首页 > 文献资料
-
同位素标记相对和绝对定量技术筛选石房蛤毒素毒性分子学研究
目的 应用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术筛选麻痹性贝类毒素(paralytic shellfish poisoning,PSP)中石房蛤毒素(saxitoxins,STX)的差异表达蛋白.方法 以小鼠神经母细胞瘤N2a为受试对象,使用浓度分别为10-8 mol/L和10-9 mol/L的STX标准品和阳性对照NSP(10-10 mol/L)进行染毒.提取细胞蛋白、定量和酶解.iTRAQ标记后(其中114标记空白组、115标记浓度组1 (STX10-8 mol/L)、116标记浓度组2(STX10-9 mol/L)、117标记阳性对照组(NSP10-10 mol/L)),进行LC-MS/MS分析.使用生物信息学方法对差异蛋白进行分析.结果 与空白组相比,共筛选出184个差异表达蛋白.与PSP相关的蛋白共有22个.筛选出的差异表达蛋白参与10种生物学过程、4种分子类型.结论 通过iTRAQ技术分析得到STX的差异表达蛋白,发现ABCB6、TLR8、TES、TIAM2可能是与STX毒素相关的蛋白分子.
-
早泄肾阳虚证血清蛋白质组学分析及蛋白质相互作用网络构建
目的 鉴定早泄肾阳虚证血清蛋白质组,从蛋白质相互作用角度探索肾阳虚证发病机制.方法 分别取4例早泄肾阳虚证患者及4名健康人外周血,提取血清蛋白,获取肾阳虚证相关蛋白质组,采用同位素标记相对和绝对定量技术鉴定肾阳虚证血清蛋白质组,采用STRING数据库构建肾阳虚证蛋白质相互作用网络,对各网络中蛋白质功能进行生物信息学分析.结果 共鉴定血清蛋白质总数238个,其中有定量信息的162个.筛选差异表达蛋白质9个,其中1个上调,8个下调.肾阳虚证蛋白质相互作用网络由72个蛋白质节点和283对蛋白质相互作用构成,并可以聚为16个模块,其中蛋白质节点≥3的模块有10个.每个模块都有一个核心蛋白,其中C3、C5、C1S和MASP2为补体系统的组分蛋白,主要参与补体激活生物学过程.结论 早泄肾阳虚证差异蛋白质相互作用网络中蛋白模块的功能主要富集于补体激活生物学过程,提示以补体激活途径异常为主导的免疫功能紊乱可能是肾阳虚证的主要病理机制之一.
关键词： 早泄 肾阳虚证 蛋白质组 同位素标记相对和绝对定量 补体系统 -
基于蛋白质谱鉴定的胰腺癌血清标志物同位素标记相对和绝对定量分析
目的 通过蛋白质组学方法筛选胰腺癌患者的血清差异表达蛋白,探讨其临床意义,为生物标记物的发现及验证提供新的依据.方法 采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术和二维液相色谱-串联质谱(2D-LC-MS/MS)分析方法,对15例胰腺癌患者与10名健康对照的血清进行差异蛋白分析.采用质谱分析并检索Panther、Mascot及Scaffold数据库,对结果进行Ingenuity Pathway Analysis(IPA)分析.结果 从血清样品中共定量442个蛋白.胰腺癌患者与健康对照者血清中存在差异表达的蛋白有76个,并引起相应生物功能改变.胰腺癌患者转化生长因子β1(TGFβ1)、凋亡蛋白酶激活因子1(APAF1)等蛋白表达较健康对照有所下调,而DNA修复蛋白50(RAD50)的表达明显上调.以上三个蛋白与其他蛋白一起形成紧密作用的网络,影响胰腺癌患者的机体代谢.结论 通过蛋白质组学方法筛选出的胰腺癌患者血清差异表达蛋白可能是潜在的胰腺癌标志物,可为临床早期诊断胰腺癌提供分子依据.
