首页 > 文献资料
-
基因富集及Meta分析对影响肝癌发生发展关键基因的筛选
目的:筛选影响肝癌发生发展的关键基因.方法:运用跨种属肿瘤基因筛选策略比较不同种属的肝癌基因表达谱间的相似改变,选择5套不同种属的肝癌基因表达芯片分别通过基因组富集(gene set enrichment analysis,GSEA)以及对单套数据集单个基因元分析(metaanalysis,Meta)的分析方法,筛选出在转录水平上影响肝癌的基因.结果:用GSEA方法分析,5组数据中所得通路对比,上调中皆有的通路为氨基糖核苷酸糖代谢、细胞周期、甲状腺癌；下调中皆有的通路为亚油酸代谢、花生四烯酸代谢.对单套数据集单个基因进行Meta分析,共筛出P＜0.05的基因1 708个.用DAVID和KEGG网站的分析工具发现这1 708个差异基因中有720个基因能够在KEGG库中筛出,主要分布在细胞周期、卵母细胞减数分裂、DNA复制等通路.这两种分析方法得出的通路中,重叠性较高的主要为细胞周期通路.在细胞周期通路中差异性有统计学意义(P＜0.05)的基因25个,文献报道其中5个基因与肝癌有密切联系.结论:可能影响肝癌发生发展的信号传导通路是细胞周期通路,后续我们将对细胞周期通路里的显著性基因进行验证.
-
早期和晚期肺腺癌的差异基因和信号通路富集分析
[目的]分析早期和晚期肺腺癌的差异基因和信号通路.[方法]从美国国立生物信息中心(NCBI)的GEO数据库下载GSE10072数据集,去除临床指标缺失的样本,按照TNM分期将肺腺癌样本分为早期(Ⅰ期,共16例)和晚期(Ⅲ～Ⅳ期,共15例)两组.原始数据经dChip进行质量检验、标准化,然后进行差异基因分析.从MsigDB数据库获得344个生物信号基因集,通过GSEA进行信号通路富集分析.[结果]获得SEMA3、PLAU、CDKN2A等14个明显差异基因,获取的差异基因主要与细胞凋亡、细胞黏附等过程密切相关.选取MsigDB中来源于Bicarta、KEGG、GenMAPP三大数据库的344个基因集进行富集分析,结果发现Death pathway、Leukocyte transendothelial migration和Focaladhesion 等22条信号通路在晚期肺腺癌中明显富集,富集通路主要涉及细胞凋亡、细胞黏附和迁移等过程.[结论]早期与晚期肺癌中存在一些明显的差异表达基因,有部分信号通路在晚期肺腺癌中明显富集.
-
慢性移植肾肾病患者外周血差异表达基因的分析
分析慢性移植肾肾病(CAN)患者与移植物功能稳定肾移植受者外周血基因表达差异,探索CAN免疫致病机制.从GEO数据库获取GSE12187和GSE22229两个肾移植受者外周血的基因芯片表达谱数据集,选取其中13个CAN样本为实验组,15个移植物功能稳定的样本为对照组.以SAM筛选两组样本的差异表达基因.应用DAVID及GENECODIS网络工具对差异基因进行功能富集分析.通过Cytoscape软件的MiMI插件进行差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析.SAM筛选出上调基因168个,下调基因141个.基因富集结果显示,上调基因主要为调控转录和翻译过程的基因,而下调基因参与广泛信号传导通路以及基因表达的调控.Cytoscape软件的PPI分析筛选出19个CAN相关核心基因.CAN患者与移植肾功能稳定受者的免疫功能状态存在显著差异；CAN致病机制涉及免疫细胞复杂的基因表达调控及细胞增值、凋亡、迁移等广泛的信号传导通路变化；免疫细胞在基因的转录、RNA加工、翻译及蛋白质代谢等环节的改变可能在CAN的致病中发挥了关键作用；TAGAP、EIF3F、NUDT21、PAPOLA、RPL等CAN核心基因的免疫调控机制需要深入探索.
-
肝癌微环境中影响转移相关通路的基因富集分析
目的 探讨肝癌微环境对肝癌发生门静脉转移起重要作用的基因簇或通路,为肝癌的治疗和研究提供理论依据.方法 利用基因组富集(GSEA)的方法,对美国国家生物技术信息中心(NCBI)的综合性的基因表达与杂交排序数据库(GEO数据库)中的11例肝癌无门静脉癌栓(PVTT)和9例肝癌合并PVTT的癌旁相对正常组织基因表达谱芯片进行分析,分析其在肿瘤相关通路中的富集特征与核心富集基因.结果 找到15条相关的信号通路,这些通路与癌旁微环境中的免疫功能状态有关,对于肝癌发生PVTT转移可能起重要作用.结论 肝癌发生门静脉转移除了与肿瘤细胞本身的恶性增殖和侵袭有关以外,还与周围微环境中的免疫状态和炎症反应有重要联系.
