首页 > 文献资料
-
浙江省肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析
目的研究浙江省手足口病患者中肠道病毒(EV)71型分离株的病毒基因特征.方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本,进行病毒分离和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)特异性扩增进行鉴定,同时选取其中6株EV71分离毒株,对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71 A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树.结果从14份标本中分离出EV 9株,经中和试验和RT-PCR特异性扩增,均证实为EV71.其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82.9%～85.5%和94.9%～98.0%;与C基因型比较,同源性分别为89.2%～94.1%和97.0%～99.0%.而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91.0%～92.2%、90.2%～90.3%、89.2%～89.5%、96.7%～96.9%,其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8%～97.1%.在系统发生树上,这6株毒株均在C基因型中,与属C4亚型的11株毒株属同一分支.结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.
-
5株新疆出血热病毒分子流行病学研究
目的从分子水平揭示中国新疆出血热(XHF)病毒基因结构与功能的关系,寻找传播途径及流行原因. 方法对分离自新疆的5株XHF病毒进行S基因片段的克隆和测序,与其他克里米亚-刚果出血热(CCHF)的S基因序列进行比较和分析. 结果 5株病毒S基因全长均为1 672个核苷酸,开放阅读框均为1 449个核苷酸,编码一个含482个氨基酸的蛋白.新疆分离毒株的S基因核苷酸序列同源性(93.0%～99.5%)明显高于其他国家分离毒株的S基因核苷酸序列.系统发生树状图显示新疆毒株在一个分支之下形成独立的群体,明显区别于来自其他地区的CCHF病毒并且又进一步分为三组.结论不同毒株的S基因序列差异不完全取决于病毒分离的宿主、地域和时间.
-
增强子
增强子(enhancer)是使基因转录速率显著提高的一类顺式作用元件.各种增强子相互间在结构上同源性较少,但具有一些短的和简并的共有序列.增强子具有以下特性:(1)增强子能(通过启动子)提高同一条DNA链上靶基因转录的速率;(2)增强子对同源或异源基因同样有效;(3)增强子的位置可在基因5′上游、基因内或其3′下游序列中;(4)增强子在DNA双链中没有5′与3′固定的方向性;(5)增强子可远离转录起始点,通常在1～4 kb(个别情况下可远离转录起始位点达30 kb)起作用;(6)增强子一般具有组织或细胞特异性;(7)增强子的活性与其在DNA双螺旋结构中的空间方向性有关.
-
北京市发现输入性脊髓灰质炎野病毒健康携带者
2011年8月26日,我国新疆维吾尔自治区和田地区发现4例Ⅰ型脊髓灰质炎(简称脊灰)野病毒患者,经WHO协查,与巴基斯坦2010年流行株同源性达99％[1].北京市为应对可能出现的脊灰野病毒输入,于2011年9月对来自该地区的学生及教职工开展了脊灰疫苗应急接种工作和大规模脊灰野病毒筛查工作,现报告如下.
-
"肝肾同源"论初探
肝肾同源应分为病理和生理两层概念.在发病学上中医学肝肾两脏具有共同的物质基础或同质性,具有相同的疾病易感性,如肝肾易于出现阴液亏虚而成肝肾阴虚证,现代医学中乙型肝炎病毒侵袭后出现的乙型肝炎病毒相关性肾炎(HBVGN)和临床常见的肝肾综合征,可以作为肝肾同源病理学层面的例证,这与现代医学肝肾两脏的生理特性、结构基础相关,其疾病易感性的病理学实质可能与其具有相同的免疫活性物质、共同致病通路相关.