-
听觉传导通路下丘区域特异性蛋白分析
目的：研究听觉传导通路下丘（i n fer ior colliculus，IC）区域特异性蛋白，探索IC在听觉信号整合及处理中的可能作用，探索中枢听觉处理障碍（central auditory processing disorders，CAPD）的潜在致病因素。方法本实验采用同位素标记相对和绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ）方法对出生后60 d雄性SD大鼠IC、耳蜗核（cochlear neucleus， CN）、上橄榄核复合体（superior oliver complex，SOC）、Rest这4个核团胞膜蛋白质组学进行定量和定性分析，得出IC区域特异性蛋白。结果本实验终共检测IC区域特异性蛋白53种。通过GO富集分析及KEGG通路富集分析，IC区域特异性蛋白主要作用为转运及蛋白定位，调节神经元生长发育和信息整合。结论53种IC区域特异性蛋白中， CaMKII蛋白和SV2A蛋白参与维持IC兴奋性-抑制性神经递质平衡，此平衡是听觉信号整合及编码精确性的关键，有助于研究CAPD发病机制。
关键词： 蛋白质组学 下丘 中枢听觉处理 同位素标记相对和绝对定量 -
基于同位素标记相对和绝对定量技术的联合用药抗肝纤维化作用的蛋白质组学研究
目的 以表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)、牛磺酸和染料木素3种具有不同抗纤维化作用的药物组成联合用药,应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术研究联合用药对肝纤维化大鼠治疗作用的蛋白质基础及分子机制.方法 将SD大鼠分为对照组、模型组和联合用药组,模型组和联合用药组大鼠分别ig 50％ CCl4溶液,对照组给予花生油,连续14周.于第9周开始联合用药组进行ig给药(牛磺酸200 mg/kg+EGCG 30 mg/kg+染料木素20 mg/kg)治疗,连续6周.采集大鼠血清和肝组织样本,肝组织进行HE染色观察病理变化,模型组和联合用药组血清样本组内等量混合后去除高丰度蛋白,iTRAQ试剂标记后应用液相色谱分离,经质谱鉴定,进行相对定量及生物信息学分析,用ELISA法对有代表性的血清差异蛋白Txnl进行验证.结果 质谱鉴定出置信度在95％以上的蛋白质共359个,其中差异表达的蛋白有78种,上调的蛋白有51种,下调的有27种.与模型组相比,差异蛋白Txn1在联合用药组血清中的量明显升高(P＜0.05).结论 联合用药能通过对多个蛋白质、多途径的综合调节达到抗肝纤维化的效果,其中对抗氧化防御系统和血液凝固级联活化途径的调节可能是联合用药抗肝纤维化作用的分子机制.
关键词： 联合用药 同位素标记相对和绝对定量 蛋白质组学 肝纤维化 表没食子儿茶素没食子酸酯 牛磺酸 染料木素 -
室间隔缺损生物标志物血清蛋白质组学分析
目的 应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术结合液相色谱串联基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(LC-MALDI-TOF/TOF MS)方法筛选潜在的室间隔缺损血清标志蛋白,探索室间隔缺损的发病机制.方法 收集室间隔缺损患者和与之相匹配的健康对照组、房间隔缺损患者血清各20例,组内等量混合后利用安捷伦公司生产的多重亲和去除系统(MARS)去除14种高丰度蛋白,iTRAQ试剂标记后应用二维液相色谱分离,经质谱鉴定进行相对定量和生物信息学分析.结果 质谱鉴定出置信度＞95％的蛋白质共329种,其中表达量有明显差异的蛋白质36种包括富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白、脂联素等.室间隔缺损组较健康对照组和房间隔缺损组表达量均上调＞1.2倍的蛋白有21种,下调＜0.83倍的蛋白有16种.结论 筛选出—系列室间隔缺损相关的差异性蛋白,为进一步探索室间隔缺损发病机制奠定基础.
