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鼠疫菌起始板块编码序列分析
目的 验证核糖体结合部位(RBS)定位的可靠性.方法 选取了鼠疫菌基因组中一个具有特征性的板块,采用传统及RBS方法确定其中含有的编码序列(CDS)数量,比较其一致性,并通过对10株不同来源的鼠疫菌全基因组序列的比较,确定突变发生的位置及对CDS的影响,从而判断RBS基因判定方法的可靠性.结果 利用RBS定位鼠疫菌起始板块中的蛋白质编码序列,CO92序列在该板块范围内共标注了47个基因的CDS,按本研究的方法可发现74个CDS,其中与原标注完全相符24个,部分相符8个.发现9个CDS具有多个翻译起点.发现42个新CDS,多编码不足100个氨基酸的短肽.分析了10株鼠疫菌的突变,以判断突变对CDS的影响.在该板块范围内共出现SNP及插入或缺失突变36处,按原CO92基因标注,这些突变对12个CDS发生影响,但按照RBS的标注方法,受到影响的CDS减少至9个,还有3个CDS减轻了影响的程度.结论 RBS可以成为认定基因确实存在的重要指标,但目前尚不能取代以马尔科夫模型为基础的基因标注方法.
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2005年中国EI Tor霍乱弧菌流行优势菌株分子特征分析
目的 研究2005年中国霍乱弧菌流行优势菌株的分子特征.方法 使用脉冲场凝胶电泳对菌株进行聚类分析,使用PCR和序列测定的方法对特异片段进行扩增和序列分析的研究.结果 2005年中国霍乱弧菌流行优势菌株的脉冲场凝胶电泳图谱高度一致并且不同于以往分离的菌株;这些菌株的VSP Ⅱ(Vibrio seventh pandemic island-Ⅱ)区域有相同的由插入序列的插入导致的基因缺失.结论 2005年霍乱弧菌流行优势菌株是一种首次报道的、由VSP-Ⅱ突变菌株引起流行的菌型,其扩散能力较强,应该在今后霍乱的监测中引起注意.
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H6亚型禽流感病毒概述
2013年5月,台湾报道了首例人感染H6N1禽流感病毒病例,该病例也是人感染H6亚型禽流感的直接证据.研究发现,该病毒由在台湾家禽中流行的不同基因谱系的H6N1病毒重配而成,HA蛋白受体结合位点的一些重要氨基酸发生了突变,这些突变可能会增加病毒与人源受体的结合能力并增强该病毒对哺乳动物的致病性.本研究从病原学、流行病学、受体结合蛋白结构等方面对H6亚型禽流感病毒的特征进行了总结和分析,对于H6亚型禽流感的预警和防控工作具有一定的参考意义.
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耐多药结核分枝杆菌耐药相关基因突变特征分析
目的 了解中国耐多药结核分枝杆菌耐药相关基因的分子特征.方法 对138株耐多药结核分枝杆菌和45株敏感菌的耐药相关基因inhA、katG和oxyR-ahpC间隔区(异烟肼)、rpob(利福平)、gyrA(氧氟沙星)和rrs(卡那霉素)进行序列测定,分析其基因突变特点.结果 138株耐多药结核分枝杆菌中,14.4％的菌株inhA基因发生突变,72.5％菌株的katG基因发生突变,15.9％菌株的oxyR-ahpC基因发生突变,同时考虑这3种基因,异烟肼耐药相关基因突变检出率可达90.6％;94.2％菌株的rpoB基因发生突变,74.5％菌株的gyrA基因发生突变,61.1％菌株的rrs基因发生突变,主要的突变位点为katG315 (66.7％),inhA-15(9.4％),oxyR-ahpC-10(5.1％),rpoB516(13.8％),526(26.1％)和531 (49.3％),gyrA90 (21.6％)和94(51％),rrs1401 (61.1％).结论 我国耐多药结核菌异烟肼、利福平、氧氟沙星和卡那霉素耐药相关基因常见突变为kat G315、inhA-15,rpoB531、526和516,gyrA94和90,rrs1401.
