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IL-1A和IL-1B基因多态性与结核病易感性相关性的研究
目的 研究白细胞介素(IL)-1A和IL-1B基因多态性及其与结核易感性之间的关系.方法 应用PCR-时间飞行质谱技术(PCR-MassARRAY)分析1032例结核病患者和1008例非结核病患者的IL-1A和IL-1B基因多态性,并通过统计学分析IL-1A和IL-1B各单核苷酸多态性(SNP)位点基因型与活动性结核病之间的关系.结果 在筛选出的5个IL-1A和IL-1B标签SNP位点中,rs2853550和rs3783526的等位基因频率在结核组和对照组间存在分布差异(分别为P=0.047和P=0.034).IL-1B SNP1 rs2853550 (P=0.025,OR=1.302,95％ CI=1.034～ 1.640,TC vs.CC)具有显著的结核风险,而其他两个IL-1B位点及IL-1A的2个SNP位点则与结核发病无显著关联.在Akaike 信息标准(AIC)定义的显性遗传模型下,IL-1B SNP1 rs2853550 [P=0.019,OR=1.308,95％ CI=1.045～1.638,(TC+TT) vs.CC]位点表现出显著的结核风险.而在隐性遗传模型下发现IL-1ASNP2 rs3783526[P=0.040,OR=0.764,95％ CI=0.591～0.988,GG vs.(AA+GA)]位点具有结核抗性,结核风险减少.在IL-1B基因的单体域中,“TG”相比频率高的“CA”表现出显著的结核风险(P=0.032,OR=1.265,95％ CI=1.020～1.567).IL-1A内单体型中含“GA”的双单体型和IL-1B的单体型中含“TG”的双单体型,1份拷贝时,都表现出显著的结核风险(P=0.014,OR=1.403,95％ CI =1.072 ～1.836;P=0.013,OR=1.339,95％ CI=1.063～1.688).IL-1B的单体型中含“CG”的双单体型,在2份拷贝时,则带有结核抗性(P=0.006,OR=0.664,95％ CI=0.494～0.891).结论 IL1B rs2853550基因多态性可能与结核易感性密切相关,IL-1A rs3783526基因GG基因型可能具有结核抗性.
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新疆哈萨克族胃癌中Smad4基因启动子的甲基化状态
目的:探讨mad4基因启动子甲基化在新疆哈萨克族胃癌发病中的作用.方法:收集新疆哈萨克族胃癌组织30例及哈萨克族正常胃黏膜组织30例作为研究对象,哈萨克族胃癌及哈萨克族正常胃黏膜组织均取自新疆新源县哈萨克族胃癌研究现场.运用MassARRAY技术平台检测Smad4基因启动子的甲基化状态.结果:(1)哈族胃癌组与对照组中Smad4基因启动子的CpG单位平均甲基化率分别为26.5％和21.7％,哈族胃癌组mad4基因启动子平均甲基化率要明显高于哈族正常组；(2)Smad4基因在哈族胃癌中CpG单位3-4与CpG单位10-11平均甲基化水平分别为19.1％和20.3％,两者的平均甲基化水平明显高于正常对照的10.9％和11.5％,两者的平均甲基化率在哈族癌组和对照组中有显著差异(P＜0.05).结论:(1)哈萨克族胃癌的发生可能与Smad4基因启动子区的甲基化状态有关；(2)Smad4基因启动子区CpG单位3-4与CpG单位10-11这两个CpG单位甲基化状态的改变可能导致胃癌的发生.
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MassARRAY质谱分析肺癌多基因突变方法的建立与应用
目的：以MassARRAY质谱iPLEX分析技术为平台建立适合中国肺癌人群多基因同步检测的方法。方法：通过文献检索并结合国内外研究进展，确定与中国肺癌人群发病、耐药以及转移等密切相关的13个靶基因或相关传导通路基因（EGFR、KRAS、ALK、FGFR1、FGFR2、FGFR3、PIK3CA、BRAF、PTEN、MET、ERBB2、AKT1、STK11）。对目的基因突变进行筛选并确定99个热点突变。按MassARRAY突变位点标示方法和引物设计固定格式，引物设计软件在线设计297条引物（正、反向扩增引物和延伸引物各99条）。以8个肺癌细胞系以及6例肿瘤组织样本建立检测方法，与LungCarta试剂盒对比验证。扩大检测100例肺癌组织样本，与EGFR和KRAS直接测序法比较敏感度与特异度。结果：使用本方法检测肺癌细胞系的基因突变，其中1例肺癌组织新检测到FGFR2基因突变，其他结果与LungCarta试剂盒一致。与直接测序法相比较灵敏度为100%，特异度为96.3%。结论：成功建立MassARRAY质谱分析肺癌多基因突变检测方法，适合中国肺癌人群且具有临床应用前景。
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MassARRAY质谱分析婴儿重症肌阵挛癫痫基因检测与位点突变方法的建立与应用
目的:MassARRAY质谱iPLEX分析技术为平台建立适合中国婴儿重症肌阵挛癫痫(SMEI)人群基因检测的方法.方法:通过文献检索并结合国内外研究进展,确定与中国SMEI人群发病密切相关的靶基因.对目的基因突变进行筛选并确定热点突变.按MassARRAY突变位点标示方法和引物设计固定格式,引物设计软件在线设计正、反向扩增引物和延伸引物各24条.收集2014年1月至2017年8月深圳市第二人民医院临床3例确诊SMEI患儿外周血样本建立检测方法,与现有聚合酶链式反应(PCR)方法对比.扩大检测25例可疑临床诊断SMEI样本,与直接测序法比较敏感度与特异度.结果:使用本方法检测SMEI细胞系的基因突变,其他结果与SCN1A=NAV1.1试剂盒一致.与直接测序法相比较灵敏度为100％,特异度为96.3％.结论:成功建立MassARRAY质谱分析SMEI基因SCN1A突变检测方法,适合中国SMEI人群且具有临床应用前景.