关键词： 同位素标记相对和绝对定量 室间隔缺损 血清标记物 蛋白组学 质谱 -
急性脊髓损伤后差异蛋白的表达
背景：在质谱分析中，任何一种同位素标记相对和绝对定量试剂标记的不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比，而在串联质谱中，信号离子表现为不同质荷比(114-121)的峰，因此可以分析得到相关蛋白质的定量信息。目的：建立大鼠急性脊髓损伤后脊髓组织差异蛋白质谱，应用同位素标记相对和绝对定量技术联合LC-MS/MS质谱技术从分子水平来探索脊髓差异蛋白的表达情况。方法：取8只SD大鼠，参照Al en’s等方法建立大鼠急性脊髓损伤模型，随机分为脊髓损伤后0 h组和8 h组，每组各4只。损伤后取脊髓组织，用同位素标记相对和绝对定量技术分析大鼠急性脊髓损伤后脊髓组织的差异蛋白质。结果与结论：共鉴定到了220个差异表达的蛋白，上调的差异蛋白数是116个，下调的差异蛋白有104个。其中相关神经再生的差异蛋白12个，其中上调的有7个，下调的有5个。提示实验中检测到的多种差异蛋白及表达明显的神经生长因子可能作为急性脊髓损伤的生物标记物或可能作为临床管理监测急性脊髓损伤的损伤进程、靶向治疗及评估疗效的有力证据。
-
应用同位素标记相对和绝对定量技术筛选白厚苔和黄厚苔乳腺癌患者唾液差异表达蛋白
目的:筛选乳腺癌白苔和黄苔患者与健康对照组之间的唾液差异表达蛋白,以寻找乳腺癌早期诊断的生物标记物,探索中医舌苔形成的机制.方法:纳入具有典型的白厚苔或黄厚苔的乳腺癌患者以及薄白苔健康人各l0例.采集唾液提取蛋白,然后进行蛋白变性、还原及酶解,后进行同位素标记相对和绝对定量(isobaric tagsfor relative and absolute quantitation,iTRAQ)标记和液相色谱串联质谱联用技术鉴定,得到的峰图用Data Analysis 4.0,Mascott 2.2软件和Scaffold软件分析,得出表达量差异结果.鉴定蛋白的组间比值＞1.5或＜0.6被认为存在表达差异.结果:共鉴定出464个蛋白,其中达到严格定量标准的蛋白125个.与健康对照组比较,乳腺癌白苔组和黄苔组共筛选出9个唾液差异表达蛋白,乳腺癌白苔组和黄苔组之间筛选出16个差异蛋白.结论:本研究证实iTRAQ结合液相色谱串联质谱联用技术能够快速、有效地进行差异蛋白质组学研究,发现一些蛋白与乳腺癌的发生以及中医舌苔形成机制相关.
-
全臂丛神经损伤后对侧大脑运动皮层的定量蛋白质组学研究
目的 建立全臂丛神经损伤(total brachial plexus injury,TBPI)后对侧大脑皮层差异蛋白质谱,从分子水平研究TBPI后大脑运动皮层重组表现.方法 应用SD大鼠建立TBPI模型,随后应用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术鉴定大鼠TBPI后1d大脑运动皮层的差异蛋白质.结果 共鉴定到1 293个蛋白质,其中差异表达蛋白质259个,包括214个上调的差异蛋白质和45个下调的差异蛋白质.其中有关大脑神经活动的差异蛋白质18个.差异蛋白质主要定位于细胞膜,发挥蛋白质定位、蛋白质转运、细胞内运输等生物过程,分子功能主要涉及离子结合与核苷酸结合.结论 TBPI后对侧大脑运动皮层有多种蛋白质表达异常,可能是损伤的急性期即出现了皮层重组的表现.
关键词： 臂丛 蛋白质组学 大脑运动皮层 同位素标记相对和绝对定量 -
变应性鼻炎同位素标记相对和绝对定量蛋白质组学研究
目的 研究变应性鼻炎(AR)患者鼻黏膜蛋白质表达谱的变化,从蛋白质水平探讨AR的发病机制.方法 采用同位素标记相对和绝对定量技术检测正常成年入及AR患者中鼻道鼻腔黏膜中的蛋白表达谱,每组4例,筛选差异表达蛋白.结果 在AR患者鼻黏膜与正常人鼻黏膜之间筛选出大量差异表达蛋白.上调蛋白60个,主要包括嗜酸性粒细胞溶血磷脂酶(CLC)、普列克底物蛋白同源结构蛋白7(PLEKHA7)等;下调蛋白160个,主要包括脑恶性肿瘤缺失基因(DMBT1)、S100钙结合蛋白(S100A1)等.结论 AR患者鼻黏膜与正常人鼻黏膜蛋白表达差异明显,其中CLC的上调与DMBT1的下调可能参与鼻黏膜的炎症及免疫应答反应.
关键词： 鼻炎 变应性 蛋白质组学 同位素标记相对和绝对定量 -
iTRAQ联合LC-MS/MS技术在肺腺癌血浆生物标志物筛选中的应用
目的 应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)联合液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)技术检测正常者及肺腺癌患者血浆中的差异蛋白,从而筛选出潜在的肺腺癌血浆生物标志物,并探讨其临床意义.方法 收集10例健康体检者血浆(正常组),10例肺腺癌患者血浆(腺癌组),应用iTRAQ标记联合LC-MS/MS技术对两组血浆进行差异蛋白组学分析.结果 质谱共鉴定到蛋白369种,其中差异表达的蛋白有35种；腺癌组较正常组上调的蛋白有21种、下调的蛋白有14种,其中SCGB3A2、SFTPB蛋白表达显著上调.结论 筛选出多种与肺腺癌相关的差异蛋白,其中SCGB3A2、SFTPB有望成为潜在的肺腺癌血浆生物标志物,提示iTRAQ联合LC-MS/MS技术可用于肺腺癌血浆肿瘤标志物的筛选.
