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小细胞肺癌血浆中游离性DNA的3p位点杂合性缺失
目的研究小细胞肺癌(Small cell lung cancer,SCLC)患者血浆游离性DNA的3p位点的杂合性缺失(Loss of heteroxygosity,LOH)在SCLC诊断中的价值.方法用PCR-银染法对33例SCLC患者的病理组织及血浆标本中三个位点微卫星(3p14、3p21、3p25)杂合性缺失的情况.结果 33例病理组织标本LOH的发生率为54.5%(18/33),血浆游离DNA同时发生LOH的百分率为42.4%(14/33);二者相关性为77.8%(14/18).结论 SCLC患者血浆游离DNA来自于肿瘤组织,其3p部位的LOH在诊断中有一定的价值.
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杂合性缺失在胃癌中的研究进展
胃癌是消化道常见的恶性肿瘤之一,其发病机制非常复杂,涉及癌基因的激活及抑癌基因的失活.抑癌基因是野生型的等位基因,当两条等位基因均缺失时,称之为纯合性缺失(homozygous deletion),当缺失其中一条时,称之为杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH).LOH多发生在一些特殊位点,在这些位点上或其毗邻区存在着抑癌基因的缺失.近年来的大量研究表明,LOH在胃癌的发生发展中起着十分重要的作用.
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宫颈癌基因组HLA-Ⅰ类基因微卫星不稳定和杂合性缺失的研究
目的探讨人白细胞抗原-Ⅰ类基因在宫颈癌中微卫星不稳定和杂合性缺失的情况,并构建宫颈癌基因组在该区域的精细缺失图谱.方法应用聚合酶链反应-单链长度多态性-银染技术,对30例宫颈癌活检标本进行杂合性缺失和微卫星不稳定的检测.结果在30例宫颈癌活检组织中,有23例(76.7 %)存在有1个或多个位点的杂合性缺失, 微卫星位点C3_2_11的杂合性缺失频率高,可达50%(15/30).微卫星不稳定的发生率为66.7%(20/30),其中位点D6S258发生微卫星不稳定频率高,达40%(12/30).结论人白细胞抗原-Ⅰ类基因的微卫星不稳定和杂合性缺失在宫颈癌的发生和发展过程中起着重要作用,同时发现位点C1_2_5～C3_2_11之间是宫颈癌患者的一个小的共同缺失区域,该区域可能存在有与宫颈癌相关的抑癌基因.
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原发性胃癌中19p部分微卫星多态位点杂合性缺失分析
目的筛选胃癌19p部分微卫星多态位点的杂合性缺失(loss of heterozygosite, LOH)频率,以初步确定19p上与胃癌相关基因连锁密切的微卫星多态位点.方法采用聚合酶链反应-单链长度多态(polymerase chain reaction-single strand length polymorphism, PCR-SSLP)-银染法选取19p上9对微卫星多态标记(D19S424,D19S216,D19S406,D19S413,D19S221,D19S226,D19S411,D19S883,D19S886),对43例原发性胃癌的杂合性缺失情况进行了分析.结果 43例中22例至少在1个位点发生LOH,总缺失率为48.88%,这9个位点的LOH频率分别为29.63%,11.53%,33.33%,8.57%,13.15%,8.00%,6.45%,6.89%,10.71%,在D19S886也同时出现微卫星不稳定性(microsatellite instability, MSI)17.85%.结论提示19p上的LOH缺失频发区域可能涉及与人类原发性胃癌发生发展相关基因的存在.
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一例Cornelia de Lange综合征患儿的NIPBL基因突变分析
目的 探讨1例Cornelia de Lange综合征(Cornelia de Lange syndrome,CdLS)患儿基因型与表型的对应关系.方法 对1例经剖宫产出生、拟诊为CdLS的女婴进行基因检测.结果 患儿表现为特殊面容,眉毛长且浓密,眼距宽,矢状缝大,耳位低,下颌后缩,双脚拇趾为多趾并趾,哭声低、吸吮差、反应迟钝.对CdLS相关的NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21和HDAC8基因进行检测发现,患儿的NIPBL基因存在杂合缺失突变,缺失区域涉及第46外显子和第47外显子的一部分,可能使下游序列发生移码,导致蛋白序列异常.结论 发现了1例CdLS相关的新突变,丰富了NIPBL基因的突变谱,对于进一步明确其基因型-表型的对应关系具有重要的价值.
