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STR分型法鉴定人SW-13、293T及AGS细胞系种内及种间污染
目的 检测研究所使用的人肾上腺皮质癌细胞SW-13、人胚肾细胞293T及人胃癌细胞AGS 3种细胞系污染情况,并探索短串联重复序列(short tandem repeat,STR)分型方法检测人类细胞系污染的可靠性.方法 人类基因组上的微卫星位点携带着大量STR,每个STR核心序列的重复次数随个体不同存在差异,作为一种DNA标记使得细胞系在DNA水平上具有个性化.通过荧光聚合酶链式反应体系扩增STR位点,检测的数据与DSMZ细胞库进行匹配以对细胞系进行鉴别.结果 比对得出SW-13基本匹配,其中20个STR基因位点中只有TH01位点的两个等位基因重复数为7和8,与DSMZ细胞库中此等位基因重复数7和7有差异,其余均一致在可接受范围内.细胞系293T、AGS等位基因的重复数与DSMZ细胞库完全匹配.结论 STR分型检测方法被ATCC、DSMZ等权威机构推崇,且此研究采用20位点检测法涵盖ATCC-9位点及中检院-16位点检测法,该法权威可靠.本所3种细胞系遗传稳定,均无种内或种间污染.
关键词： STR分型 人SW-13、293T及AGS 细胞系交叉污染 -
STR分型技术判断葡萄胎遗传背景1例分析
笔者采用STR分型技术判断葡萄胎遗传背景1例,现分析报告如下.一、资料和方法1.背景资料患者,女,22岁,妊娠6周,曾在外院就诊,自诉妊娠剧吐,给予中成药,1个月后再次产前检查发现葡萄胎,行清宫术取出葡萄胎组织.该患者因"医疗损害"起诉医院,坚称其胎儿为正常胎儿,因药物损害死亡,并认为病理标本被调换.
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细胞培养实验中细胞系鉴定及质量控制重要性探讨
目的 以脑胶质瘤细胞系(U87)为例,探讨对在细胞培养实验中所使用的细胞系进行鉴定和质量控制的重要性.方法 对三株不同来源的U87细胞系进行STR分型检测,并结合显微镜下形态学特征,判断所测细胞系是否为真正的U87细胞系及是否发生交叉污染.结果 通过细胞STR分型结果与ATCC、DSMZ中STR数据库对比,得出U87-1细胞分型与ATCC中U-87 MG Glioblastoma-Astrocytoma Humanl00％匹配;U87-2细胞分型与DSMZ数据库中U-87MG100％匹配;U87-3未得到扩增产物,不能进行分型,原因是该细胞株为非人源细胞.结论 细胞培养实验中所使用细胞系的鉴定对于后续研究具有重要意义,可使用STR分型检测技术在细胞系培养过程中进行质量控制,对其进行准确鉴定,并排查是否存在细胞交叉污染.
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微量接触DNA的浓缩与回收
目的 对纯化后的微量DNA进行进一步浓缩,提高DNA检验成功率.方法 将30 ml(约600pg)纯化后的微量DNA,分别采用Amicon离心超滤管和DNA Clean & ConcentratorTM-5试剂盒进行浓缩回收,用Identifiler试剂盒进行PCR扩增及分型检测,比较STR分型图谱的平均峰高、峰面积和等位基因丢失率.检验24枚白纸上的汗潜指纹,比较浓缩前后的检验效果.结果 经过Amicon离心超滤管回收后,STR分型平均峰高85.3RFU,平均峰面积为1 130.8,等位基因丢失率为66.13％.经过DNA Clean & ConcentratorTM-5试剂盒回收后,STR分型平均峰高147.5RFU,平均峰面积为1 960.2,等位基因丢失率为35.14％.汗潜指纹的DNA检验通过DNA Clean & ConcentratorTM-5试剂盒纯化浓缩,获得有效分型的数量由浓缩前的9枚提高为20枚.结论 DNA Clean & ConcentratorTM-5试剂盒可以明显提高微量DNA检材的检验成功率,效果优于Amicon离心超滤管.对白纸上的指纹,DNA Clean&Concentrator TM-5试剂盒浓缩后检验成功率升高.
