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携蜂毒素基因重组腺病毒载体的构建
目的构建含巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)启动子或甲胎蛋白(α-fetoprotein,AFP) 调控序列驱动下的蜂毒素基因的重组腺病毒,进行体外抗肿瘤效果的比较.方法人工合成蜂毒素基因时,用Kozak序列优化翻译起始区,并进行人类适密码子的转换,然后置于CMV启动子或AFP调控序列之后,用细菌内高效同源重组法构建腺病毒质粒,脂质体转染293细胞进行包装.结果目的基因成功地重组人腺病毒质粒.结论上述蜂毒素-腺病毒载体构建时的几个特点,有助于载体的顺利构建,并为下一步的实验奠定了基础.
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应用六个STR基因座鉴定同胞关系
短串联重复序列(short tandem repeat,STR)以核心序列重复单位数目的变化构成遗传多态性.在众多的STR基因座中,以三碱基重复或四碱基重复的STR基因座突变率低、稳定性好,且遵循孟德尔共显性遗传方式,是群体遗传学和法医遗传学高信息基因座的丰富来源[1].
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组蛋白去乙酰化酶2联系着代谢与寿命
组蛋白去乙酰化酶2(silent information regulator 2,Sir2)是Sirtuins家族中烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)依赖的去乙酰化酶之一.Sirtuins家族是一种从细菌到复杂的真核生物都高度保守的蛋白质家族,此家族成员都含有一个约由250个氨基酸组成的中心区域,成员之间大约有25%～60%的序列同源性.
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MALDI-TOF MS用于肺炎克雷伯菌同源性分析的初步研究
目的 评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)对肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KPN)同源性分析的能力.方法 对2013年2-4月青岛大学附属医院重症监护病房(ICU)分离的7株KPN和其他科室分离的13株KPN进行溯源性回顾分析,采用方法为脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel eleetrophore sis,PFGE)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和MALDI-TOF MS.结果 PFGE和MLST结果一致,MALDI-TOF MS同源性分析中将20株菌株分为2类,Ⅰ类为来自ICU的7株菌,Ⅱ类为其他科室的13株菌,与前2种方法得到的结果基本一致.结论 MALDI-TOF MS技术能够准确鉴定肺炎克雷伯菌且可对其进行同源性分析,较其他同源性分析方法快捷、方便,可满足临床对院感工作的需求.
关键词： 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 序列同源性 肺炎克雷伯菌 -
人类疱疹病毒7型感染CD4+T淋巴细胞的意义
人类疱疹病毒7型(human herpesvirus 7,HHV-7)是1990年由Frenkel等在一个26岁疲劳综合征男性的外周血单个核细胞(PMBC)的CD4+T细胞中首次分离得到[1],以后陆续有在健康人身上分离HHV-7不同的病毒株的报道.它是一种嗜CD4+T细胞的DNA病毒,和人疱疹病毒6型(HHV-6)、巨细胞病毒同属人的β-疱疹病毒亚科.HHV-7的基因组是一个长达144 861 bp的线性分子,它的基因组可编码84种蛋白质,HHV-7和HHV-6的DNA序列同源性达50%～60%,氨基酸序列同源性也高达53.4%[2,3].在体外培养时,SupT1细胞株是HHV-7的唯一敏感细胞株,脐带血淋巴细胞是培养它的佳细胞[4,5].
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乳头瘤病毒感染的免疫学特性
乳头瘤病毒(Papillomavirus,PV)是一类高度异质的双链环状小分子DNA病毒,具有严格的种属和组织特异性,主要感染人类和多种高等脊椎动物皮肤和粘膜组织,引起相应部位上皮组织的增生性病变.人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)可分为引起良性增生病变的低危型和与人类多种组织恶性肿瘤(如宫颈癌、口腔癌、食管癌等)密切相关的高危型.根据核酸序列同源性,HPV可分为80多型,不同型别的HPV引起不同的疾病.
