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微阵列比较基因组杂交技术及其在遗传性疾病中的应用
拷贝数变化(copy number alterations,CNVs)是指患者与健康对照之间基因组DNA拷贝数的差异,以及导致微缺失或微复制综合征的基因组不平衡,如缺失、重复、扩增和非整倍体等.基因组CNVs通过基因缺失(或)重复、基因断裂、位置效应、后生效应或上位效应等方式可导致各种人类疾病或功能障碍.近研究发现,CNVs是许多遗传病的细胞遗传基础,根据特征性的CNVs,可对遗传病进行准确诊断.
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比较基因组杂交技术在产前诊断中的应用
染色体异常被认为是引起新生儿智力低下,学习困难及各种先天畸形或生长发育异常的主要原因.在产前诊断中,快速可靠检测染色体的异常,提高检测方法的可操作性、准确性、特异性,对完善遗传咨询有现实意义.近年来,随着分子细胞遗传学技术的发展,比较基因组杂交技术为染色体病的产前诊断提供了一种新途径.
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基于全基因组表达谱芯片筛查的BRCA1对乳腺导管内癌预后的预测价值
目的 探讨基于全基因组表达谱芯片筛查的BRCA1对乳腺导管内癌预后的预测价值.方法 收集广东省妇幼保健院乳腺科2014年1-6月乳腺导管内癌和乳腺浸润性导管癌的新鲜组织标本各4例,运用微阵列比较基因组杂交技术分析两者在全基因组表达谱芯片上BRCA1表达的差异,并通过免疫组化进一步检测BRCA1在70例乳腺导管内癌的表达情况,评估其对导管内癌预后的预测作用.结果 全基因组表达谱芯片结果提示:BRCA1表达在乳腺导管内癌和浸润性导管癌中存在差异.免疫组化检测到BRCA1在乳腺导管内癌的阳性率为14.3％ (10/70),其表达情况与年龄(P =0.959)、绝经状态(P=0.959)、肿瘤大小(P=0.627)、腋窝淋巴结状态(P=1.000)、HR状态(P =0.958)、HER-2状态(P=1.000)、P53表达情况(P =0.460)无明显关系.BRCA1阴性组的导管内癌伴微浸润的比例高于BRCA1阳性组(P =0.043).中位随访47个月,全组患者无病生存率为97.1％.BRCA1阴性组的无病生存率为96.7％,阳性组为100％,两组的无病生存率无明显差别(96.7％ vs 100％,P=0.569),两组的总生存率均为100％.结论 BRCA1表达可能不能预测乳腺导管内癌的预后,但乳腺导管内癌伴微浸润中BRCA1阴性比例高于乳腺导管内癌,BRCA1可能在乳腺导管内癌发生浸润过程中起作用.
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孕妇对胎儿基因芯片的认知分析
目的：为了解孕妇对胎儿基因芯片技术的认知现状，以便更好地做好孕妇产前诊断的健康教育需求分析。方法使用一个由18个问题构成的调查表，调查孕妇对胎儿基因芯片技术的认知现状认知倾向。结果在250份调查问卷中，55．3％孕妇进行过产前诊断，其中13．5％的孕妇曾经引产过异常胎儿，12．5％的孕妇曾孕育分娩智力低下、生长发育迟缓的患儿，17％有不明原因的死胎、死产、新生儿死亡的不良孕产史，14％具有不明原因的遗传病或染色体异常家族史，34．6％进行过染色体核型分析，51％孕妇错误地认为染色体核型分析可以发现所有的染色体异常，12．3％曾了解胎儿基因芯片知识，5．6％孕妇知道胎儿基因芯片可以检测染色体核型分析中检测不到的微缺失或微重复，4．5％孕妇知道染色体的微缺失或微重复可导致智力低下、生长发育迟缓、器官畸形及功能障碍。仅有9．8％孕妇表示若超声提示胎儿结构异常而染色体核型正常，愿意进行胎儿基因芯片的检测，85％的孕妇不知道目前运用的“胎儿基因芯片”可以检测100种以上的综合征，66．3％的孕妇错误地认为胎儿基因芯片检测报告正常，就意味着胎儿绝对正常。结论孕妇对胎儿基因芯片技术认识明显不够，需在孕前或早孕期教育等时机予以普及，这对防止医疗新技术应用中由于结果和期望值落差造成的医患纠纷。
