首页 > 文献资料
-
结核病患者血清可溶性肿瘤坏死因子受体Ⅰ水平与DNA芯片研究
目的探讨结核病(TB)患者血清肿瘤坏死因子(TNF)的可溶性受体(sTNFRⅠ)水平与细胞模型转录谱研究中肿瘤坏死因子受体Ⅰ水平的关系.方法用ELISA法检测37例TB患者及25名正常人血清中sTNFRⅠ水平.用DNA芯片分析结核分枝杆菌感染前后人巨噬细胞TNFRⅠ的表达水平.结果①37例TB患者的sTNFRⅠ浓度均高于正常对照组(x±s值分别为1 080.4±174.1 ng/L和653.2±65.3 ng/L,P＜0.05).②DNA芯片研究发现,感染临床分离菌株后,巨噬细胞的TNFRⅠ的转录表达提高2倍,感染无毒株的巨噬细胞没有检测到TNFRⅠ的表达变化.结论 TB患者血清s TNFRⅠ为高水平,而且与利用DNA芯片在转录水平研究结核分枝杆菌-巨噬细胞模型得到的数据有相关性.这提示,DNA芯片研究结核分枝杆菌-巨噬细胞模型的结果对临床检测有一定的预测性.
-
DNA芯片技术的发展及在预防医学、毒理学和药物开发研究中的应用
DNA芯片技术是近年发展起来的又一新的分子生物学研究工具,可使研究者得以自动化、快速、平行地对大量的生物信息加以分析,在基因组水平上研究基因表达.在预防医学研究中,通过比较组织细胞基因的表达谱差异,可以发现新的可能致病基因或疾病相关基因,可以用以监测有害微生物的传播,流行病和传染病的扩散.在遗传毒理学研究中,利用这项技术开发的ToxChip可使研究人员快速、方便、高效地探讨环境危害对人类的影响、确定致癌剂的存在及其作用机制.与此同时,这项技术也为新药的研制与开发开辟了一条崭新的道路.
-
DNA芯片在血液系统疾病中的应用研究
DNA芯片是近年发展起来的一项前沿生物技术，根据DNA芯片表达结果，不仅可精确作出肿瘤的分子分型，还可以识别出以前未知的新的肿瘤亚型，已应用于血液系统常见的恶性肿瘤白血病、淋巴瘤的分子病理分型、诊断的研究。利用DNA芯片还可以检测白血病、淋巴瘤的功能相关基因，并探寻恶性血液病新的治疗靶基因。应用寡核苷酸芯片测序和测变异技术，可以大规模地检测遗传性疾病的突变基因，可用于遗传性血液病的诊断。
-
利用DNA芯片技术高效合成Ostreococcus Tauri叶绿体基因组
目的:21世纪以来,随着合成生物学的高速发展及其所遇到的问题,开发下一代DNA合成技术已经成为了必然趋势.基因芯片技术和DNA大片段组装技术是建立下一代DNA合成平台的关键技术力量.方法:为了开发具有工业化标准的DNA芯片-基因组合成平台,我们首次利用电化学DNA芯片和DNA大片段组装技术合成了72kb的Ostreococcus tauri的全叶绿体基因组.结果:首先,我们使用电化学DNA芯片合成仪合成了564条150bp的Oligo Mix,并成功扩增分离了其中96％的Oligo序列,剩下的基因组序列是通过传统的固相亚磷酰胺三脂合成法合成.在此基础上,我们利用DNA重组技术将564条150bpOligo片段分三步克隆到了一个pGSYN系统.通过高通量测序,我们证实叶绿体基因组被成功地人工合成.整个合成成本大约是目前传统基因合成成本的10％-20％.结论:研究证实基因芯片技术和DNA大片段组装技术的应用是能够明显的降低现阶段基因组合成工艺的成本.新技术的成熟推广和成本的有效控制也会进一步加速科学家对基因组功能的深入研究以及合成生物学的质的飞跃.
-
基因表达芯片：21世纪疫苗设计的工具
DNA微阵列技术能快速有效地同时进行大规模核酸杂交实验，对宿主-病原体的相互作用进行研究，其优势在于了解与疾病有关的基因型的表达类型，接触某种刺激引起的不良反应，预测对特定抗原的免疫应答，终对多基因突变和表达序列进行综合分析，用于新药及新疫苗的设计。
-
DNA芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变
目的 建立快速检测结核分枝杆菌利福平(RFP)耐药rpoB基因突变的DNA芯片.方法 从34株临床痰样本中提取结核分枝杆菌的基因组DNA,采用聚合酶链反应(PCR)扩增含有rpoB基因突变位点的特异DNA片段,荧光标记后与芯片上含有特异突变位点的寡核苷酸探针进行杂交,同时与DNA测序法比较.结果 用DNA芯片检测出19株耐药株和15株敏感株,且结果与DNA测序相同,准确率可达88.2%,敏感性为78.9%,特异性为100.O%.结论 DNA芯片快速检测结核分枝杆菌对RFP的耐药rpoB基因突变是一种操作简便、准确性、敏感性和特异性较高,且易于开展的方法.