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散发性肾癌中VHL基因的两个单核苷酸多态位点分析和杂合性缺失检测
目的检测79例散发性肾癌中抑癌基因VHL内部的两个单核苷酶多态(single nucleotide polymorphism, SNP)位点并分析杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)发生情况,探讨VHL基因LOH与肾癌临床病理特征的关系.方法从肿瘤和正常肾组织中提取DNA,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法检测VHL基因5'端SNP位点rs 779805和3'端SNP位点rs 1 642742的基因型.在两个位点的杂合子中进行LOH检测,并分析VHL基因LOH与临床病理特征的关系.结果我们计算了两个位点的基因型、基因频率、杂合度、多态信息含量等遗传学参数.综合两个位点发现杂合子29例,其中12例(41.4%)存在LOH. VHL 基因LOH与肾癌发生年龄、性别、临床分期、病理分级无显著相关性.结论在散发性肾癌中,VHL基因LOH是肿瘤发生的重要机理,其发生率达41.4%,VHL基因LOH与肾癌分期、分级无关.
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前列腺癌及高级别前列腺上皮内肿瘤10号染色体等位基因杂合性缺失分析
目的检测原发性前列腺癌及高级别前列腺上皮内肿瘤(prostatic intraepithelial neoplasia, PIN) 10号染色体等位基因杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)及其意义.方法用显微切割技术获取16个前列腺癌及14个高级别PIN样本DNA,采用PCR及微卫星多态性技术,对10号染色体上的20个微卫星位点LOH进行检测.结果 16个原发性前列腺癌样本在10号染色体位点有不同的LOH频率,从0～46.2%不等,主要分布在10q23及10q24-q25.14个高级别PIN,有7个样本在6个位点检测到LOH.结论前列腺癌存在10号染色体的高频LOH区,主要位于10q23及10q24-q25区,而高级别PIN的LOH率明显低于前列腺癌,PTEN及 MXI1为10q23及10q24-q25区候选的肿瘤抑制基因,可能与前列腺癌的发生发展有关.
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应用基因组扫描对胃癌19号染色体进行杂合性缺失分析
目的检测胃癌患者19号染色体微卫星位点的杂合性缺失(less of heterozygosity, LOH),以初步确定19号染色体上与胃癌相关基因连锁密切的微卫星多态位点.方法应用多重PCR对44例原发性胃癌患者中覆盖19号染色体上的22个微卫星位点(遗传距离在1.1～10.9 cM之间)进行扩增.聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR产物,Gene ScanTM,GenotypeTM软件进行分析.结果 19个位点(19/22)检测出LOH阳性,总LOH频率为59%(26/44),其中D19S571位点的LOH频率高(21.43%).结论高频的LOH位点附近,可能存在未知的胃癌相关基因.
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p73基因的研究进展
p73基因是1997年克隆出的具有抑癌作用的基因,由13个外显子及14个内含子组成,产生9个mRNA版本,有抑制细胞生长,促进细胞凋亡的作用.它受DNA损伤信号,p53及p73自身的调节,其下游效应器与p53基因不完全相同.p73基因在人类肿瘤中的突变率很低,在某些肿瘤中存在杂合性缺失-LOH,其失表达与基因的高甲基化状态有关.p73基因与经典的抑癌基因不同,更准确地说,p73基因是肿瘤特异性基因,即在肿瘤组织中的表达和印迹基因特征具有个体特异性和组织特异性,在某些肿瘤的发生及发展中起抑癌基因的作用,而在另一些肿瘤中,p73基因的高表达导致肿瘤的发病.
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1种用于分析疾病相关ABO抗原丢失的染色体杂合性缺失方法
目的 建立1种9号染色体杂合性缺失(LOH)的分析方法,以解释因ABO基因附近染色体的LOH导致的疾病相关ABO抗原丢失现象.方法 在9号染色体长臂和短臂上共选取13个微卫星位点,其中10个位点(D9S1677、D9S289、D9S1776、D9S1682、D9S290、D9S164、D9S1818、D9S1826、D9S158、D9S1838)位于ABO血型基因近端,平均间距5.52 cM；另3个位点(D9S1858、D9S171、D9S1843)位于ABO基因远端,平均间距39.3 cM.分别设计合成FAM和HEX荧光标记引物,优化PCR扩增后,以聚丙烯酰胺凝胶毛细管电泳,通过GeneMapper软件分析微卫星不稳定性,观察染色体LOH发生情况.结果 13个微卫星位点均得到了较好的PCR扩增效果,PCR产物长度在75～273 bp之间,各位点均有较高的杂合度,适合于微卫星片段长度分析.13个位点可在2个泳道中进行双荧光同步分析,各位点不同等位基因间互不干扰.分别对1例正常血型标本和2例血液病相关的ABO抗原变异标本(包括口腔黏膜DNA和外周血DNA)进行微卫星分析,正常血型标本的口腔DNA和外周血DNA未发现染色体LOH现象.而2例ABO抗原变异标本,与口腔黏膜DNA相比,外周血DNA均存在不同程度的LOH现象,表明ABO抗原丢失可能源于血液系统疾病相关的9号染色体LOH现象.结论 建立了1种基于微卫星不稳定分析的9号染色体LOH方法,可用于血液系统疾病相关的ABO抗原丢失标本分子机制的研究.