关键词： 肺腺癌 同位素标记相对和绝对定量 液相色谱串联质谱 蛋白质组学 血浆生物标志物 -
基于同位素标记相对和绝对定量技术核因子-KB必需分子结合的小分子多肽改善肿瘤坏死因子-α抑制成骨细胞分化的蛋白质组学研究
目的 应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术观察核因子-κB(NF-κB)必需分子结合的小分子多肽(NBD)干预肿瘤坏死因子-α(TNF-α)刺激下成骨细胞分化过程中蛋白质表达组的变化.方法 肌原C2C12细胞接种于骨形态发生蛋白-2(BMP-2)诱导分化体系中诱导作为分化细胞模型,实验分为3组:对照组(B组)即分化细胞模型未加其他刺激,实验组(BT组)即分化细胞模型添加TNF-α,干预组(BTP组)即分化细胞模型添加TNF-α及NBD多肽,共同孵育分化7d后提取蛋白,以iTRAQ试剂标记后进行质谱检测并以软件分析差异表达的蛋白质.结果 TNF-α明显抑制成骨细胞分化,而NBD多肽可部分改善TNF-α对成骨细胞分化的抑制.iTRAQ试剂标记的B组与B+T组细胞蛋白质表达谱分析筛选出明显差异表达蛋白质点为76个,表达上调的蛋白质点59个,下调的蛋白质点17个;BT组与BTP组细胞蛋白质表达谱分析筛选出明显差异表达蛋白质点为43个,表达上调的蛋白质点25个,下调的蛋白质点18个.其中3组间成骨细胞特异因子(Postn)、ATP酶钙离子运输因子(Atp2a3)、SR依赖蛋白CTD关联因子-1(Scafl)、肌动蛋白-F交联蛋白(Actn2)、ATP合成酶,氢离子转运,线粒体复合体-F1,Delta亚基(Atp5d)、延伸体乙酰转移酶复合体亚基-2(Elp2)、Atp5]、C1型尼曼-匹克疾病(Npc1)等8个蛋白表达出现动态变化,提示上述蛋白可能与炎症刺激成骨分化机制有关,NBD多肽之外尚有其他药物靶点干预炎症对成骨分化的抑制.结论 iTRAQ技术是研究细胞分子蛋白改变的有效的蛋白质组学方法.Postn、Atp2a3、Scaf1、Actn2、Atp5d、Elp2、Atp5l及Npc1可能作为炎症刺激成骨分化机制研究的候选靶标.
-
iTRAQ联合液相层析串联质谱技术在常见恶性肿瘤蛋白质组学研究中的应用进展
0 引言蛋白质组学(proteomics)是后基因组时代出现的新兴研究领域之一,其研究目标是对生物体的所有蛋白质进行定位、鉴定和结构功能分析,探索蛋白质之间的相互作用.蛋白质组学研究主要依赖三大技术:蛋白质分离技术、蛋白质鉴定技术和生物信息学.
关键词： 蛋白质组学 同位素标记相对和绝对定量 液相层析串联质谱 应用进展 -
基于iTRAQ定量蛋白组技术的肾小球肾炎唾液生物标志物研究
目的:研究基于同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)标记技术筛选慢性肾小球肾炎(GN)的唾液差异表达蛋白.方法:纳入慢性GN患者38例以及健康对照者45例,采集唾液样本,提取唾液蛋白并酶解和iTRAQ标记,采用液相色谱-质谱/质谱联用(LC-MS/MS)鉴定蛋白,软件Proteome Discoverer 1.3处理数据,并进一步进行生物信息学分析,通过PANTHER,STRING和KEGG工具进行分析.结果:本研究总共鉴定出1482个蛋白,相对于健康对照组,GN组共鉴定出217个差异表达蛋白.其中,132个蛋白质显著上调(比值≥1.5),85个蛋白质显著下调(比值≤0.67).筛选出13个具有显著性差异的蛋白作为GN可能的生物标志物.结论:本研究发现多个与慢性GN相关的特异性表达的唾液蛋白和通路.慢性GN异蛋白主要与细脂类代谢,血红蛋白黏附,炎症反应,补体激活等生物功能或通路有关.
