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广东省中山市登革Ⅰ型病毒的分离鉴定及E/NS1基因序列分析
目的 分离鉴定中山市2007年及2012年流行的登革病毒,从分子水平分析其地域来源和系统进化情况.方法 用C6/36细胞分离10份2007年登革病毒特异性IgM抗体阳性血清和4份2012年登革病毒核酸阳性血清中的病毒,采用Real time-PCR对毒株进行血清型鉴定,RT-PCR扩增毒株E/NS1基因并进行序列测定,分析其与不同区域流行株和国际标准株的同源性和系统进化情况. 结果 共分离鉴定到6株登革Ⅰ型病毒,其中2株为2007年流行株,4株为2012年流行株,分别命名为2007ZSDengue1-2和2012ZSDengue1-4.2012ZSDengue1-2与柬埔寨、越南等东南亚国家近年流行的登革Ⅰ型毒株相似性高(大于99.0％),进化距离短(0.011～0.012).2012ZSDengue3-4,2007ZSDengue1-2与广东省珠海市2007年流行和新加坡、日本、泰国等亚洲国家近年流行的登革Ⅰ型毒株相似性高(大于99.0％),进化距离短(0.007～0.024).中山流行株与登革Ⅰ型国际标准株、非洲和美洲流行株相似性在90.0％ ～94.0％之间,进化距离较远(0.065～0.108)；与登革Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型国际标准株NGC、H87、H241相似性约为68.0％、66.0％、71.0％,进化距离远(0.369～0.505). 结论 中山市2007年及2012年流行株为登革Ⅰ型病毒,可能属于东南亚国家输入性毒株,但输入源头有所不同.
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PI3K-p55γ亚基与疾病的关系
磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol 3-hydroxy kinases,PI3K)是一个具有使羟基磷酸化功能和脂质激酶功能的酶家族.PI3K具有多种生物学功能,可被多种生长因子、细胞因子以及神经营养因子等激活,从而参与到多种细胞信号调节中,如细胞分化、迁移、增殖和抗凋亡等[1-3].根据各成员的序列同源性和脂质底物的特异性,PI3K家族成员可以划分为3类(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类),Ⅰ类进一步细分为Ⅰ A、Ⅰ B两种亚类.
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东莞市2014-2017年Ⅰ型登革病毒流行情况及E基因序列分析
目的 研究2014-2017年东莞市Ⅰ型登革病毒(DENV-1)流行情况,分析其可能的地域来源及基因特征.方法 采用实时荧光PCR方法对2014-2017年东莞市疾病预防控制中心收到的登革热疫情样本进行核酸检测分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增并测定部分分离株E基因序列,共得到8株DENV-1及其E基因序列,与Genebank中选取的世界各地DENV-1流行株及原型株进行参考对比,用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,用Mega4.0.2软件进行分子分型和系统进化树构建.结果 665份标本中DENV阳性251份,其中DENV-1阳性占90.0％.以9月、10月为发病高峰期,占86.7％;男女比例为0.92∶1,20～ ＜70岁年龄组发病例数多,占75.1％;DENV-1阳性本地病例以虎门、麻涌、南城、厚街和莞城五个镇街多,占76.4％.序列比对显示,8株DENV-1的E基因序列核苷酸同源性为90.2％～99.6％,氨基酸同源性为96.4％～ 100.0％,与选取的近年世界各地流行株的核苷酸与氨基酸同源性分别为89.2％～100.0％和90.2％～ 100.0％.系统进化树分析显示,2014-2017年东莞8株DENV-1分离株与我国广州、深圳及新加坡、马来西亚等东南亚国家当年或往年DENV-1流行株同源性较高,分属基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ型,但以基因Ⅰ、Ⅴ型为主.所有8株分离株与原型株进化距离较远.结论 2014-2017年东莞市登革病毒流行以DENV-1为主,流行基因亚型主要为基因Ⅰ型和基因Ⅴ型,流行方式为广深等周边地市及新加坡、马来西亚等东南亚各国输入病例引起的本地暴发流行.
