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肿瘤中微卫星不稳定的发生机制及研究意义
微卫星(microsatellite,MS)是由1~6个核苷酸组成单元串联重复排列而成的DNA序列,故又称短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)、简单重复顺序(simple sequences repeats,SSRs).MS广泛分布于原核和真核生物基因组中,在人类基因组DNA序列中,平均约隔6kb便含有一个MS,约占人基因组的10%,多位于基因之间的间隔区域及内含子、启动子中,也有一些基因的外显子中含有MS.由于MS呈高度多态且按孟德尔共显性方式稳定遗传,自发性突变率很低(10-5~10-4),序列一般较短,易于扩增,所以在连锁分析、人类进化研究、个体识别、亲子鉴定、基因定位作图等方面得到了广泛的应用.
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IL-4内含子3VNTR基因多态性与儿童哮喘的相关性研究
资料与方法研究对象:按照中华医学会呼吸病分会制定的支气管哮喘防治指南的诊断和分度标准,选择本院2005年3月~2006年10月门诊及住院的符合标准的42例患儿,年龄2~12岁,男27例,女15例.正常对照儿童标本来自本县的幼儿园及小学学生体验标本.年龄4~12岁,男19例,女13人,无哮喘史或家族史.
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肾细胞癌中VEGF的表达与MVD关系的研究进展
现就VEGF、MVD的生物学行为与肾细胞癌(RCC)的关系作简要的综述.血管内皮生长因子(VEGF)与肾细胞癌的生物学行为关系VEGF也称血管渗透因子,人类VEGF基因定位于染色体6P2l-3,全长14kb,包括8个外显子和7个内含子.VEGF基因编码分子量为45kD左右的同源二聚体糖蛋白,纯化后的VEGF表现为一种具有肝素活性的同源二聚体多肽,相对分子量为34 000~37 000.在正常胚胎发育时,有广泛表达,在正常成年人的组织呈低水平表达,但在肿瘤形成的病理过程中,有广泛表达.
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ARHI抑癌基因与肿瘤关系的进展
一、ARHI基因结构和功能肿瘤抑制基因ARHI(aplysia ras homo log 1),又名NO-EY2或ras同源基因家族成员Ⅰ(ras homolog gene,member Ⅰ)或DIRAS3.ARHI是一个印迹基因,人ARHI基因定位于1p 31,总长约为8kb,由2个外显子和1个内含子组成.外显子Ⅰ为81个未编码的核苷酸,外显子Ⅱ则包括整个蛋白质的编码区[1].
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血管紧张素转换酶基因多态性与心肌梗死、脑梗死、肾小球肾病的关系探讨
应用聚合酶链式反应技术,扩增心肌梗死、脑梗死、肾小球肾病病人外周血血管紧张素转换酶(ACE)基因第16内含子目的片段,琼脂糖凝胶电泳确认等位基因,计算各组的基因频率,作为预测心肌梗死、脑梗死、肾小球肾病发病和预后.
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内含子A提高分枝杆菌热休克蛋白65DNA疫苗的免疫原性
目的 探讨以内含子A增强外源抗原在真核细胞中的表达效率及其对DNA疫苗在小鼠中免疫原性的影响.方法 以分枝杆菌热休克蛋白65 (Hsp65)为模式抗原,将其分别克隆入含有内含子A和不含内含子A的真核表达载体pCMV4.0和pVAX1,将表达Hsp65的不同重组质粒瞬时转染人胚肾上皮细胞系293T并免疫接种BALB/c小鼠,应用ELISA分析其所诱导产生的抗原特异性抗体水平及亚类,并以酶联免疫斑点试验(ELISPOT)和胞内细胞因子染色技术(ICS)分析其诱导产生的细胞免疫应答反应.结果 含有内含子A的重组表达质粒pCMV4.0hsp65较之不含内含子A的pVAX1 hsp65在293T细胞中的抗原表达量更高,免疫小鼠6周后诱导产生的抗-Hsp65特异性总IgG抗体水平(3.76 ±0.23对3.15 ±0.22,P<0.01)和IgG2a/IgG1比值(4.08 ±0.04对2.23±0.12,P<0.01)也更高,差异有统计学意义;分泌γ-干扰素(IFN-γ)的CD4+T淋巴细胞频率[(2.0±0.058)%对(1.5±0.087)%,t=4.804,P<0.01]和CD8+T淋巴细胞频率[(0.6±0.058)%对(1.0±0.115)%,t=3.098,P<0.05]增加,差异有统计学意义,提示其诱导产生了增强的Th1型免疫应答.结论 内含子A可增强分枝杆菌Hsp65在真核细胞中的表达效率并可提高DNA疫苗在小鼠中的免疫原性.
