0%和95.0%；山东SD2、SD3 TTV DNA序列与N22同源性分别为94.6%和95.5%；广州GZ4、山东SD1，新疆XJ1患者TTV DNA序列与TX011同源性分别为98.0%、98.0%和95.0%。结论根据 Okamoto的分类方法，这11株TTV可属于两个亚型，即基因1型的a和b亚型。
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RNA二级结构预测方法研究
本文提出一种结合多序列比较,基于碱基对思想将RNA序列进行预处理,并利用动态规划法寻找特征值进行子序列划分,运用小自由能原理进行结构预测的新方法.本文从公共数据库选取数据,对算法的准确性进行验证,用碱基对距离、爬山距离及形态学距离对新方法运算结果实行评估,同时将评估结果与多种预测工具的预测效果相比较,分析新方法的优势及改进方向.