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单细胞显微捕获技术联合LV-PCR系统在法医学中的应用
目的 显微操作法联合应用安利快得LV-PCR系统,从而建立一套完整的单细胞DNA分型方法.方法 利用显微操作法捕获新鲜口腔上皮细胞,将捕获的细胞直接放置到安利快得玻片反应位点上,加蛋白酶K孵育,然后加入PCR反应混合物进行反应.结果 3个口腔上皮细胞16次均获得完整分型,一个口腔上皮细胞16次中有14次获得完整分型,2次发生部分位点缺失,将该方法应用于两例模拟案例,取得了满意效果.结论 联合运用单细胞显微捕获技术和LV-PCR系统对解决微量和混合检材问题具有重要意义.
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两种全基因组扩增方法用于微量检材STR基因座分型比较
目的 应用多重置换扩增(MDA)技术和改进型扩增前引物延伸(IPEP)技术对法医学微量DNA进行全基因组扩增,比较两种方法的STR分型效果及法医学应用价值.方法 用MDA、IPEP方法分别对不同模板量DNA进行扩增,扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用AmpFLSTR Identifiler(R)试剂盒检测基因型.结果 MDA方法可对模板DNA增加103～106倍,IPEP方法可增加25～310倍.为获得完整准确的分型结果,MDA低需1 ng基因组DNA,IPEP低需0.05 ng基因组DNA.当基因组DNA为0.01 ng～0.1 ng时,IPEP产物、MDA产物的平均基因座检出数均高于未经全基因组扩增的DNA,其中IPEP产物的平均基因座检出数高于MDA产物.结论 MDA方法、IPEP方法均可提高微量检材的STR分型效果.MDA方法的产量高于IPEP方法;IPEP方法的灵敏度高于MDA方法,且对微量DNA的STR分型效果优于MDA方法,因此更适于法医学痕量DNA检测.
关键词： 多重置换扩增反应 改进型扩增前引物延伸反应 全基因组扩增 STR分型 -
STR分型应用于病理标本污染的个体识别
目的:通过STR分型,对两例卵巢囊腺癌病理标本的组织细胞进行个体识别,以鉴别其中一例病理标本癌细胞是否源于污染.方法:对甲醛固定石蜡包埋组织,分别切片后在倒置显微镜下,用显微操作系统分离出不同形态的细胞团,对提取的DNA样本进行常规STR扩增检验.结果:经过STR分型比对,证实病理标本存在污染,其中一例的癌细胞来源于另一个体.结论:STR分型是用于病理石蜡包埋组织标本污染个体识别的有效手段.
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异父双生子DNA亲权鉴定1例
如果妇女在排卵前后较短的时间内,与不同男子发生性关系,会造成异父双生子的情况.本文报道一例异父双生子DNA亲权鉴定情况,采用PCR-STR分型技术对样本进行检测.
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皖南地区汉族人群21号染色体上3个STR位点的多态性分析
目的:研究人类短串联重复序列D21S11、D21S1409和D21S1414在唐氏综合征基因诊断中的应用;比较聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染分型技术与毛细血管电泳STR分型技术对同样标本分型的差异性.方法:采用聚合酶链反应、毛细血管电泳技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对100例皖南地区汉族无亲缘关系的个体DNA样本进行STR分型.结果:D21S11、D21S1409和D21S1414在安徽皖南地区人群中的观察杂合度分别为:0.7600、0.6600和0.7800.结论:D21S11和D21S1414位点杂合度高,可以作为皖南地区唐氏综合征产前诊断的筛查位点,D21S1409可以作为唐氏综合征产前诊断的辅助筛查位点.毛细血管电泳分型技术在STR分型中较聚丙烯酰胺凝胶电泳技术准确性高,可以用于唐氏综合征的快速产前筛查和诊断.
关键词： 短串联重复序列 STR分型 毛细血管电泳分型技术 -
汗潜指印STR分型的初步研究
目的:探讨遗留在签字笔上的汗潜指印DNA分型的可行性及其保存时间对分型的影响.方法:119支签字笔按照使用后保存时间分为7组,17名志愿者分别使用7支签字笔,每天20 min,为期1个月,分别保存1 d、3 d、5 d、7d、14 d、21 d和28 d,运用chelex-100法提取签字笔上遗留汗潜指印中的DNA,应用荧光标记PCR-STR技术进行DNA分型.同时采集上述17名志愿者口腔拭子进行DNA分型对照.分析签字笔作为检材进行DNA分型的可行性,及保存时间对DNA分型的影响.结果:以基因座检出个数为指标,签字笔上汗潜指印和口腔拭子随保存时间变化进行DNA分型的差异具有统计学意义(P<0.01).使用后签字笔保存1 d、3 d、5 d、7 d、14 d、21 d和28 d后进行DNA分型检出的基因座个数与对应的口腔拭子DNA分型检出的基因座个数相比差异均有统计学意义(P<0.01).签字笔使用后保存1 d进行DNA分型,可明确判读12个以上基因座的占11.8%.结论:签字笔上汗潜指印可作为一种法庭生物检材进行DNA分型,但其保存时间会影响DNA分型.