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肿瘤坏死因子-β遗传变异与食管癌发病风险的关系
食管癌是危害人类生命和健康的严重疾病之一,研究表明,饮食因素和环境因素是我国食管鳞癌的主要危险因素,遗传变异是肿瘤个体易感性的重要原因[1-2].肿瘤坏死因子(TNF) 在多种恶性肿瘤的发生发展过程中发挥着重要的作用[3-4].有报道显示,位于TNF-β基因第一内含子+252位的G>A变异可导致该基因转录活性的增加[5].功能性TNF-β+252 G>A遗传变异可能是食管癌发生的重要遗传易感因素.为验证该假设,本研究探讨了TNF-β+252 G>A遗传变异对食管癌发病风险的影响.
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黄芩查尔酮合酶基因内含子在转基因烟草中对GUS活性调控的初步研究
目的:通过对黄芩查耳酮合酶基因内含子区域分析,初步分析其功能.方法:设计特异引物克隆黄芩查耳酮合酶内含子,并通过生物信息学方法预测其顺式作用元件组成;将内含子插入植物表达载体pCAMBIA 1301中,转化烟草后观察GUS在各种非生物胁迫下的活性.结果:在查耳酮合酶内含子中预测了7种顺式元件;黑暗及高温条件下,GUS活性先上升(3h),后降低(9h);10%PEG处理条件下,GUS活性上升;ABA及MeJA对GUS的表达的调节作用不明显.结论:黄芩查尔酮合酶基因内含子可能参与了外界环境对黄芩有效成分的调控.
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开发indel分子标记对人参与西洋参的鉴别研究
人参和西洋参是2种重要的中药材.二者虽然形态相似但药理作用不同.因此,准确地鉴别2种药材对于确保用药及食品安全具有非常重要的意义.该研究根据垂直同源基因中内含子位置相对保守的特点,利用人参的unigene开发了人参和西洋参之间的内含子长度多态性标记.基于人参及西洋参在细胞色素P450和甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因中的插入/缺失序列,分别设计了人参和西洋参的特异性引物,并以此建立了用于人参及西洋参鉴别的多重PCR体系.结果表明,该研究建立的多重PCR体系既不需要严格的PCR条件,也无需对反应体系进行优化,可以对人参及西洋参进行有效地区分和鉴定.因此,该研究为人参及西洋参的植物来源鉴定提供了的理想的分子标记系统,也为其他中药材或功能食品的原料来源鉴定提供了方法借鉴.
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红白忍冬SABATH甲基转移酶基因克隆及其生物信息学分析
目的:克隆红白忍冬SABATH甲基转移酶基因(rLjSABATHMT),比较忍冬和红白忍冬SABATH甲基转移酶同源基因表达量和基因内含子序列的差异,为金银花的活性成分形成及调控机制研究提供基础.方法:根据cDNA文库提供的基因片段设计特异性引物,从红白忍冬中克隆获得rLjSABA THMT基因cDNA序列及基因组序列.通过生物信息学对该基因蛋白的特征进行分析,使用MEGA 5.0构建SABATH甲基转移酶系统进化树,利用RT-PCR分析SABA THMT同源基因在忍冬与红白忍冬的不同器官、不同花期的表达量,对忍冬和红白忍冬SABATHMT同源基因内含子区序列进行分析和比较.结果:克隆获得的rLjSABATHMT基因cDNA序列全长为1 251 bp,具有完整编码框,编码365个氨基酸.该基因蛋白序列具有保守的SA-BATHMT结构域,系统进化树结果表明它可能是水杨酸/安息酸甲基转移酶.基因表达分析结果表明SABATHMT同源基因主要在花中表达.忍冬和红白忍冬SABATHMT同源基因内含子区序列具有丰富的多态性,且有2个SNP为红白忍冬的特有基因型;内含子区motif元件中碱基变异在2个同源基因间具有显著差异.结论:SABA THMT同源基因内含子区变异可能导致了忍冬和红白忍冬SABATH甲基转移酶表达差异,为金银花活性成分调控机制研究提供了重要研究基础.
