首页 > 文献资料
-
乙型肝炎病毒基因分型技术的研究综述
目前国内外对乙型肝炎病毒的不断研究发现,乙型肝炎病毒基因型分布存在地理差异与肝病的发生、发展以及抗病毒药物的疗效都有一定的相关性.本文针对乙型肝炎病毒(HBV)生物学特征和流行病学特点对当前各种HBV基因型分型技术方法的优缺点等相关研究进行综述.
-
重庆市结核分枝杆菌临床分离株的基因分型及相关耐药性分析
目的 对重庆市结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,研究不同基因型在重庆的流行情况,并分析基因型与耐药表型的关系.方法 收集2011年1-12月重庆市结核病防治所分离的113株结核分枝杆菌临床分离株,采用比例法进行药物敏感性检测；应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和PCR方法对113株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型.结果 在113株结核分枝杆菌临床分离株中,可分为北京家族和非北京家族,分别占77株(68.1％,77/113)和36株(31.9％,36/113);北京家族菌株中现代型为48株(62.3％,48/77),古代型为29株(37.7％,29/77);非北京家族菌株中,T1型高达13株(36.1％,13/36),发现9种新基因型.北京家族菌株耐药率为24.7％(19/77),非北京家族菌株耐药率为38.9％(14/36),差异无统计学意义(x2=2.40,P＞0.05).现代型北京家族菌株耐药率为27.1％(13/48),古代型北京家族菌株耐药率为20.7％(6/29),差异无统计学意义(x2=0.39,P＞0.05).结论 重庆地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行基因型为北京家族,其中北京家族中主要为现代型；北京家族菌株、非北京家族菌株均与耐药性无明显相关性.
-
宁夏回族自治区结核分枝杆菌基因分型及与耐药性关系的研究
目的 利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对宁夏回族自治区(简称“宁夏”)结核分枝杆菌流行株进行分型研究,并分析北京基因型与耐药性的相互关系.方法 搜集宁夏结核分枝杆菌临床分离株115株,应用Spoligotyping方法进行基因分型研究,采用BioNumerics软件将分型结果进行基因聚类分析.应用比例法药物敏感性试验对115株结核分枝杆菌进行检测,后将药敏结果结合基因型及流行病学资料进行分析.采用卡方检验比较不同组间结果的差异.结果 在分离培养的115株菌株中,具有特异Spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株90株,占78.3％(90/115),25株为非北京基因型,占21.7％(25/115).90株北京基因型菌株中,41株为古代基因型(45.6％,41/90),任意耐药株为16株(17.8％,16/90);49株为现代基因型(54.4％,49/90),任意耐药株为33株(36.7％,33/90),两者间差异无统计学意义(x2=1.27,P＞0.05).结论 宁夏结核分枝杆菌以北京基因型流行为主,结核分枝杆菌北京基因型与耐药性之间无明显相关性.
-
结核分枝杆菌基因分型方法及其应用
结核分枝杆菌基因分型是监测结核病流行和传播的有效手段.用于结核病流行病学研究的分型方法已有很多种,但不同的基因分型方法各有特点,应根据不同的研究目的选择合适的方法,或者多种方法结合使用,并结合传统的流行病学资料综合分析可得出可靠结论.结核分枝杆菌分型鉴定技术在研究结核分枝杆菌菌种鉴定、耐药和耐多药检测,以及结核病的病原演变、跟踪和确定传染源、确定流行病学事件、揭示疾病传播机制等方面发挥着重要的作用.同时,此类研究正与新兴的遗传信息学相结合,相应成果能够为更科学地制定结核病防控策略提供依据.
-
单核苷酸多态性基因分型技术与人类营养风险评估
单核苷酸多态性位点(SNP)以遗传标记密度高、稳定性高及分型检测易于实现自动化的特点成为第3代多态性标记,在遗传诊断、遗传风险评估,连锁不平衡图谱和遗传关联分析等人类基因组学研究领域显示了强大的应用前景.本研究以原理为主线,从通用步骤中DNA片断PCR扩增,SNP鉴别反应和SNP检测识别机制三大方面剖析了SNP基因分型技术领域研究进展,后指出了适合于我国营养素缺乏风险评估项目的SNP基因分型新技术应具有的特点.
