首页 > 文献资料
-
辽宁省发热伴血小板减少综合征监测与病原学分析
目的 对2012年辽宁省发热伴血小板减少综合征(SFTS)流行病学特征和病原学检测结果进行分析,为临床诊断和预防控制提供依据.方法 以实验室确诊SFTS患者为研究对象,描述三间分布、临床症状体征,并对分离到的病原进行核苷酸序列分析.结果 2012年辽宁省报告的185例疑似病例中,38例实验室确诊感染SFTSV,病死率为5.26％.病例多来自丘陵地区,以中老年、农民为主,无明显性别差异;发病时间为6-10月,部分病例发病前有明确的蜱叮咬史;临床表现主要为发热(100％)、头痛(73.68％)、恶心(65.76％);血常规检查有血小板计数减少(97.37％)和白细胞计数减少(78.95％).分离到的9株SF-TSV的S、M片段核苷酸序列同源性达95％以上.结论 辽宁省是SFTS的流行地区,需提高SFTS的诊疗能力及加强对SFTS的预防控制.
关键词： 发热伴血小板减少综合征 布尼亚病毒 三间分布 序列分析 -
新疆部分地区麻疹野病毒分离与基因特征分析
目的 探讨新疆目前流行的麻疹病毒的基因型别和特征.方法 采用Vero/SLAM细胞分离培养麻疹病毒,通过反转录-聚合酶链反应方法扩增麻疹病毒N基因羧基末端456 bp片段,并对PCR产物进行序列测定和同源性分析.结果 2013-2014年新疆分离到7株麻疹病毒均为H1a基因亚型,与Shanghai-191同源性为89.5％ ～87.3％;与世界卫生组织推荐用于鉴定基因型别的6株H1基因型同源性为91.0％ ～99.3％,与目前3株流行H1a亚型同源性为97.3％ ～ 100.0％.结论 H1a基因亚型仍为新疆本土流行病毒株的优势亚型,近年来引起新疆麻疹流行的麻疹病毒基因序列存在着不同程度的差异,可能来自于不同的传播链,麻疹病毒株H1a亚型的持续传播与易感人群的累积和人口流动有密切关系.
-
广东省肇庆市2014-2015年登革病毒分子分型及初步溯源研究
目的 了解广东省肇庆市2014-2015年登革病毒(DENV)的基因型别和可能的输入来源.方法 收集登革热临床诊断病例急性期血清,对实时荧光反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测阳性标本进行病毒培养,分离株进行E基因扩增与序列测定,用Mega 5.1软件进行分子分型和系统进化树构建.结果 4 09份样品中147份实时荧光RT-PCR检测阳性(35.94％),其中2014年阳性144份(39.99％),以DENV 1(139/361)为主;2015年阳性3份(6.25％),以DENV 3 (2/48)为主.共获得22株DENV分离株,其中20株为2014年DENV 1型的genotype Ⅰ和Ⅲ,与2013-2014年广州、佛山市分离株核苷酸同源性分别为99.40％ ～ 100.00％和99.20％～100.00％,与新加坡、泰国、马来西亚和印度尼西亚分离株亲缘关系次之;2株为2015年DENV 3的genotypeⅢ,与近年新加坡和印度尼西亚分离株的核苷酸同源性为98.20％ ～99.70％.结论 广东省肇庆市2014年暴发流行的DENV 1为genotype Ⅰ和Ⅲ,可能由广州市和佛山市输入,2015年散发的DENV 3为genotypeⅢ,由佛山市输入,疫情毒株可能源于新加坡、印度尼西亚等东南亚流行株.
关键词： 登革病毒 E基因 实时荧光RT-PCR 序列分析 -
浙江省啮齿动物携带心病毒的遗传特征研究
目的 了解我国浙江省的啮齿动物携带心病毒情况,并分析其遗传特征.方法 用反转录-聚合酶链反应选啮齿动物粪便标本中的心病毒,扩增其全基因组;利用Lasergene软件分别对多聚蛋白、P1蛋白、2C+ 3CD蛋白序列与GenBank下载的序列进行同源性分析;分析其基因组与多聚蛋白的特征;利用PhyML软件构建系统发生树.结果 浙江省啮齿动物携带心病毒.毒株Ruian-Rn93-1、Longquan-Aa3-1、Ruian-Rn93-3的多聚蛋白、P1以及2C+ 3CD蛋白与心病毒B的同源性分别为71.9％ ～ 85.4％、65.2％ ～89.8％与78.3％ ～ 95.4％,属于心病毒B;毒株Wencheng-Rn416的多聚蛋白、P1以及2C +3CD蛋白与Boone心病毒的同源性分别为92.5％ 、85.3％与96.9％,属于心病毒C.系统发生分析也表明毒株Ruian-Rn93-1、Longquan-Aa3-1、Ruian-Rn93-3与心病毒B的亲缘关系近,Wencheng-Rn416与Boone心病毒的亲缘关系近.系统发育分析发现啮齿动物在心病毒的起源与进化过程中起着重要的作用,并且可能发生跨种间传播而感染人.结论 我国浙江省啮齿动物携带心病毒,并可能跨种间传播到人.