-
利用基因富集和Meta分析初步筛选多囊卵巢综合征相关基因
目的 为了了解多囊卵巢综合征(PCOS)发病遗传机制,为PCOS的治疗及进一步研究提供理论基础.方法 通过基因组富集(GSEA)和整合分析(Meta分析)的方法,对从NCBI的GEO库中下载的3套基因表达芯片进行分析.结果 找到每一套数据的差异基因,以及富集出通路.另外,Meta分析得到3套数据集的共同差异基因.结论 GSK3B、HSPA5、ACVR1和NCOA3基因与PCOS的发病具有很重要的关系.
-
基因富集及meta分析筛选非小细胞肺癌发生发展关键基因的研究
背景与目的 非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)是全球常见的恶性肿瘤之一,其发病遗传机制仍不清楚.本研究旨在筛选影响NSCLC发生发展的关键基因和通路,为NSCLC发病遗传机制及靶向治疗的研究奠定科学基础.方法 运用基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)以及对单套数据集单个基因元分析(meta-analysis,meta)的方法,筛选出在转录水平上影响NSCLC发生发展的关键通路和基因.结果 通过GSEA和meta两种分析方法得出的通路中,重叠性较高的主要为粘着斑通路和细胞骨架肌动蛋白调控通路.在粘着斑通路中31个基因具有统计学意义(P＜0.05)；细胞骨架肌动蛋白调控通路中32个基因具有统计学意义(P＜0.05).结论 粘着斑通路和细胞骨架肌动蛋白调控通路可能与NSCLC的发生发展有重要的联系,后续本研究小组将对这两条通路中的具有统计学意义的基因进行生物功能学上的验证.
-
生物信息学方法对影响肺癌发生发展关键基因的初步筛选
背景与目的 肺癌是常见的恶性肿瘤之一.对于肺癌基因芯片的研究已在很多报道里提及,但是鲜有报道汇总所有的基因芯片数据来研究肺癌的共同表达通路从而挖掘出特殊的基因标记来作为治疗肺癌的靶点.本研究从肺癌相关的基因芯片数据库(GEO DataSets)中初步筛选出与肺癌发生发展有关键联系的基因与通路.方法 运用基因富集(gene set enrichment analysis,GSEA)等生物信息学方法比较选择出的6套肺癌基因芯片表达谱数据,初步筛选出在转录水平上影响肺癌的通路及基因.结果 用GSEA方法分析6组芯片集中所得的通路对比,上调中皆有的通路有3条;下调中皆有的通路有26条.本研究挑选共同存在于6套芯片数据集的下凋通路即紧密连接(tight junction)通路里的基因进行meta分析,可得差异有统计学意义(P＜0.05)的基因11个.结论 紧密连接通路在肺癌发生发展过程中的共性可能有一定研究意义,可在后续研究中探讨通路里的显著性基因.
-
新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后差异性表达基因的生物信息学分析
目的 分析新生大鼠缺氧缺血性脑损伤(hypoxic-ischemic brain damage,HIBD)后7周大脑皮层与对照组脑皮层的基因表达差异,探讨其生物学意义.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中获取新生Wista大鼠缺氧缺血性脑损伤后7周大脑皮层基因表达芯片数据集GSE37777.该数据集共8个样本,4个样本为HIBD组,4个样本为对照组.采用R软件包对数据做预处理和差异性表达基因(differentiallyexpressed genes,DEGs)的筛选,应用Cytoscape插件ClueGO+ Cluepedia构建DEGs功能分组通路网络.通过相互作用基因库检索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING)数据库和Cytoscape软件进行DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析.结果 HIBD组共发现973 DEGs,其中599个基因表达上调,374个基因表达下调.DEGs功能分组通路网络分析显示Hedgehog信号通路是显著的差异性表达基因通路.HIBD组中Hedgehog通路相关基因Shh及Dhh表达上调,Wnt通路相关基因Wnt1、Wnt2B及Wnt5表达上调.PPI网络分析显示Ccnd1、Shh、Ret及Gli3是主要的中心蛋白,Shh和Ret表达上调,Ccnd1和Gli3表达下调.结论 生物信息学分析显示,新生大鼠HIBD后7周脑皮层可能存在Hedgehog和Wnt信号通路的激活,与细胞修复相关的蛋白Shh及Ret的表达上调.新生大鼠HIBD 7周后脑皮层可能存在持续修复过程.
