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明党参遗传多样性的SRAP分子标记
目的:研究明党参的遗传多样性,为明党参种质资源利用提供理论依据.方法:以10个不同居群的明党参为材料,通过SRAP分析,计算各样品间的遗传相似系数,在此基础上采用UPGMA方法进行聚类,构建树状图.结果:从160个引物组合中筛选得到17个多态性引物组合,共检测到363个基因位点,其中多态性位点有314个,平均每个引物组合产生18.47个多态性位点,多态性位点百分率为86.50%,显示了较高的多态性比率;各居群遗传相似系数在0.495 9～0.818 2;根据聚类结果可将10个不同居群的明党参分为两大类.结论:明党参不同居群间具有高度的遗传多样性;不同居群的亲缘关系与其地理分布有一定的相关性.
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药用石斛遗传多样性的SRAP标记研究
目的:利用SRAP分子标记技术进行药用石斛的遗传多样性研究.方法:采用在本实验中优化的SBAP反应体系,应用NTSYS软件对9种供试石斛的SRAP-PCR结果进行分析.结果:从中筛选得到40对多态性引物组合,共产生1 782条多态性条带,平均每个引物组合产生44.55条多态性条带,显示了较高的多态性比率.聚类分析40对引物组合的扩增结果,供试材料分为2大类,Jaccard's遗传相似系数在0.330 2～0.789 2.结论:SRAP技术可有效地应用于药用石斛的遗传多样性及亲缘关系的研究.
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半夏种质资源遗传多样性的SRAP分析
目的:利用SRAP标记技术对全国不同产地和表型的半夏居群进行了遗传多样性分析.方法:从80对引物中筛选出14对合适的引物进行半夏不同居群的SRAP分析,用SPSS 16.0软件分析,建立Jaccard相关系数矩阵,构建遗传树系图.结果:14对SRAP引物共扩增出171条带,多态位点百分率为15.8%,35个半夏居群中表型先于产地聚类在一起.结论:SRAP标记适合于半夏的DNA遗传多样性分析;在半夏种质资源划分上产地较表型更为重要.
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利用SRAP和ISSR标记分析川党参的遗传多样性
目的:川党参Codonopsis tangshen的遗传多样性研究.方法:对18个不同来源地的川党参种质进行SRAP(sequence-related amplified polymorphism),ISSR (inter simple sequence repeat)分析.利用TREECONW软件分析遗传相似系数,UPGMA方法构建亲缘关系系统图.结果:29条SRAP引物组合共得到329条扩增条带,其中有266条呈现多态性,占80.85%,平均遗传相似系数为0.712 1.21条ISSR引物共得到223条扩增条带,其中有166条呈现多态性,占74.44%,平均遗传相似系数为0.778 1.2种标记均表明川党参具有较高的遗传多样性.聚类结果显示川党参种质亲缘关系与地理分布相关性不显著.2种标记系统得到了相似但并不完全相同的聚类图,2种标记方法间存在显著相关性(r=0.802,P＜0.01).结论:川党参种质的遗传多样性水平较高.SRAP与ISSR标记均适用于川党参种质的遗传多样性分析.
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重庆何首乌遗传多样性的SRAP研究
目的:采用新型分子标记SRAP对重庆地区何首乌资源进行遗传多样性研究,为何首乌种质资源的分类、鉴定和选种打下良好的理论基础.方法:选择重庆各地区形态差异较大的16份何首乌材料进行SRAJP多态性分析,利用DPSv 3.01和UPGMA法进行聚类分析,构建遗传系统树.结果:从155个引物组合中筛选出104个多态性组合,共扩增产生了250个多态性位点,聚类分析结果显示,16份材料可以分为2大类和1个特异类,Nei&Li相似系数在0.23～0.99,平均遗传距离为0.44.结论:何首乌资源遗传关系大体上符合地域差异,但也不能完全按照地理位置来判定它们的亲缘关系,应有少量的变异,SRAP技术研究中药资源多样性具有极大的优越性和可行性.