关键词: 金银花 SABATH甲基转移酶 全长cDNA 内含子 -
鼠约氏疟原虫yoelii株Pydyn基因的内含子序列分析
本研究测定并分析鼠约氏疟原虫(Plasmodium yoelii yoelii)动力素蛋白基因(Pydyn)3'端内含子序列,比较约氏疟原虫yoelii虫株的Pydyn基因与约氏疟原虫17X NL虫株基因组序列内含子间序列的多态性.方法:应用PCR技术扩增约氏疟原虫动力素蛋白基因(Pydyn)基因组3'端序列,将其克隆人pGEM-T Easy载体.阳性克隆经酶切和PCR鉴定正确后测序,并用分子生物学WINSTAR软件进行基因结构和同源性分析.结果:用PCR方法成功扩增出约800bp的Pydyn基因特定片段,阳性克隆经酶切及PCR扩增确定.基因序列分析表明,约氏疟原虫yoelii虫株的Pydyn基因含有3个内含子,并且与约氏疟原虫17X NL虫株基因组序列在内含子间存在着几个变异.结论:确定了鼠约氏疟原虫动力素蛋白基因(Pydyn)3'端内含子序列,其内含子具有序列短且AT含量较高的特点,两末端的碱基具有一般真核基因内含子共有的剪接位点.多态性分析表明,将约氏疟原虫yoelii虫株的Pydyn基因的3个内含子与人恶性疟原虫动力素基因Pfdyn内含子保守序列相比,Pydyn基因内含子上游下游序列具有一定的同源性.另外,约氏疟原虫yoelii虫株与约氏疟原虫17XNL虫株的内含子间存在着多态性,存在着几个变异,这些变异属于点突变.
关键词: Pydyn基因 内含子 P.yoelii yoelii -
高迁移率族蛋白基因第4内含子区功能以及1176G/C多态性对其功能的影响
目的 探讨高迁移率族蛋白(HMGB1)基因第4内含子区(1144 bp~1296 bp)153 bp长度片段可能的功能以及1176 G-C突变对其功能的影响.方法 构建HMGB1基因(1144 bp~1296 bp)第4内含子区1176GG/1176CC的153 bp目的片段与荧光素酶报告基因载体重组质粒,应用脂质体介导的转染技术,将重组质粒与pRL-TK内参照质粒共同转染Hepa G2细胞,瞬时表达,利用双荧光素酶测试系统检测荧光素酶表达活性.结果 在HepG2细胞中,pGL3-Basic-C和pGL3-Basic-G重组质粒与pGL3-Basic荧光素酶活性无明显差异;pGL3-Promoter-G和pGL3-Promoter-C重组质粒与pGL3-Promoter荧光素酶活性相比P<0.01;pGL3-Promoter-G和pGL3-Promoter-C重组质粒荧光素酶活性相比P<0.01.结论 HMGB1基因内含子区(1144~1296 bp)153 bp片段具有增强子功能以及单核苷酸1176 G-C的改变可使增强子功能大大提高.
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MDA-7/IL-24蛋白的功能研究进展
mda-7/IL-24基因初被命名为黑色素瘤分化相关基因-7(melanoma differentiation associated gene-7),是1995年Jiang等[1]利用减数杂交技术从β干扰素和蛋白激酶C活化剂mezerin诱导的人黑色素瘤细胞HO-1中鉴定并克隆出来的.基于结构、序列同源性、基因定位等方面的考虑,MDA-7蛋白被归为IL-10家族,并被命名为MDA-7/IL-24蛋白.mda-7/IL-24基因在进化过程中比较保守,在酵母、猴子、牛、狗和猫的基因组DNA中都发现了mda-7/IL-24基因的同源基因[2].人mda-7/IL-24基因是单拷贝基因,定位于1号染色体(1q32.2-q41),由7个外显子和6个内含子组成,其mRNA长约2 kb,编码由206个氨基酸组成、相对分子质量约为23 800的蛋白质.
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p53基因治疗研究的新进展
人类p53基因位于17p13.1,全长约16~20 kb,由11个外显子和10个内含子组成,编码393个氨基酸,是相对分子质量为53 000的核磷酸化蛋白[1].它与肿瘤的发生、发展以及肿瘤患者的预后有着十分密切的关系.大约50%的人类肿瘤中存在p53基因的变化, 因此,针对p53进行肿瘤基因治疗逐渐成为研究的热点.
