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国家食药监总局发布三个基因相关产品的分类界定
为适应医疗器械监管工作需要,国家食药监管总局组织有关单位和专家对基因分析仪等3个产品的管理类别进行了界定。现通知如下:
一、作为 III 类医疗器械管理的产品(1个)
基因分析仪:通过对样本中 DNA 或 RNA 分析,检测人基因数量和序列的变化。本产品不用于全基因组测序。分类编码6840。
二、作为 I 类医疗器械管理的产品(1个)
测序反应通用试剂盒(测序法):检测人类基因组 DNA 文库的一组常用试剂和耗材,基于联合探针锚定连接技术的测序原理,与 BGISEQ 基因分析仪配合使用,完成高通量测序过程并获取样本序列信息,是该测序反应系统的通用试剂。本产品不用于全基因组测序。分类编码:6840。 -
不同用量BigDye在HBV测序检测中的效果分析
目的:通过减少测序反应中BigDye的用量,以降低DNA测序的检测成本.方法:64份HBV DNA阳性血清随机分成两组(试验组、常规组),两组血清均用DNA测序法进行检测.其中BigDye的用量试验组为1 μL,常规组为2 μL.结果:试验组29份满意,常规组30份满意,P>0.05,两组阳性率相同.结论:测序反应中,BigDye的用量从2 μL减少至1 μL效果仍然满意,这是降低DNA测序成本的有效方法.
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深圳地区乙型肝炎病毒携带者人白细胞抗原C等位基因多态性分布特点
背景:目前,较多文献是研究乙型肝炎病毒与人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)A、B、DR之间的关系,较少文献报道乙型肝炎病毒与HLA-C的相关性,可能与HLA基因型检测方法的发展有关系.目的:研究深圳地区乙型肝炎病毒携带者HLA-C等位基因多态性分布特征.方法:应用聚合酶链反应-直接测序分型法分别对186名深圳地区健康人群(对照组)和122名乙型肝炎病毒携带者HLA-C基因进行基因分型.结果与结论:在对照组中检出的HLA-C等位基因有24种,其中HLA-C*01:02、07:02、03:04以及08:01为常见;携带组检出HLA-C等位基因有18种,常见等位基因有HLA-C*07:02、01:02、03:04、08:01.携带组中未检出基因HLA-C*12:02,对照组HLA-C*12:02检出率显著高于携带组,提示深圳地区乙型肝炎病毒携带者HLA-C等位基因频率分布与对照组比较同样具有高度的遗传多态性.HLA-C*12:02基因可能与深圳地区感染乙型肝炎病毒的机会呈负相关性.
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ABI 377全自动DNA测序仪对测序模板和引物的要求
ABI 377 DNA测序仪是由美国应用生物系统公司(ABI)生产的全自动测序仪.它采用平板式凝胶测序系统,操作方便灵活.因此,在参与人类基因组计划的测序仪中,ABI377占了绝大多数.测序仪分析的DNA样品--模板必须先经测序反应,即根据Sanger的末端终止法原理,通过PCR以模板的碱基序列对应地将用4色荧光标记的4种双脱氧核糖核酸(ddNTP)精确无误地接上,然后测序仪通过读取这4种ddNTP的荧光信号获得待测样品的序列.笔者在实际工作中发现,测序结果的好坏并不是由测序仪的检测或其凝胶分离系统即测序仪本身造成,而是由测序前所做的测序反应是否成功决定的.因此,本文就对测序反应影响大的两个人为因素--模板和引物以及对它们的要求作一简要介绍.
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焦磷酸测序技术及其应用进展
DNA序列分析技术是现代生命科学研究的核心技术之一,而双脱氧核苷酸链终止法(Sanger法)是目前使用普遍的DNA序列分析技术.在基于Sanger法的全自动DNA测序技术中,测序反应产生的DNA片段是荧光标记的,这些片段经过平板胶电泳或毛细管电泳得到分离,荧光分子被激发而发光,发出的光信号被检测系统检测.Sanger法的优势在了可以分析未知DNA的序列,且单向反应的读序能力较长,目前的技术可以达到1000bp以上.在实际工作中,很多情况需要对已知序列的DNA片段进行序列验证,而这种分析往往测几十bP就可以满足需要.在这种情况下,Sanger法未必是合适的DNA序列分析技术.新发展的焦磷酸测序技术(Pyrose-quencing)应该是目前适合这些应用的DNA序列分析技术.
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3种PCR产物纯化方法的比较
PCR产物中一般都含有过量的引物及核苷酸,这些成分将直接影响到后续的酶切、双脱氧PCR测序反应等过程,因此有必要去除.目前核酸的纯化方法很多,但往往因需时较长或回收率太低而影响下一步的操作.近年来,商品化试剂盒的出现使得DNA的纯化过程变为简便快捷,但因价格高昂而令多数实验室难以承受.本研究选择3种具有代表性的常用方法对HLA-DQA1基因第二外显子的PCR产物进行纯化比较,现报道如下.