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螺蛳分子系统发育的初步研究
目的 建立田螺科已有种类的系统发育关系,探讨螺蛳(Margarya melanioides)的分类地位.方法 测定采自云南高原湖泊中的螺蛳、方形环棱螺和中华圆田螺的线粒体COI、16S rRNA基因序列,并结合GenBank中田螺科已有物种序列,计算螺蛳和其他主要类群的遗传距离,用大简约法(MP)、大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建包含螺蛳的田螺科部分物种系统发育树.结果 COI基因第三位密码子转换已达到饱和.在COI基因片段数据集、COI第1,2位密码子数据子集、16S基因片段数据集中,螺蛳与圆田螺属的遗传距离小.在MP法、ML法、BI法构建的系统发育树中,螺蛳和中华圆田螺聚为一支,我国的环棱螺属种类和非洲该属未聚在一起.结论 螺蛳与中华圆田螺的亲缘关系较近,线粒体COI联合16S基因片段可以弥补形态学在研究田螺科物种系统发育关系时的不足.
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使用PCR检测角膜绿脓杆菌
目的:确定一个种特异性的实时聚合酶链反应(PCR)法检测绿脓杆菌(PA),一个可能提供给其他细菌病原体通用目标的用于PA的次一级目标DNA,并验证这种用于诊断测试的检测方法.方法:利用已知PA的角膜炎株建立对ecfX PA基因和16S rRNA基因的PCR检测.两个实验的结果参数是"检测限"(LOD),扩增效率(AE)和聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)扩增产物分析.两种检测方法通过对20例PA DNA阳性的真阳性临床标本和20例不含有PA DNA的真阴性样品的检测进行了验证.描述性统计和PAGE分析用作为结果参数.结果:通过ecfX检测的AE为96.6%,而LOD为每微升33.6目标DNA拷贝.16S rRNA检测的AE为103.4%,而LOD为每微升8.12拷贝.ecfX和16S rRNA 检测的敏感性,特异性,阳性预测值,阴性预测值,效率分别为(75%,95%,94%,79%和85%),及(70%,100%,100%,77%和85%).这两种PCR方法经过了验证,通过了PAGE分析的DNA图谱确认.结论:这里描述的PCR方法可能是对PA角膜炎标准诊断方法的一种有用的辅助检测.
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新型16S rRNA基因芯片在新生儿败血症病原检测中的价值研究
目的 探讨新型16S rRNA基因芯片在新生儿败血症病原检测中的价值.方法 选择2015年1月至2017年12月北京大学深圳医院新生儿科收治的疑似败血症新生儿为研究对象,对所有新生儿抽取静脉血分别用血培养和基因芯片法进行病原检测,比较两种方法检测的阳性率、检测所需时间和检测所需血量.结果 共纳入306例疑似败血症新生儿,其中血培养阳性34例(11.1％),基因芯片法阳性54例(17.6％);98例诊断为新生儿败血症,其中血培养阳性34例(34.7％),基因芯片法阳性52例(53.1％),基因芯片法阳性率均高于血培养(P＜0.05);基因芯片法对新生儿败血症5种常见病原的检出率高于血培养.血培养报阳时间为(14.6 ±5.5)h,鉴定病原时间为(72.9±19.0)h,基因芯片法报阳时间和鉴定病原时间均为3h,基因芯片法检测病原所需时间明显短于血培养(P＜0.001).血培养耗血量1～2 ml,基因芯片法耗血量0.5 ml,基因芯片法耗血量少于血培养.结论 与传统血培养相比,基因芯片法能快速检测血中病原菌,有较高的阳性率,并可减少采血量,通过不断改进与完善,在新生儿败血症诊断中有较大的应用价值.
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16S rRNA基因测序在法医学中的研究进展
法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一.16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点,是法医学鉴定的理想标记.伴随着高通量测序技术的快速发展,对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域.在法医学领域,以16S rRNA基因测序为代表的法医微生物研究成果也逐步应用于法医学实践中的生物检材鉴定、个体识别、死亡时间推断、地域推断等方面,为案件的侦查提供线索,为传统方法作为补充和辅助.本文阐述了16S rRNA基因测序应用于法医学领域的研究方法和相关测序技术,综述了其在法医学领域的研究进展,探讨了16S rRNA在法医学中的应用价值和潜力.
