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陕西籍汉族造血干细胞献血者HLA-A、-B、-DRB1高分辨多态性分析
目的 调查中国陕西籍汉族人群HLA-A、-B、-DRB1高分辨等位基因多态性及其分布特点.方法 采用PCR-SBT方法对随机抽取的518名陕西籍汉族人的HLA-A、-B、-DRB1基因作高分辨检测,并用大似然性方法分析其分布频率.结果 在518名中国陕西籍汉族个体中可观察到的高分辨等位基因HLA-A有32个,-B有42个、-DRB1有41个.HLA-A高频等位基因为HLA-A* 02 (28.38％),以0201、0206和0207常见；HLA-A*11 (21.04％),以1101常见；HLA-A* 24( 14.86％),以2402常见.HLA-B高频等位基因为HLA-B* 15( 15.06％),以1501、1511、1502常见；HLA-B* 40( 13.9％),以4001、4006、4002常见；HLA -B*13( 10.91％),以1302常见.HLA-DRB1高频等位基因为HLA-DRB1* 15( 16.70％),以1501常见；HLA-DRB1* 09( 12.93％),全部为0901；HLA-DRB1 *07( 12.45％),全部为0701.HLA-A,-B,-DRB1基因观察到A-B、B-DRB1和A-B-DRB1单体型分别为518条、675条和2 375条,单体型分别占理论数的38.54％ (518/1344)、39.20％ (675/1 722)和4.31％ (2 375/55 104).HLA-A-B-DR单体型前5位是:A* 3001-B*1302-DRB1 *0701 (4.51％)、A*0207-B*4601-DRB1 *0901( 1.81％)、A*3303-B*5801-DRB1* 0301(1.25％)、A*1101-B*1502-DRB1* 1202( 1.23％)、A*0101-B*3701-DRB1* 1001(1.15％),占全部3座位单体型频率的9.95％.结论 陕西汉族基因频率分布符合北方群体特征,但也有其自身的特点.
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四川骨髓库四川籍汉族人群MICA等位基因分布
目的 研究四川骨髓库四川籍汉族志愿者MICA等位基因分布特点.方法 采用PCR-SBT和PCR-SSP方法,对四川骨髓库119名无关汉族志愿者标本作MICA等位基因分型和MICA基因缺失型分析.结果 共检测到13种已知MICA等位基因和2种新MICA等位基因,频率依次为MICA*010(25.2%)、MICA*008∶01/04(23.1%)、MICA*002∶01(16.0%)、MICA*019(10.5%)、MICA*012∶01(8.8%)、MICA*049(4.2%)和MICA*009∶01(3.8%),这7种等位基因占所有MICA等位基因的91.6%.与浙江汉族相比,仅MICA*027分布的差异有统计学意义(P<0.05);与内蒙古汉族、韩国人、美国白人及非洲裔美国人相比,MICA*004和MICA*019分布的差异有统计学意义(P<0.05).所发现的3例2种MICA新等位基因,巳被世界卫生组织HLA因子命名委员会分别命名为MICA*064N和MICA*010∶02.连锁不平衡分析发现,四川骨髓库汉族人群中B*1301-MICA*045,B*4801-MICA*Del紧密连锁;常见的4位点单体型是A*0207-B* 4601-MICA*010-DRB1*0901.结论 四川籍汉族人群MICA等位基因表现出较丰富的多态性,具有其自身的特点.
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人类血小板抗原-15系统PCR-SBT分型技术的建立
目的 建立人类血小板抗原(HPA)-15系统的分型方法,并应用于血小板供者库的HPA基因定型法采用本研究合成的引物及G & T公司的商品化试剂盒,应用PCR-SBT技术对200名随机的汉族血小板捐献者进行HPA-15系统基因分型,采用第14届ISBT血小板协作组提供的10份质控标本以及德国Inno-train公司提供白质控样品作为平行对照,进行验证.结果 200名汉族血小板志愿捐献者HPA基因频率为HPA-15a0.430,HPA1560.570;基因分型结果与ISBT公布的结果及Inno-train公司提供的质控样品的结果完全一致.结论 所建立6HPA基因PCR-SBT分型技术具有高分辨率、高通量、高精确度、能直接发现新的等位基因等特点,具有广泛的应用前景.