-
2009年辽宁省虫媒病毒分离鉴定
目的 调查辽宁省部分地区虫媒病毒的种类.方法 2009年8月,在辽宁省鞍山市、朝阳市、葫芦岛市和锦州北镇市采集蚊虫标本.蚊虫经分组研磨后接种C6/36和BHK-21细胞,连续3代观察细胞病变情况;对细胞病变阳性的分离物,进行抗原性检测及分子生物学鉴定.结果 在辽宁省上述4个城市共采集蚊虫3600只,主要为中华按蚊(47.2%)、淡色库蚊(26.4%)、刺扰伊蚊(18.1%)及三带喙库蚊(6.9%)等.蚊虫标本分72组进行研磨,通过组织细胞培养法,共获得2株阳性分离物,经抗原性检测及核酸序列测定证实为Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒.结论 2009年,从辽宁省鞍山地区的淡色库蚊及朝阳地区的刺扰伊蚊标本中分离到Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒.
-
2008年甘肃省部分地区虫媒病毒调查
目的 调查甘肃省部分地区虫媒病毒分布状况,为虫媒病毒病防治提供依据.方法 2008年7～8月在甘肃省嘉峪关、张掖、酒泉、白银和平凉市采集蚊虫标本,用细胞培养法分离病毒,用血清学和分子生物学方法对病毒分离物进行鉴定;利用生物信息学技术对新分离病毒的序列进行同源性和系统发生分析.结果 采集到3属280批共13 839只蚊虫标本,从中分离到6株病毒,血清学和分子生物学鉴定结果显示6株病毒(GSBY0801、GSBY0804、GSBY0810、GSBY0816、GsBY0827、GSBY0861)均为基因I型乙脑病毒.新分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,E基因核苷酸同源性为87.5%～87.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%.结论 甘肃省东部地区存在基因I型乙脑病毒的流行,流行病毒株与中国四川省乙脑病毒分离株进化关系较近.
-
2006年山西省南部地区虫媒病毒分离鉴定
目的 了解山西省南部地区虫媒病毒的种类及分布特征.方法 使用诱蚊灯捕蚊,通过组织培养法分离病毒,并对病毒分离物进行血清学和分子生物学鉴定.结果 2009年9月在山西省运城市、临汾市和阳泉市的3个标本采集点采集到3属4种共3436只蚊虫标本,从中分离到5株病毒分离物,鉴定结果显示有3株(SX0621、SX0633、SX0635)为淡色库蚊浓核病毒,其余2株分离物有待进一步鉴定.对CppDNV非结构蛋白NS1和NS2的部分核苷酸序列分析显示,3株山西省新分离株的同源性为100%;与中国其他省市的分离株同源性在99.9%～100.0%之间.系统进化分析提示所有中国分离株均位于一个相对独立的进化分支中,并且与AaeDNV的进化关系较近.结论 在山西省首次分离到淡色库蚊浓核病毒,与中国其他地区的分离株同源性较高.
-
2014年浙江省丽水市人感染H7N9禽流感病毒分离株基因特征分析
目的 测定浙江省丽水市1株H7N9禽流感病毒8个基因序列,从分子水平分析其基因特征和遗传变异特点.方法 对入感染H7N9禽流感确诊病例标本在P3实验室进行犬肾传代细胞培养;反转录-聚合酶链反应扩增病毒8个RNA片段后测定基因序列;通过生物信息学软件将8个序列与GISAID和GenBank数据库下载的序列进行多重比对和匹配,发现基因特征,分析病毒关键位点的分子变异情况,大似然法绘制系统进化树用于基因进化分析.结果 从病例标本中分离到病毒:A/Zhejiang/LS01/2014(H7N9),测序获得8个基因核苷酸全序列.HA裂解位点只包含2个碱性氨基酸,HA蛋白受体结合关键氨基酸位点发生A134T、G186V和Q226L变异;在PB2蛋白上发现E627K突变;M2蛋白上发现耐药位点S31N.LS01株HA基因与A/chicken/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)的同源性高(98.90％),NA基因与A/chicken/Changzhou/C08/2013(H9N9)的同源性高(98.60％),LS01株其他6个编码内部蛋白的基因均与禽源H9N2株高度同源(99.10％ ～99.89％).LS01株HA和NA基因与沪苏浙一带流行的H7N9禽流感病毒株位于同一亚分支,有着直接的进化关系,在相近地域有进化关系较近的禽类流感病毒存在.结论 A/Zhejiang/LS01/2014(H7N9)株8个基因序列均符合禽源H7N9亚型禽流感病毒特征,其病原基因均为禽类来源.HA裂解位点具有低致病性禽流感病毒基因特点,Q226L和E627K位点发生变异可能与其对人具有高致病力相关.
