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SEN病毒核酸异质性及准种现象的观察
目的:报告SEN病毒核苷酸的异质性和准种特点.方法:取深圳地区SEN病毒流行病学调查得到的SENV D型或H型阳性血清各3份进行巢式PCR扩增,阳性PCR产物克隆至T载体,每份随机挑选1-11份阳性克隆进行分别测序,并与GeneBank上的北京株、美国株、意大利株和日本株进行比较分析.结果:挑选的16株克隆中D型和H型分别为13株和3株,均属于SENV序列.来自SZ-54的11株SENVD型克隆中准种占81.8%(9/11).本地3例患者的11株SENVD型阳性克隆与GeneBank的4株异地株,共15株间的同源性为77.7-99.5%.同一宿主9个克隆间的碱基变异个数为8.5±5.2,与同一地区不同宿主的11个克隆间的28.9±3.2和不同地区不同宿主的15个克隆间的29.6±7.8比较,有显著性差异(P均＜0.001).3株SENV H型阳性克隆与GeneBank的4株异地株共7株间的同源生为74.6-95.0%.进化分析表明,来自同一宿主的分离株遗传关系近,同地区不同宿主的分离株其次,与4株异地分离株的遗传距离较远.结论:SENV核酸的变异性高,个体间存在较大差异,且在同一个感染者体内也存在大量SENV准种.在检测SENV的方法选择、比较SENV的序列差异和分析SENV的临床意义时应充分考虑到SENV的这种特性.
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单核细胞趋化蛋白-1单碱基变异影响活动性肺结核的发病
根据一组由美国、韩国和墨西哥的科学家近期的研究结果,编码单核细胞趋化蛋白-1(MCP-1)的基因上一个单核苷酸多态性(SNP)位点能够影响肺结核的活动性,这说明活动性肺结核具有遗传易感性.该论文发表在2005年12月13日出版的<实验医学杂志>上(J Exp Med,2005,202:1649-1658).
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滇龙胆不同居群rDNA-ITS序列分析
目的 研究云南代表性产地8个滇龙胆居群的rDNA ITS遗传差异,评价ITS用于滇龙胆产地鉴别的可行性.方法 运用常规PCR法扩增rDNA ITS后直接测序.结果 得到8个居群107个样品rDNA中的ITS和5.8SrDNA全长序列.其中,ITS2在滇龙胆种内居群间和居群内变异为丰富,但未找到能反映特定居群的稀有单倍型.结论 不同产地滇龙胆rDNA-ITS变异较大,但ITS在鉴别滇龙胆的产地上应用价值有限.
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短串联重复序列基因座等位基因丢失现象的研究
目的 探讨用PowerPlex(R) 16体系短串联重复(short tandem repeat,STR)基因座分型时等位基因丢失的现象及原因.方法 分析10 642宗肯定亲权的亲子鉴定案件(涉及18 314次减数分裂),对PowerPlex(R) 16体系疑似发生等位基因丢失的样本采用IdentifilerTM体系和单基因座引物体系进行验证,分离丢失的等位基因,并进行DNA序列测定和比对.结果 在D18S51、D21S1l、FGA和TPOX等4个基因座上,共确认了8宗等位基因丢失案例.通过测序均在PowerPlex(R)16体系引物结合区检见单碱基变异,包括D18S51发生4例,其中2例重复序列上游第79位碱基G→A转换,l例下游162位(G→T颠换和l例上游74位G→C颠换；D21Sll发生2例,分别为重复序列上游第17位C→A颠换和12位A→G转换；FGA和TPOX各发生1例,分别为重复序列下游142位G→A转换和下游第198位G→A转换.等位基因丢失的总发生率为0.437×10-3.结论 引物结合区的碱基变异可能导致扩增失败,产生等位基因丢失.在怀疑发生等位基因丢失时,应采用不同的引物体系进行验证以获得准确分型.在亲子鉴定结果判别和个体识别数据交换中需对此加以重视.
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RHD基因第7内含子全长序列分析
目的 通过对"亚洲型"DEL基因第7内含子全长序列测序分析,探讨其Mrna含有来自第7内含子170 bp片段的分子机制.方法 根据美国国家生物信息中心(NCBI)GenBank BN000065的RHD基因序列,设计4对特异性寡核苷酸引物,分四段分别扩增RHD基因第7内含子.测序分析1名正常Rh阳性个体和2名RhDel表型个体(携带RHD1227A等位基因)的RHD第7内含子全长序列,然后通过NCBI Basic BLAST与参考序列(GenBank BN000065)进行比对,并作相互比对.结果 发现3名个体第7内含子共观察到33处碱基变异(GenBank EU372940～2),其中8处变异相同;另有2处碱基变异仅在DEL样本中检出,在正常Rh阳性个体中未发现.结论 这些变异不足以解释以往发现的DEL Mrna存在170 bp来自第7内含子序列而正常D阳性个体却不存在的现象,但测序结果 提示该片段二侧的AG-GT可能参与这一分子事件的形成,因其正好与第7内含子二侧的GT-AG拼接位点协同将内含子一分为二,但具体机制可能十分复杂.
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RHD第9内含子全长序列分析
目的 了解RHD第9内含子碱基变异对其正常剪切是否存在影响.方法 采用PCR方法 扩增和测序分析中国汉族1名正常Rh阳性个体和2名DEL(D放散型)表型个体[携带RHD(1227A)等位基因]的RHD第9内含子,并做相互比对,同时通过NCBI Basic BLAST与参考序列(GenBank BN000065)加以比对. 结果 在3名中国汉族个体的第9内含子中,共观察到28处碱基变异(EMBL/GenBank/DDBJ EU372940~2),其中7处变异相同,可能为中国人第9内含子的特异性碱基变异;另有1处碱基变异仅在DEL样本中检出,在正常Rh阳性个体中未发现,可能为DEL特异性. 结论 未发现中国汉族人DEL第9内含子存在可能影响正常拼接的碱基变异,提示DEL mRNA缺失第9外显子相应的序列的分子机制即1227A>G碱基突变造成错误拼接所致.