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MassARRAY技术高通量检测乙肝病毒C区/C启动子区基因变异
目的 建立基于MALDI-TOF质谱技术的高通量检测乙型肝炎病毒耐药基因变异的临床检测方法.方法 应用MassARRAY Assay Design软件设计乙肝病毒前C区/C启动子区(BPC) iPLEX引物,进行PCR反应、虾碱性磷酸酶(SAP)反应,单碱基延伸反应,树脂脱盐与质谱分析.采集31例拉米夫定反应与17例拉米夫定耐药乙肝患者血清标本进行分析,并对MALDI-TOF质谱所检测的HBV基因变异区域进行DNA毛细管电泳测序比对.结果 建立了基于MALDI-TOF质谱技术的HBV基因突变检测平台,实现了临床血清标本的高通量检测.31例拉夫米定反应患者均无HBV变异,17例拉米夫定耐药血清标本中乙肝病毒前C区/C启动子区(BPC)均检测到变异.MASSARRY检测结果与DNA测序结果一致.结论 MALDI-TOF质谱技术灵敏度高、准确度高,可高通量、快速检测HBV基因变异.
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乳腺癌和乳腺导管内增生性病变 JAG1基因甲基化的检测及临床意义
目的：探讨 JAG1基因甲基化在乳腺浸润性导管癌发病中的作用。方法：采用 MassARRAY 方法对乳腺浸润性导管癌（IDC；n ＝75）、乳腺导管原位癌（DCIS；n ＝23）、乳腺非典型性导管增生症（ADH；n ＝20）以及乳腺普通型导管增生症（UDH；n ＝27）进行 JAG1基因甲基化的定量检测。结果：JAG1基因启动区 CpG＿13、CpG＿20．21．22、CpG＿26位点在 UDH 组中的平均甲基化率高于 ADH、DCIS、IDC 组（P ＜0．05）。结论：在乳腺癌患者中 JAG1（该基因的表达与乳腺癌细胞的生长、浸润、转移、预后有关）基因的部分位点呈现低甲基化改变。CpG＿13、CpG＿20．21．22、CpG＿26位点的低甲基化改变与乳腺癌的形成具有相关性，可能该基因特异性CpG 位点的低甲基化参与了乳腺良性病变向乳腺癌的发展演进过程。
关键词： JAG1 DNA 甲基化 乳腺癌 乳腺导管内增生性病变 MassARRAY -
多重PCR-质谱联用技术在病原体检测中的应用及比较
多重PCR-质谱联用技术是自2000年以来新开发的可用于病原体检测的技术,目前,根据此技术原理开发出的病原体检测平台有Mass Tag PCR和MassARRAY.本文分别介绍了Mass Tag PCR和MassARRAY用于病原体检测的工作原理及应用,并对两者进行比较,进而阐释新技术用于病原体检测的优势及发展潜力.
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MassArray技术在肿瘤组织突变检测中的应用研究
目的:初步探讨MassArray技术在肿瘤组织基因突变检测中的应用及意义.方法:采用MassArray技术检测3例软组织肉瘤(滑膜肉瘤、透明细胞肉瘤和副结节神经瘤各1例)组织中19个常见癌基因238个突变位点的突变情况.结果:3例样本中发现1例滑膜肉瘤存在PIK3CAE542K突变,统计学显示该突变与肿瘤是否染色体易位及肿瘤的生存预后无显著性差异.结论:MassArray技术是一种检测肿瘤组织中基因突变的有效方法,且首次在滑膜肉瘤中报道了PIK3 CAE542K突变.