-
2013年宜春市甲型H1N1流感病毒分离鉴定及HA基因分子进化分析
目的 对2013年江西省宜春市甲型H1N1流感病毒HA基因序列及其编码的氨基酸序列进行分子进化分析,为防控甲型H1N1流感大流行和常规监测提供科学根据.方法 随机选择11株2013年宜春市疾病预防控制中心流感监测实验室分离到的甲型H1N1流感病毒毒株,提取病毒RNA,One-step RT-PCR扩增HA基因并双向测序.以世界卫生组织疫苗推荐株A/California/07/2009(H1N1)(GenBank:CY121680)和几株国内外近几年分离的流感甲型H1N1毒株的HA基因为参考序列,采用DNAStar7.0和Mega 5.0软件对HA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,绘制分子进化树,进行HA变异分析.结果 2013年宜春市11株所测甲型H1N1流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,进一步参考几株国内外近几年分离到的流感甲型H1N1毒株,HA没有发生较大变异;其HA基因序列二硫键、糖基化位点未发生变异;尽管有7株毒株同时在抗原决定簇区A区和受体结合位点130环或其附近发生单个位点氨基酸替换变异,但未形成流行病学变异新种.结论 目前的甲型H1N1流感疫苗仍对人群有保护作用,而抗原决定簇和受体结合位点的变异提示仍需要密切关注甲型H1N1流感的再次流行.
关键词： 甲型H1N1流感病毒 HA基因 序列分析 分子进化 -
云南省西北地区家畜体表蜱类形态学与分子生物学鉴定
目的 调查云南省西北地区家畜体表蜱的种类及其种群遗传进化情况.方法 采集家畜体表寄生的蜱虫,经形态学鉴定后,用PCR法扩增蜱样本的16S rDNA和ITS2基因片段,测序后进行序列分析.结果 共采集成蜱样本1 275只,经形态学鉴定为1科3属4种,其中微小扇头蜱1 263只(占99.1％),卵形硬蜱7只(占0.6％),锐跗硬蜱4只(占0.3％),未知血蜱1只(占0.1％).样品分子鉴定结果与形态学鉴定结果一致.16SrDNA序列分析显示,蜱P6与印度微小扇头蜱(EU918188)的相似性高为99.8％,与中国云南微小扇头蜱(JX051062)的相似性99.4％;蜱P2与美国卵形硬蜱(U95900)的相似性高为93.8％;蜱P1与日本锐跗硬蜱(AB105167)的相似性高为95.9％;蜱P4与澳大利亚parva血蜱(JX573136)的相似性为90.5％,与中国云南长角血蜱(JX051064)的相似性为88.7％.ITS2序列分析显示,蜱P6与来自老挝(KC503276)、中国云南(KC203364)的微小扇头蜱的相似性均为99.9％;蜱P2与日本卵形硬蜱(D88857)的相似性高为96.1％;蜱P1与日本锐跗硬蜱(AB605168)的相似性高为95.3％;蜱P4与罗马尼亚Haemaphysalis parva血蜱(FN296282)的相似性高为91.0％.结论 云南地区家畜体表存在微小扇头蜱、卵形硬蜱、锐跗硬蜱和一种与parva血蜱相关的新型血蜱.
-
长沙市2009-2012年暴发性乙型流感病毒血凝素基因特征分析
目的:了解长沙市2009~2012年暴发性乙型流感病毒血凝素基因(HA1)的变异情况以及WHO推荐的流感疫苗株对人群的保护情况.方法:采集长沙市流感暴发点流感样病例咽拭子标本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行病毒核酸提取,一步法RT-PCR扩增HA1基因片段,双向测定核苷酸序列,对HA1序列进行分析处理,并与WHO推荐的疫苗株及代表性毒株进行比对分析.结果:2009~2012年分离的乙型流感毒株分属于Yamagata系和Victoria系两个谱系,谱系内毒株间距离很近.Yamagata系毒株与代表株B/Florida/4/2006同源性极高,在97%～98%之间;Victoria系毒株与代表株B/Brisbane/60/2008同源性亦很高,在97%～99.3%之间;本次分离的两个谱系的毒株均未发现核苷酸的缺失和插入,抗原决定簇分析发现主要是单个抗原位点的改变.所有Victoria系毒株与疫苗株相比潜在糖基化位点无差异,所有Yamagata系毒株均发生D211N位点的突变,从而导致增加了一个潜在的糖基化位点NKTQ.结论:2009~2012年长沙市暴发性乙型流感病毒Victoria系与Yamagata系交替流行,抗原性与WHO推荐的疫苗株存在一定的区别,因此不能对长沙市乙型流感的暴发流行提供佳的保护.