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利拉鲁肽对肥胖的2型糖尿病患者胰岛β细胞功能指数及糖化血红蛋白的影响
2型糖尿病(T2DM) 是以高血糖为特征的代谢性疾病,目前尚无根治方法.利拉鲁肽( Liraglutide) 因其与人胰高素样肽-1(GLP-1)具有97%的序列同源性,可以以葡萄糖浓度依赖方式调节血糖,因而被越来越多的用于2型糖尿病患者的治疗[1,2].2009年,利拉鲁肽首先在欧盟国家上市.2011年10月,利拉鲁肽正式在中国上市.本文对30例肥胖的2型糖尿病患者应用利拉鲁肽治疗,并观察了治疗前后患者胰岛β细胞功能指数(HOMA-β)及糖化血红蛋白(HBA1c)变化,报道如下:
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Caspase-6的研究进展
近年来,发现天冬氨酸特异性的半胱氨酸蛋白酶（Caspase）家族参与了细胞凋亡过程.迄今已发现至少16个家族成员,按序列同源性和其他生化性质的不同,将Caspase家族分为ICE类、CPP32类和ICH-1类三个亚家族,而Caspase-6属CPP32亚家族的一员.Caspase-6曾称为Mch2,与CED-3的一致性为35%,具有较短的N-末端前域,属效应Caspase,其识别序列为Val-Glu-Ile-Asp(VEID).近3年来对Caspase-6的底物、激活、抑制剂及与疾病关系的研究取得了一些进展,本文对此做一综述.
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大鼠Nrn1基因3'UTR克隆及序列分析
目的 neuritin(Nrn1/Cpg15)是一种神经突起生长因子,在神经修复过程中发挥着重要作用.本文旨在探讨miRNAs调控Nrn1基因表达的潜在性.方法 采用PCR技术克隆大鼠Nrn1基因的3'UTR片段,同时利用MiRanda、DNAMAN软件对Nrn1基因序列及miRNA结合位点进行生物信息学分析.结果 成功克隆了649bp的Nrn13'UTR核心区段；Nrn1基因在不同物种间的序列同源性呈高度保守.MiRanda靶标预测结果表明miR204在3'UTR结合位点处高度保守,分值和能值较高,具有很强的潜在性.结论 Nrn1基因3'UTR在不同物种间序列保守性较高,miRanda软件预测miR-204结合位点处序列高度保守,进一步暗示Nrn1基因表达可能受到miR-204的调控.
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干扰素受体研究进展
1957年Isaacs与lindenmann发现一种能干扰病毒在宿主细胞增殖的蛋白质--即干扰素(Interferon:IFN)[1],分为Ⅰ型干扰素和Ⅱ型干扰素两大类.Ⅰ型IFN家族包括IFN-α,IFN-β[2].IFN-α和IFN-β的分子有序列同源性,共用相同的细胞表面受体,并且有类似的功能[3].Ⅱ型IFN又称为免疫干扰素或γ-干扰素(IFN-γ),是一种同源二聚体糖蛋白,其亚单位多肽的分子量为21～24KD[4].IFN生物效应的发挥,需要跟相应的信号受体结合[5].根据IFN的分类,干扰素受体(INFR)分为:结合Ⅰ型干扰素的Ⅰ型干扰素受体和结合IFN-γ的Ⅱ型干扰素受体,其特点分述如下:
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鼠疫菌6 kb质粒核酸序列同源性比对分析
目的 分析云南省鼠疫菌6 kb(pYC)质粒核酸序列与GenBank中公开报道的多种细菌序列的同源性.方法 通过美国国立图书馆网站序列比对搜索工具(BLAST),对鼠疫菌pYC质粒全序列和开放式读码框架(ORFs)以及翻译蛋白进行核酸与核酸、蛋白与蛋白比对分析.结果 pYC质粒部分基因与宋内志贺菌质粒pKYM具有97.1%的同源性,与流感嗜血杆菌基因有92.1%的同源性,与伤寒沙门杆菌基因LT2和pIMVS1分别具有88.2%和87.2%的同源性,与大肠埃希菌0157:H7、K-12、ECOR31株局部基因分别具有81.4%、81.4%和84.7%的同源性.pYC质粒ORFs翻译蛋白ORF1与副鸡嗜血菌复制蛋白B具有47.2%的相似性,ORF4与大肠埃希菌推定蛋白具有52.7%的相似性,ORF5与假结核菌TriE蛋白具有48.3%的相似性,ORF6与大肠埃希菌PilxS/VirB5相似蛋白具有42.3%的相似性、与小肠结肠炎耶尔森菌TriD蛋白具有38.5%的相似性,ORFIO与伤寒沙门杆菌LT2细胞质蛋白具有83.1%的相似性.与大肠埃希菌0157:H7推定蛋白具有81.9%的相似性.ORF11与大肠埃希菌K12诱导损伤蛋白J具有81.4%的相似性.结论 pYC质粒DNA序列与肠杆菌科部分基因具有高度同源性,可能编码类似埃希菌属和耶尔森菌属推定蛋白、诱导损伤蛋白、TriD和TriE蛋白、Pilx5/VirB5相似蛋白.
