首页 > 文献资料
-
ARMS法和Sanger测序法检测结肠癌KRAS基因突变的比较
目的 探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异.方法 整理收集南方医院2013-2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程度.结果 113例结肠癌手术标本ARMS法和SaJger测序法检出KRAS基因突变的阳性率分别为47.8％(54/113)和34.5％ (39/113),两种方法检测结果阳性符合率为72.2％ (39/54).ARMS法检测总突变率显著高于Sanger测序法(P＜0.05);ARMS法检测4种单碱基的突变率均高于Sanger测序法(P＞0.05).其中4例Sanger测序法检测结果为(+),ARMS法为(-);19例标本ARMS法检测结果为(+),用Sanger测序法检测结果为(-);另有1例标本用ARMS法检测到有GGT＞ GAT(G12D)和GGC＞ GAC(G13D)双突变.结论 ARMS法和Sanger测序法各有优缺点,2种方法检测,其结果一致.ARMS法能检测出的阳性病例更多,且结果差异显著,而Sanger测序法检测突变种类较多.综合考虑临床检测结肠癌手术标本KRAS基因突变应以ARMS法为主,Sanger测序法作为补充,可提高KRAS基因突变检出率.
-
POC5基因罕见突变位点在中国汉族人群特发性脊柱侧凸患者中的分布研究
背景:特发性脊柱侧凸(idiopathic scoliosis,IS)是一种脊柱三维畸形,其特点是脊柱侧方弯曲的度数>10°并伴有椎体的旋转畸形且已除外目前已知的所有致病原因.编码中心粒蛋白体-5(proteome of centrioles 5,POC5)的POC5基因是在高加索人群IS患者中发现的第一个致病性基因,而在中国汉族人群IS患者中尚无关于该基因的罕见变异报道.目的:检测中国汉族人群IS患者中POC5基因的突变情况.方法:选取2010年10月至2017年10月在我院就诊的121例中国汉族人群IS患者作为实验组,选取50名健康中国汉族人作为对照组,使用Sanger测序法,对他们血液样本中的DNA进行POC5基因测序.结果:在2例中国汉族IS患者中发现位于POC5基因第10外显子(NM_001099271)上的错义突变,分别是c.C1139T(p.S380F)及c.A1132T(p.I378L),而在50名健康人群中并未发现有POC5基因突变位点.结论:POC5基因第10外显子可能是中国汉族人群及高加索人群中,IS相关突变位点的热点区域.POC5突变在IS中的分子生物学发病机制,需要进一步的细胞功能及动物模型等研究进行验证.
-
结直肠癌K-ras基因突变两种检测方法的比较及临床相关性分析
目的 比较ARMS法和Sanger测序法在检测K-ras基因突变时的敏感性、一致性和特异性,并且探讨结直肠癌患者K-ras基因突变与临床病理特性的相关性.方法 采用ARMS法和Sanger测序法对200例结直肠癌患者进行K-ras基因突变检测.结果 ARMS法检出K-ras基因突变75例,阳性率为37.50％.Sanger测序法检出K-ras基因突变72例,阳性率为36.00％.两种方法的符合率为96％.同时,K-ras基因突变与淋巴结转移具有相关性(P＜0.05),与患者年龄、性别、肿瘤部位、分化程度、肝转移和肿瘤类型均无相关性(P＞0.05).结论 K-ras基因突变检测有助于筛选靶向治疗有效的结直肠癌患者.ARMS法更适用于临床检测.
-
SNPscan法与Sanger测序法用于感音神经性聋患者常见聋病基因检测的对比研究
目的 比较SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省部分感音神经性聋患者常见聋病基因检测的优缺点.方法 在知情同意的前提下,抽取甘肃省东乡族(122例)、裕固族(11例)、保安族(18例)三个特有少数民族共151例中重度至极重度感音神经性聋患者静脉血,用磁珠法提取基因组DNA,应用SNPscan法对GJB2、SLC26A4和mtDNA基因常见115个突变位点进行筛查,采用Sanger测序法对GJB2基因的第二个外显子、SLC26A4基因P8和P18两个外显子、mtDNA的两个常见突变位点进行测序,比较两种方法基因筛查的结果.结果 经SNPscan法检测151例患者GJB2、SLC26A4、mtDNA A1555G和mtDNA C1494T基因突变的总检出率为23.18%(35/151),其中东乡族、裕固族、保安族的检出率分别为21.31%(26/122)、54.54%(6/11)、16.67%(3/18),与Sanger测序法的筛查结果一致,差异无统计学意义(P>0.05);SNPscan法在三个基因的致病基因型检出率分别为11.26%(17/151)、1.32%(2/151)、0.66%(1/151),而Sanger测序法的检出率分别为9.93%(15/151)、1.32%(2/151)、0.66%(1/151),差异无统计学意义(P>0.05).完成上述三种基因突变筛查SNPscan法耗时约10天,而Sanger测序法耗时约1个月,且前者费用较低,可同时对多个位点进行检测.结论 与Sanger测序法相比较,SNPscan法用于聋病基因检测耗费时间短,通量较高,成本较低,得到更多的有意义的突变位点,有利于降低假阴性率,因此,在进行全部外显子测序前先进行SNPscan法筛查更有意义.
