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鼠疫耶尔森菌基因组核糖体结合部位识别
目的 通过统计分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)CO92株中核糖体结合位点(RBS)与翻译起始位点的距离,探索适合翻译起始的RBS与起始位点的距离.方法 通过对鼠疫菌所有拷贝的16S rRNA 3’端,及已经通过实验确定的177处RBS进行分析,确定鼠疫菌RBS的序列特征.统计鼠疫菌CO92株中存在的所有RBS序列的位置和数量,及RBS序列与翻译起始序列ATG(GTG,TTG,CTG)的距离.观察已经公布的CO92株的编码序列(CDS)片段前20个碱基序列的特征.结果 在CO92的全基因组序列中搜索,共发现可能的RBS结构5081个,2909个后面一段距离内存在开放读码框架,其中1541与标注的CDS相符,535与标注的CDS终止位点相同,但起始位点不同.CO92序列中的3887 CDS前面20个碱基中,57.7%含有RBS序列.结论 RBS序列与起始位点间隔7个碱基和8个碱基出现的次数多;RBS可能作为基因识别的重要指征.
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丙型肝炎病毒5′-非编码区及其结合蛋白的研究进展
丙型肝炎病毒(HCV)RNA5′-非编码区(5′-NTR)由341个核苷酸组成,形成4个茎-环二级结构,5′-NTR二级结构及某些部分单链序列的核苷酸组成是病毒翻译起始的先决条件.5′-NTR中的大部分核苷酸序列组成内部核糖体进入位点(IRES),在宿主细胞蛋白质因子La自身抗原、eIF3、多聚嘧啶区结构蛋白(PTB)、多聚胞嘧啶结合蛋白(PCBP-1、2)等的作用下,形成复杂的翻译起始复合物,对HCV的翻译过程进行精确调控,完成帽状结构形成非依赖性的蛋白翻译过程.HCV RNA 5′-NTR翻译过程的分子生物学机制的研究,将有助于HCV治疗新方法和新途径的探索.