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瘦素与肝纤维化
1994年Zhang等[1]应用定向克隆法首次从肥胖和糖耐量异常的动物ob/ob小鼠中成功克隆出肥胖基因(obese gene,ob基因)和人类的同源序列,人与小鼠间ob基因的编码序列同源性高达84%,基因的高同源性提示ob基因及其表达产物功能的高度保守性.1995年Halaas等[2]应用DNA重组技术,由大肠杆菌合成了人和小鼠ob基因的表达产物,因其基本作用能使动物体重降低而变瘦,故被命名为瘦素(leptin).现已发现,瘦素除刺激下丘脑调节脂肪代谢外,还作用于神经、心脏、肾脏、肺、肝脏、脂肪组织和胰岛细胞,具有广泛的生理调控作用[3,4].近年的一些临床和实验研究[5-17]表明,瘦素与肝纤维化密切相关,现就有关研究进展概述如下.
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浙江境内免疫缺陷者卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染状态及流行株的进化树分析
目的 探讨我国免疫缺陷者卡波西肉瘤相关疱疹病毒(KSHV)的感染状态及流行株特点.方法 ELISA法检测我国浙江省境内免疫缺陷者KSHV感染,套式PCR法对ELISA检测阳性患者的外周血单个核细胞进行KSHV开放阅读框(ORF)26基因检测,获得的PCR产物行双向核苷酸序列分析,用Clustal 1.81软件进行基因同源性和进化树分析,并与国际上流行的10株病毒株进行比较.结果 KSHV ORF65抗体检出率在肾移植受者为41.1%(44/107);HIV感染者中KSHV ORF65抗体的检出率为39.5%(29/74),健康人群的检出率为12.3%(16/122).肾移植受者和HIV感染者KSHV感染与健康人群相比,差异有统计学意义(P＜0.01),而肝移植受者的KSHV感染率为15.2%,与健康人群相近(P＞0.05);KSHV感染的器官移植受者外周血单个核细胞(PBMC)中ORF26基因DNA的检出率为49.0%(12/49);HIV感染者中KSHV感染者PBMC中ORF26基因DNA的检出率为26.7%(8/29),16例KSHV感染健康人群PBMC中有3例检出ORF26基因DNA,免疫缺陷人群存在活动性KSHV复制的比例明显高于健康人群(P＜0.05);我国浙江省境内的KSHV毒株的ORF26基因同源性和进化树分析结果与匈牙利株AY707887接近,属于A3亚型.结论 我国免疫缺陷人群存在较高的KSHV感染;感染者有较高的活动性KSHV复制;我国浙江省境内的KSHV毒株的ORF26基因与匈牙利株AY707887接近,属于A3亚型.