-
陕西省人乳头瘤病毒基因分型检测分析
目的 研究陕西地区妇女人群人乳头状瘤病毒(human papillomavirus,HPV)感染状况,为宫颈癌防治提供参考依据.方法 收集2012年1月至2013年5月在陕西省肿瘤医院就诊、筛查和体检的7 640例宫颈脱落细胞标本,采用PCR体外扩增和DNA反向点杂交相结合的DNA芯片技术,对宫颈脱落细胞标本进行HPV基因分型检测.结果 调查对象年龄为(42.26±19.15)岁,共检出HPV阳性者1 441例,总感染阳性率为18.86％(1 441/7640),其中高危型感染阳性率为16.03％(1 225/7640,包括多重高危感染),低危型感染阳性率为4.88％(373/7 640,包括多重低危感染)；高低危混合感染阳性率为2.05％(157/7640).在被检测的18个高危HPV亚型中,常见类型依次为HPV16(34.70％,523/1 507)、HPV58(11.48％,173/1 507)、HPV18(7.43％,112/1 507)、HPV33(7.10％,107/1 507)、HPV56 (6.04％,91/1 507)和HPV52 (5.51％,83/1 507)型,HPV39型感染表率低,仅为0.59％(9/1 507),未检测出HPV82型；在被检测的5个低危HPV-DNA亚型中依次为HPV43(38.13％,151/396)、HPV42(22.22％,88/396)、HPV81 (20.45％,81/396)、HPV6(11.87％,47/396)和HPV11 (7.32％,29/396)型.不同年龄段人群HPV阳性率差异有统计学意义(P＜0.01),其中41 ～50岁年龄段人群HPV检出率高,为23.23％(749/3 224).HPV阳性者中单一亚型检出率75.71％(1 091/1 441),单一高危型检出率为61.35％ (884/1 441)；单一高危感染占单一感染81.03％ (884/1 091).多重检出率为24.29％ (350/1 441),以二重感染为常见(18.18％,262/1 441),其中以二重高危感染多达151例(10.48％)；二重感染占多重感染74.86％ (262/350)；三重及四重以上检出率分别占多重感染20.29％ (71/350)和4.89％ (17/350).在各年龄段妇女人群中,41 ～50岁年龄段单一感染检出率为17.80％ (574/3 224),高于其他组别,差异有统计学意义(x2 =20.18,P＜0.05).结论 陕西地区高危型HPV感染以HPV16、58、18、33、56和52型感染比较常见,低危亚型以HPV43、42型比较常见.HPV感染高发年龄段为41 ～50岁女性.
-
非小细胞肺癌预后基因及其单核苷酸多态性的研究进展
肺癌是人类常见的恶性肿瘤之一,主要分为小细胞癌(SCLC)及非小细胞癌(NSCLC)两大类,其中NSCLC约占80％～ 85％.2008年肺癌在全世界的发病率(17％)和病死率(23％)已跃居所有恶性肿瘤榜首[1].2010年美国新发肺癌有22万,超过15万人死于肺癌[2].在我国所有恶性肿瘤中肺癌的病死率增长速度快[3].对于肺癌的发生、发展及转归,各个地区、不同人种有很大差异,提示遗传或变异可能是其中的原因之一.人体中99.9％的基因在不同个体中是一样的,仅存在0.1％的差异,这些差异大部分是基因单核苷酸多态性(SNP).目前,随着肺癌SNP的单体型图谱构建完成和高通量基因分型技术的发展,肺癌遗传个体化研究成为了可能,这为将来肺癌患者的个体化预防、治疗提供了技术条件.
-
CYP2C19显色型基因芯片的研究
目的：提供一种基于显色原理的 CYP2C19基因芯片诊断方法。方法采用碱性磷酸酶促显色原理设计制备固定有*2、*3检测探针的 CYP2C19基因芯片，通过 EDTA抗凝外周血样本提取基因组 DNA，PCR扩增 CYP2C19*2、*3突变片段并与芯片在43℃杂交，经洗涤、显色后扫描获取图像，经软件分析输出基因型并对基因芯片性能进行系统评价。结果 CYP2C19显色型基因芯片检出限为20 ng基因组 DNA；与基因组 DNA同等浓度鱼精 DNA检测信号阴性；用*2/*2、*1/*3基因型样本重复检测10次，结果一致；常见浓度的甘油三酯、总胆固醇、胆红素和完全溶血对测定没有影响。临床三家医院临检实验室对1000例临床样本的检测与双向测序方法比对验证，结果一致。结论为高通量基因诊断产品的产业化提供了一种实用的技术选择。
-
绵阳地区79株结核分枝杆菌的基因型特征研究
以数目可变串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)为分子标识而建立的多位点数目可变串联重复序列分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)技术由于操作简便、特异性好、重复性高、分辨率强、数字化结果易于比较,已广泛用于各地结核分枝杆菌基因分型的研究.由于不同VNTR位点及其组合具有地区差异性,各国学者都致力于研究适合本地区的VNTR位点组合.本研究采用MLVA基因分型技术,选取国际上通用的15个VNTR位点,对绵阳地区的结核分枝杆菌进行了基因分型研究.