-
柯萨奇B组1型云南分离株MSH/KM9/2009全基因组序列分析
对2009年分离自云南省昆明市脑膜脑炎儿童的1株柯萨奇B组1型病毒MSH-KM9-09,进行了全基因组的序列测定,并对其分子变异和进化特点进行了分析.采用逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),分段扩增覆盖病毒全长序列的8个重叠片段(未包括多聚腺苷酸尾),并进行序列测定和分析.CVB1 MSH-KM9-09病毒株基因组全长7 384个核苷酸(nt),5′端和为3′端分别为741nt和94nt的非编码区,5′和3′非编码区间为一个6 549nt长的开放阅读框,编码一个含2 183个氨基酸的多聚蛋白,编码区内未见核苷酸的插入或缺失.与GenBank库中现有CVB1全基因组序列M16560、pmMC、Tucson B1和CVB1/Nm相比对,整个基因组的核苷酸同源性分别为80.9％、81.6％、80.5％和80％,氨基酸同源性分别为95.6％、95.8％、96.2％和95.6％.首次完成中国CVB1病毒全基因组核苷酸序列的测定,经核苷酸序列同源性比对和进化树分析,证实MSH/KM9/2009株属于CVB1基因型.
-
河南省猪戊型肝炎病毒HN-JY40的全基因组序列测定及分析
本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析.设计8对引物,利用RT-PCR、3 ' RACE和5 ' RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HN-JY40的近似全基因组序列,命名为“HN-JY40”;用Expasy、Megalign、Clustal X和MEGA 4等生物学软件进行序列分析、同源比对和进化树的构建.测序得到的HN-JY40序列去除polyA后全长7 223 bp,5 ' UTR有9个碱基,3 ' UTR全长69 bp.ORF1(5 124 bp)编码1 707个氨基酸,ORF2(2 025 bp)编码674个氨基酸,ORF3(345 bp)编码114个氨基酸.全基因组相似性分析发现,HN-JY40为典型的基因4型病毒,且属于一个新亚型.猪HN JY40ORF1的部分核苷酸(153～432 bp)与人源HK104-2004同源性高达到96％,为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据.
-
我国新分离ECHO30病毒VP1序列分析
测定了引起2003年苏北地区无菌性脑膜炎暴发流行的病因病毒FDJS03分离株的VP1基因序列,并与国外同型流行毒株做比较,以了解本流行株的分子生物学特点及遗传变异规律.随机选取FDJS03分离毒株中的4株,用肠道病毒VP1序列的特异性引物008/011进行RT-PCR,扩增产物经凝胶纯化后测序.将序列输入GenBank,用BLAST程序进行核苷酸和氨基酸序列比对;选取32株不同地区不同年代的ECHO30分离毒株,在PHYLIP3.573c和TREE-PUZZLE5.0中构建进化树,比较它们完整VP1序列(876nt)的进化关系.核苷酸和氨基酸同源性比较结果证明:4株分离病毒均为ECHO30.进化树分析显示:本次FDJS03分离株与欧美20世纪70、80年代流行株亲缘关系近,但自成一簇,与国外毒株仍然有地区差别.ECHO30的VP1基因进化有时间效应,但存在地区差异.本次流行的病原可能是单一基因型的ECHO30病毒.
-
竹花叶病毒卫星RNA分子特性、基因组变异及其在生物防治上的应用
病毒虽然需要依赖寄主细胞才能存活,但却有许多亚病毒分子为其寄生物,这些亚病毒分子需要辅助病毒来帮助其复制与包被.卫星病毒(satellite virus)、卫星RNA(satellite RNA)和类病毒(viroid)是目前所知分子小的生物实体(biological entity).多数卫星病毒与植物病毒相关,少数与噬菌体或动物病毒相关,如腺病毒的卫星病毒.卫星病毒可分为两大类,一类可编码自身的衣壳蛋白(capsid protein),另一类为卫星病毒RNA分子(曾被称为virusoid),需利用辅助病毒的衣壳蛋白.卫星病毒基因组为长度约0.5～2kb的单链RNA,与辅助病毒基因组无同源性,复制时常干扰辅助病毒的增殖.
-
风疹病毒JR23株包膜糖蛋白E2的遗传与变异分析
为了探讨风疹病毒(rubella virus,RV)包膜糖蛋白E2的基因与蛋白的遗传与变异特点,利用DNAstar软件比较JR23株与GenBank中各参考株E2的基因与多肽序列,分析不同RV株E2基因之间的同源性及E2蛋白功能关键区的氨基酸变异.结果表明,RV E2基因序列比较保守,但JR23株E2基因序列与其它9个分离株之间有明显差异,变异主要集中在484nt～554nt.同源性为90.3％～92.6％之间,与美国疫苗株RA27／3同源性高,与美国疫苗株HPV77同源性低,GenBank中的参考株间同源性较高,在96.3％～100.0％之间.E2多肽变异集中于161aa～185aa,但在E2功能关键区,如N端序列、N联糖基化位点、胞质区等则无明显变异.表明RV E2基因序列相对保守,虽然JR23株与GenBank中各参考株的E2基因序列有明显差异,但JR23株E2蛋白在功能关键区表现出遗传稳定性.此结果为阐明RV分子流行病学特征提供了理论依据,也为研究RV分子进化特征及病毒与宿主细胞的相互作用奠定了坚实基础.