-
Tesmin基因在小鼠睾丸中的表达分析
目的 研究Tesmin基因的表达特点值.方法 将4d、9d、18d、35d、54d和6月龄小鼠睾丸组织提取RNA,通过RT-PCR分析差异表达基因Tesmin在小鼠睾丸不同发育阶段中的表达.结果 基因芯片结果显示4d、9d、18d、35d、54d和6月龄小鼠睾丸中分别是31.4(A)、34(A),1292(P)、865.6(P)、977.2(P) 和830.7(P),代表Tesmin基因在4d,9d小鼠中无表达,18d龄后开始高表达,RT-PCR结果表明小鼠Tesmin基因在小鼠9d龄及之前的睾丸中没有表达,在18d龄后睾丸中开始高表达,与基因芯片分析结果相一致.结论 Tesmin基因为小鼠年龄依赖性表达基因,小鼠Tesmin基因的表达与小鼠精子发生有很强的一致性,推测该基因可能在精子发生中起重要作用.
-
ACC-M与ACC-2细胞差异表达基因的研究
目的对人唾液腺腺样囊性癌肺高转移细胞株(ACC-M)和肺低转移细胞株(ACC-2)差异表达的部分基因进行克隆和蛋白表达研究.方法应用cDNA基因表达谱芯片,对ACC-2及ACC-M细胞所检测的基因差异表达数据,结合NCBI和生物信息学软件分析技术,利用RT-PCR方法,克隆ACC-2和ACC-M表达有显著差异基因的EST,将得到的EST重组至质粒PET-24a-d(+)中,构建表达质粒;质粒转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导后表达目的蛋白.结果克隆了RAB7L1、h4F2hc、G8、L6、K1AA0119共5个差异表达基因,成功构建表达载体,EST测序结果与GeneBank对照一致,5个EST均可表达目的蛋白.结论从ACC-2和ACC-M细胞差异表达基因中,可克隆到能够表达目的蛋白的新基因,这些基因可能与腺样囊性癌转移表型产生有关.
-
DNA芯片在乙型肝炎病毒基因突变分析中的应用
目的:探讨DNA芯片在乙型肝炎病毒基因突变分析中的应用及临床意义.方法:应用聚合酶链反应扩增乙型肝炎患者血清中HBV DNA,采用膜显色DNA芯片法检测HBV DNA前C区1896位,基本核心启动子区(BCP区)1762、1764位,P区528、552位突变.结果:未接受抗病毒药物拉米夫定治疗的6例HBsAg+、HBeAg+、HBeAb-的患者血清中未检测到病毒变异,13例HBsAg+、HBeAg-、HBeAb+的患者中检测到前C区1896位变异9例,BCP区1762、1764位变异11例,13例HBsAg+、HBeAg+、HBeAb+的患者中检测到前C区1896位变异4例,BCP区1762、1764位变异13例,未检测到P区基因变异;15例接受拉米夫定治疗48周后的HBV DNA阳性患者中,检测到前C区1896位变异5例,BCP区1762、1764位变异6例,P区528位变异2例,P区552位YVDD变异4例,YIDD变异7例.结论:前C区1896位、BCP区1762、1764位突变较多的出现在HBeAb+的患者中并与HBeAg的阴性表型相关,BCP区1762、1764位突变与HBeAg/HBeAb血清转换密切相关,而P区528、552位突变更多的出现在接受拉米夫定治疗后的患者中,与拉米夫定耐药相关;膜显色DNA芯片法用于乙型肝炎病毒基因突变分析,简便、快速、特异性好,适合临床推广应用.
-
DNA 芯片--逆向点杂交技术
自1995年斯坦福大学的Schena M 和Brown PO 等[1] 发表第1篇基因表达阵列芯片以来,国内外兴起了一股微点阵(microarrays)技术--DNA芯片大浪潮.DNA芯片技术的开发与应用已在世纪末为研究AIDS、癌症过程、某些疾病诊断、基因治疗、新食品开发、新药研制及生命科学开辟了一条全新的璀璨大道.虽然,目前就预言芯片技术对于生命科学所造成的冲击可能为时尚早.但是,可以展望在不久的将来,DNA芯片技术可以取代DNA自动化测序,广泛应用于新药研制和代替PCR技术对疾病做出诊断.从这个意义上说,微点阵技术完全可以与单克隆抗体(McAb)技术、PCR技术、重组DNA技术相媲美,从而成为21世纪生命科学研究的主要手段.