-
载脂蛋白E基因分型方法学进展及其临床意义
载脂蛋白E(ApoE)在胆固醇和甘油三酯的代谢中具有重要功能.其两个常见单核苷酸多态性(SNP)位点,形成了ε2、ε3和ε4三种等位基因和6种基因型:ε2/ε2,ε3/ε3,ε4/ε4,ε2/ε3,ε2/ε4,ε3/ε4.不同基因型与高脂血症、动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)、阿尔茨海默病(AD)的患病风险密切相关,同时还影响他汀类药物的降脂效果.因此ApoE的基因分型在临床上具有重要意义.初人们通过ApoE蛋白电泳表型分析推断其基因型,到近期快速、准确和便捷的ApoE基因分型方法不断被推出.ApoE基因分型的方法学评价对其临床具有参考价值.
-
高分辨熔解曲线分析在遗传病分子诊断中的应用
高分辨熔解曲线分析（ HRM）技术基本原理为：DNA饱和荧光染料加入PCR反应体系，在一定的温度范围内将PCR扩增子进行加热变性，专业仪器检测变性双链DNA荧光信号并绘制熔解曲线，根据不同熔解曲线形状来区分野生型和杂合突变型。 HRM技术因其简单易行、准确快速、低成本，周期时间短、高通量等优点而广泛应用于基因突变扫描。此外，与其他突变筛查方法相比， HRM实现真正的闭管操作， PCR 结束后直接运行高分辨熔解分析，使HRM 技术更加方便易行。HRM技术是应用于突变筛查、基因分型等的遗传学分析新技术。（中华检验医学杂志，2017，40：146－148）
-
HCV基因分型进展及临床意义
HCV基因分型广泛应用于分子流行病学研究、病毒起源及进化分析、慢性丙型肝炎病情预测和抗病毒治疗应答.本文就近年来HCV的基因分型区域、检测方法及临床意义进行综述.
关键词： 丙型肝炎病毒 基因分型技术 IL28B宿主基因型 -
江苏省苏州市苯丙酮尿症患儿苯丙氨酸羟化酶基因突变特点
目的 探讨江苏省苏州市苯丙酮尿症(PKU)患儿苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因突变特点.方法 选择2008-2011年,于上海新华医院通过串联质朴技术、苯丙氨酸负荷试验及尿蝶呤检测确诊分型的江苏省苏州市内25例PKU患儿及其父母为研究对象,通过SNaPShot基因分型技术和二代测序(NGS)技术,检测25例PKU患儿及其父母的PAH基因的突变.采用Sanger测序验证上述2种测序的结果,并分析苏州市PKU患儿PAH基因突变特点.本研究遵循的程序符合南京医科大学附属苏州医院人体试验委员会所制定的伦理学标准,得到该委员会批准,并与患儿监护人签署临床研究知情同意书.结果 SNaPShot基因分型技术、NGS技术检测本组受试者PAH基因突变结果与Sanger测序结果一致.25例PKU患儿中,运用SNaPShot基因分型技术,共检测出PAH基因的9种突变类型,分别为Exon7-R243Q、Exon6-Y204X、Exon7 R241C、Exon5-IVS4-1、Exon12-R413P、Exon3-R11 1X、Exon7-R261Q、Exon10-W326X及Exon1 1-Y356X,PAH基因突变检出率为58.0％ (29/50).其中10例患儿可通过SNaPShot基因分型技术检测到PAH基因纯合突变或复合杂合突变,家系分析可提供100％的基因诊断信息.对另15例不能提供100％基因诊断信息的PKU患儿运用NGS技术进行检测,在其中12例患儿中检测到PAH基因复合杂合突变,家系分析可提供100％的基因诊断信息;其余3例患儿仅检测到PAH基因单位点杂合突变.运用NGS技术发现了PAH基因的另外15种突变,包括突变频率为4％的A434D、V399V和Y325X.上述2种方法对PAH基因总突变的检出率为94％ (47/50).结论 江苏省苏州市PKU患儿的PAH基因热点突变包括R243Q、Y204X、R241C、IVS4-1、R413P、R111X、A434D、V399V和Y325X.运用SNaPShot基因分型技术检测PAH基因突变,具有一定临床应用价值.
