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食管癌组织人乳头瘤病毒感染及其与微卫星杂合性缺失的关系
目的 探讨食管癌组织中14个微卫星位点的杂合性缺失与人乳头瘤病毒(HPV)感染的关系.方法 采用荧光定量PCR法检测112例食管癌标本中HPV-16、18型的感染情况;采用PCR荧光测序仪凝胶电泳检测112例患者匹配的肿瘤和外周血样本中14个微卫星位点的杂合性缺失状况;比较HPV阳性和阴性标本中14个位点的杂合缺失率.结果 染色体3p、9p、13q、17p和17q上的微卫星位点发生了高频的杂合性缺失;发现在2个位点处--D6S497和D13S260,HPV阳性的标本较阴性的拥有更高的杂合性缺失率.结论 缺失涉及众多位点反映出食管癌中基因组存在广泛的不稳定现象;HPV阳性标本在D13S260和D6S497两个位点处拥有更高的杂合缺失率提示食管癌中HPV的作用靶点可能是位于这两个位点处的某些候选基因;另外,四川省是食管癌高发区,该结果也说明HPV是当地食管癌的一重要高危因素.
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人肝癌P57~(kip2)基因失表达的遗传不稳定性
目的 探讨肝细胞癌(HCC)P57~(kip2) mRNA表达与遗传不稳定性之间的相互关系,以探索P57~(kip2)基因失表达的机制.方法 用原位分子杂交技术检测肝癌组织中尸57~(kip2)mRNA表达,用PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳一银染法检测LOH和MSI.结果 在正常肝组织未见P57~(kip2) mRNA表达,癌周肝硬化组与肝癌组阳性表达率均为26.7%(8/30).3个位点均未发生LOH;在2个微卫星位点发生MSI,MSI总阳性率为16.7%.D11Si760位点发生MSI与P57~(kip2) mRNA表达有关联性(P<0.05).结论 P57~(kip2) mRNA表达异常提示其可能在HCC发生过程中起重要作用.MSI可能是肝癌发生过程中P57~(kip2) mRNA表达异常的原因之一.
关键词: 肝癌 P57~(kip2) 遗传不稳定性 杂合性缺失 微卫星不稳定性 -
循环肿瘤DNA在胶质瘤研究中的进展
循环肿瘤DNA (ctDNA)检测是一种新兴技术,在胶质瘤的早期诊断、疗效监测以及个体化治疗方案制定中有重要意义.异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变、表皮生长因子受体vⅢ(EGFRvⅢ)基因突变、06-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化、染色体杂合性缺失(LOH)是近期胶质瘤ctDNA的研究热点.
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少突胶质细胞瘤中PTEN基因突变和10q 染色体的杂合性缺失分析
目的探讨PTEN基因突变和10 q染色体的杂合性缺失(LOH)在少突胶质细胞瘤发生和发展中的意义.方法以55例少突胶质细胞瘤和混合性胶质细胞瘤为研究对象,PCR扩增PTEN基因所有9个外显子,其产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)后,DNA序列分析检测PTEN基因突变.应用不同颜色荧光标记10 q微卫星标志物引物,PCR扩增后,其产物在自动测序仪上进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,用Gene Scan软件分析LOH.结果2/55例有PTEN基因突变,1例是PTEN的第9外显子的20号T碱基缺失导致终止密码351易位至347,另1例在139位发生C到A的转换,使得Phe变成Leu.23/55(42%)例出现染色体10 q的LOH,其中15/55例位于10 q23,3(D10S541),其为PTEN基因位点,12/55例10q微卫星标志物位点完全缺失.结论在少突胶质细胞瘤中PTEN突变较少见,而10 q LOH较频繁,尤其在恶性度高的少突胶质细胞瘤中表现明显,提示10 q LOH与少突胶质细胞瘤恶性进展有关,且10 q上可能存在其他抑癌基因.
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内源性端粒酶抑制基因遗传不稳定性与胃癌进展的关系
目的 研究8号染色体上D8S277位点的杂合性缺失(LOH)和微卫星不稳定性(MSI)对内源性端粒酶抑制基因(PINX1)蛋白表达的影响,阐明PINX1基因遗传不稳定性与胃癌进展的关系. 方法采用石蜡包埋组织抽提DNA,聚合酶链-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析,常规银染检测D8S277位点的LOH和MSI,采用Envision免疫组织化学染色和Leica-Qwin计算机图像分析等方法. 结果 D8S277位点的LOH发生率在淋巴结转移组(21.15%)明显高于无淋巴结转移组(0,P<0.05);在胃癌TNM Ⅲ+Ⅳ期(24.39%)显著高于Ⅰ+Ⅱ期(3.33%,P<0.05).PINX1蛋白阳性率在无淋巴结转移组(78.95%)明显高于有淋巴结转移组(48.08%,P<0.05);TNM分期Ⅰ+Ⅱ期(73.33%)明显高于Ⅲ+Ⅳ期(43.90%,P<0.05);蛋白表达阴性组LOH阳性率为32.28%,明显高于蛋白阳性组的2.50%(P<0.01). 结论 PINX1基因的遗传不稳定性可能导致该抑癌基因突变,是肿瘤发生发展的一个因素,LOH和MSI通过不同的途径调控胃癌的发生和发展.