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nm23-H1 基因杂合性缺失及突变与大肠癌转移抑制
应用Southern印迹杂交和RT-PCR-SSCP银染、克隆及序列测定检测了36例大肠癌组织标本中nm23-H1杂合性缺失和突变情况.结果: 本组标本nm23-H1杂合性缺失率为29.63%,Duke's D期及远处转移大肠癌有较高的杂合性缺失发生率; 大肠癌中未见nm23-H1基因突变.本实验结果提示: nm23-H1基因杂合性缺失可能参与大肠癌恶性进展及转移过程的调节,该基因突变在大肠癌中所起的作用可能较小.
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SMAD4蛋白免疫组织化学反映幼年性息肉病综合征遗传状态
幼年性息肉综合征(JPS)可能由SMAD4基因的生殖缺陷导致.研究者利用SMAD4蛋白的免疫组织化学方法研究了20例有SMAD4生殖缺陷的息肉,并采用38例无生殖缺陷息肉作对照.20例中有9例为SMAD4基因表达缺失,有5例为SMAD4基因的杂合性缺失,2例为终止密码子突变.SMAD4失活并不一定与发育异常并存,6例有正常SMAD4染色的增生性息肉中有4例p53染色异常,9例发育异常的幼年性息肉中有1例发现了K-ras基因突变.
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散发性结直肠癌染色体7q21-22区杂合性缺失精细定位
目的 研究散发性结直肠癌7号染色体杂合性缺失,对7q21-22区精细定位,寻找新的结直肠癌抑癌基因.方法 采用15对微卫星DNA标记7号染色体,在高频杂合缺失区另取5对微卫星标记对83例结直肠癌病例的肿瘤和正常组织进行PCR反应.PCR产物在ABI Prism 377自动荧光测序仪进行电泳3 h,以GeneScan3.1和Genotyper 2.1软件进行基因分型.结果 在7号染色体上发现1个高频杂合缺失区即7q21-22区.对该区再用5对微卫星标记引物行精细定位,界定了1个跨越D7S657、D7S646位点精细的高频杂合缺失区域.结论 通过精细杂合缺失作图的研究,在7号染色体发现了1个跨越D7S657、D7S646位点的精细杂合缺失区,该区很可能存在1个或多个与结直肠癌相关的新的抑癌基因.
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外周血微卫星改变和微小RNA检测与肺癌的相关性研究进展
肺癌的早期发现和诊断是治疗的关键所在.外周血肿瘤标志物的检测具有无创伤、可重复、费用低等优点是肺癌诊断和随访的理想手段.微卫星DNA(microsatellite,MS)是指以少数几个核苷酸为单位多次串联重复的DNA序列.微卫星异常主要表现为微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)和杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH).微小RNA(microRNA,miRNA)是一种非编码蛋白的RNA,参与转录后水平基因的表达调控.近年来,越来越多的研究提示外周血微卫星改变和miRNA标志物的表达也表现为显著的肿瘤相关性、组织特异性和表达稳定性.本文就外周血微卫星改变和微小RNA的检测与肺癌相关性的研究新进展作一综述.
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微卫星与肺重复癌的研究进展
微卫星(microsatellite,MS)是指以少数几个核苷酸(多为2～4个)为单位多次串联重复的DNA序列.肺重复癌(肺多原发癌,multiple primary lung cancer)是指一侧肺或两侧肺的不同部位发生两个或两个以上原发癌,其组织类型相同或不同,但各肿瘤之间无从属关系,每个肿瘤的发生有着各自独立的成瘤因素.微卫星异常与肺重复癌的发生及发展密切相关.本文主要综述:①微卫星的概念及产生机制;②微卫星异常;③肺重复癌的概念及分类;④微卫星对肺重复癌的早期诊断和预后治疗的影响.
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利用单核苷酸多态性芯片全基因组检测人大细胞肺癌细胞株的杂合性缺失和拷贝数变异
背景和目的 DNA序列的杂合性缺失(LOB)和拷贝数变异(CNV)普遍存在于肿瘤基因组,并认为与肿瘤发生发展相关.高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片能够检测全基因组的LOH和CNV适用于研究肿瘤遗传变异.本研究运用该技术寻找人大细胞肺癌细胞株NL9980全基因组的LOH和CNV.方法 提取细胞株总DNA并应用500K SNP芯片进行检测.芯片获得的500 000位点的杂交信号强度数据使用Affymetrix专利软件估算各sNP位点基因型和拷贝数.进一步分析获得NL9980基基因组LOH和CNV.结果 芯片的SNP位点检测率超过了93%的主要质控标准.NL9980细胞中LOH散布在所有染色体,CNV主要分布在2,3,4,5,7,10,11和18号等染色体.结论 研究表明NL9980基因组存在复杂的遗传变异.SNP芯片高分辨率和提供等位基因型信息等优势极大地提高了肺癌遗传变异研究的能力.