关键词： Ⅰ型登革病毒(DENV-1) E基因 基因亚型 序列同源性 进化分析 -
人苍白杆菌深圳分离株16S rRNA基因部分核苷酸序列分析
目的 对深圳市布吉人民医院分离鉴定的1株人苍白杆菌进行16S rRNA基因的部分核苷酸序列分析,以探讨该菌株在分类学上的准确地位.方法 对该菌株进行PCR扩增及16SrRNA基因序列测定,并与人苍白杆菌标准株及羊种布氏杆菌比较.结果 3株细菌均可扩增到大小约900bp的16S rRNA基因片段,经核苷酸序列分析比较,发现人苍白杆菌深圳分离株与人苍白杆菌标准株和羊种布氏杆菌具有高度同源性,同源程度大于98%.结论 该院分离的人苍白杆菌不仅与购自美国的人苍白杆菌ATCC株有高度同源性,而且与北京保存的羊种布氏菌在遗传学上也具有非常密切的亲缘关系.
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棒状杆菌临床分离株药物敏感性及同源性分析
目的 了解棒状杆菌感染在临床中的耐药状况及同源性.方法 用肉汤微量细菌定量法检测抗菌药物的低抑菌浓度(MIC),随机扩增多态性DNA(RAPD-PCR)并对棒状杆菌进行基因分型.结果 184株棒状杆菌对青霉素、头孢噻肟、红霉素、环丙沙星、四环素、克林霉素的耐药率均超过50%,对多西环素、亚胺培南、庆大霉素、利福平的耐药率在60%~80%之间,未发现对万古霉素和利奈唑胺耐药.18株纹带分离株可分成5型,其中A型占14株(77.8%).结论 棒状杆菌对多种抗菌药物的敏感性降低,纹带棒状杆菌存在院内传播的趋势.
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藏酋猴类似人clock基因片段的克隆
目的:在藏酋猴中,寻找和克隆与人clock基因类似的基因.方法:提取藏酋猴外周血白细胞RNA,逆转录为全基因组cDNA,利用人clock基因保守序列设计相关引物,克隆,测序,进行生物信息学分析.结果:扩增得到1994bp的核酸序列.该序列与人,苏门答腊猩猩,绵羊,小鼠,褐家鼠,原鸡和蟾蜍clock基因核酸序列同源性分别为99%,98%,94%,90%,90%,82%和75%.结论:藏酋猴基因组中存在与人clock基因相似的基因,该基因可能为藏酋猴clock基因.
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瘦素与消化系统疾病
Friedman等[1]在1994年首次定位克隆了小鼠第6对染色体上的ob基因,并由DNA顺序合成了ob蛋白--被命名为瘦素;ob基因也被称为瘦素基因,ob基因的结构和序列改变可以导致病态肥胖.人类和小鼠瘦素基因的编码序列同源性高达84%,基因的同源性提示ob基因及其表达产物功能的高度保守性.瘦素主要是由脂肪细胞分泌的含有167个氨基酸的蛋白质,在体内主要调节能量代谢,摄食行为和体重平衡,同时还参与了免疫反应,胰岛素分泌,造血,胎儿生长发育,创伤愈合及肾纤维化发生等作用.同其它激素一样,瘦素必须同它的受体结合才能发挥其生物学效应;瘦素受体(ob-R)属于Ⅰ类细胞因子受体,为一跨细胞膜的蛋白结构,包括长型受体(ob-Rb)和短型受体(ob-Rs);长型受体为信号传递的功能受体,其信号传递系统为JAK-STAT途径,激活后调控瘦素的基因转录;短型受体激活的信号途径是通过磷脂酶3-激酶,但是短型受体的作用还不完全清楚,而且短型受体在体内分布广泛,包括肝脏、胃、肠道、胰腺等.Bado等[2]证实Wistar大鼠和Zucker大鼠的胃粘膜上皮中存在瘦素,胃底粘膜腺体存在对瘦素免疫反应阳性的细胞,进食或静脉注射CCK-8或胃泌素可以刺激局部胃组织的瘦素分泌.Cintis等[3]证实了人胃粘膜上皮细胞中存在瘦素的mRNA和蛋白.Potter等[4]在活化的肝星状细胞(HSC)中发现瘦素的mRNA和蛋白;人和鼠的空肠和结肠均存在瘦素的受体;因而随着瘦素基因及其受体在消化系统的发现,提示瘦素可能同消化系统疾病有着密切的关系,本文就瘦素和消化系统疾病的研究进展概述如下.