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二联体亲子鉴定中常染色体STR基因座检测
目的:探讨常染色体STR基因座检测在二联体亲子鉴定中的应用价值.方法:应用PCR同步扩增24个常染色体STR基因座,PAGE电泳分型,完成二联体亲子鉴定66例.结果:认定亲生关系38例(57.58%),排除亲生关系28例(42.42%).结论:经24个常染色体STR基因座检测,能确切地认定或排除亲生关系,得出正确的鉴定结论.
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几款遗传学分析软件在法医生物统计中的应用
目的 探讨遗传学分析软件在STR基因座遗传多态性统计中的应用.方法 借助STR分型软件,利用软件所介绍的统计计算功能,计算杂合度H、匹配概率Pm、个体识别力DP、多态性信息含量遗传多态性参数PIC和非父排除率PE等.结果 PowerStats v12、PowerMarker v3.25、Cervus 3.0和Hema法医DNA等几款分析软件应用在STR基因座遗传多态性参数计算方面各有优缺点,Arlequin v3.11软件主要应用在X-STR基因座中Fisher,s精确检验和Hardy-Weinbergs平衡检验.结论 联合使用文中介绍的几款软件,可以解决法医工作者繁琐的统计计算工作.
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假性肥大型进行性肌营养不良家系的缺陷基因检测
目的:对临床诊断为假性肥大型进行性肌营养不良(DMD/BMD)家系进行基因分析,以帮助寻找致病基因的分子缺陷,明确其疾病诊断,并对后续妊娠进行产前指导.方法:采用touch-down聚合酶链反应对可疑缺失的外显子进行扩增和测序,对患者及其母亲的抗肌萎缩蛋白(dystrophin)基因缺失热点区域的18个外显子进行分析;并采用短串联重复序列-聚合酶联反应(STR-PCR)对患者及其母亲进行X染色体上的多个(CA)n多态性位点的基因分型.结果:该家系中,患者dystrophin基因的18个外显子区域未检出点突变和缺失,在内含子区域患儿检出2个多态性位点,确定了先证者的致病X染色体的STR分型.结论:本研究针对突变热点区域并未检测到致病的dystrophin基因的缺失或突变,但发现了2个dystrophin基因内含子的遗传标志物,并通过STR分型确定了致病的X染色体的STR基因型,可以用于后续的分子诊断和产前诊断.
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指甲游离缘核DNA提取及检验1例
指甲的游离缘是指指甲前缘延伸到离开甲床的部分。指甲的游离缘采集无创，操作简单，是做秘密DNA亲子鉴定的主要检材之一。但由于其细胞高度角化，胞核退化严重，核DNA含量少，通常仅用于线粒体DNA检验。本例在处理1例亲子鉴定案例时，以剪下的指甲游离缘作为检验对象，先后用Chelex-100法和改良的blood DNA kit法提取核DNA后进行STR分型，终获得了满意的STR分型结果，成功完成了鉴定。
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多重置换扩增在植入前胚胎性别诊断中的应用
目的 用多重置换扩增(MDA)方法,对植入前胚胎的单个卵裂球全基因组扩增后进行植入前胚胎性别的遗传学诊断.方法 用单细胞多重置换扩增方法对20个胚胎共20个单卵裂球进行全基因组扩增,用荧光PCR检测SRY、AMEL、XHPRT及X22 4个性别相关的基因座,检测胚胎性别,同时用同一胚胎另一卵裂球FISH结果作为对照.结果 20个卵裂球MDA均扩增成功,扩增成功率100％.20个胚胎均得到诊断,性别诊断成功率100％,其中12例为男性胚胎,8例为女性胚胎,与FISH结果一致率100％,诊断准确率100％.结论 可以用单卵裂球MDA后荧光PCR检测多个基因座的方法对胚胎性别进行快速、准确的植入前诊断.