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人非小细胞肺癌中FHIT等位基因缺失和突变的研究
目的探讨FHIT等位基因缺失、突变在肺癌发生、发展中的作用。方法应用PCR-SSCP和DNA序列分析方法对35例人非小细胞肺癌和4个肺癌细胞株中FHIT基因的4个外显子(外显子3、4、5、8)和微卫星D3S1300、D3S1312、D3S1313进行研究，并以远癌肺组织和10例肺良性病变组织做对照。结果在35例肺癌中，22例肺癌发生了一个或两个以上的FHIT等位基因缺失，缺失率为62.86％(22／35)。在鳞癌中，FHIT等位基因缺失率（88.24％，15／17）明显高于腺癌（38.89％，7／18）(P＜0.01)；在吸烟患者中(76.19％，16／21)亦明显高于不吸烟患者(42.86％，6／14)(P＜0.05)。而FHIT等位基因缺失与肺癌的细胞分化程度、P-TNM分期、原发肿瘤大小、部位、患者性别、年龄及有无转移均无明显关系（P＞0.05）。Lewis肺癌、A549细胞株亦有FHIT基因部分缺失。4例肺癌组织具有微卫星灶D3S1312点突变，经DNA序列分析显示均为D3S1312微卫星灶基因的87位点密码子发生了CT点突变。结论 FHIT基因异常主要以等位基因的缺失为主，而点突变发生率较低。FHIT等位基因缺失主要发生在肺鳞癌和吸烟患者中，且FHIT基因可能为烟草致肺癌的靶基因，其等位基因缺失可能是肺癌的早期分子事件。
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杂合性缺失与口腔癌前病变
口腔癌前病变(OPL)有不同程度的癌变危险性.近研究表明,丧失特异的染色体区域即杂合性缺失(LOH),是OPL随后进展的早期预兆.对OPL的LOH分析将提高临床医生的确诊及处理高危险性癌前病变的能力.
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食管癌中候选抑癌基因ING1突变的研究
目的探讨候选抑癌基因ING1在食管癌发生、发展的作用.方法用逆转录PCR(RT-PCR)和免疫组织化学技术分别检测31例食管鳞状细胞癌(ESCC)中ING1 mRNA和蛋白的表达情况;直接测序法检测RT-PCR产物的基因变异;将染色体13 q末端的微卫星位点作杂合性缺失(LOH)分析.结果(1)几乎所有的肿瘤组织和相应的正常组织都有ING1 mRNA表达,肿瘤组织中,一些表达ING1a少些,一些表达ING1b少些,但两亚型之间没有明显差别.(2)ING1蛋白的表达在肿瘤组织中均为阴性,而相应的正常组织中均为阳性.(3)在31例中发现4例为体细胞错义突变,2例为隐匿突变.(4)31例中有17例(55%)出现LOH,每一个位置的LOH的发生频率＞39%.结论食管癌中ING1基因的突变和杂合性缺失可能影响它的转录和表达,它的表达减少与食管癌的发生、发展有关.
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B细胞淋巴瘤中18号染色体上微卫星位点与bcl-2/IgH基因重排的相关性
目的 探讨B细胞淋巴瘤中18号染色体上微卫星位点D18S64、D18S61与bcl-2/IgH基因重排的相关性.方法 采用巢式PCR方法对37例B细胞非霍奇金淋巴瘤bcl-2/IgH基因重排主要断裂点(MBR)进行检测,PCRSSCP方法检测bcl-2基因内部、基因周围微卫星位点D18S64、D18S61的MSI和LOH情况.采用DNA抽提试剂盒提取石蜡包埋组织基因组DNA、全血基因组DNA-PCR扩增-变性聚丙烯酰烯酰胺凝胶垂直电泳-银染法-全自动凝胶成像系统对样本进行MSI和LOH分析.结果 37例B细胞非霍奇金淋巴瘤中,bcl-2/IgH基因重排阳性率为24.3%(9/37).各位点MSI、LOH频率分别介于16.2%-18.9%和16.2%-21.6%.D18S61位点MSI阳性组的bcl-2基因重排阳性率均高于MSI阴性组(P＜0.05),而D18S64位点则与之相反(P＞0.05);D18S61位点LOH阳性组的bcl-2基因重排阳性率明显高于LOH阴性组(P＜0.05),D18S64位点与之相反(P＞0.05).结论 bcl-2/IgH基因重排与微卫星位点D18S61的MSI/LOH有显著相关性,表明D18S61可能是bcl-2基因周围区域与bcl-2基因关系较为密切的微卫星位点.
关键词： B细胞淋巴瘤 BCL-2/IgH基因重排 微卫星不稳定性 杂合性缺失