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神经系统异常胎儿的染色体微阵列分析
目的 探讨胎儿神经系统畸形在染色体异常产前诊断的价值,为临床咨询提供指导.方法 对入选的131例产前超声诊断为神经系统畸形且行产前介入性诊断的胎儿,回顾其染色体核型分析及aCGH结果.根据是否合并神经系统外畸形将研究对象分为2组:单纯性神经系统畸形组(84例)及合并神经系统外畸形组(47例).结果 单纯性神经系统畸形组和合并神经系统外畸形组染色体G显带阳性率分别为2/84 (2.4％)和15/47 (31.9％),aCGH异常率分别为5/84(5.9％)和19/47(40.4％).合并神经系统外畸形组染色体G显带及aCGH异常检出率均显著高于单纯性神经系统畸形组.本研究染色体异常的研究对象中,不同的神经系统畸形类型中阳性率高的是Dandy-Walker综合征,为55.6％(5/9),其次为全前脑,为50.0％(4/8).结论 胎儿神经系统畸形染色体异常率及aCGH异常率增高,是产前诊断的重要指征.当合并其他系统畸形时,染色体异常率及aCGH异常率显著升高.当产前发现神经系统畸形时,都应建议其产前诊断,行核型分析及aCGH检查.
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肠型胃癌原发灶与淋巴结转移灶癌细胞染色体异常特征的比较
目的 探讨胃癌发生淋巴结转移的机制,寻找和定位与胃癌转移相关基因.方法 本研究应用比较基因组杂交技术分析和比较了15例肠型胃癌患者原发灶和其对应的淋巴结转移灶癌细胞染色体基因组改变特征.结果 较常见染色体DNA拷贝数扩增的部位是8q,13q,20和7;较常见染色体DNA拷贝数丢失的部位是1p,17p,19,21q和22q.其中,有意义的发现是20q12-13扩增,21qcen-21丢失,4q丢失,14q22-ter丢失.结论 本研究结果表明胃癌原发灶和淋巴结转移灶癌细胞染色体基因改变显著的部位是20q扩增,及21q,4q和14q的丢失;提示在这些部位可能存在与胃癌淋巴结转移相关的基因.
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关于卵巢癌遗传学研究技术新进展
人类肿瘤的发生和发展常与染色体异常有关,这种非随机性的异常主要包括了染色体的丢失、获得、扩增和重排等.随着遗传学研究技术不断地深入,人们在荧光原位杂交技术(FISH)上建立了比较基因组杂交技术(CGH)、微阵列比较基因组杂交技术(array CGH),并广泛应用于细胞遗传学、肿瘤生物学上,本文就卵巢癌遗传学技术的新进展作一综述.
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脂肪瘤型脊髓栓系综合征患者的全基因组拷贝数变异分析
目的 在染色体水平对脂肪瘤型脊髓栓系综合征的病因进行研究,分析脂肪瘤型脊髓栓系综合征患者的基因组中可能存在的致病性拷贝数变异(CNV),为进一步研究致病基因提供理论基础.方法 采集2015年3至5月期间解放军总医院神经外科收治的11例脂肪瘤型脊髓栓系患者及其父母的静脉血样本,提取DNA,利用Agilent比较基因组杂交芯片筛查全基因组CNV,将所得CNV在基因数据库中进行比对,去除多态性,对所得基因同时进行基因功能、相关疾病和基因通路分析,以验证CNV与脂肪瘤型脊髓栓系之间的关系并对研究方法进行评价.结果 在11例患者中共发现17个异常的CNV,其中Chr8:39258894-39386158和Chr15:20481702-22509254两个片段的出现频率为5/11,在DECIPHER数据库中查询到2个与其相关的有神经系统症状的疾病:Angelman综合征和Prader-Wolh综合征,对基因富集分析结果显示,所得CNV所包含的ADAM5P和ADAM3A基因与先天性唇腭裂的形成明显相关.结论 Chr8:39258894-39386158和Chr15:20481702-22509254两个片段在脂肪瘤型脊髓栓系患者基因组中存在CNV的概率远高于普通人群,与脂肪瘤型脊髓栓系的发生可能存在相关性.在神经管畸形(NTD)相关基因的研究中,将某种特定类型的NTD孤立出来,进行分别研究可以在一定程度上提高研究效率,得到更为精确的研究结果.