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耐多药结核分枝杆菌中embB基因突变与乙胺丁醇耐药的相关性研究
目的 研究耐多药结核分枝菌中embB基因突变与乙胺丁醇耐药的相关性.方法 比例法检测84株耐多药结核分枝杆菌的乙胺丁醇(EMB)耐药性,基因测序检测embB基因的突变,x2检验分析二者之间的相关性.结果 84株耐多药结核分枝杆菌中有43株(51.2％)对EMB耐药,41株(48.8％)对EMB敏感,57株耐多药菌株(67.9％)的embB基因发生突变.在43株EMB耐药菌株中,embB基因突变的菌株为40株(93.0％),而41株EMB敏感菌株中,embB基因突变的菌株为17株(41.5％),embB基因在耐药菌株中的突变频率远高于敏感菌株(x2=25.58,P=0.00).embB306是常见的突变位点,其在耐药菌株的突变率也高于敏感菌株(x2=12.37,P =0.00),embB基因和embB306位点检测EMB耐药的敏感度、特异度和准确性分别为93.0％和65.1％,58.5％和73.2％,76.2％和69.0％.结论 EMB耐药的产生与embB基因和embB306突变有关,二者用于检测EMB耐药有一定的参考意义.
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CYP17A1基因的复合杂合突变导致17α-羟化酶/17,20-碳链裂解酶缺陷症
目的 通过1例17α-羟化酶/17,20-碳链裂解酶缺陷症(17-OHD)患者的临床特点和基因突变分析,探讨17-OHD的基因分子机制及突变对P450 c17蛋白功能的影响. 方法 收集患者临床资料,提取患者外周血白细胞DNA,PCR扩增CYP17A1基因的8个外显子及内含子边界,测序确定CYP17A1基因的突变位点,用突变位点保守性分析和计算机模拟P450 c17蛋白三维结构,分析突变对P450 c17蛋白功能的影响. 结果 患者临床表现及内分泌功能检查完全符合17-OHD特点,PCR产物和克隆测序发现, CYP17A1基因的一个等位基因的第2外显子125位密码子发生了CGA→CAA的突变,导致Arg125 Gln错义突变,另一个等位基因的第6外显子的第360和361密码子缺失G核苷酸及C转换为A核苷酸,导致Leu361Phe错义突变和以后的移码突变,形成一个只包含417个氨基酸的截短蛋白,该蛋白缺乏17α-羟化酶和17,20-碳链裂解酶催化活性部位.通过P450 c17蛋白分子三维建模分析表明,121位色氨酸与血红素和125位精氨酸分别形成氢键,当125位精氨酸突变为谷氨酰胺时,121位色氨酸不能再与125位谷氨酰胺形成氢键,从而使P450 c17蛋白分子结构的稳定性受到影响,影响了其功能. 结论 通过CYP17A1基因突变分析,进一步从分子遗传学方面证实了患者的临床诊断,CYP17A1突变导致的P450 c17蛋白的结构改变是该17-OHD患者临床表现的基因分子基础.
关键词： 17α-羟化酶/17 20-碳链裂解酶缺陷症 CYP17A1基因 突变 -
辽宁地区满族FGA基因座突变分析1例
目的 :探讨FGA基因座突变产生的原因.方法 :提取案例中孩子和父亲两份血样DNA,通过PCR扩增和毛细管电泳得到STR基因分型.发现突变后加做遗传标记,同时检测性染色体基因座分型.结果 :发现FGA基因座发生1步突变,计算亲权指数大于10000,性染色体分型符合孟德尔遗传规律.结论:鉴定人员应详细记录具体突变情况、被鉴定人的民族等信息,以实现数据共享.
