首页 > 文献资料
-
计算机辅助药物设计在中药作用靶点研究中的应用
传统中药在我国有着近三千年的悠久历史,许多方剂至今仍被人们广泛用于临床.但由于中药作用机制及其靶点的不明确,阻碍了实现中药现代化的进程.计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)是随着分子生物学、计算机科学等相应学科发展而研发的一种新的药物研究手段,CADD从理论角度出发,大大减少了药物研发的盲目性.本文就CADD的一些常用技术手段进行了综述,并对各项技术用于中药作用靶点研究的方法、策略以及应用实例进行了介绍.作为一种有效的技术手段,CADD在对中药作用靶点的预测以及推动中药现代化发展方面必将发挥重要作用.
-
浅谈计算机辅助药物设计在中药研究中的应用
计算机辅助药物设计(CADD)的理论和方法,已经发展成为一门综合实用的学科,成为国际上十分活跃的研究领域.近年来中药现代化发展迅速,CADD技术的介入对于中药的多组分多靶点药物的开发,中药作用机制的阐明及中药的现代化有重要的意义.本文探讨了CADD技术在中药研究中的应用.
-
药物设计学教学探讨
药物设计学课程是药学领域近年发展起来的新兴学科,是药学专业的必修课程.药学专业开设以计算机辅助药物设计为主要内容的药物设计学课程,有助于提高学生的新药研发能力.教学过程中从优化教学内容、改进教学方法等方面进行了探讨与实践,使教学效果得到提升.
-
计算机辅助药物靶标搜寻在探索中草药有效成分机制方面的应用
应用INVDOCK软件进行计算机搜寻药物靶标。研究结果显示该软件具有实际应用潜力及在普及型计算机上可进行运算的可行性。此方法除用于研究药物或先导化合物的未知医疗靶标及毒副作用靶标外，亦可用来研究中草药的作用机理。本研究应用INVDOCK寻找数个中草药有效成分的医疗作用靶标并同已知实验结果进行比较。结果表明INVDOCK可作为探索中草药机理的有效辅助工具。
-
灵芝酸抗癌机制的分子模拟研究
目的 分析灵芝酸与肿瘤靶酶的相互作用模式,研究灵芝酸的抗肿瘤机制.方法 根据灵芝酸结构寻找可能的肿瘤靶点,并基于靶点结构,利用分子对接,探讨灵芝酸与靶酶的相互作用模式以及作用强度.结果与结论 预测了灵芝酸与肿瘤靶标的结合方式,有助于理解灵芝酸的抗肿瘤机制.
-
计算机辅助药物设计在中药现代化中的应用
计算机辅助药物设计(CADD)是多学科交叉的边缘学科,在药物研发过程中起着枢纽作用,特别在先导化合物的发现和优化中发挥重要作用.中药现代化足当前我国中药产业发展之路,也是新药研发的有效途径.借助现代高新技术,特别是CADD技术,结合传统中医药理论进行中药研发,似可为中医药发展开辟一条适合我国国情的创新道路.本文主要探讨CADD在药物作用靶点的发现与验证以及中药现代化中的应用及其前景.
-
计算机辅助氨肽酶N抑制剂的设计、合成及初步活性考察
以L-精氨酸为结构母体,设计了63个衍生物,用Sybyl/FlexX软件将衍生物与氨肽酶N(APN)的活性中心对接,得出预测评分值.然后合成了16个分值较高、合成可行性好且未见文献报道的L-精氨酸衍生物,并经1H NMR和MS确证结构.体外抑酶试验和抗肿瘤细胞增殖试验结果显示,化合物A22活性与阳性对照bestatin相当,与APN的对接试验显示两者对接良好.因此,化合物A22可作为先导化合物开发新型L-精氨酸衍生物类APN抑制剂.
-
含吖啶片段的乙酰胆碱酯酶双位点抑制剂的合成及活性测试
以吖啶和苄胺为关键片段,通过不同长度的碳链连接,合成了9个乙酰胆碱酯酶(AChE)抑制剂,并经核磁共振和高分辨质谱分析确证结构.测试了目标化合物对AChE的体外抑制活性.结果显示,目标化合物对AChE的抑制活性随着连接链长度的增加而提高;六碳链化合物的活性佳(IC50=17.19 nmol/L).本研究还通过计算机模拟对接分析,对活性测试结果进行了解析.