-
海洋放线菌乙酰CoA连接酶的克隆
克隆稀有海洋放线乙酰CoA连接酶合成基因的基因片段.根据Salinispora arenicola CNS-205的核苷酸序列保守区设计两对乙酰CoA连接酶特异性引物,以其总DNA为模板,采用PCR的方法扩增得到了包含乙酰CoA连接酶的完整的基因片段,并将该片段成功插入到克隆载体pUC-18中.将重组质粒进行酶切验证并在检测机构中验证测序结果正确,成功地获得了稀有海洋放线菌Salinispora arenicola的乙酰CoA连接酶合成基因的基因片段,为进一步研究该基因的功能奠定了基础.
-
圣女果的食用价值
圣女果别名小西红柿、葡萄番茄等。一年生草本植物，属茄科番茄属，其植株高可达2米，果实有多种颜色，以红色为常见，另外还有黄色和绿色等，其果形一般为椭圆形。圣女果在国内能一年四季栽培，具有丰富的资源。圣女果是番茄大家族中的一员，但与普通番茄做对比，圣女果所含的营养物质要高的多。目前人们还存在着圣女果到底是否为番茄转基因食物的疑问。经过专家分析，圣女果并非转基因番茄，反而是原始的番茄品种，其可以由?DNA序列分析证实。随着生活水平的日益提高，人们对健康的重视也逐步增强，天然的食品越来越受到热爱。圣女果因其精制小巧且物美价廉备受人们喜爱。同时在营养价值方面，经常食用圣女果能起到促进小儿的生长发育作用；还可增强人体抵抗力、延缓衰老等。圣女果还可以当做美容水果，具有减少皱纹的作用。
-
聚合酶链反应单链构象多态银染技术检测国人先天性双侧输精管缺如患者囊性纤维化跨膜转运调节物基因突变
为了探讨囊性纤维化跨膜转运调节物(CFTR)基因在中国人先天性双侧输精管缺如(CBAVD)患者中的突变频率及热点,应用聚合酶链反应-单链构象多态(PCR-SSCP)、银染技术及PCR产物直接序列分析的方法检测了32例CBAVD患者CFT R基因第2、3、4、5、6a、8、10、11、12、13、15A、17b、19A、20、21、23外显子区域上的突变情况.结果:2例存在PCR-SSCP电泳迁移的改变,经测序确认了CFTR基因突变的性质.结论:PCR-SSCP银染技术检出中国人CBAVD患者CFTR基因突变为:ΔF508,225delC.所以此方法作为检测CFTR基因突变是可行的.
关键词： 输精管缺如 基因突变 聚合酶链反应单链构象多态 序列分析 -
hMSH2基因cDNA保守区域的T载体克隆及序列分析
目的 构建含限制性内切酶位点Pst Ⅰ、Kpn Ⅰ的hMSH2基因cDNA保守区域的pGEM-T-S载体，比较分析序列的变化，为以后的毒理学研究提供实验材料。方法 从人胚肺成纤维细胞HLF中抽提总RNA进行RTPCR扩增，直接与T载体连接后转化大肠杆菌DH5α，用蓝/白斑试验筛选阳性克隆，抽提质粒进行酶切鉴定，再行序列分析。结果 经RT-PCR获得631 bp含限制性内切酶位点的阳性产物，T载体克隆、酶切鉴定及序列分析后证实，克隆片段与genbank中该基因的序列同源性为99.5％。结论 本文成功地构建了含hMSH2基因cDNA保守区域的T载体克隆，该克隆可为DNA错配修复缺陷与致癌关系研究提供工具。
关键词： hMSH2 RT-PCR T载体 序列分析 -
塞替派诱发人支气管上皮细胞恶性转化过程中的基因突变(二)
目的观察抗癌药物塞替派诱发永生化人支气管上皮细胞恶性转化过程中相关基因的突变并分析其意义.方法以塞替派作为致癌原诱导永生化人支气管上皮细胞(BEAS-2B),获得转化细胞(BEAS-TE)和克隆化多倍体癌前转化细胞(BEAS-STE).采用PCR-SSCP法检测上述3种细胞p53、p16和Ki-ras 3种基因是否出现点突变,进一步测序确定其突变情况.结果 SSCP结果阳性的有BEAS-TE细胞p53第7外显子,BEAS-STE细胞p53第8外显子以及这二种细胞的p16基因第1外显子;Ki-ras基因第1外显子的结果仅为可疑阳性.测序证明,p53、Ki-ras基因存在多位点的碱基突变,而p16基因仅为单位点的碱基突变.结论塞替派可诱发人支气管上皮细胞p53、Ki-ras多位点的碱基突变和p16的单位点突变.分析前者为塞替派诱导细胞转化过程中发生的重要分子事件,后者是次要分子事件.