-
建立一种N-ras突变检测的“凸背”引物荧光PCR新技术
目的 建立一种简便、省时、有效的N-ras突变检测的“凸背”引物荧光PCR新技术.方法 对比“凸背”引物荧光PCR新技术和Sanger测序法:通过对混有不同比例的N-ras基因热突变G13D(GGT＞GAT)质粒的样本进行对照检测来比较两者的灵敏度;对97例急性髓细胞白血病(AML)患者的外周血的DNA进行N-ras的G13D突变检测,统计两者的符合率. 结果 “凸背”引物荧光PCR新技术能检测出混有5％突变质粒型的样本,其灵敏度达5％,高于Sanger测序法的10％ ～ 20％.在97例AML患者的外周血的DNA中,“凸背”引物荧光PCR新方法和Sanger测序法检测到N-ras基因G13D突变分别为19例和18例,符合率达94.7％. 结论 “凸背”引物荧光PCR新技术比测序法更为快速、简单,有更高的灵敏度,容易实现.
关键词： N-ras “凸背”引物荧光PCR新技术 Sanger测序法 -
建立一种HBV突变检测的蝎子实时荧光PCR新方法
目的：为 HBV 突变检测建立一种有效、快速、简捷的蝎子实时荧光 PCR 新方法。方法同时用蝎子实时荧光 PCR 新方法和 Sanger 测序法对比：对157例 HBV 患者的血清的 DNA 进行 HBV 基因rtN236T 突变检测，统计其符合率；通过对混有不同比例的 HBV 基因 rtN236T 突变核酸的样本进行对照检测来比较两者的灵敏度。结果在157例 HBV 患者的血清样本中，蝎子实时荧光PCR 新方法检测到 rtN236T 突变的有69例，而 Sanger 测序法检测的有68例，其符合率为98.6％；蝎子实时荧光PCR 新方法能检测出混有5％突变的样本，其灵敏度达5％，比 Sanger 测序法高。结论蝎子实时荧光 PCR 新方法能有效检测到 HBV 突变，且比 Sanger 测序法更为简单、快速、灵敏度高，适合临床应用。
关键词： HBV 蝎子实时荧光PCR新方法 Sanger测序法 -
Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性比较分析
目的 比较分析Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性的一致性.方法 共收集336例乳腺癌患者手术标本制备成石蜡包埋的蜡块,提取DNA后采用Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌患者中BIM基因缺失多态性突变率.采用卡方检验分析BIM缺失多态性在不同临床特征患者中的比例情况.采用配对卡方检验和κ系数检验分析两种方法的一致性.结果 Sanger测序法检测出39例患者BIM基因缺失,阳性率为11.61％;Snapshot法检测出47例患者BIM基因缺失,阳性率为13.99％.Sanger测序法检测出的BIM突变状态在不同年龄阶段(x2=6.242,P=0.044)和孕激素表达水平(x2=4.070,P=0.044)的乳腺癌中差异有统计学意义.配对卡方检验显示两种检测方法差异无统计学意义(P=0.152),Kappa检验结果表明两种方法的一致性较好(吻合系数κ=0.695,P=0.000).结论 在中国乳腺癌患者中BIM缺失多态性的比例约为11.61％.Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性具有较好的一致性,可以相互补充.
关键词： 乳腺癌 Bim基因 Sanger测序法 Snapshot检测法 -
ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本EGFR基因突变分析
目的 应用ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本组织表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的情况并比较其一致性.方法 分别使用ARMS法和测序法检测102、138例晚期肺腺癌小标本的EGFR基因突变情况,并分析其与患者临床病理特征的关系,比较其间的一致性.结果 ARMS法及测序法检测EGFR基因突变率分别为46.1％(47/102)、37.7％(52/138),ARMS法EGFR基因突变率女性高于男性(61.9％vs 35.0％,P=0.007),而与年龄、吸烟、活检部位、活检方法、标本性质、原发肿瘤、淋巴结、远处转移、分期无关(P>0.05).测序法EGFR基因突变率与活检部位存在相关性(P=0.049),与其他临床病理特征均无关(P>0.05).二者的一致率为64.1％(25/39),Kappa系数为0.499(P<0.001).结论 ARMS法与测序法对晚期肺腺癌的临床小样本进行EGFR检测具有中等的一致性.