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玄参3种栽培类型遗传关系和遗传多样性的SRAP研究
目的:从分子水平上研究玄参3种栽培类型的遗传关系和遗传多样性.方法:对玄参3种不同栽培类型的92个单株进行SRAP分析.运用POPGENE version 1.31软件计算相关参数,采用UPGMA聚类法进行聚类分析.结果:①20个SRAP引物共扩增出227条带,其中有119条呈多态性.②玄参3种不同栽培类型的遗传多样性居中等水平.在物种水平上,多态位点百分率PPB=52.42%,平均每个位点的有效等位基因数N_e=1.281 2,Nei's基因多样性指数H=0.167 1,Shannon's多样性信息指数H_(sp)=0.252 6.在栽培类型水平上,PPB=21.44%,N_e=1.121 6,H=0.072 5,shannon's多样性信息指数H_(pop)=0.108 3.③Nei's基因多样性指数计算的栽培类型间遗传分化系数(0.562 5)与shannon's栽培类型分化系数(0.571 3)基本一致,均说明大部分遗传变异存在于栽培类型间.④栽培类型间基因流为0.388 9,说明栽培类型间基因流动较少,遗传分化程度较高.⑤两两栽培类型间的Nei's遗传一致度(Ⅰ)的范围为0.808 2～0.913 3.根据Nei's遗传距离进行各类型间的UPGMA聚类,基于SRAP分子标记的聚类结果与形态分类基本一致.结论:栽培玄参的遗传多样性居中等水平,且栽培类型间的遗传差异大于栽培类型内的遗传差异.
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灰毡毛忍冬主栽品种的遗传多样性及其亲缘关系分析
目的:研究灰毡毛忍冬主栽品种的遗传多样性及其亲缘关系.方法:以灰毡毛忍冬的5个主栽品种为试材,采用ISSR和SRAP分子标记技术,利用Treeconw软件分析处理数据,UPGMA法聚类,构建亲缘关系系统图.结果:20条ISSR引物共得到186条扩增条带,其中有103条呈现多态性,占54.63％,遗传距离0.058 4～0.230 8,平均值为0.1902.58个SRAP引物组合共得到591条扩增条带,其中有347条呈现多态性,占55.46％,遗传距离在0.1071～0.261 1,平均值为0.212 2.2种标记均表明灰毡毛忍冬主栽品种的遗传多样性仅居中等水平.2种标记系统得到了相似但并不完全相同的聚类图.结论:灰毡毛忍冬主栽品种有中等水平的遗传多样性,ISSR与SRAP标记均适用于其遗传多样性的分析.
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地黄不同种质的遗传多样性和质量分析
该研究对地黄栽培种质的遗传多样性和药材质量进行综合评价,为筛选优良种质提供理论指导.采用SRAP分子标记分析21份地黄种质的遗传多样性,并结合HPLC测定其梓醇和毛蕊花糖苷的含量.结果表明,地黄种质的梓醇和毛蕊花糖苷的质量分数分别为2.393％ ～6.519％和0.063％一0.478％,其中种质14号、种质15号、种质16号和种质20号的梓醇及毛蕊花糖苷含量较高;10对引物共扩增出57条带,其中40条为多态性条带,各种质多态位点百分率为8.77％～ 54.39％,地黄总的Nei's基因多样性指数(H)为0.374 1,Shannon's多态性信息指数(Ⅰ)为0.546 6;种质间遗传分化系数Gst与基因流Nm分别为0.608 8,0.321 3;基于遗传一致度,21份种质聚为2类.地黄种质遗传多样性水平为中等偏低水平;综合考虑梓醇、毛蕊花糖苷含量和遗传多样性水平,种质7和种质18可作为地黄栽培的优选材料;种质15和种质16可作为地黄种质的保存和品种选育对象.
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通江百合天然群体遗传多样性的SRAP分析
目的 采用SRAP标记技术对通江百合天然群体遗传多样性进行研究.方法 通过SRAP标记对通江百合10个天然群体100个个体遗传多样性进行分析,利用POPGENE 1.32和NTSYS-pc进行数据分析.结果 选择15对引物共扩增出170个位点,多态位点163个,种水平上多态位点百分率为90.58%,Nei's基因多样度指数H0.2631,Shannon's信息指数I0.3661；遗传分化系数Gst0.3672,遗传距离变化范围为0.2021～0.5749.结论 通江百合物种水平上的遗传多样性较高；居群内遗传多样性大于居群间遗传多样性,变异主要存在于居群内部；聚类结果与地理分布表现出明显相关性.
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部分粉葛品种遗传关系的SRAP研究
目的:粉葛品种间遗传关系的分析.方法:以野葛和苦葛为外组,18个粉葛栽培品种为试材,通过SRAP分析,利用TREECONW软件分析遗传距离,UPGMA方法聚类,构建聚类树状图.结果:22对引物组合共得到338条扩增条带,其中有216条呈现多态性,占63.9%,平均每对引物组合产生15.4个位点和9.8个多态性位点,揭示了粉葛较为丰富的遗传多样性.粉葛品种遗传距离变化范围在0.0047～0.2658,平均0.136;聚类结果显示18个粉葛品种及外组被明显地划分三大聚类群,大部分品种并没有按地域形成独自的类群.结论:SRAP标记为粉葛遗传关系研究提供了新的DNA分子标记技术手段.