-
地高辛标记引物酶显色法检测HBV基因多态性及应用
目的建立地高辛标记引物酶显色法,用于DNA芯片检测HBV基因多态性,并对实验条件进行优化.方法用地高辛标记引物进行HBV DNA前C/C区和P区双重PCR,制备含地高辛标记的DNA样品目的片段,并将目的片段杂交于含HBVDNA核苷酸序列野生型及突变型探针的DNA芯片上,用抗地高辛抗体-碱性磷酸酶进行显色,并转印于尼龙膜上,后用光学扫描仪读取结果.结果通过一次杂交反应同时获取HBV DNA前C/C区(1 896、1 814)、BCP区(1 762、1 764)和P区(552)位点的信息.杂交温度与时间为42℃1 h、酶作用和显色时间分别为30 min和45 min时结果较理想,采用高盐浓度洗涤获满意杂交信号,批内CV均在15%左右,敏感度为2.0×103拷贝/ml.50例乙型肝炎患者突变率52.0%(26/50),以上各位点突变率分别为34.0%、22.0%、38.0%、38.0%、4.0%.结论地高辛标记引物酶显色法用于芯片检测HBV基因常见位点多态性,简便易行,试剂成本显著降低,不需特殊设备,易于临床推广应用.
-
环介导恒温扩增技术研究进展
环介导恒温扩增技术(LAMP)是2000年由日本学者开发的一种新型核酸体外扩增技术.LAMP不仅广泛应用于细菌、病毒、寄生虫等病原微生物检测,而且可以进行单核苷酸多态性分析.LAMP具有灵敏度高、特异性好、可定量分析、反应时间短、操作简单等优点,特别适合在基层实验室推广应用.随着LAMP技术的不断进展,其在标本前处理、引物设计、产物的特异性可视化检测方面也日臻完善.
-
DNA芯片在男科学研究中的应用
本文简要回顾了芯片的发展历史,介绍了DNA芯片分析的基本过程及面临的主要挑战,并重点综述了DNA芯片在以睾丸、生精细胞、附睾和精液为研究材料的男科学研究中的新进展,以期对采用DNA芯片技术进行男科学研究有一定的指导作用.
-
伤寒沙门菌基因组DNA芯片基因表达谱分析技术的建立与优化
目的: 建立和优化基于伤寒沙门菌全基因组DNA芯片的基因表达谱分析技术.方法: 提取伤寒沙门菌野生z66阳性菌株总RNA,以6,9核苷酸随机引物(N6、N9)和(或)基因组特异引物(GDP)反转录合成cDNA,用荧光素Cy5或Cy3直接掺入标记后,与包括伤寒沙门菌4201个蛋白编码基因的伤寒沙门菌全基因组芯片杂交,用芯片扫描仪扫描后获得表达谱分析结果,经过数据标准化处理后进行分析.结果: 采用N9+GDP混合引物,直接掺入法标记时,既能获得较好标记效果,又能节约试剂成本,同时可减少繁琐步骤所引起的不必要失误.结论: 建立的基于伤寒沙门菌基因组DNA芯片的基因表达谱分析技术,为细菌的基因表达调控及功能基因组学研究提供了平台.
-
乙肝病毒基因多态芯片酶联分析法及其临床应用
目的:建立生物素一亲和素系统酶呈色方法用于DNA芯片检测乙型肝炎病毒基因多态性及临床应用.方法:针对HBVDNA多个常见点突变位点,设计多条寡核苷酸探针,用点样仪将其固定于硅烷化芯片的特定位置上,经与PCR扩增的HBV基因相应区段杂交,杂交结果影印至硝酸纤维素膜,经BCIP/NBT避光显色,根据特定位置上杂交信号的有无和与之相应的探针序列来判定基因突变的类型.结果:通过一次杂交反应可检测HBV前C/C区(nt1896/1814)、BCP区(nt1762/1764)和P区(aa528/552)等多个位点的变异,与测序分析结果符合率97%,具有较好的检测灵敏度和重复性.156例乙肝患者HBV基因前C/C及BCP区检出基因突变70例(阳性率44.9%),在127例慢性肝炎组检出突变60例(47.2%)、22例肝炎硬化组检出突变8例(36.4%).结论:酶呈色法DNA芯片检测HBV基因常见突变位点多态性,操作简便易行,节省昂贵试剂与设备,具有临床推广应用价值.
