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食管鳞癌中miR-204、miR-205相关ceRNA网络构建及部分lncRNA功能分析
目的 用生物信息学方法预测食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中miR-204、miR-205相关竞争性内源RNA(ceRNA)网络.方法 通过TCGA数据库筛选癌及癌旁组织差异表达的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和miRNA,构建miR-204、miR-205相关ceRNA网络,并对筛选出的差异基因进行生存分析,利用GO、KEGG和PPI进一步分相关lncRNA的功能.结果 以logFC>2且 P <0.05为标准,筛选出和 miR-204、miR-205相关差异表达 mRNA 13个,lncRNA 38个,并构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.LINC00504、FER1L6-AS1与亚洲人ESCC患者生存相关.GO、KEGG和PPI分析显示:7个同时调节miR-204、miR-205的lncRNA可能参与ESCC的形成和进展.结论 通过分析ESCC转录组测序数据,预测出以miR-204和miR-205为节点的调控网络,可能是ESCC重要的调控机制和诊疗靶点.
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竞争性内源RNA与心血管疾病发病机制的研究进展
微小RNA(miRNA)通过与靶mRNA的3'非编码区(UTR)互补结合,抑制靶mRNA翻译或降低靶mRNA的稳定性,负性调节靶基因的表达;各类转录本,包括mRNA、假基因(pseudogene)、长链非编码RNA (lncRNA)和环状RNA(circRNA)可通过miRNA反应元件(MRE)竞争性结合相同的miRNA,从而调节靶基因的表达,这些RNA转录本称为竞争性内源 RNA (ceRNA),这种全新的转录后调控模式称为 ceRNA假说.ceRNA不但参与正常细胞的增殖、分化和衰老,在肿瘤、心血管疾病(CVD)等病理过程中亦发挥重要作用.现针对近年来ceRNA在CVD方面的研究进展进行综述.
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长链非编码RNA H19通过抑制CCND2促进膀胱癌细胞增殖的分子机制
目的 探讨长链非编码 RNA(lncRNA)H19促进膀胱癌细胞增殖的分子机制. 方法 ①应用实时定量逆转录PCR(RT-qPCR)分别检测膀胱癌组织中 lncRNA H19和 miRNA-29 c-3p的表达并分析其相关性.②应用 RNA 干扰和细胞转染技术抑制膀胱癌细胞系 T24及5637中H19基因的表达,其后通过细胞增殖实验检测细胞增殖情况;流式细胞仪检测细胞周期变化;RT-qPCR检测细胞中 H19的表达变化.③在膀胱癌细胞系T24和5637中共表达miR-29c-3p和 H19,运用荧光素酶报告系统验证 miR-29 c-3 p 对 H19及细胞周期蛋白 D2(CCND2)的靶向作用,应用Western blot检测膀胱癌细胞系 T24与5637中抑制 H19表达后 CCND2的表达变化. 结果 H19在膀胱癌中高表达,miR-29c-3p在膀胱癌中低表达,H19和 miR-29c-3p 的表达为负相关,H19与CCND2的表达为正相关.MiR-29 c-3 p 可同时靶向 H19及 CCND2.在膀胱癌细胞系中过表达miR-29c-3p可以抑制 H19的表达,miR-29c-3p在膀胱癌中起肿瘤抑制作用,而 H19具有促进癌细胞增殖和改变细胞周期的能力,表现为癌基因样作用,抑制膀胱癌细胞系 T24和5637中 H19的表达可以在翻译水平减少CCND2的表达. 结论 lncRNA H19通过与CCND2竞争结合 miR-29 c-3 p,降低 miR-29 c-3 p对CCND2的表达抑制,从而在膀胱癌中发挥肿瘤促进作用.
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长链非编码RNA在食管癌中的研究进展
随着分子生物学研究的技术革新和计算机生物信息学的蓬勃发展,长链非编码RNA(lncRNA)的作用和生物学功能得到了深入研究,其在细胞周期进程、细胞生长和凋亡等过程中具有重要的调控作用.lncRNA的异常表达与肿瘤的增殖、迁移及侵袭均密切相关.本文总结了近2年有关食管癌lncRNA的相关研究进展,介绍影响食管癌生物学特性的lneRNA调控机制,尤其是lncRNA作为竞争性内源RNA(ceRNA)的调控机制,以期为食管癌的诊断和治疗提供新思路.