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某城市回用水的遗传毒性研究
目的 研究某城市回用水的遗传毒性.方法 于2005年9月(丰水期)和2006年4月(枯水期)采集处理前、后的城市回用水水样,利用固相萃取和气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术检测城市回用水中16种多环芳烃(PAHs)的含量.采用体外染色体畸变和质粒DNA断裂试验检测其突变性.结果 2次水样中均检测出PAHs,主要为芴和菲.丰水期出水水样16种PAHs的总浓度1 380.1 ng/L;枯水期出水水样16种PAHs的总浓度为1 827.1 ng/L.体外染色体畸变试验未发现致突变性.质粒DNA断裂试验结果显示枯水期和丰水期水样结果相似,随着回用水提取物浓度的增加,对质粒的损伤加重.结论 城市回用水经过处理后仍然含有一定量的PAHs,在一定程度上有致突变作用.
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塞替派诱发人支气管上皮细胞恶性转化过程中的基因突变(二)
目的观察抗癌药物塞替派诱发永生化人支气管上皮细胞恶性转化过程中相关基因的突变并分析其意义.方法以塞替派作为致癌原诱导永生化人支气管上皮细胞(BEAS-2B),获得转化细胞(BEAS-TE)和克隆化多倍体癌前转化细胞(BEAS-STE).采用PCR-SSCP法检测上述3种细胞p53、p16和Ki-ras 3种基因是否出现点突变,进一步测序确定其突变情况.结果 SSCP结果阳性的有BEAS-TE细胞p53第7外显子,BEAS-STE细胞p53第8外显子以及这二种细胞的p16基因第1外显子;Ki-ras基因第1外显子的结果仅为可疑阳性.测序证明,p53、Ki-ras基因存在多位点的碱基突变,而p16基因仅为单位点的碱基突变.结论塞替派可诱发人支气管上皮细胞p53、Ki-ras多位点的碱基突变和p16的单位点突变.分析前者为塞替派诱导细胞转化过程中发生的重要分子事件,后者是次要分子事件.
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TK6和WTK1细胞tk位点突变敏感性的比较研究
目的比较研究2种起源于人类的tk+1-杂合子细胞TK6和WTK1细胞对化合物--甲基磺酸甲酯(MMS)诱发tk位点突变的敏感性,为tk位点突变敏感细胞株的筛选提供实验依据.方法用标准诱变剂MMS处理TK6和WTK1细胞,对培养物进一步作tk位点突变测试,以及细胞p53基因蛋白表达水平的检测.结果 MMS可诱导TK6和WTK1细胞tk位点的突变,其诱发突变分别是自发突变的2～7倍和3～10倍.WTK1细胞对MMS的细胞毒作用具有较大的抗性.MMS的作用下,WTK1细胞的突变频率分别是TK6细胞的15.7、19.0和20.4倍.在tk位点诱发了2种不同表型的突变集落,但以慢生长突变体为主.无论是自发突变还是MMS的诱发突变,WTK1细胞的突变频率均显著地高于TK6细胞.经MMS处理后,TK6细胞p53蛋白的表达水平增高更为明显.结论 WTK1细胞是更为敏感的tk基因突变试验检测细胞株.MMS诱发的突变有染色体畸变和基因突变,但以染色体畸变为主.
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hMTH1修复基因研究进展
氧自由基可攻击许多重要生物大分子,如核酸、蛋白质.DNA受到攻击后,产生20多种修饰碱基,其中8-OH-G数量多,该氧化损伤具有遗传毒性[1],并可能在肿瘤形成及衰老过程发挥重要作用[2].当DNA合成或修复时,碱基C和A可与DNA中8-OH-G以相同效率配对,由此造成G:C→T∶A颠换,8-OH-G还可引起相邻碱基错配,频率是8-OH-G 位点的1%[3].G氧化也可发生在细胞核苷酸池,实验发现以自由核苷酸形式存在G更容易氧化,且产物8-OH-dGTP是合成DNA的强致突变底物[4].在DNA复制或修复时,8-OH-dGTP能以相同效率合成到DNA上碱基A和C对位,引起A∶T→C∶G及G∶C→T∶A颠换[5].在哺乳动物细胞中,相当数量的自发性突变与8-OH-G有关,因此DNA及核苷酸池中G氧化损伤产物的修复对DNA合成高保真性致关重要.经研究,人体主要由hOGG1、hMYH及hMTH1修复基因联合参与8-OH-G的修复,其中hOGG1蛋白与hMYH蛋白作用于DNA上8-OH-G位点,hMTH1蛋白即8 -OH-dGTP酶则负责清除核苷酸池8-OH-dGTP[6].