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中国人肝癌分泌型卷曲相关蛋白1基因遗传的不稳定性
目的 研究8号染色体上D8S532位点的杂合性缺失(LOH)和微卫星不稳定性(MSI)对分泌型卷曲相关蛋白1基因(sFRP1)蛋白表达的影响,阐明 sFRP1 基因遗传不稳定性与肝癌进展的关系,为揭示sFRP1 基因作用机制和肿瘤发生发展机制提供实验依据. 方法 采用石蜡包埋组织抽提DNA,聚合酶链-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析,常规银染检测D8S532位点的LOH和MSI,采用Envision免疫组织化学染色,Leica-Qwin计算机图像分析系统采图和Image-Pro P1uS(IPP)Version5.0专业图像分析软件分析蛋白表达. 结果 在36例肝癌中,D8S532位点LOH和MSI检出率分别为11.11%(4/36)和8.33%(3/36),D8S532位点MSI发生率在60岁以上年龄组(≥60) 26.67%(4/15),高于60岁以下年龄组(<60)0.00%(0/21, P <0.05).相比较于正常组织,86.11%(31/36)的sFRP1蛋白有不同程度表达下降,在肝癌组织中,sFRP1表达阳性率为52.78%(19/36),蛋白表达阴性组LOH阳性率为23.53%(4/17),明显高于蛋白阳性组的0.00%(0/19)( P <0.05). 结论 在中国人肝癌发生进展中,sFRP1蛋白表达下降甚至缺失是普遍现象, sFRP1 基因的遗传不稳定性可能是导致该抑癌基因突变、肿瘤发生的一个机制,LOH在sFRP1表达缺失的过程中起了重要作用.
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支气管上皮增生病变FHIT和p53基因检测
目的 检测和分析FHIT基因杂合性缺失/微卫星不稳定(LOH/MI)和p53突变在肺癌和肺炎性病变(简称肺炎)的支气管上皮增生病变中是否存在差异.方法 采用PCR银染技术结合二核苷酸(CA)n重复序列及PCR-SSCP-DNA测序法分别检测FHIT LOH/MI和p53突变.采用免疫组化法检测FHIT和p53表达.结果 FHIT LOH/MI在肺癌组的鳞状上皮化生病变和轻-中度非典型增生病变分别为53.8%和70%,均明显大于肺炎性病变组的相应增生病变12.5%和18.2%,差异显著(P<0.05).p53突变率在肺癌组和肺炎组的各级增生病变比较差异不显著(P>0.05).结论 FHIT LOH/MI在肺癌组支气管上皮各级增生病变明显高于肺炎组,为其作为判断癌前病变的检测指标提供了实验依据.在肺癌前病变中FHIT基因LOH/MI同p53基因突变无关,是发生频率更高、更早的基因事件.
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移植前白血病患者HLA区域杂合性缺失对HLA分型的影响
目的:研究移植前白血病患者初诊时期和缓解期HLA区域杂合性缺失(LOH)对HLA分型的影响.方法:用3种HLA基因分型常用的方法(SBT、SSO和SSP方法)分别对1例急性混合细胞白血病(MPAL)患者初诊静脉血样本1(骨髓原始细胞为81.7%)、样本2(骨髓原始细胞为93.07%)和缓解期静脉血样本3(骨髓原始细胞为<0.01%)进行HLA-A、B、C、DQB1、DRB1基因分型;通过2种DNA混合实验进一步确定SBT方法检测HLA杂合峰的检出阈值和检测HLA分型时对静脉血原始细胞比例的要求.结果:样本1和样本2的HLA-A、B、C、DQB1、DRB1均为纯合位点,其中样本1有些HLA位点的测序背景峰偏高,无法确定位点的具体结果;样本3的5个HLA座位除了C座位外均为杂合位点.DNA混合实验结果表明,用SBT方法检测HLA双等位基因杂合峰的低检出限为20%;移植前白血病患者采用SBT方法检测HLA分型的要求是静脉血原始细胞<75%,若≥75%,则可能因为原始细胞HLA区域出现LOH,从而导致HLA位点漏检.结论:对于白血病初诊患者,特别是原始细胞≥75%,如果HLA某一位点分型结果为纯合位点,应该再次采集患者缓解期静脉血或者正常体细胞,如口腔黏膜细胞,重新对该位点进行复核,排除HLA区域发生LOH造成假性纯合的可能,以免HLA配型结果发生错误,影响移植供者的选择和终的移植效果.