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影响细胞分化相关基因NDRG1作用的相关因素研究进展
N-myc下游调节基因( N-myc downstream regulated gene , NDRG)1属于NDRG家族,α/β水解酶超家族,但没有水解酶催化位点[1]。初是在N-myc敲除的小鼠胚胎组织中发现的,受 N-myc 的抑制而得名。 NDRG1位于人类染色体8q24,全长约60 kb,包括16个外显子和15个内含子,含有一个与第1外显子和第1内含子5′端重叠的CpG岛,C末端包含有3段特有的10个亲水性氨基酸残基( GTRSRSHTSE )串联重复序列。 NDRG1含有磷酸泛酰巯基乙胺序列,在一些多酶复合物中,该序列提供辅基酰基载体蛋白,作为“摆动臂”活化氨基酸和脂肪酸[2]。
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采用长距离PCR检测黏液样/圆细胞型脂肪肉瘤新鲜标本中特异性染色体易位
目前用于检测软组织肿瘤染色体易位的技术方法各有特色,其中长距离PCR技术仅适用于新鲜标本,但可扩增基因断裂点周围长至10余kb的DNA片段,从而可以检测出内含子上断裂点的位置,确定融合基因类型,并可进一步用于分析染色体断裂点基因组DNA序列,以确定是否有某些特征序列参与了染色体易位的发生.
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超声诊断少女卵巢粘液性囊腺瘤并蒂扭转1例
患者女,15岁.平素月经规律,无痛经史及结核病史.因体操运动时突然下腹部剧痛2小时入院急查B超.超声所见:子宫后倾位,正常大小,宫壁光滑,内膜线居中,宫腔内未探及异常回声.于子宫右前上方可见一大小约15.1cm×11.7cm×7.6cm的囊性肿块,呈椭圆形,边界清楚,囊壁清晰光滑,厚约0.5cm,大囊内含子囊,多房分隔,隔呈"车轮状",后壁内可见密集暗淡光点回声(图1).能量多普勒显像示:隔上有少量点状血流,呈网状分布.内部为低速血流,速度为21cm/s.结合病史超声诊断为:右卵巢粘液性囊腺瘤并蒂扭转.急诊行囊肿剥离术,术中见右卵巢有约15.0cm×12.0cm×7.5cm大小的肿物,表面光滑,与周围组织无粘连,其蒂部逆时针向内扭转180°,呈暗紫色.冰冻病理诊断:右侧卵巢粘液性囊腺瘤.
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自噬相关基因Atg7 rs11706903单核苷酸多态性与帕金森病的相关性
目的 研究Atg7内含子区rs11706903单核苷酸多态性与帕金森病的关系.方法 2013年1月至2017年3月,收集130例帕金森病患者(病例组)和同期109例健康体检者(对照组)血样,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析方法 检测Atg7 rs11706903基因多态性.结果 rs11706903位点各基因型病例组基因型频率AA 10.00%、AC 52.31%、CC 37.69%,等位基因频率A 36.15%、C 63.85%;对照组基因型频率AA 7.34%、AC 49.54%、CC 43.12%,等位基因频率A 32.11%、C 67.89%.两组间无显著性差异(χ 2<1.001,P>0.05).结论 Atg7内含子区rs11706903单核苷酸多态性与帕金森病可能无关.
关键词: 帕金森病 自噬相关基因 内含子 单核苷酸多态性 rs11706903 -
脂联素相关研究进展
一、脂联素的结构及受体1.脂联素基因学和蛋白质结构:人类脂联素基因的编码基因为apM1,位于染色体3q27上,由3个外显子和2个内含子组成.人类脂联素的蛋白质结构含有244个氨基酸,包括N-端信号肽、C端芳香族氨基酸球状序列、N端特异的非胶原序列,其后紧接着一段类似胶原的G-X-Y3氨基酸重复序列[1].经过翻译加工修饰可以生成8种同源蛋白.其中C端芳香族氨基酸球状序列是脂联素蛋白活性的关键部位,这一结构域与胶原Ⅷ、X、补体c1q和TNF-α家族具有结构上的同源性[2].
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WWOX表达调控、功能及作用机制的研究进展
1996年,M.Aldaz 实验室在研究乳腺原位癌时发现近70%的原位癌于16q23.2~16q24.1区域发生杂合性缺失[1]。2000年Bednarek等首次成功克隆出此区域的基因,并将其命名为WWOX (WW domain-containing oxidoreductase,含WW结构域的氧化还原酶),又名FOR(fragile site FRA16D oxidoreductase,脆性位点FRA16D 氧化还原酶)[2]。该基因跨越1.11 Mb,包含9个外显子及8个内含子。由于剪切形式的不同可形成7种不同的异构体,常见的异构体形式是全长WWOX,其大小约1.2 kb,编码414个氨基酸形成的蛋白质,蛋白分子量为46.6 kD。