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寒凝血瘀证大鼠的肠道菌群变化与粪便代谢特征分析
目的:探讨寒凝血瘀状态下大鼠肠道菌群多样性及粪便中内源性代谢物的变化,并考察与寒凝血瘀证密切相关的肠道菌群、代谢物、代谢通路.方法:采用冰水浴诱导的大鼠寒凝血瘀证模型,利用16S rRNA基因测序技术联合UPLC-TOF-MS的粪便代谢组学技术,将扰动的肠道菌群与内源性生物标记物进行关联分析.结果:基于Illumina MiSeq平台,发现与空白组大鼠相比,寒凝血瘀证模型组大鼠中Firmicutes显著上调(P＜0.05),Bacteroidetes显著下调(P＜0.01),显著差异的属有23个.确定了7个与寒凝血瘀证相关的粪便代谢物,涉及到的3个相关性强的代谢通路,分别为缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成,泛酸和辅酶A生物合成,组氨酸代谢.另外,肠道菌群的属与粪便代谢物有强相关性.结论:16S rRNA的高通量基因测序技术与代谢组学技术的联用可用于评价寒凝血瘀证的病理机制.
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高通量基因测序在胎儿染色体非整倍体产前筛查中的应用
目的 评价高通量基因测序在胎儿染色体非整倍体产前筛查中的临床应用价值.方法 采用高通量基因测序对3186例孕妇进行胎儿染色体非整倍体无创产前筛查(non-invasive prenatal screening,NIPS),高风险者进行侵入性产前染色体核型分析验证和随访.结果 3186例孕妇中NIPS发现胎儿染色体异常43例,高风险率为1.35％(43/3186),其中21-三体高风险18例,18-三体高风险5例,13-三体高风险4例和其他染色体异常高风险16例.高风险病例中产前诊断确诊32例,其中确诊21-三体17例,18-三体3例,13-三体3例和其他染色体异常9例.NIPS对21-三体、18-三体、13-三体和其他染色体异常的敏感度均为100％,特异度分别为99.97％、99.94％、99.97％和99.78％,总阳性预测值为74.42％(32/43),总假阳性率0.35％(11/3186).结论 NIPS具有灵敏度高、特异性强、无创安全等优点,有较高的临床应用价值.但NIPS提示高风险,必须通过侵入性产前诊断进行染色体核型分析,低风险孕妇也要加强孕期监测,避免漏诊.
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高通量基因测序检测稽留流产绒毛染色体异常的价值分析
目的 分析高通量基因测序技术和细胞培养染色体核型分析技术检测稽留流产绒毛染色体的差别.方法 选取53例稽留流产刮宫患者对其绒毛组织分别进行细胞培养核型检测和高通量测序检测.结果 ①细胞核型分析技术:培养失败2例,培养成功的患者中染色体未见异常23例,染色体数目异常27例,染色体结构异常1例;②高通量基因测序技术:所有均检测成功,19例染色体未见异常,染色体数目异常27例,染色体结构异常7例.结论 高通量基因测序能发现稽留流产绒毛染色体微小结构异常.
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孕妇血浆游离胎儿DNA检测在产前诊断中的应用
目的:介绍孕妇血浆中游离胎儿DNA高通量基因测序技术在非创伤性产前诊断中的应用现状,探讨其存在的优缺点及可行性.方法:收集3 695例在本院门诊做孕中期产前诊断的孕妇血浆,采用高通量基因测序技术检测母体血浆胎儿游离DNA,分析胎儿染色体拷贝数;对筛查高危孕妇行羊膜腔穿刺及脐血穿刺术进行胎儿染色体核型分析.结果:孕妇血浆中游离胎儿DNA高通量基因测序技术共检测出39例染色体高风险胎儿,2例可疑高风险胎儿,经羊水/脐血核型分析证实其中39例为染色体异常,分别为31例21-三体和7例18-三体,1例13-三体.游离胎儿DNA高通量基因测序技术的敏感度为100.0％,特异度为99.9％.结论:母体血浆游离DNA高通量基因测序技术可用于筛查胎儿染色体拷贝数异常的检测,但仍然需要与传统染色体分析技术结合做产前诊断.
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非小细胞肺癌患者胸腔积液与外周血ctDNA中EGFR基因突变检测的对比研究
目的 比较晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者胸腔积液与外周血循环肿瘤DNA(ctD-NA)中EGFR基因突变间的差异.方法 用高通量测序技术同时检测22例晚期NSCLC患者的胸腔积液ctDNA与外周血ctDNA的EGFR基因突变情况,以外周血ctDNA为金标准,分析胸腔积液ctDNA对EGFR基因突变的检测效果.结果 以外周血ctDNA检出的EGFR基因突变结果为金标准,胸腔积液ctDNA中检出NSCLC基因突变的灵敏度为86%~100%,特异度达94%~100%,与外周血ctDNA结果的总体符合率为95%~100%,且胸腔积液 ctDNA 检测出的突变丰度高于外周血 ctDNA(P=0.002).结论 晚期NSCLC患者胸腔积液和外周血ctDNA中EGFR基因突变检测结果一致,胸腔积液检测丰度较高,具有良好的临床应用价值.