-
丹参抗炎分子靶点的计算机虚拟筛选和抗炎实验研究
目的 利用计算机靶标虚拟筛选和细胞分子学理念探讨丹参的抗炎作用机制.方法 利用美国化学文摘(CAS)数据库、ChemDrawUltra 7.0软件、OpenBabe 2.3.2软件、PharmMapper服务器和蛋白质库(PDB)靶标反向预测得出丹参素的作用靶标和TNF-α的配体靶标,使其对接.通过巨噬细胞体外培养和药物干预后,利用RT-PCR和ELISA法测定TNF-α mRNA和蛋白质的表达情况.结果 脂多糖(LPS)刺激后1、2、6、12、24 h的TNF-α mRNA表达量和TNF-α mRNA相对表达量均显著高于LPS刺激前(P值均＜0.01).LPS+丹参10 μmol/L组和LPS+丹参25 μmol/L组的TNF-α mRNA表达量和TNF-α mRNA相对表达量均显著低于LPS组和空白对照组(P值分别＜0.05、0.01).经LPS诱导6、12、18 h后,LPS组TNF-α蛋白质表达量均显著高于空白对照组、LPS+丹参10 μmol/L组和LPS+丹参25 μmol/L组(P值均＜0.05).结论 从计算机虚拟筛选和分子生物学水平均能证实丹参具有抗炎作用.
-
ChemAxon软件包在计算机辅助药物设计课程中的应用
ChemAxon是一种基于Java的跨平台药物信息学综合软件包，是全球领先的专业性化学软件。主要介绍ChemAxon包中的常用的功能及应用，通过实际案例的使用与分析，探索其在药学专业中通过对其功能的使用和实践。在课程中，该软件可以加深学生对于计算机辅助药物设计中小分子信息处理的理解与使用，从而提高学生的综合能力。
关键词： ChemAxon化学软件 计算机辅助药物设计 化学信息学 -
基于云计算的计算机辅助药物设计学课程改革
以云计算辅助教学技术为基础,结合计算机辅助药物设计发展趋势、药学人才培养要求以及药物设计学学科自身特点,构建云计算服务网络教学平台,阐述基于云计算的计算机辅助药物设计教学构架. 对计算机辅助药物设计学课程教学方法进行改革,探讨云计算对计算机辅助药物设计课程改革的意义.
-
基于双链融合创新性药学人才培养模式的CADD课程建设
计算机辅助药物设计在药学领域起着越来越关键的作用.为了培养综合创新性药学人才,暨南大学药学院基于"药物研发链"与"专业课程链"有机融合的理念,设计全新的计算机辅助药物设计(CADD)课程.该课程融合传统教学模式、数字教学模式和综合创新培养模式,旨在解除时间、空间及硬件对学习的限制,充分发挥学生的主体作用,提高学生学习的自主性与积极性,以综合创新实践改善教学效果.
-
基于创新能力培养的药物设计学教学
创新药物研究和开发的实践,促进了药物设计学学科的形成和发展.作为一门综合性交叉应用学科,药物设计学在药学专业创新人才培养中发挥着重要作用.针对药物设计学课程涉及学科多、涵盖知识面广和教学内容抽象等特点,文章提出整合优化教学内容、改革教学模式和考核评价体系的方法,激发学生学习和科研兴趣,提高学生新药创制意识和实际应用能力.
-
应用型计算机辅助药物设计教学改革
作为一门综合性交叉学科,计算机辅助药物设计(CADD,Computer Aided Drug Design)对于拓宽药学本科生的学术视野,提高学生对知识的综合应用能力具有重要作用.大数据和"互联网+"的迅速发展,使CADD课程面临新的机遇和挑战.针对CADD课程特点,在教学中强化应用型、信息化特色CADD课程建设,让药学专业本科生能够快速入门并学以致用,促进创新型、研究型药学人才的培养.
-
一种新型PAK1抑制剂诱导结直肠癌DLD-1细胞凋亡的机制研究
PAK1蛋白激酶在肿瘤的发生发展中发挥着重要作用,筛选开发新的PAK1抑制剂作为肿瘤治疗靶向药物具有重要意义.传统的PAK1抑制剂筛选方法存在成本高、效率低等缺陷,而计算机虚拟筛选可降低发现活性先导化合物的成本,提高筛选效率.本实验采用计算机辅助药物虚拟筛选结合Z'lyteTM高通量激酶筛选出1种PAK1靶向候选化合物,体外酶活性检测发现化合物18(K788)具有良好的PAK1抑制活性(抑制率为42.7％).进一步通过MTT检测发现K788具有显著的PAK1阳性肿瘤杀伤活性,抑制活性优于阳性药IPA-3(inhibitor of p21-activated kinase compound-3).采用流式细胞分析、Western blot检测发现K788能通过抑制PAK1的表达及其活化以激活caspase凋亡通路,诱导结肠癌细胞DLD-1的凋亡.K788具有临床开发应用的潜力,可作为PAK1靶向先导分子进行深入研究.