-
hPARP-1基因cDNA翻译起始区域的T载体克隆
目的克隆及构建含限制性内切酶位点BamHⅠ、SacⅠ的人聚腺苷二磷酸核糖聚合酶-1(hPARP-1)基因cDNA翻译起始区域的pGEM-T-S载体,为以后的亚克隆和毒理学研究提供实验材料.方法采用RT-PCR方法,用正常人胚肺成纤维细胞(HLF)抽提的总RNA逆转录成cDNA,再以cDNA为模板,扩增hPARP-1基因片段,并直接与T载体连接后转化大肠埃希菌DH5α,用蓝(白)斑试验筛选出阳性克隆,抽提重组质粒并进行PCR及酶切鉴定,再行序列分析.结果经RT-PCR获得507 bp含限制性内切酶位点的阳性产物,T载体克隆、PCR及酶切鉴定和序列分析后证实,克隆片段与Genbank中该基因的序列同源性为99.9%.结论该实验成功地构建了含hPARP-1基因cDNA翻译起始区域的T载体克隆,为亚克隆及缺陷细胞株的建立提供工具.
-
HPV16致癌分子机制的研究进展
人乳头瘤病毒(Human papillomaviruses,HPV)是一类分子长度大约为8 kb左右的小分子环状双股DNA病毒.通过DNA序列分析,至今已发现人乳头瘤病毒大约有70多型,不同型HPV常常分布于不同组织的上皮表面,大约有20多型HPV嗜好感染粘膜上皮,特别是生殖道的粘膜上皮[1].
-
河南省2006～2008年吸毒人群HIV-1分子流行病学调查
目的 了解河南省吸毒人群HIV-1的亚型分布及流行特征.方法 采集27例HIV-1抗体阳性的吸毒者外周血单个核细胞(PBMC),应用套式聚合酶链反应(PCR)对其核酸样品进行扩增并测序,对其env基因C2-v3段及邻近350～450个核酸序列进行比较分析.结果 27份血样中,6份为BC重组亚型,其中4份为CRF07_BC,2份为CRF08_BC.与国际参考株(CRF07-BC.CN.97.CN54A.CRF08-BC.97CNGX6F.接近.21份为泰国B(B')亚型,与国际参考株RL42接近.结论 河南省吸毒人群感染的HIV-1以在中国中部地区献血人群中流行的泰国B(B')亚型为主,也存在主要以性传播途径感染的人群中流行的BC重组亚型.
-
肠炎沙门菌多位点序列分型技术的研究
目的 研究肠炎沙门菌菌株间的分子特征,建立了分子流行病学研究方法--多位点基因序列分型技术(MIST),并对食品中的肠炎沙门菌分离株进行分型研究.方法 选择肠炎沙门菌的6个管家基因thrA、purE、sucA、aroC、heroD、dnaN及一个特异性的DNA标记sdfI作为目标基因.对上述基因分别进行PCR扩增及产物测序,用sequencer2.0软件对测序结果进行分析、比对核苷酸的差异.同时,将肠炎沙门菌株与GenBank中鼠伤寒沙门菌LT2相应的基因序列进行比较.结果 在肠炎沙门菌标准菌株50041和18株食品分离株之间,6个基因PER产物范围内的近60000个核苷酸序列完全相同,未观察到同一血清型内的基因突变.而与LT2相比,基因产物发生了1到6个点突变.在对SdfI的核苷酸序列比较研究中发现,肠炎沙门菌标准菌株与食品中分离株SdfI的核苷酸序列与GenBank中该序列的碱基对比,发生了C182T的点突变.即MLST技术揭示了在同一血清型内各菌株管家基因碱基序列的高度保守.结论 MLST方法适用于不同血清型沙门菌株间的分型研究,而不适于同一血清型的菌株分型.
