28株隐球菌ITS基因序列测定及其系统进化分析

目的 测定28株鸽粪中分离的隐球菌的转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列,并根据ITS序列构建28株隐球菌和6株新牛隐球菌的系统进化树.方法 应用neighbor-joining(NJ)和maximum parsimony(MP)方法构建系统进化树,研究隐球菌属不同菌种间的亲缘和进化分化关系.结果 两种聚类方法得到的进化树模型基本一致,所有菌株聚类为3个主要分支:6株分离到的新生隐球菌和6株参考菌株为一支;大部分DHP和XSQ菌株聚为一支,除HP6外,所有的HP菌株和XSQ46-1及XSQ59-3,聚类为平行的第3个分支.从分化远近看,新生隐球菌分支、DHP和XSQ分支的分化年代没有显著差异.结论 隐球菌属中,所有的新生隐球菌聚类为一支,其余的隐球菌菌种均分散在不同分支中,没有明显的种属聚集性,即呈现了隐球菌属不均一的特性.

021特异扩增核糖体DNA非转录间隔区的亚重复元件对红色毛癣菌进行菌株鉴定

致病性外瓶霉的PCR-RFLP分类

应用PCR方法对致病性外瓶霉进行分类鉴定.以ITS3和ITS4为引物,对常见的7种致病性外瓶霉的模式株核糖体DNA转录间隔区(ITSⅡ)进行扩增,4种内切酶(HinFI、MspI、BsuRI和RsaI)酶切.各种间多态性显著,常规方法难以鉴别的皮炎外瓶霉和甄氏外瓶霉较易区分.PCR-RFLP准确可靠,可用于形态及其他方法难以确定的致病菌种的鉴别.

临床难鉴定细菌和真菌核糖体基因扩增及序列分析

目的 建立核糖体测序方法鉴定临床难鉴定的细菌和真菌.方法 分别利用通用引物扩增细菌16S rRNA基因和真菌核糖体转录间隔区2(ITS2),对PCR产物进行测序,在GenBank中对测序结果进行Blastn等分析.结果 21株临床常见细菌和8株真菌测序结果与表型鉴定符合,检测出6株临床难鉴定细菌和真菌.结论 核糖体测序可以作为临床难鉴定细菌和真菌的分子生物学诊断方法.

54株分枝杆菌国际标准株16S-23S rRNA转录间隔区序列分析

目的 分析54株分枝杆菌国际标准株16S-23S rRNA转录间隔区(ITS)序列,为临床分离株的鉴定提供参考.方法 用16S-23S rRNA ITS序列分析法对54株分枝杆菌国际标准株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比.结果 除灰尘与微黄分枝杆菌;田野与千田分枝杆菌;抗热与副偶然分枝杆菌,奥布与母牛结核分枝杆菌;杜氏与猪分枝杆菌;金色与东海分枝杆菌,海与溃疡分枝杆菌、科莫斯分枝杆菌;2株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌的16S-23S rRNA ITS序列完全相同无法鉴别外,其他各分枝杆菌菌种间16S-23S rRNA ITS序列均不相同,可以得到很好的鉴别.结论 16S-23S rRNA ITS序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际标准株16S-23S rRNA ITS序列的研究弥补了基因数据库的不足.

2个产地红景天rDNA-ITS序列及亲缘关系分析

目的:对我国2个主产区的主要红景天(RhodiolaL.)品种rDNA-内转录间隔区(ITS)序列进行分析,为红景天种质资源的分子鉴别及进化关系提供依据.方法:提取核基因组DNA,聚合酶链反应(PCR)克隆ITS序列;经DNAstar软件拼接序列后,通过Clustal X软件进行比对,考察其变异位点及信息位点;用Mega 4.1计算品种之间的遗传距离,构建大简约树(maxi-mum parsimony,MP)和邻接树(neighbor-joining,NJ).结果:5种红景天材料rDNA-ITS序列长度为603 ～ 604 bp,ITS1、5.8SrDNA和ITS2的DNA长度分别为226 bp、164 bp和213 ～214 bp.ITS1和ITS2分别含有11和9个变异位点,其中,信息位点分别为6和2个;存在转换、颠换、缺失等现象;5.8 S rDNA序列含7个变异位点,2个信息位点;试验中红景天品种的遗传距离为0.018 2～0.627 3.大花红景天与柴胡红景天亲缘关系近.结论:rDNA-ITS序列是鉴别红景天品种,研究遗传关系的良好方法.