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MicroRNA参与肿瘤发生发展的调控机制
MicroRNAs (miRNAs)具有瘤基因或抑瘤基因的功能，其表达异常影响细胞增殖、凋亡、侵袭和转移等肿瘤恶性表型，从而参与肿瘤的发生发展及其转录调控网络。转录因子与miRNA，miRNA与靶基因之间一对多及多对一的调控关系，增加了miRNA调控的复杂性，从而影响肿瘤的生物学特征；miRNA加工过程中，Drosha和Dicer的表达和活性影响成熟miRNA的加工合成；竞争性內源RNA (ceRNA)与miRNA的靶基因竞争相同的miRNA，从而作为miRNA的拮抗子影响miRNA功能的发挥，ceRNA表达和结构异常是肿瘤发生发展的又一重要分子机制。这种多维调控模式构成了miRNA调控的复杂网络，参与肿瘤发生发展的精细调控，从而为肿瘤诊断和治疗提供了新的靶点。
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竞争性内源RNA与肿瘤发生
微小RNA(microRNA, miRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)等转录物在肿瘤发生发展中发挥着重要作用[1-4],越来越多的研究表明,它们之间存在着复杂的网络关系[5-6].
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长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌发生发展中的分子机制
目的 探讨长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌发生发展中的分子机制.方法 通过逆转录实时定量PCR(qRT-PCR)分别检测PTENP1,PTEN,miR-17在膀胱癌中的基础表达并关联分析.利用Western blot检测膀胱癌细胞系T24与5637中超表达PTENP1后PTEN的表达变化.通过荧光素酶报告试验验证miR-17对PTENP1及PTEN的靶向作用.后通过在膀胱癌细胞系T24和5637中共表达miR-17和PTENP1,建立稳定共表达细胞系进行增殖和迁移实验,探索长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌发生发展中的分子机制.结果 miR-17在膀胱癌中普遍呈现高表达趋势,PTENP1在膀胱癌中呈现普遍低表达趋势(P<0.05).与此同时miR-17和PTENP1的基础表达为负相关,PTENP1与PTEN的基础表达为正相关.WB实验发现于膀胱癌细胞系T24和5637中过表达PTENP1后可以在翻译水平增加PTEN的表达,荧光素酶报道实验验证了miR-17可同时靶向PTENP1及PTEN,在膀胱癌中miR-17具有促癌功能,同时在膀胱癌细胞中我们发现miR-17可以部分回复PTENP1的抑癌功能.结论 长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌中发挥抑癌功能的分子机制可能是PTENP1结合miR-17作为竞争性内源RNA竞争,从而降低miR-17对抑癌基因PTEN的表达抑制.
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竞争性内源RNA与炎症性疾病关系的研究进展
竞争性内源RNA(ceRNAs)揭示一种在转录后水平上RNA相互调控的新机制,mR-NA、lncRNA、circRNA和假基因作为ceRNA分子,通过竞争miRNA应答原件(MREs),调控靶基因的表达水平.近年的研究发现,ceRNA广泛参与体内细胞分化、炎症和凋亡等重要生命活动过程.在一些炎症性疾病,如肝炎、骨关节炎中,RNA之间可通过庞大的ceRNA调控网络,在转录组学水平上影响炎症性疾病的发病过程.因此,对ceRNA的研究可能为炎症性疾病的发病机制和诊疗提供新的方向.
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竞争性内源核糖核酸的研究进展
竞争性内源核糖核酸(ceRNA)假说是一种新的基因转录后调控模式,即编码蛋白质的信使RNA (mRNA)、长链非编码核糖核酸(lncRNA)、假基因转录物、环状核糖核酸(circRNA)等可通过结合微小核糖核酸(miRNA)参与其靶基因的表达调控.ceRNA调节网络在维持正常生理状态及调控疾病发生、发展中发挥重要作用.本文围绕着该假说的提出、相关分子类型、当前研究现状、存在问题和发展方向等多个方面,对ceRNA的研究进展进行综述,有助于阐明包括肿瘤在内的多种疾病的致病机理,并为疾病的诊治提供新思路.