-
北京地区妇女宫颈人乳头瘤病毒感染及亚型分布情况分析
目的 探讨北京地区妇女宫颈人乳头瘤病毒(HPV)感染及其亚型分布情况.方法 采用聚合酶链反应(PCR)体外扩增和脱氧核糖核酸(DNA)反向点杂交相结合的DNA芯片技术,对920例宫颈脱落细胞标本进行HPV基因分型检测.结果 920例标本共检出HPV感染508例,总感染率为55.22％.23种亚型共检出21种,高危亚型MM4及低危亚型44未检测出;感染率居前五位的基因亚型是HPV-16238例(24.74％),HPV-11100例(10.4％),HPV-695例(9.88％),HPV-5884例(8.73％)和HPV-3375例(7.8％).单一基因型感染285例,占总感染数的56.1％;多重感染223例,占总感染数的43.9％.＜20、20～29、30～39、40～49和≥50岁五个不同年龄组阳性感染构成比分别为1.97％、25.78％、37.60％、23.43％和11.22％.结论 北京地区妇女宫颈HPV感染率较高,HPV感染高发年龄段为20～49岁性活跃阶段女性,HPV基因分型检测技术对宫颈癌预防有积极作用.
-
肌阵挛癫痫伴破碎样红纤维综合征1例并文献复习
肌阵挛癫痫伴破碎样红纤维( myoclonus epilep-sy with ragged-red fibers, MERRF )综合征是线粒体病中较少见的一种类型,国内外报道较少,典型的临床表现为肌阵挛癫痫、共济失调、肌病伴破碎样红纤维病理改变,分子遗传学检查是诊断该病的可靠手段. MERRF综合征尚无根治方法,目前广泛采用的鸡尾酒疗法对本病的发展有可能起到延缓的作用,近年来开展的基因治疗研究有望成为MERRF综合征的有效治疗手段. 本文报道北京大学第一医院儿科近期诊断的1 例 MERRF 综合征并进行了文献复习.
-
高危型 HPV 感染基因型分布及其高危因素分析
目的：了解女性高危型宫颈人乳头瘤病毒(human papilloma virus, HPV)感染基因型分布及其高危因素。方法对2013年3月—2014年7月在我院进行健康体检妇女612例取宫颈脱落细胞行 HPV 检测及基因分型,并对 HPV 阳性者行感染高危因素问卷调查,对调查结果行相关危险因素分析。结果612例中 HPV 阳性128例,其中高危型 HPV 108例(17.65%),低危型 HPV 20例(3.27%)。基因分型：高危型 HPV 基因型检出7种,低危型 HPV基因型检出5种。高危型 HPV 阳性基因型中存在单纯感染、双重感染和多重感染,其中双重感染和多重感染占44．44%。 HPV 感染高危因素问卷调查结果显示,36~45岁年龄段、有饮酒史、经济状况<1000元/月、性伴侣>1人、性生活频率>4次/月、宫颈糜烂、宫颈炎症、绝经者的 HPV 感染率显著增加(P <0．01)。高危因素 Logistic 回归分析显示,年龄、性伴侣>1人、性生活频率>4次/月、宫颈糜烂、宫颈炎症是 HPV 感染的独立危险因素。结论通过检测HPV 基因型别,可为宫颈癌高危人群的早预防、早诊断、早治疗提供重要依据。
-
下一代测序在白细胞抗原基因分型中的应用
白细胞抗原(HLA)基因位于人类第六号染色体的短臂6p21.31区,长3600 k,其多样性在器官移植和相关疾病方面扮演着重要的角色.随着聚合酶链反应(PCR)扩增技术和测序技术的应用,使HLA分型由血清学或细胞学阶段提升到分子生物学阶段.经过数十年的发展,科学家一直努力应对HLA群体大量的和不断扩大的等位基因(截止到2015年1月已有12 542个HLA等位基因)[1].这些多态性的拼接是初对编码HLA-Ⅰ类分子和HLA-Ⅱ类分子的外显子进行测序得到的.