-
番木瓜环斑病毒海南分离株全基因组序列分析
番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)是马铃薯Y病毒属(genus Potyvirus)的成员之一.病毒粒体呈线状,长700～900nm,直径为12.5nm.为单分体正链RNA病毒,由多种蚜虫以非持久方式传播.依寄主范围可划分为P型和W型两种.其中P型株系(PRSV-P)是制约生产的重要病原,除了给番木瓜生产带来严重危害,也会危害葫芦科作物.W型株系(PRSV-W)是危害葫芦科作物的主要病原,虽然和PRSV-P型株系血清学反应密切相关,但不侵染番木瓜.
-
深圳地区2001～2004年肠道病毒71型部分VP1区基因分析
肠道病毒71型(Enterovirus type 71,EV71)自1974年Schmidt第[1]人首次报道从美国加利福尼亚暴发的表现为中枢神经系统症状的患者标本中分离到后,世界上许多国家相继报道了EV71在不同地区的流行.
-
山东省柯萨奇病毒B1型VP1区全基因序列分析
为了解柯萨奇病毒B1型(Coxsackievirus B1,CV-B1)山东地方株的分子流行病学特征,本研究对1994年至2015年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统、环境污水监测和无菌性脑膜炎病例标本中分离到的CV-B1病毒进行了VP1序列测定、系统发生学分析和同源性分析.共分离到CV-B1病毒53株,其中AFP监测、污水和及脑炎标本各分离到41株、4株和8株.基于VP1完整编码区序列的系统发生学分析显示CV-B1山东株与国内其他分离株属于一个大的分支,该分支内无国外分离株,国外分离株构成了其他两个分支.山东株之间的VP1核苷酸同源性为84.4％～100.0％,与其他国家分离株的同源性为77.9％～85.0％.研究结果表明,中国CV-B1分离株与国外株相比有较大的遗传差异,需要加强相关手足口病病毒学监测,关注不同传播链的新的基因亚型的肠道病毒的输入.
-
院内鲍曼不动杆菌同源基因型与耐药分析探讨
目的 了解我院鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据,探讨多位点序列分型技术的应用.方法 收集本院分离的50株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR(Polymerase Chain Reaction)扩增gltA、gyrB、gdhB、recA、cpn60、gpi和rpoD七个管家基因片段,测序结果与PubMLST数据库对比分析,利用Phyloviz-2.0软件绘制不同基因型之间的进化关系图.结果 50株鲍曼不动杆菌可被分为10个基因型,分别是ST-1696(19株)、ST-1144(14株)、ST-229(4株)、ST-191(4株)和ST-540、ST-1680、ST-208、ST-1679、ST-1145、ST-1421(分别各一株),三个新的基因型(3株),其中ST-1696与ST-1144、ST-229、ST-191、ST-540、ST-1680、ST-208、ST-1679、ST-1145、ST-1421基因型具有同源相关性.已有ST型的47株鲍曼不动杆菌中大多数菌株对临床常用抗生素表现出多重耐药性,抗生素的耐药率均在75％以上.结论 我院鲍曼不动杆菌具有同源相关性,应用多位点序列分型技术对多重耐药的鲍曼不动杆菌实时监测,严加预防.