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登革病毒2型广东省分离株的鉴定及NS1基因序列分析
目的明确广东省南海市1998年夏、秋季一批发热、出疹患者的诊断，并从基因水平分析其流行株的来源。方法收集疑似登革热(DF)患者血清52份，应用逆转录-聚合酶链反应(RTPCR)、病毒分离和间接免疫荧光技术分别进行了病原学和血清学检测；同时采用分子克隆技术将PCR扩增产物克隆到T载体，并进行序列测定。结果从25份发病早期患者血标本中分离病毒10份，经用单克隆抗体间接免疫荧光检测和RT-PCR检测证实为登革病毒2型感染。基因序列分析表明，1998年广东分离的登革2型病毒与ThNH-P28/93、C0166、16681、NGC、JAM、04、GD06/93和S1株核苷酸的同源性分别是：98％、97％、96％、96％、93％、92％、93％、91％。结论此次南海市登革热暴发流行为登革病毒2型感染所致。基因序列分析提示：1998年广东省南海市分离的登革病毒2型可能来源于泰国。
关键词： 登革热病毒 逆转录-聚合酶链反应 序列分析 DNA 序列同源性 -
2010年上海地区肠道病毒71型分离株VP1区基因特征分析
目的 了解2010年上海地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区基因特征.方法 选取2010年不同时间的轻症与重症病例EV71分离株18株,对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定、比对,并与美国国立生物技术信息中心公布的EV71 A、B、C各基因型分离株序列进行比对,构建系统发生树.结果 上海地区18株病毒分离株与A、B基因型参考毒株的核苷酸同源性分别为81.5％～82.6％、83.4％～84.2％,氨基酸同源性分别为94.3％～95.0％、96.6％～97.0％,与C基因型比较,核苷酸与氨基酸同源性分别为87.4％～99.2％与98.7％～100.0％.而与2008年安徽省阜阳市的EV71流行株(C4亚型)的核苷酸同源性可达97.8％～99.2％,氨基酸同源性99.3％～100.0％.在系统发生树上,这18株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支.重症病例与轻症病例EV71分离株在VP1基因区并无明显差异.结论 上海地区手足口病患者中分离的EV71流行株应属C基因型的C4亚型.
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人类睾丸基因TDRG1在不同物种间同源序列的克隆及分析
目的 克隆人类睾丸特异基因TDRG1在不同物种间的同源序列,为研究该基因功能寻找动物模型.方法 以人TDRGI基因全长序列作为查询序列,利用BLASTN 软件检索小鼠、大鼠、黑猩猩和猕猴基因组数据库,查询到的同源序列运用RT-PCR实验验证.免疫组化染色初探TDRG1同源蛋白在不同物种间的表达.结果 生物信息学分析表明小鼠和大鼠基因组中未检索到与TDRG1同源的序列,黑猩猩和猕猴基因组中分别有相似性为98%和90%的同源序列存在.RT-PCR验证了猕猴睾丸中的同源序列,免疫组化结果显示抗人TDRG1单克隆抗体能特异结合猕猴睾丸中的同源蛋白.RT-PCR和免疫组化染色也表明小鼠和大鼠睾丸中无同源序列和同源蛋白表达.结论 TDRG1基因在小鼠和大鼠睾丸中无同源基因表达,而在猕猴和黑猩猩睾丸中有同源基因表达,为今后建立动物模型提供了理论依据.
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leptin RIA在肝病中的研究进展(文献综述)
1994年Zhang等[1]应用定向克隆法首次从肥胖和糖耐量异常的动物ob/ob小鼠中成功克隆出肥胖基因(obese gene,ob基因)和人类的同源序列,人与小鼠问0b基因的编码序列同源性高达84%,基因leptin的高同源性提示ob基因及其表达产物功能的高度保守性.1995年Halaas等[2]应用DNA重组技术,由大肠杆菌合成了人和小鼠ob基因的表达产物,因其基本作用能使动物体重降低而变瘦,故被命名为leptin.1998年Potter[3]在活化的肝星状细胞(HSC)中发现leptin的mRNA和蛋白后,人们开始注意leptin与肝脏疾病的关系.研究发现leptin对脂肪肝、肝炎、肝纤维化、肝硬化等慢性肝病的发生、发展有一定的作用.本文就leptin与慢性肝病的相关研究进展作一综述.