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5个新Y-STR基因座及其在广州地区汉族群体内的单倍型分布
[目的]从Y染色体DNA序列中筛选新的Y-STR基因座,调查其在汉族群体中的遗传多态性.[方法]在人类Y染色体DNA序列中查找Y-STR基因座,确定它们在Y染色体上的定位并测序,与已报道的Y-STR基因座比较.检测汉族(广州地区)无关男性群体中这些Y-STR基因座单体型.[结果]鉴别出5个Y-STR基因座(DYS709,DYS720,DYS721,DYS722和DYS723),其中3个STR基因座是新发现的,另2个基因座与在线报告的重叠.所有5个STR基因座都是男性特有的.它们的扩增产物长度介于185 bp～278 bp.在108例汉族无关男性个体中发现DYS709有6个,DYS720有11个,DYS721有4个,DYS722有6个,DYS723有6个等位基因.在本组群体中发现95种单体型,其中84种只出现1次.单体型多样性达0.997 2±0.001 2.[结论]这组5个Y-STR基因座可望应用于汉族群体的有关研究中.
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简单重复序列技术鉴别恶性疟原虫单/多重感染
目的 建立快速鉴别恶性疟原虫样本单/多重感染的方法.方法 从我国恶性疟流行区云南和海南两省采集恶性疟确诊患者血样共40份;采用巢式/半巢氏PCR方法对样本5个微卫星中立位点进行STR分型,任一微卫星位点出现两种或以上等位基因即划归为混合感染.结果 共有38份样本成功进行了5个微卫星位点的等位基因分型,其中云南地区样本多重感染样本3份(7.89%),海南地区1例(2.63%).结论 运用STR分型技术可快速有效地鉴别恶性疟原虫样本的单/多重感染类型.
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短串联重复序列基因座在石蜡包埋组织中的应用
目的：探讨3种STR基因座分型系统在石蜡包埋组织基因座分型的差异。方法采用Qiagen法对保存1个月的石蜡包埋组织进行DNA提取，用Identifiler系统、PowerPlex 21系统及Investigator HDplex 系统对STR基因座进行聚合酶链反应复合扩增、毛细管电泳、荧光检测及片段分析，比较3种系统的STR基因座检出率，并且采集组织同一个体的血液、毛发、口腔拭子等样本进行STR基因座分型，比较同一个体不同器官组织STR基因座分型的差异。结果经紫外分光光度计测定石蜡包埋组织的DNA浓度为6～85 ng／μL ，纯度1．7～2．2，Iden‐tifiler系统能够在DNA浓度大于15 ng／μL时得到完整的基因座分型，PowerPlex 21系统在DNA浓度为85 ng／μL时得到完整的基因座分型，而HDplex系统在石蜡组织检测中均未获得完整的基因座分型。石蜡包埋组织与其他器官组织分型结果存在差异，其中D6S474、D4S2366和D21S2055基因座存在等位基因不平衡或基因座丢失现象。结论石蜡包埋组织中DNA的浓度和纯度是STR基因座分型的重要影响因素，遗传信息丢失现象与检验对象的性状有关，也与所采用的检测系统有关，Identifiler系统对石蜡包埋组织的STR基因座分型具有较高的实用价值。
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紫外照射对血液中DNA的影响研究
目的:研究长波紫外照射对血细胞中DNA的损害及对DNA检测造成的影响.方法:制备3种不同浓度的血样本,使用长波紫外光源照射不同时间后,再进行STR基因座分型检测,并对检测结果及基因座的缺失情况进行统计.结果:原血样本经紫外线照射前后都能得到完整的基因分型,少量血样本照射10 min后基因座减少,微量血样本照射5 min后基因座减少.长度为200 bp以上的STR位点较易缺失.结论:长波紫外照射会造成血液中DNA的损伤,原血样本不会影响DNA的检测,但低浓度的血样本,浓度越高,照射时间越长,STR分型检测中基因座缺失越多.
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血浆游离DNA的STR分型检测研究
目的：探讨利用血浆中游离DNA进行短串联重复序列（short tandem repeat，STR）分型检测，解决法医学个体识别和亲权鉴定问题的可行性。方法采集36例无关健康个体EDTA-Na2抗凝血样，分离血浆，采用经典酚-氯仿法分别处理血浆和血细胞，对提取的DNA进行15个STR基因座常规PCR扩增和荧光标记复合扩增，采用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳检测2种STR分型方法进行检测。结果常规PCR扩增银染检测和荧光标记复合扩增毛细管电泳检测两种STR分型方法的结果表明，同一个体的血浆游离DNA和血细胞DNA STR分型一致，且分型效果接近。结论血浆游离DNA可作为一种有效的生物学样本进行STR分型检测，应用于法医个体识别和亲权鉴定。