-
KRASP1于KRAS基因突变检测中的潜在影响
目的 论证KRAS假基因对KRAS基因突变检测结果存在潜在性影响.方法 检测5个确证结直肠癌的肿瘤组织序列,并以序列比对的方式对KRASP1与KRAS基因进行同源性比较与分析.结果 KRASP1与KRAS存在高度同源性.在KRAS基因突变检测的实验中,KRASP1的存在对扩增类反应产生一定的不良影响,影响程度与检测方法的类型以及实验的设计有关.结论 KRASP1的产生与其原始序列可能是来自于同期的KRAS基因的一个转录本,并随着时间的推移逐渐差异化,但仍保留着大部分的相似性,并有进一步的分析所证实.KRASP1对KRAS基因突变检测结果存在潜在影响,如何避免同源性干扰将取决于分子诊断方法的实验设计.
-
胰岛素样生长因子的检测与生物医学的关系
胰岛素样生长因子(insulin like growth factor, IGF)是一组具有与胰岛素结构同源性又和胰岛素相似的低分子蛋白,但其来源,合成和分泌又与胰岛素有所不同.
-
唐山地区福氏志贺菌超广谱β-内酰胺酶基因型和同源性的分析
目的 了解唐山地区福氏志贺菌的耐药特征,明确其所携带超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的基因型和菌株之间的相关性.方法 用纸片扩散法作ESBLs确证试验;对产ESBLs的菌株用微量肉汤稀释法测定其MICs;用PCR扩增ESBLs基因并测序;通过可变数目串联重复序列(VNTR)进行同源性分析.结果 用纸片扩散法检出具有ESBLs表型的19菌株,经琼脂稀释法检测,同样具有ESBLs表型.菌株对头孢曲松、头孢噻肟、头孢哌酮、哌拉西林、阿莫西林-克拉维酸和环丙沙星的不敏感率为95％～100％,对其他药物敏感率均在84％以上.其型别主要为CTX-M-14、CTX-M-3、CTX-M-57和TEM-1.同源性分析19株福氏志贺菌分为4个克隆系.结论 唐山地区儿童福氏志贺菌呈多重耐药,对第3代头孢菌素耐药性有增加趋势,所携带基因型主要为CTX-M-14,首次检出CTX-M-57基因型.唐山地区存在遗传紧密相关的福氏志贺菌流行克隆,也存在不相关克隆.
-
病毒上清液促进体外培养INS-1细胞系胰岛素分泌
信号传导与转录激活因子(signal transducer and activitor of transcrrption,STATs)是一类通过酪氨酸磷酸化激活的转录因子家族.STAT5是这一家族的重要成员,有STAT5A和STAT5B两种异构体,两者具有高度同源性,它们可以在接受生长激素、催乳素、干扰素以及促红细胞生成素等多种激素或细胞因子刺激后,通过酪氨酸磷酸化偶联形成二聚体,获得进入细胞核的能力,影响目的基因的转录,从而广泛参与细胞的增殖和分化,调节细胞的凋亡.
-
水通道蛋白在耳部的研究进展及其临床意义
所谓水通道即存在于哺乳动物和植物细胞上转运水的特异通道.该通道是由一系列具有同源性的内在膜蛋白家族成员所形成,称为水通道蛋白或水蛋白(Aquaporin,AQP).它们介导着不同类型细胞膜的跨膜水转运.九十年代以前,水转运机制一直被认为是简单扩散,但水能迅速通过细胞膜的脂质双层似用简单扩散机制所不能解释,由此认为哺乳动物的细胞膜上存在特异的转运水的孔道.
-
不同地区不同生境按蚊种群的分子鉴定及rDNA-ITS2序列分析
对采自安徽、江苏、湖南、广西、云南及海南等地区的人房、牛棚、稻田、山区等不同生境的按蚊,按照文献合成引物,用PCR方法进行分子鉴定;并对各种群的ITS2序列测序后,与GenBank所得赫坎按蚊复合体近缘种群按蚊的ITS2序列进行比对分析.结果显示,采集的不同地区不同生境的按蚊均为中华按蚊,此次采集没有采到嗜人按蚊;现场的中华按蚊与凉山按蚊、贵阳按蚊和昆明按蚊的同源性为80.6%~83.1%,与嗜人按蚊和雷氏按蚊的同源性为75.2%~76.2%,与黑按蚊和带足按蚊的同源性稍低,为63.2%~64.6%.系统发育树显示:所有的序列样本形成了两个分支,来自现场的按蚊处在同一分支且差异小.