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致病性大肠杆菌mutS表达及突变分析
大肠杆菌自发突变频率为10-5～10-6,突变在细菌进化中具有重要意义,导致细菌遗传特性改变,以适应不同的环境.甲基导向错配修复系统(methyl-directed mismatch repair,MMR)在细菌突变过程中起着重要的作用,其重要组分MutS的缺陷使MMR系统破坏,可能使细菌突变率增加.
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杂色曲霉素致人胚肺细胞p53及Ki-ras基因突变研究
为探讨中国恶性肿瘤高发区粮食中优势污染霉菌毒素-杂色曲霉素(Sterigmatocystin,ST)的致癌作用,运用银染PCR-SSCP方法分析了不同浓度的ST(1μg/ml和3μg/ml)对体外培养的人胚肺细胞恶性转化过程中抑癌基因p53第5、6、7、8外显子及癌基因Ki-ras的突变情况.结果显示ST处理后第22周,人胚肺成纤维细胞p53基因的第8外显子和Ki-ras癌基因均出现异常泳动带型,表明ST诱发了抑癌基因p53及癌基因Ki-ras突变,进一步证实了ST对人肺组织的致癌作用.
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二乙基亚硝胺(DEN)诱发λ/lacZ转基因小鼠微核和基因突变实验研究
目的应用λ/lacZ转基因小鼠检测二乙基亚硝胺(DEN)诱发体内遗传毒性.方法小鼠腹腔注射DEN(25mg/kg),每周1次,连续4周.染毒48小时后检测外周血微核细胞率.末次染毒7天后处死动物,提取组织DNA,通过体外包装反应获得并测定肝脏、肺脏、膀胱lacZ基因突变频率.结果DEN诱发微核率与对照组无显著性差异,肝脏组织lacZ基因突变(MF)为268.4×10-6,是对照组的6.13倍,肺脏MF也明显高于对照,是其3.66倍,而膀胱组织MF则与对照无显著性差异.结论肝脏、肺脏均是DEN致突变的靶器官,但对其敏感度并不相同.
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鼠伤寒沙门菌耐药株拓扑异构酶基因突变分析
目的 探讨鼠伤寒沙门菌对氟喹诺酮类药物的耐药性与拓扑异构酶基因突变之间的关系.方法 三株鼠伤寒沙门菌分离株X2,X7,X11对氟喹诺酮类药物环丙沙星的MIC分别为32、0.38和0.023μg/ml,X2为耐药株.利用聚合酶链反应(PCR)对其拓扑异构酶四个耐药基因gyrA,gyrB,parC,和parE进行扩增和序列分析.结果 发现分离株X2的gyrA基因同时在248、259位点发生点突变(Ser83→Phe,Asp87→Asn).分离株X7 gyrA基因在248位点发生点突变(Ser83→Tyr).分离株X11的gyrA基因没有发生突变.X2 parC基因QRDR在238位点发生点突变(Ser80→Arg).而分离株X7、X11的parC基因没有发生突变.三株鼠伤寒沙门菌分离株的gyrB和parE基因都没有发现突变.结论 gyrA和parC上同时发生突变会导致鼠伤寒沙门菌对环丙沙星的高耐药性.
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染发剂致突变性实验研究
为探讨长期使用染发剂对人体的危害,对某品牌国产染发剂进行了致突变作用实验研究. Ames 活化平板掺入法显示:该染发剂能使TA98的回变菌落数增加,并呈剂量-反应关系; 人体外周血淋巴细胞染色体及微核实验结果表明,该染发剂各实验剂量组均不能引起染色体畸变率及微核率的增加;家兔经皮染毒6个月,骨髓淋巴细胞微核检测发现,该染发剂能使家兔骨髓淋巴细胞微核发生率增加;家兔经皮染毒6个月,细胞周期分析发现:家兔肝、脾、淋巴结三种组织除了正常二倍体细胞群外,还有一组异倍体细胞群.结果证实了以前一些关于染发剂致突变作用研究的结论,并为以后的研究提供了新的线索.