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中国南方汉族人群HLA-A、B、DRB1基因的序列分析和单体型分布
目的 分析中国南方汉族人群HLA-A、B、-DRB1基因的序列多态性和单体型的分布情况.方法 PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对421名随机南方汉族个体的HLA-A、-B、-DRB1基因进行序列分析,进而采用大似然性方法计算等位基因和单体型的分布频率.结果 26个HLA-A等位基因中,频率>0.05的6种常见等位基因A~* 1101、A~* 2402、A~* 0207、A~* 0201、A~* 3303和A~* 0203的频率总和为78.15%;53个HLA-B等位基因中,频率>0.05的5种常见等位基因B~* 4001、B~* 4601、B~* 5801、B~* 1502和B~* 1301的频率总和为50.59%;36个HLA-DRB1等位基因中,频率>0.05的7种常见等位基因DRB1~* 0901、DRB1~* 1501、DRB1~* 1202、DRB1~* 0803、DRB1~* 1101、DRB1~* 0405和DRB1~* 0301的频率总和为60.21%.372条A-B、494条B-DRB1和1 658条A-B-DRB1 单体型中,分别有39、43和26条单体型,频率>0.005,其频率总和分别为66.07%、58.91%和34.30%,A~* 0207-B~* 4601、B~* 4601-DRB1 ~* 0901和A~* 0207-B~* 4601-DRB1 ~*0901分别为其主要单体型.结论 获得了中国南方汉族人群HLA-A、B、-DRB1基因的高分辨等位基因频率和单体型分布数据,进一步为人类学、法医学、移植配型和疾病相关研究提供了信患.
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MICA基因多态性与乳腺癌的相关性研究
目的 研究主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关蛋白A(MICA)基因多态性与乳腺癌的相关性.方法 采用PCR-SBT方法分别对85例确诊为乳腺癌的患者和100例健康献血者的MICA基因外显子2-6的多态性进行分析,采用SPSS17.0软件对病例组与对照组的MICA等位基因分布频率进行差异的统计学分析.结果 乳腺癌患者MICA* 010:01基因频率((27.6％ vs12％,Pc ＜0.05,OR=2.802[CI:1.628-4.823])和MICA* 049基因频率(10％vs2.0％,Pc ＜0.05,OR =5.444,[CI:1.795-16.513])明显高于健康对照组,差异有统计学意义;而MICA*008:01频率明显低于对照组(17.1％ vs36％,Pc ＜0.05,OR=0.366,[0.223-0.599]),差异有统计学意义.结论 MICA基因多态性与乳腺癌的发病存在相关性,MICA*010:01,MICA* 049可能是乳腺癌的易感基因,而MICA* 008:01则可能是保护性基因.
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基于Illumina Miseq测序技术的8000份标本HLA分型检测结果分析
目的 利用Illumina Miseq二代测序(NGS)技术进行HLA分型工作并分析其结果的准确性.方法 利用Illumina Miseq二代测序技术,对8 000人份血液标本进行HLA-A,HLA-B和HLA-DRB1位点的分型工作.为验证二代测序技术的准确性,同时选取1 000人份血液标本进行一代测序(PCR-SBT)分型实验,比较两种测序方法所得分型结果.结果 分型结果显示PCR-NGS HLA分型技术获得的数据与一代测序PCR-SBT技术数据完全吻合,且利用NGS测序技术的8 000人份标本中高分辨率结果7 908份(含G族1 058人份),中分辨率结果92份,高分辨率比例达到98.85％.结论 利用NGS测序技术进行HLA分型可以大大减少实验工作量,提高高分辨率结果比例,更容易对罕见型和新等位基因进行鉴定,在工作量大,时间紧迫时相对于传统的一代测序分型有明显优势.
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湖北骨髓库汉族人群HLA-B* 15多态性分析
目的 检测湖北骨髓库汉族捐献者HLA-B* 15高分辨基因型,了解其基因频率和基因多态性分布特点.方法 采用PCR-SBT的分型技术,对3 325名汉族捐献者进行HLA-B高分辨基因分型;基于等位基因频率,采用Hi-erarchical Clustering算法对各人群进行聚类分析.结果 3 325例分型结果中,HLA-B分布符合Hardy-Weinberg平衡定律.共检出16种HLA-B*15等位基因和8种血清学特异性,基因频率排在前5位的是:B* 15∶01 (0.047 67),B*15:02(0.045 56),B* 15∶11 (0.016 09),B* 15∶ 18(0.009 92),B* 15∶ 27(0.009 32).在B* 15等位基因家族中,表达B62抗原的B*15等位基因多态性强,共检出7种等位基因,共占47.15％;表达B75抗原的等位基因B* 1502、B* 1511和B*1521共占41.85％.我国南方和北方汉族人群在基因频率上存在显著的差异.如等位基因B*15∶02的频率在北方和南方人群中分别为0.017 8和0.096 69.尽管湖北汉族与我国南方汉族聚为一族,但在基因频率上表现出从北到南的过渡形态.结论 在湖北骨髓库汉族捐献者中HLA-B*15等位基因水平表现出丰富的多态性和特有的分布特征;湖北汉族具有典型的我国南北人群交流的特征.