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与红花苞叶刺性状紧密连锁的SRAP分子标记研究
利用相关序列扩增多态性(SRAP)技术研究与红花苞叶刺性状紧密连锁的基因,为研究与红花重要性状相关的遗传基础及红花的分子标记辅助育种提供实验依据.采用分离体分组混合分析法(BSA),以杂交F2代红花个体苞叶刺多而长以及苞叶无刺的极端性状为依据,分别构建有刺与无刺两个近等基因池.利用SRAP标记技术,在两亲本及基因池间筛选45对引物,通过单株验证,获得与红花苞叶刺性状连锁的1个SRAP标记(M3E3).从聚丙烯酰胺凝胶上回收和克隆SRAP片段(M3E3),并测序.该标记在苞叶有刺的20个单株中,有16株扩增出该特异性条带,4株未扩增出该条带.苞叶无刺的15个单株均无该条带.经计算,该标记和有刺红花基因之间的交换值为11.4%,说明两者之间紧密连锁.该片段的精确长度为349 bp,其碱基组成为A+T=41.08%.与红花苞叶刺性状紧密连锁的SRAP标记M3E3可作为无刺红花品种选育的辅助分子标记.
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利用SSR、SRAP和ISSR分子标记构建首张丹参遗传连锁图谱
以2个丹参(Salvia miltiorrhiza Bge.)品系杂交得到的94株F1代植株为作图群体,利用SSR (simple sequence repeat,简单重复序列)、SRAP (sequence-related amplified polymorphism,相关序列扩增多态性标记)和ISSR (inter-simple sequence repeat,内部简单重复序列)标记进行了首张丹参遗传连锁图谱的构建.该图谱包含8个连锁群,93个标记位点,覆盖长度400.1 cm,平均图距4.3 cm;各连锁群包括2～23个标记,遗传距离3.3～132cm.该图谱为丹参相关数量性状的基因定位、分离以及克隆奠定了重要基础.
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东北6种蒲公英瘦果形态聚类分析及分子系统学证据
采用瘦果形态与微形态学及分子系统学方法对东北地区6种蒲公英进行聚类分析与鉴定研究,为蒲公英属(Taraxacum F.H.Wigg.)分类及亲缘关系研究提供瘦果形态(微形态)学及分子系统学证据.利用体式数码光学解剖镜和电子探针显微镜,对东北地区6种蒲公英瘦果进行观察比较,根据瘦果大小、形状、颜色、喙基比例及微形态表面纹饰特征、刺瘤分布与大小等18个性状指标进行聚类分析.同时利用SRAP分子标记对6种蒲公英(Taraxacum)亲缘关系进行分子系统学分析论证.结果表明,蒲公英属种间瘦果形态特征差异明显,尤其是刺瘤分布及大小、瘦果颜色与大小等特征；基于瘦果形态(微形态)特征及聚类结果将丹东蒲公英(T.antungense Kitag.)和卷苞蒲公英(T.urbanum Kitag.)归并为一个种.瘦果形态学聚类分析和SRAP分子标记的聚类结果与《中国植物志》检索表中的类群划分结果一致.蒲公英属植物瘦果形态特征稳定保守,可根据瘦果形态特征组合差异性进行种间划分和亲缘关系分析；基于瘦果形态学及SRAP分子标记的两种聚类结果均支持《中国植物志》对这6种蒲公英的分类结果.
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采用ISSR和SRAP技术评价浙南忍冬属药材遗传多样性
目的 评价浙南忍冬属LoniceraL.药材遗传多样性.方法 采用ISSR和SRAP分子标记技术检测5种忍冬属药材遗传多样性,NTSYS软件处理数据,UPGMA构建聚类图;Mantel检测法对2种标记进行相关性检验;用引物分辨力(RP)、多态性条带比率(PPB)等参数对标记效率进行评价.结果 16条ISSR引物和22对SRAP引物分别扩增出232、215条带;UPGMA可将5种忍冬属药材聚为2大类,一类为金银花基原植物,另一类则为山银花基原植物,两种标记技术相关系数(r)为0.970 3.结论 ISSR和SRAP均可有效地分析忍冬属药材资源的遗传多样性,且ISSR标记技术优于SRAP.
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青葙SRAP体系的建立和优化
目的 探讨影响青葙SRAP(sequence-related amplified polymorphism)扩增的各种因素,建立并优化青葙SRAP反应体系,为分子水平鉴定青葙子及其伪品,探讨青葙不同种质问的亲缘关系奠定基础.方法 用CTAB法提取青葙DAN,设计Taq酶浓度(0.02、0.04、0.06 U/μL)、dNTP浓度(0.10、0.20、0.30 mmol/L)、Primer浓度(0.15、0.30、0.45μmol/L)3水平3因素试验和Mg2+浓度(0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0 mmol/L)8水平单因素试验.在25 μL体系中加入模板DNA 20 ng,对体系进行优化,用琼脂糖进行检测.结果 建立了适合青葙的SRAP体系,在25 μL体系中,DNA为20 ng,Taq酶浓度为0.04 U/μL,dNTP浓度为0.30 mmol/L,Primer浓度为0.30 μmol/L,Mg2+浓度为2.5 mmol/L,优化后的体系目标条带增多,且比较稳定,重现性好,得到了较好的扩增效果.结论 本研究建立的反应体系适合青葙SRAP的研究.为从分子水平鉴定青葙子正品与伪品以及鉴定青葙不同种质资源奠定了基础.
