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宫颈癌中转移相关基因MTA1高表达的临床意义及其协同表达基因的生物信息学分析
目的 分析转移相关基因MTA1高表达与宫颈癌临床转移的相关性,并筛选MTA1协同表达基因网络中的潜在干预靶点基因.方法 应用SPSS软件分析TCGA-CESC数据集中MTA1与宫颈癌转移和病理分级的相关性,应用edgeR软件分析该数据集中MTA1高表达组与低表达组的全转录组差异表达基因,应用DAVID平台对这些差异表达基因进行聚类分析,应用STRING在线平台和Cytospace软件对这些基因进行互作网络分析,筛选关键的网络节点基因.结果 TCGA-CESC宫颈癌数据库中MTA1表达水平与肿瘤临床转移和病理分级呈显著正相关(P＜o.o1),在不同MTA1表达水平的宫颈癌转录组中存在显著且较一致的差异表达基因集,这些基因主要聚集在癌症通路、干细胞通路、细胞转移、细胞分化等方面,与肿瘤的恶性生物学行为显著相关.基因筛选显示,宫颈癌中与MTA1协同表达的Agt、Acta1、Fpr2、Pmch和RGS18等基因是差异表达基因集中重要的节点基因,这些基因聚集在GPCR相关通路.结论 MTA1高表达与宫颈癌转移显著相关,且与肿瘤细胞的干细胞通路、趋化因子受体通路、细胞转移、细胞分化等基因调控网络活化相关.MTA1的协同表达基因网络中的节点基因可能参与了宫颈癌的转移调控,并有可能成为宫颈癌治疗的分子靶点.
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银屑病性关节炎的致病基因筛选及生物信息学分析
目的 筛选银屑病性关节炎(PsA)的致病基因,并对致病基因进行生物信息学分析.方法 选取美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(编号为GSE61281),通过R编程语言分析PsA患者外周血样本和对照组外周血样本的芯片数据,筛选差异表达基因,使用GLAD4U数据库与ToppGene数据库对差异表达基因进行优化和补充,筛选出PsA的致病基因.用DAVID和KOBAS3.0在线工具对致病基因进行富集分析,String数据库构建PsA致病基因的PPI网络,筛选PsA发病过程中的重点基因、主要生物过程及信号通路.结果 得到了与PsA发病密切相关的基因,差异表达基因中与PsA高度相关(得分较高且差异显著)的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1.GO富集分析结果显示,在免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程中富集的基因较多且较显著.KEGG分析显示,PsA致病基因主要富集的通路是细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等.筛选的PsA致病基因与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.结论 筛选出与PsA发病高度相关的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1,这些致病基因参与免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程,可能通过影响细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等通路来发挥作用,并与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.
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Her2(+)/Her2(-)乳腺癌差异表达microRNAs的生物信息学分析
目的 通过文献挖掘与生物信息学分析的方法,探讨Her2(+)/Her2(-)乳腺癌之间差异表达的microRNAs可能涉及的生物学功能和信号通路.方法 在NCBI数据库的GEO子数据库及EBI数据库中的ArrayExpress子数据库开展检索,使用关键词“breast cancer”、“microRNA”进行检索,获取Her2(+ )/Her2(-)乳腺癌之间差异表达microRNAs.利用microRNAs靶基因预测软件预测所有差异表达microRNAs的靶基因,进行通路分析.结果 找到2个在Her2表型不同的乳腺癌中差异表达的microRNAs数据集,利用软件TargetScan预测差异表达microRNAs的靶向基因,取其合集进行富集分析,后将富集得到的基因利用David数据库进行分析,从而得到了上述差异表达的microRNAs可能具有的生物学功能和参与的调节通路.结论 差异表达的microRNAs通过调节靶向基因参与不同信号通路,实现多种生物学功能.
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日本血吸虫(大陆株)成虫基因表达谱的研究
报告作者1998年至2000年有关日本血吸虫(大陆株)成虫基因表达谱研究的结果,主要包括:已测定551条EST,其中519条EST已送入国际基因数据库(GenBank/dbEST),并获得了GenBank的登录号.经同源整合后,519条EST序列归类为388个基因序列,其中,24条(6.19%)为日本血吸虫已知基因序列;18条(4.64%)EST与曼氏血吸虫已知基因序列同源,90条(23.19%)EST与其它生物的已知基因序列同源,同源基因包括精氨酸酶、酰胺酸酶、微纤维蛋白、肌动蛋白、细胞色素C氧化酶、二硫异构酶、加长因子、热激蛋白70、Y盒结合蛋白和抗凋亡因子等.其余的256条(65.98%)EST在GenBank中未发现有已知基因的同源序列.将非日本血吸虫同源序列EST或未检索到同源序列的EST初步定义为日本血吸虫亲基因/未知基因序列EST,共364条.已克隆日本血吸虫精氨酸酶基因、Y-盒结合蛋白基因和抗凋亡-1因子3个新基因的全长cDNA,其GenBank的登录号分别为AF402615、AF367371和AF333765.本研究结果丰富了血吸虫基因组数据,并为进一步筛选日本血吸虫疫苗候选基因或药物靶位提供了科学依据.