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自身免疫性甲状腺病与个体携带HLA-DQA1等位基因的相关性分析
目的 探讨AITD与个体携带HLA-DQA1* 0301、HLA-DQA1* 0501、DQA1* 0201等位基因的相关性.方法 对自身免疫性甲状腺病的GD患者194例、HT患者118例和非自身免疫性甲状腺病的SG患者85例以及健康者148例,采用PCR-SBT方法扩增HLA-DQA1* 0301、HLA-DQA1*0501、DQA1 *0201目的基因片段,进行率的x2检验,计算OR值,对比分析他们等位基因分布频率的差异,探讨他们之间的相关性.结果 194例GD患者和118例HT患者的HLA-DQA1 *0301、HLA-DQA1 *0501等位基因分布频率均显著高于对照组,OR值均＞1；HLA-DQA1 *0201等位基因分布频率则明显低于对照组,OR值均＜1.而非自身免疫性的SG患者的HLA-DQA1* 0301、HLA-DQA1*0501、DQA1 *0201与对照组之间无显著性差异.结论 携带HLA-DQA1* 0301、HLA-DQA1 *0501等位基因的个体与GD患者和HT患者的发病易感性有相关性,而携带DQA1*0201等位基因的个体则与该病保护性相关.
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HLA 测序分型方法及其在造血干细胞移植中的应用
HLA基因位于人类第6号染色体短臂6p21.3区域,由一系列紧密连锁的基因座组成,具有高度的多态性,是迄今为止所知的人类复杂的遗传系统.
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HLA-E基因多态性与白血病的相关研究
目的 探讨HLA-E基因多态性与白血病的相关性,为白血病的发生发展机制提供新的分子标记.方法 提取白血病患者组(n=59)及正常人群(对照)组(n=132)外周血DNA,利用长片段高保真PCR方法做HLA-E全长序列扩增并对HLA-E的第3外显子测序并分型;分别计算2组中各基因型的频率及各等位基因的频率.结果 白血病患者组:共检出35例纯合子,检出率59.3％(35/59),其中29例(49.2％)为HLA-E* 01:03纯合子、6例(10.2％)为HLA-E * 01:01纯合子;正常对照组:共检出62例纯合子,检出率47.0％ (62/132)其中36例(27.3％)为HLA-E* 01:03纯合子、26例(19.7％)为HLA-E * 01:01纯合子;白血病患者组和正常对照组HLA-E * 01:03等位基因频率分别为69.5％ vs53.7％(P＜0.01),2组HLA-E * 01:03纯合子比例分别为49.2％vs27.3％(P＜0.01,OR=2.1).结论 HLA-E* 01:03是白血病的易感基因.
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HLA-A基因多态性与陕西地区回族非梗阻性无精症的相关性研究
目的 探索人类白细胞抗原A(HLA-A)基因在陕西地区回族非梗阻性无精症(NOA)人群中的多态性分布及其与无精症发病风险的关联.方法 采用聚合酶链反应-直接测序技术(PCR-SBT),检测59例陕西回族NOA患者和61例回族对照男性人群中HLA-A的基因多态性分型,分析HLA-A的基因型分布特点及其与NOA患病风险的相关性.结果 HLA-A基因在NOA患者和对照组人群中均呈高度多态性分布.在NOA患者组检测到19种HLA-A基因型,在对照组亦检测到19种HLA-A基因型.与对照组相比,HLA-A* 26∶01基因型在NOA组高表达,也就是说,HLA-A* 26∶01基因型具有较高的NOA患病风险(OR=3.340,95％CI:1.045～10.670).结论 HLA-A* 26∶01基因型与陕西回族人群NOA发病风险明显关联,可能是NOA的易感基因型.
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PCR-SBT法检测北京地区人群HLA-DRB1遗传多态性
目的调查北京地区人群HLA-DRB1基因座多态性,并探讨HLA的聚合酶链反应-直接测序分型(PCR-SBT)在法医物证学中的应用价值.方法应用PCR-SBT分型方法对北京地区人群中494名健康无关个体进行HLA-DRB1基因座高分辨分型.结果检出233种HLA-DRB1基因型、102种DRB1等位基因型,基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,该位点的观察杂合度(Ho)为0.921 0,期望杂合度(He)为0.934 2,多态信息量(PIC)为0.933 3,匹配概率(Pm)为0.0104,个体识别率(DP)为0.989 6,非父排除率(PPE)为0.7776.结论使用PCR-SBT对HLA进行精确分型在法医学领域具有重要的应用价值.