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Microsphaeropsis arundinis引起面部皮肤暗色丝孢霉病一例
患者男,55岁,面部斑块20余年,未发现合并免疫缺陷疾病.皮肤科检查:鼻部、双面颊、口唇上方大片淡红色斑块,少量脱屑,鼻背部疣状增生,鼻尖1个黄豆大小的疣状突起物.皮损组织病理检查:表皮假上皮瘤样增生,角质层中可见菌丝样结构.真皮内弥漫炎症细胞浸润,主要有中性粒细胞、淋巴细胞、组织细胞以及多核巨细胞.在多核巨细胞内见孢子样结构,过碘酸-雪夫染色阳性.皮损组织沙氏葡萄糖琼脂培养基培养出灰褐色绒毛状菌落.玻片小培养(马铃薯葡萄糖琼脂培养基)见内含大量孢子的分生孢子器及分隔分支的暗色菌丝.真菌分子生物学鉴定为Microsphaeropsisarundinis.诊断为Microsphaeropsis arundinis所致皮肤暗色丝孢霉病.治疗:CO2激光去除鼻尖部位疣状突起,口服伊曲康唑胶囊200 mg,每天2次,3个月后皮损消退停药,随访6个月无复发.
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肠道病毒71型杭州分离株H3-TY的基因特征分析
目的 对肠道病毒71型(EV71)杭州株H3-TY的基因特征进行分析并探讨其用于疫苗开发的可能性.方法 利用RT-PCR方法扩增EV71 H3-TY株全基因组并克隆入质粒载体,对克隆基因进行序列测定并拼接为全长序列.其后利用Lasergene及MEGA软件对所获序列与11株中国大陆C4亚型病毒株、中国台湾B型代表株TW和国际标准株(BrCr)进行同源性比较,并进行进化树分析.结果 EV71 H3-TY株属于C4亚型,与其他中国大陆流行株在核苷酸水平的同源性介于94.0％ ～99.0％,氨基酸水平的同源性均高于97％.H3-TY主要抗原位点SP70与其他毒株完全相同,SP55除了与BJ08株及BrCr株略有不同外,与其他毒株也均相同.结论 EV71 H3-TY株与其他国内流行株高度同源,主要抗原位点一致,可用于疫苗开发研究.
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rLTB/rCTB-rOmpL1/1融合基因及其原核表达系统的构建和鉴定
目的:构建ltB/ctB-ompL1/1融合基因及其原核表达系统,鉴定表达产物的免疫和佐剂活性,检测问号钩端螺旋体(简称钩体)野生株ompL1基因的携带和表达情况及钩体患者血清特异性抗体水平.方法:采用连接引物PCR构建ltB-ompL1/1和ctB-ompL1/1融合基因,常规方法构建其原核表达系统.采用SDS-PAGE、Western blot和GM1-ELISA分别检测目的重组蛋白rLTB-rOmpL1/1和rCTB-rOmpL1/1表达量、免疫反应性及与GM1结合的活性.采用PCR和MAT分别检测97株问号钩体野生株ompL1基因及其表达情况.采用ELISA检测228例钩体患者血清ompL1基因产物的抗体.结果:与报道的相关序列比较,ltB-ompL1/1和ctB-ompL1/1融合基因核苷酸和氨基酸序列相似性,分别为99.7%～99.9%和99.5%～100%.rLTB-rOmpL1/1和rCTB-rOmpL1/1表达产量均约为细菌总蛋白的10%,主要以包涵体形式存在.rLTB-rOmpL1/1和rCTB-rOmpL1/1均分别能与rOmpL1/1兔抗血清和牛GM1结合.89.7%问号钩体野生株含有ompL1基因,87.6%问号钩体野生株分别与rOmpL1/1和rOmpL1/2兔抗血清出现效价,为1:4～1:256的MAT阳性结果.86.8%和88.6%的患者血清标本rOmpL1/1和rOmpL1/2抗体阳性.结论:rLTB-rOmpL1/1和rCTB-rOmpL1/1融合蛋白有良好的免疫原性及与GM1结合的活性.不同问号钩体血清群中广泛存在ompL1基因并高频率表达,不同基因型表达产物有广泛的交叉抗原性.