关键词： 同位素标记相对和绝对定量 蛋白组学 慢性肾病 肾小球肾炎 唾液蛋白质组 -
基于诱导多潜能干细胞Alport综合征的蛋白质组学研究
目的 筛选并鉴定Alport综合征(AS)患者与健康对照者(NC)差异性表达蛋白质,寻找AS的生物标记物.方法 收集AS组与NC组的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,将尿肾脏管细胞诱导分化成多潜能干细胞(iPSCs).运用iTRAQ技术找出两组之间差异性表达蛋白质.采用Western blot检测差异蛋白质.结果 共鉴定出12 600条特有肽段序列,对应3 470种非冗余蛋白质.在两组样本中发现383种蛋白质具有差异性表达,其中差异2倍以上的蛋白质有35种,包括18种上调蛋白质和17种下调蛋白质.Western blot检测KRT14、TUBA1A、PAPSS1、UTF1、SF3B14、MTHFD2等6种差异蛋白质在各组中的表达结果与iTRAQ检测结果一致.结论 筛选得到与AS发病相关的差异蛋白质,可以作为AS早期诊断和治疗的生物标记物.
关键词： Alport综合征 多潜能干细胞 蛋白质组学 同位素标记相对和绝对定量 -
氟西汀作用于慢性温和不可预见性应激大鼠海马组织前后的差异蛋白质组学研究
目的：采用蛋白组学方法研究氟西汀对慢性温和不可预见性应激（chronic unpredictable mild stress，CUMS）大鼠海马组织蛋白质表达的影响，以探讨氟西汀抗抑郁的作用机制。方法：采用 CUMS 建立大鼠抑郁模型。造模完成后，氟西汀组给予氟西汀（3 mg ／kg）灌胃给药，每天1次，连续21 d。行为学实验检测大鼠抑郁行为的变化。提取的大鼠海马组织蛋白质样品经同位素标记相对和绝对定量标记、强阳离子柱分离、反相液相色谱分离、质谱分析，获取的串联质谱数据通过 Protein． pilot 3．0软件鉴定蛋白质，运用生物信息学分析差异表达的蛋白质功能。结果：共鉴定出5109个蛋白质，41个差异表达的蛋白质，其中36个蛋白质表达上调，5个蛋白质表达下调，涉及氧化还原、信号传导、合成代谢、对外界刺激压力的反应等过程。结论：同时筛选到了四个可能与氟西汀抗抑郁作用密切相关的差异蛋白，分别是 Neuronal calcium sensor 1（NCS-1）、Re-ceptor-type tyrosine-protein phosphatase zeta、Neurocan core protein 和 Sodium-and chloride-dependent GABA transporter，但这些蛋白在抑郁症的发生、发展过程中的作用尚未完全清楚，需进一步深入研究。
关键词： 氟西汀 抑郁 蛋白质组学 海马组织 同位素标记相对和绝对定量 -
SAA与脓毒症进程的相关性及其生物学意义
目的 通过蛋白质组方法研究CLP模型小鼠,研究脓毒症进程相关的生物标志分子.方法 85只小鼠,分成模型组和假手术组,制作小鼠CLP脓毒症模型,观察脓毒症发生发展的自然过程,同时在关键时间点采用iTRAQ法检测和鉴定血清蛋白,确定与脓毒症进程密切相关的关键分子,并通过qPCR法观察不同组织的mRNA表达,判断其组织来源.结果 生存曲线显示,脓毒症小鼠发病12～32 h是死亡发生的关键时间,度过这一时间则进入自然康复期.同时发现一组蛋白在出现、高峰和恢复时间上与这一进程匹配.蛋白鉴定证实,这组蛋白包括SAA1和SAA2,两者表达水平相当,表达规律相同.检查不同组织SAA1 mRNA表达发现,肝脏是合成SAA1的主要场所,肝外组织也能合成少量SAA1.脓毒症组小鼠外周血出现单体形态的SAA1和SAA2蛋白.结论 SAA可能具有多种生物学功能,脓毒症外周血血清SAA是SAA1和SAA2的混合物,肝外组织也能够合成一定量的SAA,血清中的单体形态的SAA可以作为脓毒症的生物标志分子.
关键词： 脓毒症 同位素标记相对和绝对定量 血清淀粉样蛋白A1 盲肠结扎穿孔