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DNA去甲基化与肿瘤治疗的研究进展
近年来大量的研究结果显示,肿瘤的发生不但存在遗传学上的改变,而且存在表观遗传学的改变[1].遗传学改变是指基于基因序列改变而导致基因表达水平的变化,如基因突变、杂合性缺失、微卫星不稳定性等.表观遗传学是非基因序列改变所导致的基因水平的变化,如组蛋白修饰、染色质重塑、DNA甲基化等染色质结构上的变异.其中DNA甲基化异常已成为DNA突变、缺失以外导致抑癌基因失活的第三大机制,主要表现为肿瘤细胞中普遍性低甲基化和CpG岛区域性高甲基化.研究提示肿瘤抑癌基因启动子区域性高甲基化是肿瘤抑癌基因失活的重要途径,而抑癌基因的去甲基化已成为近年来研究和开发抗癌药物的新靶点.
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肿瘤抑制基因变异的分子病理学研究进展
肿瘤分子生物学研究已经证实,肿瘤是一种基因病,是由多基因变异并长期累积所致,其中肿瘤抑制基因(TSG)在肿瘤发生过程中持续丧失功能被认为是导致细胞恶变的重要事件之一。TSG变异的常见分子机制是因其2个位点相继因点突变和杂合性缺失(LOH )而导致功能完全失活,即广为接受的Knudsen“二次打击” 理论。另一个受到高度重视的基因变异类型是DNA错配修复基因(mismatch repair, MMR)功能的失活,其分子特征是基因组DNA微卫星小体不稳定性(microsatellite instability, MSI )。这两种基因变异形式终都将导致细胞分裂和增殖活动脱离正常调控而发生肿瘤。由于LOH和MSI路径是肿瘤细胞的重要标志性特征,并具有分子病理学上的诊断意义而受到广泛关注。
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食管鳞状细胞癌p53基因突变与p53蛋白过度表达的关系
p53基因是各种人类肿瘤包括食管癌中常见有突变的基因之一.我们应用激光显微切割,聚合酶链反应(PCR)-杂合性缺失(LOH),PCR-单链构象多态性分析(SSCP),p53测序及免疫组织化学方法,检测了食管癌高发区中国山西省的56例患者食管鳞状细胞癌 (ESCC) 中p53基因缺失、突变及p53蛋白表达情况,旨在更好理解p53基因突变等变化在食管癌发生发展过程中的作用.
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膀胱肿瘤6号染色体长臂的杂合性缺失研究
目的探讨6号染色体长臂的杂合性缺失(LOH)与膀胱肿瘤的关系.方法应用6q21区域附近D6S404、D6S434微卫星标志,以PCR-SSLP-银染法对31例膀胱肿瘤患者的肿瘤组织进行杂合性缺失的研究.结果膀胱肿瘤组织D6S404LOH发生率为35.5%,D6S434 LOH发生率为22.6%.结论6q21区域附近可能存在与膀胱肿瘤相关的肿瘤抑制基因.
关键词: 膀胱肿瘤 杂合性缺失 6号染色体长臂(6q) -
WWOX表达调控、功能及作用机制的研究进展
1996年,M.Aldaz 实验室在研究乳腺原位癌时发现近70%的原位癌于16q23.2~16q24.1区域发生杂合性缺失[1]。2000年Bednarek等首次成功克隆出此区域的基因,并将其命名为WWOX (WW domain-containing oxidoreductase,含WW结构域的氧化还原酶),又名FOR(fragile site FRA16D oxidoreductase,脆性位点FRA16D 氧化还原酶)[2]。该基因跨越1.11 Mb,包含9个外显子及8个内含子。由于剪切形式的不同可形成7种不同的异构体,常见的异构体形式是全长WWOX,其大小约1.2 kb,编码414个氨基酸形成的蛋白质,蛋白分子量为46.6 kD。
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miRNA在急性髓系白血病中表达的意义
miRNA是近年来新发现的一类长度为19~23个核苷酸的非编码单链小分子RNA,成熟的单链miRNA与mRNA完全或不完全配对,通过诱导mRNA的切割降解、翻译抑制或者其他形式的调节机制抑制靶基因的表达,从而参与调控个体发育、细胞凋亡、增殖及分化等生命活动[1].近研究发现,一些miRNA位于和癌症相关的基因组区域,例如癌基因区或抑癌基因的断裂脆点区、杂合性缺失区域及小扩增区,某些miRNA的调节异常已经在很多种肿瘤中被发现,提示miRNA可作为致癌基因或抑癌基因而发挥作用.