关键词： 非小细胞肺癌 高通量基因测序 循环肿瘤脱氧核糖核酸 -
孕妇外周血胎儿游离DNA无创产前检测失败原因的初步分析
目的 探讨孕妇外周血胎儿游离DNA无创产前筛查(non-invasive prenatal testing,NIPT)检测失败的原因.方法 对31 832例NIPT的检测结果进行回顾,分析孕妇的临床数据,并对其妊娠结局进行随访.结果 在31 832例NIPT检测中,首次检测失败200例.199例孕妇选择了再次采血检测,171例(85.9％)获得了有效的NIPT结果,28例(14.1％)仍无有效结果,NIPT检测终失败率为0.088％.在28例检测失败的孕妇中,11例(39.2％)是由于总游离DNA含量过高,无法进行测序,17例(60.7％)经测序发现胎儿游离DNA含量＜4％.在171例再次检测获得有效结果的孕妇中,NIPT结果提示21三体高风险4例、18三体高风险1例、13三体高风险1例.经羊水细胞染色体核型分析,共发现3例47,XN,+21,1例46,XN,rob(21;21),1例47,XN,+18.1例13三体高风险为假阳性.在28例NIPT检测失败的孕妇中,14例正常分娩,新生儿无异常表现.9例在中晚孕期选择引产,其中因母体因素引产4例,因胎儿因素引产5例.4例孕妇发生了妊娠并发症.1例随访情况良好,尚未分娩.4例失访.在11例因总游离DNA含量过高而检测失败的孕妇中,6例在中晚孕期选择引产,比例为54.5％,显著高于胎儿游离DNA含量过低的孕妇(17.6％).结论 不应将单次采血NIPT检测无效认定为胎儿染色体非整倍体高风险.若再次采血检测仍然失败,则应加强对孕妇的遗传咨询和围产期保健.
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类风湿关节炎患者外周血单核细胞lncRNA差异表达谱研究
目的:观察类风湿关节炎患者外周血单核细胞lncRNA差异表达.方法:选取安徽中医药大学第一附属医院住院类风湿关节炎患者(类风湿关节炎组)及健康体检者(正常对照组),每组3例.抽取2组研究对象的外周血,利用高通量基因测序技术检测外周血单个核细胞lncRNA和mRNA表达,GO分析及KEGG信号通路分析差异表达的lncRNA功能分布,构建lncRNA-mRNA的共表达网络,并在此基础上通过Cis和Trans预测可能与类风湿关节炎凋亡、氧化应激、信号通路相关lncRNA.利用RT-PCR方法验证lncRNA.结果:通过lncRNA测序分析发现,lncRNA在类风湿关节炎组与正常对照组存在明显差异表达.共有9158条差异表达的lncRNA(差异倍数≥2,且P≤0.05),表达上调的有5682条,下调的有3476条;差异表达的mRNA共有7895条.GO分析发现,差异表达的mRNA主要参与免疫炎症反应、细胞凋亡、氧化应激、细胞代谢、细胞转录调节、骨髓白细胞活化、血小板细胞活化等.KEGG信号通路分析发现,差异表达的mRNA主要参与类风湿关节炎、细胞衰老、信号通路等方面.通过RT-PCR验证发现,与类风湿关节炎相关的细胞凋亡lncRNA为ENST00000619282、ENST00000637683、ENST00000511703,氧化应激为HOTAIRM1、DANCR,Notch通路为MALAT1、CARMN、LINC-PINT.结论:类风湿关节炎患者外周血淋巴细胞中差异表达的lncRNA异常表达,可能与类风湿关节炎细胞凋亡、氧化应激及信号通路失衡有关.
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高通量基因测序产前筛查与诊断技术在高龄孕妇中的应用研究
目的 将高通量基因测序的产前筛查以及诊断技术应用于高龄孕妇中,研究及分析诊断价值.方法此文2015年2月至2018年5月在本医院接受诊断的6400例高龄孕妇,开展回顾分析,包含3385例直接要求羊水诊断的孕妇及3015例先要求接受无创DNA产前检测间接羊水诊断的孕妇,研究及分析所有孕妇的诊断结果.结果先要求接受无创DNA产前检测间接羊水诊断的高龄孕妇中,染色体异常检出总计率是1.23％,包含21-三体20例、18-三体10例、47,XXY 7例,直接要求羊水诊断的高龄孕妇中,染色体异常检出总计率是1.03％,包含21-三体19例、18-三体9例、47,XXY 7例,先要求接受无创DNA产前检测间接羊水诊断的染色体异常检出总计率略高于直接要求羊水诊断,但无显著数据差异,P>0.05.结论对高龄孕妇采取高通量基因测序的产前筛查以及诊断技术呈现重要诊断价值,能够为拒绝接受羊膜腔穿刺术或是具有羊水诊断相关禁忌证的高龄孕妇提供新的产前诊断方式.