-
基因芯片检测HBV DNA聚合酶区基因多态性
目的:建立基因芯片检测HBVDNA聚合酶区基因多态性.方法:PCR扩增HBVDNAP区nt455～796片断,与预制的基因芯片杂交,运用激光共聚焦荧光检测系统扫描芯片分析基因突变类型.结果:芯片检测HBVDNAP区变异具有较好的特异性和准确性;初步应用显示:慢性乙肝组nt528和nt552位点突变率分别为8.6%和9.6%,而无症状肝炎组和重症肝炎组突变率均为0;拉米夫定治疗组与非拉米夫定治疗组比较,nt528突变率分别为10.5%和8.1%,nt552突变率分别为15.8%和8.1%.结论:HBV DNA聚合酶区基因多态性分布与病情轻重无关,而与病程慢性迁延有关;拉米夫定在耐药突变中发挥了重要作用;基因芯片检测乙肝患者耐药基因有其临床应用价值.
-
组织芯片技术在病理学中的应用
组织芯片(tissue microarray)是在cDNA微阵列的基础上发明的一种特殊的生物芯片.其原理是根据不同需要,利用特殊的仪器,将组织高密度的排列在固相载体上,用各种酶、基因、寡核苷酸、抗体与之进行杂交或标记染色,以研究目的基因或基因产物在不同组织中的特异表达.组织芯片的应用广泛,特别是对肿瘤易感因素的判定、特殊基因和抗体的筛选,临床早期诊断和治疗方案的制订及预后的判断都具有重要的意义.与传统的病理研究方法相比,组织芯片具有体积小、信息含量高、并可根据不同的需要进行组合和设计的特点.对某些基因和蛋白质与疾病关系的研究、疾病相关基因的验证、新药的开发与筛选、疾病的分子诊断、治疗过程的动态观察和预后的判断等方面具有重要的实际意义和广阔的市场前景.
-
DNA芯片检测乙型肝炎病毒基因型
目的 制备检测HBV基因型的DNA芯片并进行杂交验证.方法 设计多条HBV分型寡核苷酸探针,固定于醛基基片的特定位置,制备成芯片,采用酶呈色技术(BCIP/NBT显色)检测杂交信号,进行杂交验证分析.结果 106例临床样本均测出基因型,其中B型37例,C型69例;对所有样本进行测序分析,结果与芯片杂交一致,杂交的灵敏度和重复性等指标均佳.结论 DNA芯片检测HBV基因型,操作简便易行,技术要求不高,适于临床推广应用.
-
肿瘤的分子诊断及其研究进展(综述)
肿瘤的发生从遗传学角度上来说是一种基因病.在分子水平上,肿瘤的发生常涉及多基因参与,是一个多阶段、多 步骤的复杂的生物学过程.而肿瘤分子诊断则是伴随细胞分子生物学理论和技术迅速发展而产生的一种新型诊断 技术,并已日趋完善,尤其是 DNA芯片技术、 DNA生物传感技术的研究,其前景更是令人瞩目的.可以预见,随着肿 瘤分子诊断水平的提高,人类将终认清肿瘤的本质并攻克肿瘤.
-
DNA芯片鉴定分枝杆菌的研究
目的 评价DNA芯片技术鉴定分枝杆菌菌种的应用价值,为临床实际应用提供科学依据.方法 收集以BACTEC MGIT 960从结核病患者分离到的分枝杆菌阳性培养物,以传统分枝杆菌菌种鉴定方法为对照,应用DNA芯片技术进行菌种鉴定.结果 两种方法鉴定结果一致和基本一致共112株,吻合率为83.6%(112/134),包括胞内分枝杆菌50株,龟分枝杆菌14株,结核分枝杆菌14株,戈登分枝杆菌9株,鸟分枝杆菌7株,偶然分枝杆菌7株,堪、瘰、胃和猿分枝杆菌6株,土分枝杆菌和海分枝杆菌各1株;未分类NTM3株.应用DNA芯片未能分类的17株分枝杆菌中,传统方法分别鉴定为戈登分枝杆菌5株、胞内分枝杆菌3株、龟分枝杆菌2株、蟾分枝杆菌、耻垢分枝杆菌和浅黄分枝杆菌各1株,未分类NTM 4株.结论 用DNA芯片检测技术,可以简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,但有待进一步完善.