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eNOS基因多态性与原发性高血压的相关性研究
目的探讨了内皮型-氧化氮合酶(endothelial nitric oxide synthase,eNOS)基因多态性与原发性高血压的相关性.方法依据eNOS基因外显子7G894T位点设计引物,通过巢式聚合酶链反应(PCR)扩增目的片段,限制性内切酶消化目的片段,琼脂糖凝胶电泳,紫外透射分析仪检测,计数基因型及突变基因频率,然后通过X2检验有无统计学意义.结果 eNOS基因外显子7的894位点有3种基因型:GG、GT、TT.高血压组103例中有21例发生G894T突变,其中纯合子TT 4例(4/103,3.9%),杂合子GT 17例(17/103,16.5%).对照组114例中有12例发生G894T突变,均为杂合子GT(12/114,10.5%).两组eNOS等位基因的突变频率(杂合子+纯合子)X2检验结果:X2＝4.081,P＜0.05,OR＝2.176,95%CI为1.024～4.626.两组纯合子X2检验结果:X2＝2.619,P＞0.05,等位基因频数X2＝6.555,P＜0.05.结论 eNOS基因G894T突变与高血压发病相关,携带eNOS基因G894T的人具有罹患EH的危险性.
关键词： 原发性高血压 内皮型-氧化氮合酶基因 外显子 突变 -
p53基因突变与消化系统恶性肿瘤的关联
p53基因突变与消化系统恶性肿瘤密切相关,本文正是基于它们间关联性的认识,进行了初步的分析和研究.
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"放弃抢救签字书"相关问题的思考
笔者从事临床医疗工作多年,对于目前医疗条件下无法挽救其生命的病人(如终末期肿瘤、多脏器功能衰竭),时常会遇到病人家属要求与临床医师签订"放弃抢救签字书"这一做法.放弃抢救通常有三种表现:第一种是病人病情突变,有可能危及生命时,放弃一切创伤性抢救措施(如气管切开,气管插管,呼吸机辅助通气,心内注射药物),只要静脉维持用药,第二种是放弃创伤性抢救措施及静脉用药抢救;第三种是维持现有治疗手段不变,但不做任何加强治疗.
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结核分枝杆菌对异烟肼和利福平的耐药水平与其耐药基因突变的相关性研究
目的 探讨Mtb耐药相关基因katG、inhA、oxyR-ahpC突变与对INH的耐药水平及rpoB突变与对RFP的耐药水平的关系.方法 采用微孔板Alamar blue显色法分别检测59株耐INH的Mtb临床分离株对INH和30株耐RFP菌株对RFP的低抑菌浓度(the minimum inhibitory concentration,MIC),同时用直接测序法检测对INH耐药菌株katG、inhA、oxyR-ahpC和对RFP耐药菌株rpoB的突变情况.结果 INH MIC为0.2500～1.0000 μg/ml(低水平耐药菌株)和MIC≥2.0000 μg/ml(高水平耐药菌株)的INH耐药株,inhA启动子突变率前者高于后者[53.8％ (7/13),4.3％(2/46)],katG 315突变率前者低于后者[15.4％(2/13),76.1％ (35/46)],x2值分别为15.57和13.48,P值均为0.000.RFP MIC为0.5000～16.0000 μg/ml和MIC≥32.0000 μg/ml的RFP耐药株,rpoB 531和526位总突变率前者低于后者[62.5％ (5/8),95.5％(21/22)],P确切概率=0.048.结论 INH耐药菌株inhA启动子突变与INH低水平耐药有关,katG 315突变与INH高水平耐药有关；rpoB 531和526位突变与RFP高水平耐药有关.