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荧光原位杂交技术的妇产科应用进展
荧光原位杂交(FISH)技术是一门新兴的分子细胞学遗传技术,具有快速、安全、简便、高灵敏度、高特异性及多色等优点.已经广泛应用于分子细胞遗传学检测、间期细胞遗传学分析以及DNA片段的染色体定位等研究中,推动了临床细胞遗传学的发展.随着细胞遗传学研究技术的不断深入,在FSH技术上建立了比较基因组杂交技术(CGH)、微阵列比较基因组杂交技术(array CGH).目前FISH技术在产前诊断、植入前遗传学诊断、妇科肿瘤相关基因诊断和分析中展现出更加广阔的应用前景.从FISH技术探针的类型、标记方法及在妇产科领域的应用做简要综述.
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应用比较基因组杂交技术分析肺癌染色体异常
背景与目的:肺癌的发生是一个多基因、多阶段、多步骤的复杂生物学过程.研究肿瘤发生发展过程中的基因异常改变是肿瘤发生机制研究的一个热点.本研究应用比较基因组杂交技术分析肺癌的染色体异常,探讨染色体异常与肺癌不同病理类型和临床特征之间的关系.方法:收集胸外科2005年10月-2006年9月手术切除的新鲜肺癌标本30例,其中小细胞肺癌、腺癌和鳞癌各10例,应用比较基因组杂交技术(CGH)分析患者肺癌组织中全基因组的变化.结果:30例肺癌标本中CGH都发现有染色体异常改变,不同病理类型肺癌在1p11-p22、5p11-p14、16p11-p12、19q13、19p13、20p12和21q21等区域均有高频的扩增,在5q、6p24-pter、9p31-qter、13q21-qter和14q21-qter等区域均有高频缺失.同时不同病理类型肺癌的染色体异常表现也有一定区别.结论:遗传物质的异常改变在肺癌细胞中普遍存在,遗传物质异常是肺癌发生和发展的基础.不同病理类型肺癌在一些染色体区域的异常有所不同,这可以为三者的鉴别诊断提供一种遗传学标志.随着恶性肿瘤病程的进展,染色体畸变的复杂性也明显的提高.不同的致癌因素(如吸烟)可导致不同的染色体异常.
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伴有t（5；12）（q31；p13）的不典型慢性粒细胞性白血病患者遗传学研究
目的：研究罕见的不典型慢性粒细胞性白血病（aCML）患者的遗传学和血液学特征。方法：采用R显带法、比较基因组杂交技术（aCGH）、逆转录聚合酶链反应方法对1例不典型慢性粒细胞性白血病患者进行遗传学研究。结果：该患者具有47，xx，+8/47，xx，idem，t（5；12）（q31；p13）染色体异常，且具有P53基因突变。入院后给予羟基脲治疗，随访半个月后病故。结论：不典型慢性粒细胞性白血病恶性程度高，预后差，遗传学研究可确诊。
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散发性结直肠癌的染色体不稳定研究及其临床病理意义
目的 探讨散发性结直肠癌(sporadic colorectal cancer,SCRC)的DNA倍体异常和染色体畸变的数目、部位及其与临床病理特征之间的关系.方法 将40例SCRC肿瘤标本制备成单细胞悬液,经染色后进行流式细胞术(flow cytometry,FCM)检测,分析肿瘤细胞DNA倍体;采用比较基因组杂交技术(comparative genomic hybridization,CGH)在全基因组水平对40例SCRC进行染色体畸变检测.结果 40例SCRC患者标本中,二倍体的比例为42.5%,异倍体为57.5%,DNA倍体与TNM分期有密切关系,分期越高,异倍体的比例越高,差异有统计学意义(P＜0.05).CGH检测的所有病例均有不同程度的染色体畸变,平均每例畸变数为7.55,常见的染色体扩增区域有:20q、12q、13q、7p等,常见缺失区域有18q、5q、4q、8p等.TNM分期中Ⅲ～Ⅳ期SCRC的染色体畸变数高于Ⅰ～Ⅱ期(6.00±2.76 vs 8.70±2.84,P＜0.05).不同肿瘤部位、分化程度、组织学类型SCRC的DNA倍体差异无统计学意义(P ＞0.05).二倍体肿瘤的染色体畸变数明显少于异倍体肿瘤(6.35±3.35 vs 8.43±2.59,P＜0.05).结论 染色体不稳定在SCRC中普遍存在,是SCRC病情进展的基础,染色体畸变比DNA倍体异常更为常见.