-
化合物脂水分配系数计算软件及比较研究
目的:介绍几种常用的化合物脂水分配系数计算软件,并比较它们的准确度和适用范围等.方法:从分子结构出发,运用CLOGP、ACD/LogP、Pallas和Molinspiration4种计算软件获得log P值,比较其计算准确度.结果:本文选择的4种计算软件均能比较准确的计算出化合物的log P值.结论:运用软件计算的方法得到大批量化合物的log P值,有助于计算机辅助药物设计.
-
丹参散活性成分丹参素作用靶标虚拟筛选研究
《本草纲目》谓丹参“能破宿血，补新血”。《妇人良方·卷二》载丹参散：丹参不拘多少（去土，切），上为细末，每服2钱，温酒调下，经脉不调，食前服。主治妇人经脉不调，或前或后，或多或少等。《妇科明理论》有“一味丹参散，功同四物汤”之说。丹参是中医临床常用活血化瘀药物，丹参素是其主要活性成分之一。研究表明，丹参素具有改善微循环、抗动脉粥样硬化、抑制和解除血小板聚集等作用[1-3]。药物作用分子机制相关靶点的虚拟筛选是基于应用计算机辅助设计（computer-aided drug design，CADD）软件结合CAS化学名称查号系统及PharmMapper系统，虚拟筛选出化学单体药物对于某种疾病作用的相关靶点的一种新方法。笔者利用上海药物研究所的反向找靶技术[4]对丹参素进行潜在作用靶标的虚拟筛选研究，探讨丹参散活血化瘀作用机制。
-
新型脂肪酰胺水解酶抑制剂的设计、合成和活性评价
目的 设计合成新型的脂肪酰胺水解酶(FAAH)抑制剂,并对其活性进行评价.方法 通过已有FAAH酶抑制剂的结构和活性构建药效团模型,对部分ZINC数据库粗筛;通过与FAAH酶分子对接,对粗筛所获得的小分子化合物的活性进行打分评价,确定拟合成目标化合物的母核结构(2-氧代苯并吡喃-7-酯);采用酰化、缩合反应,合成系列目标化合物;通过体外酶抑制活性实验检测其活性.结果 化合物(±)-2-(2-苯氧基乙酰基氨基)-丙酸-2-氧代苯并吡喃-7-酯(2b)的IC50值为95.24 μmol·L-1,(±)-l-(2-苯氧基-乙酰基)-吡咯烷-2-羧酸-2-氧代苯并吡喃-7-酯(2g)的IC50值为17.34 μmol·L-1,具有较好的抑制FAAH酶活性的作用.结论 活性化合物的结构与目前报道的脂肪酰胺水解酶抑制剂结构差异较大,有望成为新类型先导化合物.
关键词： 脂肪酰胺水解酶抑制剂 计算机辅助药物设计 合成 活性测定 -
多肽P110结合顺铂对多种肿瘤细胞杀伤作用的研究
目的 探讨多肽P110联合顺铂对不同肿瘤细胞的杀伤效应及其对顺铂的可能增敏作用.方法 采用胃癌细胞SGC-7901、结肠癌细胞HCT-116、宫颈癌细胞HeLa、肺癌细胞A-549、人脐静脉血管内皮细胞(HUVEC)细胞系.MTT法检测顺铂(DDP)组、P110组及顺铂+P110组对上述细胞生长的影响,及P110对顺铂在不同肿瘤细胞中的增敏作用.结果 P110或顺铂对不同肿瘤细胞的增殖均有明显抑制作用,且呈浓度依赖性;多肽P110联合不同浓度顺铂对不同肿瘤细胞的抑制率均高于顺铂组,差异有统计学意义(P<0.05),其中,P110联合10 μmol·L-1顺铂杀伤HCT-116和HeLa细胞的效果与高浓度顺铂(30、90 μmol·L-1)相当,且对HUVEC细胞的毒性作用较小;在相同浓度梯度下,P110联合顺铂对宫颈癌HeLa细胞的杀伤作用均优于其他肿瘤细胞(P<0.01).结论 多肽P110可以增强顺铂抗肿瘤作用,联合用药可以减少顺铂的用量,减轻对HUVEC的毒性作用;多肽P110单独使用亦有一定的杀伤作用;联合用药时对宫颈癌HeLa细胞的杀伤效果好.
-
女贞子的潜在作用靶标虚拟筛选
目的 预测女贞子的潜在作用靶标,并为研究二至丸的分子机制提供线索.方法 应用计算机辅助药物设计(CADD)方法采用多种软件协同联合,对潜在的作用靶点进行虚拟预测,并结合文献报道进行分析.结果 预测的潜在作用靶标部分与齐墩果酸已有报道的药理作用一致,且与二至丸临床应用相关.结论为探讨二至丸的分子机制提供线索,为中药的治病机制研究提供参考.