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不同来源丹参种质遗传多样性的SRAP标记分析
目的 解决丹参育种工作中的丹参种质资源的鉴别与分类.方法 利用SRAP分子标记技术对48个不同来源的丹参种质进行了遗传多态性的分析,并对其进行了类群的划分.结果 利用筛选到的15对SRAP引物组合从材料中检测到了120个等位位点.利用不加权成对群算术平均法(UPGMA)对丹参种质进行聚类分析可以将其分为两大类群,每一类群包含3个亚群.结论 不同丹参种群间遗传距离与空间距离之间的关系较为复杂,不同地区间丹参种质的遗传分化不均衡.随着丹参种质驯化程度的增加,种质问的遗传距离有所增加.
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不同品种郁金的SRAP研究
目的 用SRAP技术探讨郁金类药材原植物分类,并为郁金类药材的种质资源提供一定的依据.方法 对来源于姜科姜黄属的郁金类药材的9个样品进行了SRAP研究.结果 从上、下游各10个引物形成的100个引物组合中筛选出扩增产物条带信号强、重现性好、特征性好的27个引物组合,扩增,得到847条条带,其中多态性条带397条,平均每个引物组合产生14.7条多态性条带.结论 SRAP技术可以很好地分析郁金原植物的种间关系.结合形态学资料,将6个郁金品种分为了2个组,一组花序从叶鞘抽出,包括黄丝郁金和黄白丝郁金,黄白丝郁金应为黄丝郁金即姜黄的栽培变种Curcuma longa L.cv.chuanyujin;一组花序从根茎抽出,包括绿丝郁金、白丝郁金、桂郁金和温郁金,其中白丝郁金可能为绿丝郁金即蓬莪术的栽培变种C.phaeocaulis Val.cv.baisi.
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金钗石解相关序列扩增多态性反应体系的正交优化研究
目的 建立金钗石斛Dendrobium nobil.相关序列扩增多态性(SRAP)反应体系,为金钗石斛分子生物学研究提供技术支持.方法 运用L25 (56)正交设计对影响金钗石解SRAP反应的5个因素:模板DNA,Mg2+,dNTPs,Taq酶、引物在5个水平上进行优化试验,对PCR结果进行极差分析.结果 金钗石斛SRAP反应佳体系为:25 IA,PCR体系中含有20 ng模板DNA,2.0 mmol/LMg2+,O.2 mmol/L dNTPs,1 U Taq酶,0.6 μmol/L引物.各因素对SRAP反应的影响依次为:Taq酶>Mg2+>dNTPs＞模板DNA＞引物.结论 所建立的金钗石斛SRAP反应体系具有标记位点清晰、多态性丰富、稳定性好等特点,可用于金钗石斛分子生物学的研究.
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SRAP技术在遗传的研究进展
SRAP是一种新型的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点.SRAP利用独特的引物设计对开放读码框(ORFs)进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同及其物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性.本文阐述SRAP的原理和操作流程,综述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、基因克隆、杂种优势利用等方面的研究进展及应用前景.
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SRAP分子标记及其应用概述
序列相关扩增多态性(SRAP)是近年来发展起来的一种新型分子标记系统,它具有简便、中等产量、高共显性、重复性、易于分离条带及测序等优点,大的特点是它针对的是基因的阅读框区域(ORFs).SRAP标记中,引物的设计是关键,它是基于两个引物的扩增,上游引物长17 bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18 bp,特异扩增的是内含子及启动子区域,由于个体不同以及物种之间的内含子、启动子之间间隔长度不同而产生多态性.两个引物均由5'端14～15 bp的核心序列,和3'端3个选择性碱基组成,其中核心序列又由长为10～11 bp的无特异性的填充序列以及CCGG(正向引物中),或AATT(反向引物中)组成.且正向和反向引物中的填充序列必须不同.扩增的过程采用复性变温法,前5个循环复性温度为35℃,后30～35个循环则为50℃,扩增后的DNA片段可用聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶电泳分离,EB、银染或放射自显影检测.目前SRAP已开始在植物种质资源鉴定评价、种缘进化关系、遗传图谱构建、基因定位、重要性状标记以及比较基因组学方面得到成功应用.