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采用比较基因组杂交方法分析原发性食管癌染色体异常
背景与目的:有研究表明原发性食管癌常有染色体的改变,包括染色体基因组异常扩增和缺失.比较基因组杂交技术可以显示这些染色体的异常变化.本实验采用比较基因组杂交技术研究和分析原发性食管癌染色体基因组的变化特点及其与预后的关系.方法:采用比较基因组杂交技术检测16例食管癌组织中染色体的异常改变,并分析染色体异常与预后的关系.研究的病例中7例食管癌术后2年内死亡(对照组),9例术后生存3年以上(生存组).结果:食管癌患者中多数染色体基因组发生改变,常见的染色体基因组高扩增频率发生在1q/p,2q/p,3q,5q/p,8q/p,9q/p,11q/p,17和20q/p染色体区段上,在染色体1q/p,4p,9p,18q和xp中常见染色体基因缺失.染色体7q/p和19扩增频率和染色体4q/p和18q缺失频率,生存组与对照组间存在显著性差异.结论:食管癌患者染色体区段基因易发生异常扩增和缺失,生存组与对照组存在明显差异.
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应用微阵列比较基因组杂交技术产前诊断DiGeorge综合征一例
胎儿孕25+周,B超提示宫内生长发育受限,心脏室间隔缺损(图1),主动脉转位,合并羊水过多.父母非近亲结婚,孕期无不良因素接触史,无家族病史.
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比较基因组杂交技术在头颈部鳞癌诊断中的研究进展
鳞状细胞癌是头颈部常见的恶性肿瘤,早期诊断对于其治疗及预后都有重要意义.基因改变是恶性肿瘤发生的基础,比较基因组杂交技术可以较有效地检测实体肿瘤的基因异常,有望成为一种重要的分子诊断手段.
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单细胞多重替代扩增法结合比较基因组杂交技术检测植入前发育停滞胚胎染色体非整倍性
目的:应用单细胞多重替代扩增法(MDA)结合比较基因组杂交(CGH)技术检测植入前发育停滞胚胎染色体非整倍性情况,探讨植入前胚胎发育停滞机制.方法:胚胎植入前对70枚6～8细胞期发育停滞胚胎中取单个卵裂球与正常男性外周血单个淋巴细胞,分别采用多重替代扩增法(MDA)进行全基因组扩增,将发育停滞卵裂球扩增产物标记绿色荧光,淋巴细胞扩增产物标记红色荧光,应用CGH技术进行分析,观察染色体的非整倍性变化情况.结果:对70枚植入前发育停滞的胚胎有7枚出现染色体非整倍性改变,2枚卵裂球染色体为46,XY,dup(Y) (q12);其余5枚卵裂球的染色体分别为45,X;47,XY +21;47,XY +1;46,XY,dup(17)(q23);46,XX,dup(20))(p12);染色体异常的发生率为10％.结论:染色体非整倍性改变可能是植入前胚胎的发育停滞的原因之一.