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胰腺癌细胞基因组范围内的基因缺失
目的:研究胰腺癌细胞基因组范围内的纯合性缺失和杂合性缺失(loss of heterozygosity, LOH).方法:应用高密度单核苷酸多态性芯片和专用分析软件,检测17种胰腺癌细胞株基因组范围内的纯合性缺失和LOH,并筛选可能与胰腺癌发生、发展有关的基因区域,用PCR验证纯合性缺失.结果:经过PCR验证,26个区域确实为纯合性缺失,芯片的准确度为83.9%(26/31).这些缺失区域中,平均每个区域只涉及1.29个基因.每一种细胞都有不同程度的LOH;不同染色体臂出现LOH频率不同,出现频率高的为染色体臂9p和18q,均为94.1%.结论:胰腺癌全基因组范围内出现多处LOH和纯合性缺失,这些区域可能含有新抑癌基因.
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食管癌中的等位基因缺失
食管癌是世界上常见的恶性肿瘤之一,近年来对食管癌分子遗传基础研究取得了相当大的进展,但其发生发展的分子机制仍不十分清楚.在肿瘤研究中,杂合性缺失是一种常用的等位基因缺失检测方法,广泛用于候选抑癌基因的筛选及已知抑癌基因失活机制的阐明等方面.并且等位基因异常在多种肿瘤中被证明是肿瘤发生早期事件,因此杂合性缺失可能成为肿瘤筛查和早期诊断的重要工具.等位基因缺失研究常用技术包括限制性片段长度多态性和微卫星分析等.食管癌中常见的染色体缺失区及其相关基因有17号染色体短臂(p53基因)、13号染色体长臂(Rb基因)等.本文对以上几方面以及等位基因缺失在食管癌发展不同时期的变化等作了较为详细的阐述.
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p16基因在消化系肿瘤的研究进展
p16基因又称多重肿瘤抑制基因1(MTS1)、细胞周期素依赖激酶4的抑制物(cyclin dependent kinase 4 inhibitor,CDK4I)或CDKN2,是新近发现的一个重要抑癌基因,与许多肿瘤的发生、发展关系密切.与p53基因相比,它具有突变率高、分子量小,易于标定的特点,因而很快成为肿瘤分子生物学、分子遗传学等学科的研究热点.目前,人们已从基础及临床诊治等多个角度对p16基因进行了研究.本文旨在综述p16基因与消化系肿瘤发生、发展的关系及p16基因治疗情况.
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非小细胞肺癌中p14ARF杂合性缺失的研究
p14ARF基因是新近发现的候选抑癌基因,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用.我们应用免疫组织化学和聚合酶链反应-聚丙烯酰胺电泳(PCR-PAGE)方法,对非小细胞肺癌(NSCLC)中p14ARF基因的杂合性缺失(loss of heterozygosity, LOH)和蛋白表达情况进行了研究.
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PAI-1基因遗传不稳定性及其+10到+129区域CpG岛甲基化水平与胃癌临床病理特征的关系
肿瘤的发生发展与原癌基因的激活及抑癌基因的失活关系密切,且后者更为重要[1].基因的遗传不稳定性,如微卫星不稳定(MSI)和杂合性缺失(LOH)可能是产生基因突变从而导致抑癌基因功能失调,引起肿瘤发生的重要因素[2].本研究拟探讨胃癌组织PAI-1基因(pai-1位点)的遗传不稳定性及其5'侧翼+10到+129区域CpG岛甲基化水平与胃癌临床病理特征的关系.
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胃癌BRCA1基因D17S579位点遗传不稳定性与临床病理关系的研究
研究表明基因的微卫星不稳定性(microsatelliteinstability,MSI)和杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)可能是引起肿瘤发生的重要因素.中国人胃癌BRCA1基因.的遗传不稳定性研究鲜见报道[1,2].本实验对中国人胃癌患者17号染色体D17S579位点的MSI、LOH和BRCA1蛋白表达进行检测,为揭示BRCA1基因作用机制提供实验依据.