-
漳州地区200例女性宫颈病变HPV感染基因型分析
目的：了解漳州地区女性宫颈病变人乳头瘤病毒( HPV)感染及HPV基因型分布。方法采用等离子表面振谐技术对2012年1月-2014年1月解放军175医院宫颈活检常规诊断见到异常细胞(疑似尖锐湿疣、CIN、宫颈癌)的200例标本进行HPV基因分型检测。结果200例中HPV阳性84例，总阳性率为42.0%，单一病毒感染占感染例数的79.8%(67/84)，双重(13例)及多重(4例)感染占感染例数的20.2%(17/84)；高危型阳性占总例数的38.0%(76/200)，占感染例数的90.5%；低危型阳性占总例数的15.0%(30/200)，占感染例数的35.7%。高危型阳性以HPV16型比例高，占高危型感染的39.5%(30/76)，余比例较高的型别由高到低依次为HPV81、59、52、53、58和18型；低危型阳性以HPV11型比例高，占低危型感染的50.0%(15/30)，其次为HPV54、6型。结论漳州地区女性宫颈病变HPV单一、双重及多重感染并存，基因型分布较广，但主要感染基因型高危以HPV16、81、52型为主，低危以HPV11、54、6为主，应针对高发感染的HPV基因亚型进行宫颈病变的防治。
-
山东省三地区34258例HPV感染率及基因型别分布情况
目的 了解山东泰安、济南、东营三地区女性人乳头瘤病毒(HPV)各基因型别的感染和分布情况,为山东三地区HPV分子流行病学研究提供依据.方法 回顾性分析2014年1月-2016年6月在山东省三地区就诊、筛查和体检的34 258例宫颈脱落细胞标本,采用PCR体外扩增和DNA反向点杂交相结合的DNA芯片技术,对宫颈脱落细胞标本进行HPV基因分型检测.结果 不同地区人群HPV阳性率及高危、低危、多重感染率差异有统计学意义(P＜0.01),三地区检出阳性标本:泰安地区检出阳性标本701例,占18.17％ (701/3 857),其中高危型HPV 339例,占8.78％(339/3 857,包含多重感染);低危型HPV 151例,占3.91％(151/3 857,包含多重感染),多重感染297例,占7.70％ (297/3 857);济南地区检出阳性标本1 825例,占17.86％(1 825/10 216),其中高危型HPV 1 486例,占14.54％(1 486/10 216,包含多重感染);低危型HPV 338例,占3.30％(338/10 216,包含多重感染),多重感染626例,占6.13％ (626/10 216);东营地区检出阳性标本5 607例,占27.78％(5 607/20 185),其中高危型HPV 4 431例,占21.95％(4 431/20 185,包含多重感染);低危型HPV 1 176例,占5.83％(1 176/20 185,包含多重感染),多重感染2 167例,占10.74％(2 167/20 185).23种型别均被检出,三地区HPV亚型前5位有所区别,各类型HPV感染顺位分别是泰安为HPV16、HPV52、HPV58、HPV53、HPV81;济南为HPV16、HPV52、HPV58、HPV6、HPV81;东营为HPV16、HPV52、HPV58、HPV18、HPV51,不同地区之间HPV感染率及各型别感染率差异有统计学意义(P＜0.01).结论 各地区之间女性人群的HPV感染率及HPV型别感染率存在显著差异,因此早期筛查对控制HPV的感染是预防或降低宫颈病变的有效途径.
-
鲍曼不动杆菌基因分型技术的研究进展
鲍曼不动杆菌为非发酵糖类革兰阴性杆菌,具有强大的获得耐药性和克隆传播的能力,广泛分布于医院环境,是医院内感染的重要病原菌之一.因此,建立精准、高效的鲍曼不动杆菌基因分型技术,是开展其医院内感染流行病学研究和临床防控的重要工具.本文就近年来鲍曼不动杆菌基因分型技术的研究进展进行综述,并分析比较多种基因分型技术的原理、优点、局限性及应用范围.