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幽门螺杆菌尿素酶C基因的克隆及测序
[徐俊荣,张沥,闫小君,崔大祥,江红,韩锋产.世界华人消化杂志,2001;9(3):308-311]目的用PCR方法扩增幽门螺杆菌(Hp)尿素酶C基因,以构建Hp UreC基因的重组克隆,为进一步表达Hp UreC基因的重组蛋白质并研究其功能奠定基础.方法以Hp临床菌株总DNA为模板,根据已发表的Hp UreC基因序列设计引物(位于588 bp～605 bp和1 737 bp～1754 bp),采用PCR方法扩增出一个1173 bp的Hp尿素酶C基因片段,用BamHI及EcoRI双酶切后将其克隆入测序质粒pGEM-3Zf(-)中,以全自动测序仪双向测定目的片段序列,借助于DNA TOOL 5.1拼接成完整序列.与已知的Hp UreC基因序列做比较.结果所得核酸序列与报道的Hp国际标准菌株M60398的UreC基因同源性为95%.根据测序结果推断其编码的氨基酸序列,并行BLAST分析,发现它与标准菌株M60398的氨基酸序列同源性为97%.结论成功构建了Hp UreC基因的重组克隆,为进一步研究表达Hp UreC基因的重组蛋白质并研究其功能奠定了基础. (潘伯荣)
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瞬时受体电位通道与心室重塑的研究
心室重塑是指在心脏功能受损，心腔扩大、心肌肥厚的代偿过程中出现的心肌细胞肥大、胞外基质质量和组成的变化、胶原纤维网变化及细胞凋亡等的变化，它是心力衰竭发生发展的基本病理机制[1]。近来研究发现经典的瞬时受体电位(TRP)通道与心室重塑的发生发展有着密切的关联。TRP通道是位于细胞膜上一种以四聚体形式构成的Ca2+内流通道，参与了机体很多病理或者生理过程并起着重要作用。它早发现于黑腹果蝇的视觉细胞中，该类细胞对持续的光刺激只产生短暂性的胞内Ca2+浓度增加，即只产生瞬时电位而非持续锋电位。迄今为止，在哺乳动物中已克隆出33个TRP通道基因，根据根据氨基酸序列同源性的差异，TRP通道分为7个亚族，分别为TRPC、TRPV、TRPM、TRPA、TRPP、TRPML、TRPN[2]。经典瞬时受体电位通道(TRPC)通道是TRP家族中的重要一员。现在，我们就TRPC通道在心室重塑中的作用作一综述。
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2004-2006年瑞金医院烧伤病房病原菌分布及分子流行病学分析
目的 了解瑞金医院烧伤病房院内感染病原菌的分布、耐药性和流行情况.方法 2004年1月-2006年12月,从瑞金医院烧伤住院患者创面分泌物、静脉导管、血液、尿液、大便等标本中分离获得甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)17株,铜绿假单胞菌52株,鲍氏不动杆菌11株.分析3年间该烧伤病房病原菌的分布和药物敏感试验情况;采用随机扩增多态DNA(RAPD)对院内感染病原菌进行同源性分析.结果 金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌和鲍氏不动杆菌是瑞金医院烧伤病房近年来的3种主要病原菌,金黄色葡萄球菌占首位,而3年间MRSA在金黄色葡萄球菌中的比例分别为77%(63/82)、85%(63/74)、75%(74/99).3年中MRSA的主要耐药模式为阿米卡星/庆大霉素/红霉素/克林霉素/左氧氟沙星;铜绿假单胞菌的耐药模式为阿米卡星/庆大霉素/哌拉西林/头孢他啶/头孢哌酮/氨曲南/亚胺培南;鲍氏不动杆菌的耐药模式为阿米卡星/庆大霉素/哌拉西林/头孢他啶/亚胺培南/环丙沙星.3种细菌行RAPD同源性分析均为同一型别.结论 笔者医院烧伤病房存在多种院内感染病原菌,细菌耐药情况严重,对这些细菌流行的控制应成为院内感染防治的重点.
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瑞金医院烧伤中心甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌同源性分析
目的 从分子生物学水平分析甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)在上海瑞金医院烧伤中心院内感染的流行状况.方法 用WHONET5统计软件分析2003-2005年瑞金医院烧伤中心MRSA的分布状况;用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对本中心住院患者临床标本中分离的17株MRSA进行同源性分析.结果 分离的17株MRSA为同一RAPD型(引物为ERIC2、RAPD7).结论 本中心多年来持续存在和流行的MRSA为同一个型别,应成为瑞金医院烧伤中心抗感染治疗和院内感染控制的重点菌株.