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环状RNA在肺癌研究中的进展
肺癌(lung cancer)的发病率及死亡率在我国双居首位,近年来针对肿瘤驱动基因和免疫检查点的靶点治疗取得了振奋人心的成果.环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类具有环形结构的RNA分子,研究发现其与肿瘤的分期、淋巴结转移等关系密切,在生理过程和疾病中具有特殊的生物学功能.其高度稳定性和特异性使之有望成为肿瘤潜在的预测和治疗靶点.目前环状RNA在肺癌中的生物学功能和调控机制仅有少量研究报道.本文对环状RNA的研究历史、生源机制、生物学功能以及其在肿瘤,尤其是肺癌研究中的进展作一综述,以期为环状RNA在肺癌中的研究提供理论依据和新的思路.
关键词： 环状RNA 非编码RNA microRNA海绵 竞争性内源RNA 肿瘤 -
LncRNA H19对脂多糖诱导的脓毒症中microRNA-107表达的影响
目的:探讨LncRNA H19、miR-107和AQP1在脓毒症和脂多糖(LPS)诱导的炎症反应中的潜在机制.方法:选取收治的15例脓毒症患者为脓毒症患者组,同期健康体检者15名为健康对照组.将pcDNA3.1/H19(pc-H19)与其阴性对照(pc-NC)转染入LPS诱导的293T细胞中.实时定量PCR检测LncRNA H19、miR-107和AQP1的表达,ELISA检测TNF-α、IL-1β和IL-6的水平.荧光素酶报告分析检测LncRNA H19、miR-107和AQP1之间的相互作用.结果:与健康对照组相比,脓毒症患者组血浆中H19和AQP1的表达降低,miR-107的表达增加,血清TNF-α、IL-6和IL-1水平增加.H19过表达增加LPS诱导的H19和AQP1的表达,降低miR-107的表达以及TNF-α、IL-6和IL-1水平.pc-H19转染可显著提高AQP1-3'UTR和miR-107共转染对荧光素酶活性的抑制.结论:H19为AQP1上miR-107的ceRNA,抑制脓毒症中的炎症反应.
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ceRNA与肿瘤
长链非编码RNA(LncRNA)、微小RNA(miRNA)、mRNA及假基因是竞争性内源RNA(ceRNA)理论的重要组成部分.LncRNA和miRNA都属于非编码RNA的范畴,不具备蛋白编码能力,不能翻译为蛋白质.LncRNA是一类转录本长度＞200个核苷酸的RNA分子,可在表现遗传、转录或转录后调控等多种方式在生物体内发挥重要作用.MicroRNA长约22个核苷酸,可与靶mRNA3UTR区互补结合,抑制靶mRNA的翻译或降解mRNA.mRNA具有蛋白编码能力,且大多数mRNA中分布大量的microRNA反应元件(MRE).假基因拥有与编码基因高度同源的基因序列,与亲代编码基因相同或相似的MREs,但失去了编码蛋白质的能力.LncRNA,mRNA,假基因及miRNA可通过MREs进行相互作用,各类型RNA之间通过竞争MREs构成一个庞大的ceRNA调控网络,在肿瘤的发生发展中发挥重要作用.
关键词： 长链非编码RNA 微小RNA 竞争性内源RNA microRNA反应元件 肿瘤 -
circRNA与肿瘤发生的研究进展
环状RNA(Circular RNA,circRNA)是近年来发现的一种新的内源性非编码RNA.circRNA不具有5'末端帽子和3'末端多聚A尾,呈现闭合环状结构,这种特殊结构使circRNA具有高度的保守性和稳定性.circRNA主要由外显子形成,大量存在于真核细胞中.circRNA比线性的mRNA含有更丰富的转录本,能够在转录或转录后水平调控多种生命活动.而且,circRNA还可作为竞争性内源RNA(ceRNA)的组成部分,抑制miRNA的活性,从而调控基因转录、翻译等功能.作为一种新型调控分子及研究热点,circRNA在肿瘤等多种疾病中异常表达,有望成为新的诊断及预测肿瘤发生发展的生物标志物.
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环状RNA在消化系统肿瘤中的研究进展
环状RNA(circular RNA,circRNA)作为非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)家族中的新成员,具有诱捕微小RNA(microRNA,miRNA)、调控相关基因表达、参与转录拼接等重要功能.近年来,随着对circRNA的研究不断深入,其在诸多疾病发生发展过程中所发挥的重要作用不断被揭示.消化系统肿瘤作为发病隐匿且预后相对较差的一大类疾病一直威胁着人类健康.随着对消化系统肿瘤认识的加深,关于其分子水平的诊断和治疗研究逐步成为新热点.本文将就circRNA与消化系统肿瘤的相关性,以及其潜在临床价值做一简要综述.
